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分枝杆菌散在重复单位对结核分枝杆菌分型的研究 被引量：2
1
作者 郭艳玲 刘洋 +2 位作者 王甦民 李传友 宋长兴 《中国防痨杂志》 CAS 2009年第2期80-84,共5页
目的评价分枝杆菌散在重复单位(MIRU)分型方法在结核病流行病学上的应用,探讨该方法的应用前景。方法采用MIRU分型对158株结核分枝杆菌进行基因分型,这些菌株均已进行IS6110-RFLP分型。结果MIRU分型结果产生只需1d。158株结核分枝杆菌... 目的评价分枝杆菌散在重复单位(MIRU)分型方法在结核病流行病学上的应用,探讨该方法的应用前景。方法采用MIRU分型对158株结核分枝杆菌进行基因分型,这些菌株均已进行IS6110-RFLP分型。结果MIRU分型结果产生只需1d。158株结核分枝杆菌共产生105个类型,其中65个为独特类型。在MIRU的12个区中,重复区4、10、26、40具有较高的多态性。用Hunter-Gaston Index(HGI)对2种方法进行评价,IS6110-RFLP的分辨指数为99.4%,MIRU技术的分辨指数为97.8%。当IS6110拷贝数小于等于10个时,IS6110-RFLP的分辨指数为98%,MI-RU的分辨指数达到98.2%。结论MIRU分型方法具有快速、简便、分辨力较高的特点,便于普及,可在结核病分子流行病学研究中发挥重要作用。 展开更多
关键词 分枝杆菌 结核 分枝杆菌散在重复单位 IS6110 RFLP
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基于常规引物靶向结核分枝杆菌Ⅱ型分枝杆菌散在重复单位的恒温扩增
2
作者 吴康 屈蓉 +4 位作者 王刚 薛清华 吕建新 Douglas BLowrie 范小勇 《复旦学报（医学版）》 CAS CSCD 北大核心 2020年第6期799-808,共10页
目的探讨基于特异常规引物(即引物不需折叠成特定二级结构)靶向恒温扩增重复DNA序列的方法,并测试其检测结核分枝杆菌(Mycobacterium tuberculosis,Mtb)的可能性。方法以合成的重复DNA或以抽提的细菌基因组DNA为模板,用Bst 2.0 WarmStar... 目的探讨基于特异常规引物(即引物不需折叠成特定二级结构)靶向恒温扩增重复DNA序列的方法,并测试其检测结核分枝杆菌(Mycobacterium tuberculosis,Mtb)的可能性。方法以合成的重复DNA或以抽提的细菌基因组DNA为模板,用Bst 2.0 WarmStart DNA聚合酶进行恒温扩增。用琼脂糖凝胶电泳检测扩增结果。结果合成的重复DNA可用其特异常规引物进行恒温扩增。进一步,Mtb H37Rv Ⅱ型分枝杆菌散在重复单位(mycobacterial interspersed repetitive units,MIRUs)可用其特异常规引物对(即Ⅱ_MIRU-F和Ⅱ_MIRU-R)或单引物(即Ⅱ_MIRU-F)进行恒温扩增。相比于非分枝杆菌菌株、非结核分枝杆菌菌株、Mtb复合物菌株和临床分离株,Ⅱ_MIRU-F能够高特异地扩增Mtb菌株。Ⅱ_MIRU-F针对Mtb H37Rv基因组DNA的检测下限较高,且不能特异地区分Mtb阴性痰液样本和Mtb阳性痰液样本。结论常规引物可恒温扩增重复DNA序列(包括MtbⅡ型MIRUs);MtbⅡ型MIRUs特异引物Ⅱ_MIRU-F不适合用于痰液样本的检测。 展开更多
关键词 恒温扩增 重复DNA 结核分枝杆菌 Ⅱ型分枝杆菌散在重复单位
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结核分枝杆菌Mtub-39位点多态性与下游基因表达关系的研究 被引量：2
3
作者 周爱萍 徐志弘 +2 位作者 孙青 姚玉峰 吴兴福 《上海交通大学学报（医学版）》 CAS CSCD 北大核心 2012年第11期1415-1420,共6页
目的分析结核分枝杆菌(MTB)北京型菌株及非北京型菌株5个有明显差异的MTB散在分布重复单位(MIRU)位点,研究其多态性与下游基因表达的关系。方法利用生物信息学方法预测5个MIRU位点(ETR-C、Mtub-30、Mtub-39、MIRU-27、MIRU-40)下游相邻... 目的分析结核分枝杆菌(MTB)北京型菌株及非北京型菌株5个有明显差异的MTB散在分布重复单位(MIRU)位点,研究其多态性与下游基因表达的关系。方法利用生物信息学方法预测5个MIRU位点(ETR-C、Mtub-30、Mtub-39、MIRU-27、MIRU-40)下游相邻基因启动子区域。通过PCR方法扩增该区域并与分枝杆菌启动子探针载体pMC210连接,重组质粒测序正确后,用电穿孔方法转化耻垢分枝杆菌mc2155。采用Real-Time PCR技术检测报告基因lacZ的转录水平,验证MIRU位点多态性对其下游基因表达的影响。结果 Mtub-39位点核心区域内含有其下游基因的启动子。成功构建了分别带有1、3、5个拷贝重复序列的Mtub-39位点的重组质粒。Real-Time PCR结果显示,有多态性的Mtub-39位点(pMC210-Mtub-39-N158、pMC210-Mtub-39-N139及pMC210-Mtub-39-N146)对报告基因lacZ的转录调控差异有统计学意义(P=0.006 5)。结论 Mtub-39位点的多态性能明显影响下游基因启动子的活性进而调节其表达。 展开更多
关键词 结核分枝杆菌 MTB散在分布重复单位位点 pMC210 启动子
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吉林省鹿源牛分枝杆菌MIRU分型研究
4
作者 杨莉 王春雨 +3 位作者 孟庆峰 王海军 刘金华 王全凯 《中国预防兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2014年第12期935-938,共4页
为了解鹿源牛分枝杆菌(M.bovis)基因多态性,初步建立适合吉林省鹿源M.bovis的基因分型方法,本研究利用12个分枝杆菌散在重复单位(MIRU)位点,对96株鹿源M.bovis吉林分离株进行MIRU基因分型研究。结果显示,12个位点中有8个位点(MIRU2、4... 为了解鹿源牛分枝杆菌(M.bovis)基因多态性,初步建立适合吉林省鹿源M.bovis的基因分型方法,本研究利用12个分枝杆菌散在重复单位(MIRU)位点,对96株鹿源M.bovis吉林分离株进行MIRU基因分型研究。结果显示,12个位点中有8个位点(MIRU2、4、16、23、27、31、39及40)具有多态性,可以将96株菌株分为11个基因型,分辨力指数(H)为0.893,其中6个中度多态性位点的分辨力为0.877。其余4个位点(MIRU10、20、24及26)未显示多态性。研究结果表明,鹿源M.bovis与其他宿主来源的M.bovis在基因分型上存在差异。MIRU位点对鹿源M.bovis具有良好的分辨力,该分型方法可以作为鹿结核病分子流行病学研究的有效方法。 展开更多
关键词 鹿源牛分枝杆菌 分枝杆菌散在重复单位 基因分型 流行病学
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动物遗传多态性DNA水平标记方法 被引量：1
5
作者 张文举 《中国牛业科学》 1994年第S2期100-102,150,共4页
关键词 DNA 标记方法 遗传多态性 基因组分析 指纹图谱 亲缘关系 串联重复序列 遗传距离 重复单位 微卫星
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MIRU技术在石河子地区部分结核杆菌基因分型聚类分析中的初步应用
6
作者 张少杰 陈华强 +8 位作者 马超 芦孟欣 周洁 刘家辰 姬祥 陈旭 刘忠华 袁俐 曹旭东 《石河子大学学报（自然科学版）》 CAS 北大核心 2018年第5期581-586,共6页
目的采用结核杆菌散在分布重复单位(mycobacterial interspersed repetitive units,MIRU)分型技术,对石河子地区结核杆菌临床分离株进行基因分型及聚类分析,初步筛选可用于石河子地区结核杆菌临床分离株基因分型的MIRU位点。方法以本实... 目的采用结核杆菌散在分布重复单位(mycobacterial interspersed repetitive units,MIRU)分型技术,对石河子地区结核杆菌临床分离株进行基因分型及聚类分析,初步筛选可用于石河子地区结核杆菌临床分离株基因分型的MIRU位点。方法以本实验室保存的结核杆菌临床分离株基因组DNA为模板,采用PCR技术与核酸凝胶电泳技术,分别对7个MIRU位点进行检测,计算分辨指数,应用ntsys2.10e软件对菌株基因型进行聚类分析。结果石河子市33株临床分离株有22种基因型,均与结核杆菌标准株(H37Rv)不同;在石河子地区结核杆菌临床分离株的7个MIRU位点中,分辨率高的位点有1个(MIRU26);中等有2个(MIRU10,MIRU16);低的有3个(MIRU23,MIRU39,MIRU40);有一个位点分辨率为0(MIRU27);石河子地区分离株总HGI指数为:0.966。结论本实验选取的7个MIRU位点中有3个(MIRU26,MIRU10和MIRU16)可用于石河子地区结核杆菌临床分离株初步基因分型。 展开更多
关键词 结核杆菌 基因分型 结核杆菌散在分布重复单位
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某高级中学一起结核病聚集性疫情传播的时空序列与分子流行病学分析 被引量：3
7
作者 陈蕊明 林健雄 +2 位作者 陈壮濠 刘苏洋 符慧 《实用医学杂志》 CAS 北大核心 2023年第11期1369-1375,共7页
目的探讨本起学校结核病聚集性疫情传播的原因、特点和规律,为持续改进学校结核病控制策略的有效实施提供科学依据。方法遵照广东省汕头市卫生健康局对本起疫情处置工作的具体要求,以指示病例为中心、以学习生活空间要素为重点、以人际... 目的探讨本起学校结核病聚集性疫情传播的原因、特点和规律,为持续改进学校结核病控制策略的有效实施提供科学依据。方法遵照广东省汕头市卫生健康局对本起疫情处置工作的具体要求,以指示病例为中心、以学习生活空间要素为重点、以人际交往活动要素为辅助进行密切接触者筛查,对纳入者进行结核病可疑症状检查、X线胸部检查和结核菌素(PPD)皮肤试验;对其中任何1项异常者进行IFN-γ释放试验、CT影像检查、痰涂片抗酸染色检查、分枝杆菌培养与菌种鉴定和Xpert MTB/RIF分子检测,以综合诊断结核病例;对分离培养获得的结核分枝杆菌,分析其ETRA、ETRB、ETRC、ETRE、ETRF、MIRU10、MIRU20、MIRU26、MIRU39、MIRU40、Mtub04、Mtub21、Mtub38、Oub11b、Qub26等15个基因位点的串联重复拷贝数,分析其成簇性以判断病例间的传播关系。结果(1)指示病例首次结核可疑症状出现并一直在校学习5个月后,出现双肺上叶斑片状、斑点状、条索状密度增高影和左肺上叶多发空洞(最大者约2.1 cm×1.7 cm)等病变,培养与分子检测阳性;(2)指示病例发现的3个月内,在该校相继发现其他15例学生肺结核患者,其中3例有临床症状、3例痰涂片镜检可疑阳性、9例培养阳性、7例分子检测阳性,10例与指示病例有同班上课、同舍住宿和同室晚自习等空间性密切接触,4例与指示病例有直接或间接的人际密切交往,1例则未找到明确的密切交往线索;(3)对9例患者分离培养的结核分枝杆菌进行基因分型,8例得到成功结果,15个VNTR-MIRU分型位点的拷贝数模式完全相同;(4)依据PPD皮肤试验≥5 mm判断结核感染,409例受检者中252例阳性,潜伏感染率为61.61%,潜伏感染率在指示病例班级与后续发现病例班级学生间差异有统计学意义(100%vs.56.58%,χ^(2)=30.781,P<0.001),而在男-女、学生-教职工、寄宿生-走读生、不同楼层学生、同层同侧-同层对侧学生等多组人群间则差异无统计学意义(P>0.05)。结论该起结核聚集性疫情为同一传染源传播所致,且导致了远高于一般人群的结核潜伏感染率,学校结核病控制管理缺失为其主要原因,强化学校结核病控制措施的有效执行力刻不容缓。 展开更多
关键词 结核 学校 聚集性疫情 数目可变串联重复序列-结核分枝杆菌散在重复单位
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二种多位点探针的制备及近交系小鼠DMA指绞分析
8
作者 涂跃宁 蔡有余 《中国比较医学杂志》 CAS 1991年第2期79-79,共1页
应用人及动物的基因组存在着高度可变的串联重复区域（小卫星DNA）具有高度多态性这一特点发展起来的DNA指纹技术,目前已在分子生物学研究的多个领域内获得了应用。本文研究的目的在于制备出两种来源丰富、使用方便、用于建立人及实验动... 应用人及动物的基因组存在着高度可变的串联重复区域（小卫星DNA）具有高度多态性这一特点发展起来的DNA指纹技术,目前已在分子生物学研究的多个领域内获得了应用。本文研究的目的在于制备出两种来源丰富、使用方便、用于建立人及实验动物DNA指纹图的多位点探针—M13mp18噬菌体探针和寡聚核苷酸（GACA）<sub>4</sub>探针。并用这两种探针对两种近交系小鼠的DNA指纹进行了初步研究。 展开更多
关键词 DMA 多位点 近交系小鼠 DNA 高度多态性 串联重复 指纹技术 实验动物 重复单位 指纹图
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改良DNA指纹图谱的新技术
9
作者 李思经 《生物技术通报》 CAS CSCD 1992年第9期8-8,共1页
DNA指纹技术发明者Alec Jeffreys研究小组开发了一种DNA分类的新方法。由此排除了旧方法的许多局限性。旧方法利用衔接重复小卫星或可变量衔接重复子(VNTR)位点(其重复拷贝数显示高度等位变异),由此,当用限制性酶切时产生可变量DNA片段... DNA指纹技术发明者Alec Jeffreys研究小组开发了一种DNA分类的新方法。由此排除了旧方法的许多局限性。旧方法利用衔接重复小卫星或可变量衔接重复子(VNTR)位点(其重复拷贝数显示高度等位变异),由此,当用限制性酶切时产生可变量DNA片段长度。随着PCR的出现,现已可对极短小的衔接重复小卫星进行扩增,从而提高了该技术的灵敏度。采用PCR法还可以从降解的DNA样本获得指纹的图谱。 展开更多
关键词 DNA 指纹图谱 衔接重复 限制性酶切 指纹技术 片段长度 等位变异 拷贝数 重复子 重复单位
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