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基于FSA的DNA重复体频率统计算法
1
作者
陈聪
韩建民
+1 位作者
贾泂
辛德东
《计算机工程》
CAS
CSCD
北大核心
2011年第11期184-186,189,共4页
针对现有DNA重复体频率统计算法效率低、灵活性差等不足,基于字符串多模式匹配的有限状态自动机,构造DNA子序列比对自动机,利用KMP算法对自动机进行状态转移优化,由此提出一种高效的重复体频率统计算法。该算法通过对DNA数据库的线性扫...
针对现有DNA重复体频率统计算法效率低、灵活性差等不足,基于字符串多模式匹配的有限状态自动机,构造DNA子序列比对自动机,利用KMP算法对自动机进行状态转移优化,由此提出一种高效的重复体频率统计算法。该算法通过对DNA数据库的线性扫描,得到每个DNA子序列在全局数据库中重叠与非重叠的重复体频率统计信息以及指定DNA序列集合的最长公共子序列信息。实验结果表明,该算法具有效率高、匹配精确、信息获取方式灵活、支持在线操作等优势。
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关键词
有限状态自动机
DNA子序列
重复体频率
频率
统计算法
最长公共子序列
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职称材料
题名
基于FSA的DNA重复体频率统计算法
1
作者
陈聪
韩建民
贾泂
辛德东
机构
浙江师范大学数理与信息工程学院
浙江师范大学化学与生命科学学院
出处
《计算机工程》
CAS
CSCD
北大核心
2011年第11期184-186,189,共4页
基金
2010年浙江省新苗人才计划基金资助项目(2010R404017)
文摘
针对现有DNA重复体频率统计算法效率低、灵活性差等不足,基于字符串多模式匹配的有限状态自动机,构造DNA子序列比对自动机,利用KMP算法对自动机进行状态转移优化,由此提出一种高效的重复体频率统计算法。该算法通过对DNA数据库的线性扫描,得到每个DNA子序列在全局数据库中重叠与非重叠的重复体频率统计信息以及指定DNA序列集合的最长公共子序列信息。实验结果表明,该算法具有效率高、匹配精确、信息获取方式灵活、支持在线操作等优势。
关键词
有限状态自动机
DNA子序列
重复体频率
频率
统计算法
最长公共子序列
Keywords
Finite State Automaton（FSA）
DNA subsequence
repeats frequency
frequency statistical algorithm
longest common subsequence
分类号
TP18 [自动化与计算机技术—控制理论与控制工程]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
基于FSA的DNA重复体频率统计算法
陈聪
韩建民
贾泂
辛德东
《计算机工程》
CAS
CSCD
北大核心
2011
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