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DNA提取前处理方法对太岁里层样品中细菌种群结构的影响
被引量：
5
1
作者
王朝江
高春燕
+2 位作者
王世清
李慧
李聪
《河南农业大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2019年第6期896-902,共7页
为了评价不同DNA提取前处理方法对太岁里层样品中细菌种群结构的影响,并解析优势结构,对太岁里层重复取样,在提取细菌DNA前,分别施以水浸提(SI1)、浸提后热溶解(SI2)、直接热溶解(SI3)3种不同前处理,同时与微孔滤膜过滤相结合,在高通量...
为了评价不同DNA提取前处理方法对太岁里层样品中细菌种群结构的影响,并解析优势结构,对太岁里层重复取样,在提取细菌DNA前,分别施以水浸提(SI1)、浸提后热溶解(SI2)、直接热溶解(SI3)3种不同前处理,同时与微孔滤膜过滤相结合,在高通量测序后以操作分类单元(operational taxonomic unit,OTU)为基础深度分析细菌种群结构。结果表明,SI1、SI2和SI3的Shannon指数分别为2.96、3.10和3.08,OTU数目分别为891、964和1095个,共有OTU 313个,其序列之和占总序列的96.02%。细菌种群在各分类水平上的数目互有差别,SI1最少,优势种群高度集中于假单胞菌属(Pseudomonas)和不动杆菌属(Acinetobacter),所占比例之和超过60%。其中,假单胞菌属独占42.30%~56.35%,较之前研究结果变化最大。OTU的分布和丰度在不同取样位置间不均衡。3种前处理方法测得的细菌结构近似,但以SI3测得的假单胞菌属中丰度最高OTU,在总序列中所占比例最高,为41.14%。
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关键词
太岁
里层样品
DNA提取前处理
细菌种群结构
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题名
DNA提取前处理方法对太岁里层样品中细菌种群结构的影响
被引量：
5
1
作者
王朝江
高春燕
王世清
李慧
李聪
机构
河北省农林科学院遗传生理研究所
出处
《河南农业大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2019年第6期896-902,共7页
基金
河北省农林科学院农业科技创新工程项目(2019-2-5-3)
文摘
为了评价不同DNA提取前处理方法对太岁里层样品中细菌种群结构的影响,并解析优势结构,对太岁里层重复取样,在提取细菌DNA前,分别施以水浸提(SI1)、浸提后热溶解(SI2)、直接热溶解(SI3)3种不同前处理,同时与微孔滤膜过滤相结合,在高通量测序后以操作分类单元(operational taxonomic unit,OTU)为基础深度分析细菌种群结构。结果表明,SI1、SI2和SI3的Shannon指数分别为2.96、3.10和3.08,OTU数目分别为891、964和1095个,共有OTU 313个,其序列之和占总序列的96.02%。细菌种群在各分类水平上的数目互有差别,SI1最少,优势种群高度集中于假单胞菌属(Pseudomonas)和不动杆菌属(Acinetobacter),所占比例之和超过60%。其中,假单胞菌属独占42.30%~56.35%,较之前研究结果变化最大。OTU的分布和丰度在不同取样位置间不均衡。3种前处理方法测得的细菌结构近似,但以SI3测得的假单胞菌属中丰度最高OTU,在总序列中所占比例最高,为41.14%。
关键词
太岁
里层样品
DNA提取前处理
细菌种群结构
Keywords
Taisui
inner tissue
DNA extraction pre-treatment
bacterial community structure
分类号
Q938 [生物学—微生物学]
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题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
DNA提取前处理方法对太岁里层样品中细菌种群结构的影响
王朝江
高春燕
王世清
李慧
李聪
《河南农业大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2019
5
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