水稻Wx基因的遗传多态性及其与主要米质指标的相关性分析 被引量：23

1

作者 万映秀 邓其明 +3 位作者 王世全 刘明伟 周华强 李平 《中国水稻科学》 CAS CSCD 北大核心 2006年第6期603-609,共7页

利用RM190和484/W2R-ACCⅠ标记分析了50个水稻非糯品种的Wx基因的等位性变异。其中,RM190揭示出7种(CT)n纯合变异类型和1种杂合类型,分别为(CT)20、(CT)19、(CT)18、(CT)17、(CT)14、(CT)11、(CT)10和(CT)11/(CT)18,并以(CT)11和(CT)18... 利用RM190和484/W2R-ACCⅠ标记分析了50个水稻非糯品种的Wx基因的等位性变异。其中,RM190揭示出7种(CT)n纯合变异类型和1种杂合类型,分别为(CT)20、(CT)19、(CT)18、(CT)17、(CT)14、(CT)11、(CT)10和(CT)11/(CT)18,并以(CT)11和(CT)18两种类型为主;484/W2R-ACCⅠ共揭示出2种纯合类型和1种杂合类型,分别为G/G型、T/T型及G/T型;(CT)11大多为G/G型,(CT)18大多为T/T型,这两个标记可将供试材料划分为10种等位基因变异类型。进一步分析表明,RM190揭示的Wx基因多态性可以解释直链淀粉含量变异的59.3%;484/W2R-ACCⅠ揭示的Wx基因多态性可以分别解释直链淀粉含量及胶稠度变异的56.1%和24.6%;而两标记共同可解释直链淀粉含量变异的72.4%。还对这两个标记在育种实践中的应用前景进行了探讨。 展开更多

关键词 蜡质基因 微卫星标记 酶切扩增多态性序列标记 糊化温度 胶稠度 直链淀粉含量 水稻 多态性

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稻瘟病抗性基因Pi25特异性CAPS标记的开发与验证(英文) 被引量：30

2

作者 王惠梅 陈洁 +3 位作者 施勇烽 潘刚 沈海超 吴建利 《作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2012年第11期1960-1968,共9页

为在水稻育种中快速与高效利用稻瘟病抗性基因Pi25,本文利用该基因不同等位基因编码区序列差异开发了4套CAPS标记(CAP1/HincII、CAP3/BglII、CAP3/NdeI和CAP3/Hpy99I),并利用169份稻种资源、98个重组自交系(RIL)以及217个水稻转基因后代... 为在水稻育种中快速与高效利用稻瘟病抗性基因Pi25,本文利用该基因不同等位基因编码区序列差异开发了4套CAPS标记(CAP1/HincII、CAP3/BglII、CAP3/NdeI和CAP3/Hpy99I),并利用169份稻种资源、98个重组自交系(RIL)以及217个水稻转基因后代,对4套标记的准确性和选择效果进行了验证。结果表明,4套标记均能准确地检测Pi25/pi25座位。其中,标记CAP1/HincII和CAP3/Hpy99I特异性识别并酶切显性等位基因,而标记CAP3/BglII和CAP3/NdeI特异性识别并酶切隐性等位基因。利用稻瘟病菌株JS001-20接种RIL与转基因材料,抗性表现与标记检测的结果完全一致,表明该CAPS标记准确可靠。分析稻种资源后发现,Pi25基因频率较低(1.2%),说明该基因在我国水稻稻瘟病抗性育种中还没有被充分利用。本文的研究结果特别是开发的2对识别并酶切显性等位基因的CAPS标记可用于分子标记辅助选择,改良我国早籼稻的稻瘟病抗性。 展开更多

关键词 水稻 稻瘟病抗性 酶切扩增多态性序列 标记辅助选择 单核苷酸多态性

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番茄品种Mi基因对根结线虫抗性的检测 被引量：10

3

作者 韩娜 卓侃 +2 位作者 王彬 林柏荣 廖金铃 《华南农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2011年第1期19-23,共5页

采用酶切扩增多态性序列（Cleaved amplified polymorphic sequences,CAPS）方法对国内市场上的26个番茄So-lanum lycopersicum品种进行Mi基因检测.结果表明,特璐丝、红丽、TRS-401、仙客1号和仙客5号5个品种含有纯合体Mi基因,其余品种... 采用酶切扩增多态性序列（Cleaved amplified polymorphic sequences,CAPS）方法对国内市场上的26个番茄So-lanum lycopersicum品种进行Mi基因检测.结果表明,特璐丝、红丽、TRS-401、仙客1号和仙客5号5个品种含有纯合体Mi基因,其余品种均不含Mi基因.进一步用南方根结线虫Meloidogyne incognita和象耳豆根结线虫M.enter-olobii对这26个品种进行接种试验,计算根结率和根结指数.结果发现,南方根结线虫和象耳豆根结线虫侵染不含Mi基因的21个番茄品种的根结率为100%,根结指数为100;而含Mi基因的5个番茄品种对南方根结线虫的根结率为1%~5%,根结指数为0~4,而对象耳豆根结线虫的根结率为26.7%~45.6%,根结指数为56~64.表明含Mi基因的番茄高抗南方根结线虫,但对象耳豆根结线虫感病或比较感病. 展开更多

关键词 番茄 Mi基因 酶切扩增多态性序列 根结线虫

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通过分子标记辅助选择培育优良食味水稻新品种 被引量：45

4

作者 王才林 陈涛 +3 位作者 张亚东 朱镇 赵凌 林静 《中国水稻科学》 CAS CSCD 北大核心 2009年第1期25-30,共6页

为了培育食味品质优良、综合丰产性好的粳稻新品种,以高产粳稻品种武香粳14作母本,具有暗胚乳突变基因的优质粳稻品种关东194作父本配制杂交组合。利用与暗胚乳突变基因Wx-mq直接相关的单核苷酸差异,设计合成了CAPS标记,该标记能区分含... 为了培育食味品质优良、综合丰产性好的粳稻新品种,以高产粳稻品种武香粳14作母本,具有暗胚乳突变基因的优质粳稻品种关东194作父本配制杂交组合。利用与暗胚乳突变基因Wx-mq直接相关的单核苷酸差异,设计合成了CAPS标记,该标记能区分含或不含Wx-mq基因的纯合基因型和杂合基因型。利用该标记对武香粳14/关东194衍生的F5、F6株系进行辅助选择,筛选到含Wx-mq基因的纯合基因型,成熟后对胚乳淀粉性质的调查结果与分子检测结果完全一致,分子标记辅助选择效果达100%。最终将关东194的暗胚乳突变基因Wx-mq与高产基因聚合于一体,育成含有暗胚乳突变基因Wx-mq的优良食味粳稻新品种南粳46。 展开更多

关键词 分子标记辅助选择 食味品质 水稻 酶切扩增多态性序列 育种

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大豆EST-SNP的挖掘、鉴定及其CAPS标记的开发 被引量：23

5

作者 束永俊 李勇 +4 位作者 吴娜拉胡 柏锡 才华 纪巍 朱延明 《作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2010年第4期574-579,共6页

采用生物信息学方法将大豆EST序列联配到大豆基因组序列上,挖掘到大豆EST-SNP位点537个。对其靶向基因进行功能注释分析,发现他们主要参与亚细胞定位、蛋白质结合与催化以及代谢等与大豆重要农艺性状形成相关的生物过程。同时开发了简... 采用生物信息学方法将大豆EST序列联配到大豆基因组序列上,挖掘到大豆EST-SNP位点537个。对其靶向基因进行功能注释分析,发现他们主要参与亚细胞定位、蛋白质结合与催化以及代谢等与大豆重要农艺性状形成相关的生物过程。同时开发了简便易行的SNP检测方法,利用EMBOSS软件筛选导致酶切位点改变的EST-SNP,分别以大豆绥农14、合丰25、Acher、Evans、Peking、PI209332、固新野生大豆、科丰1号、南农1138-2的DNA及其混合的DNA为模板,设计引物进行PCR扩增,发现44个PCR产物中有36个测序峰图在预期的EST-SNP位点表现出多态性。酶切分析发现26个PCR产物具有酶切多态性,可以作为CAPS标记。结果表明该EST-SNP挖掘体系及其CAPS标记转化系统具有高效率、低成本等优点,有利于促进大豆的遗传育种研究。 展开更多

关键词 大豆 表达序列标签 基因组序列 单核苷酸多态性 酶切扩增多态性序列

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基于基因重测序信息的大豆基因靶向CAPS标记开发 被引量：7

6

作者 束永俊 李勇 +3 位作者 柏锡 才华 纪巍 朱延明 《作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2009年第11期2015-2021,共7页

为了开发大豆基因靶向的功能分子标记,本研究采用生物信息学方法分析了大豆基因重测序数据,筛选出酶切位点突变的SNP位点,设计PCR引物163对,选用东北地区主栽品种绥农14的DNA为模板进行PCR扩增,其中139对引物获得大小为400～1200bp的特... 为了开发大豆基因靶向的功能分子标记,本研究采用生物信息学方法分析了大豆基因重测序数据,筛选出酶切位点突变的SNP位点,设计PCR引物163对,选用东北地区主栽品种绥农14的DNA为模板进行PCR扩增,其中139对引物获得大小为400～1200bp的特异片段。以大豆绥农14、合丰25、Acher、Evans、Peking、PI209332、固新野生大豆、科丰1号和南农1138-2的DNA为模板,采用筛选的139对引物进行PCR扩增,对扩增产物进行酶切分析,发现73对引物的PCR产物具有酶切多态性,开发出CAPS标记73个。通过功能注释分析发现,这73个CAPS标记靶向的基因主要参与细胞内亚细胞定位过程、蛋白质的结合与催化以及代谢过程等,与大豆重要农艺性状的形成相关,可以用于大豆品种的鉴定和分子系统进化的研究。 展开更多

关键词 大豆 重测序数据 单核苷酸多态性 酶切扩增多态性序列 基因靶向功能标记

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烟粉虱Q与B隐种mtCOI基因的遗传变异及其对利用CAPS标记进行隐种鉴别的影响 被引量：5

7

作者 刘国霞 高长生 +1 位作者 付海滨 褚栋 《昆虫学报》 CAS CSCD 北大核心 2014年第10期1238-1244,共7页

【目的】为了评估Vsp I,Sty I和Stu I为基础的线粒体细胞色素氧化酶I基因(mt COI)酶切扩增多态性序列(cleaved amplified polymorphic sequence,CAPS)标记方法鉴别烟粉虱Q与B隐种的有效性。【方法】本研究对国内外烟粉虱种群的mt COI基... 【目的】为了评估Vsp I,Sty I和Stu I为基础的线粒体细胞色素氧化酶I基因(mt COI)酶切扩增多态性序列(cleaved amplified polymorphic sequence,CAPS)标记方法鉴别烟粉虱Q与B隐种的有效性。【方法】本研究对国内外烟粉虱种群的mt COI基因进行了测序并鉴定了其隐种;在对464个Q隐种、98个B隐种mt COI序列分析的基础上,利用Vsp I,Sty I和Stu I对Q与B隐种分别进行了CAPS标记验证。检索并比对了Gen Bank中烟粉虱Q与B隐种mt COI序列中Vsp I,Sty I和Stu I酶切位点分布情况。【结果】对国内外烟粉虱种群研究发现,以Vsp I为基础的CAPS标记方法能够有效鉴别实验中的Q与B隐种;利用Stu I或Sty I的CAPS标记方法无法有效鉴别Q与B隐种。对Gen Bank中烟粉虱Q与B隐种mt COI序列比对发现,利用Vsp I,Sty I和Stu I为基础的CAPS标记方法不能有效鉴别Q与B隐种。【结论】以Vsp I,Sty I和Stu I为基础的CAPS标记方法鉴别Q与B隐种方面均有一定的局限性。 展开更多

关键词 烟粉虱 隐种 mtCOI基因 酶切扩增多态性序列(CAPS) 隐种鉴定

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大豆耐盐相关基因GmNcl1功能标记的开发及验证 被引量：5

8

作者 宁丽华 何晓兰 张大勇 《江苏农业学报》 CSCD 北大核心 2017年第6期1227-1234,共8页

土壤盐渍化严重影响大豆生产,因而鉴定大豆耐盐种质的分子标记对大豆耐盐新品种的培育具有重要意义。本研究分析了大豆耐盐相关基因Gm Ncl1等位变异位点的限制性酶切位点,通过酶切PCR产物,琼脂糖凝胶电泳和酶切片段分析,开发建立了分子... 土壤盐渍化严重影响大豆生产,因而鉴定大豆耐盐种质的分子标记对大豆耐盐新品种的培育具有重要意义。本研究分析了大豆耐盐相关基因Gm Ncl1等位变异位点的限制性酶切位点,通过酶切PCR产物,琼脂糖凝胶电泳和酶切片段分析,开发建立了分子标记CAPS/Xba I。利用该标记对10份不同耐盐大豆种质进行酶切分型鉴定,然后通过测序试验进行验证。结果表明,用所开发的共显性标记CAPS/Xba I对10份大豆种质进行耐盐性鉴定,鉴定结果与依据表型进行鉴定的结果一致。由此可见,CAPS/Xba I可用于大豆品种的耐盐性鉴定。 展开更多

关键词 大豆 耐盐性 GmNcl1 酶切扩增多态性序列(CAPS)标记

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柑橘非对称体细胞杂种的胞质基因组分析 被引量：3

9

作者 徐小勇 刘继红 《华中农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2008年第6期772-775,共4页

采用CAPS(cleaved amplified polymorphic sequence)分子标记对通过非对称原生质体融合获得的2个组合体细胞杂种植株进行了胞质遗传分析。结果表明,在伏令夏甜橙(Citrus sinensis)+默科特橘橙(C.reticulata×C.sinensis)组合中,分析... 采用CAPS(cleaved amplified polymorphic sequence)分子标记对通过非对称原生质体融合获得的2个组合体细胞杂种植株进行了胞质遗传分析。结果表明,在伏令夏甜橙(Citrus sinensis)+默科特橘橙(C.reticulata×C.sinensis)组合中,分析的2棵植株胞质DNA都来自伏令夏甜橙(供体);在丹西红橘(C.retic-ulata)+佩琦橘柚(C.reticulata×C.paradisi)组合中,分析的3棵植株胞质DNA都来自来源于佩琦橘柚(受体)。 展开更多

关键词 柑橘 非对称体细胞杂种 酶切扩增多态性序列 叶绿体DNA 线粒体DNA

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亚洲棉EST-SNP的挖掘及其在陆地棉中的验证

10

作者 徐鹏 蔡继鸿 +3 位作者 郭琪 张香桂 徐珍珍 沈新莲 《棉花学报》 CSCD 北大核心 2017年第5期401-414,共14页

【目的】随着不同棉种序列数据库的逐步完善以及高通量测序技术的发展,棉花单核苷酸多态性(Single nucleotide polymorphism,SNP)标记开发可利用的公共数据资源逐步增加。【方法】本研究基于陆地棉祖先基因组的现代种亚洲棉表达序列标签... 【目的】随着不同棉种序列数据库的逐步完善以及高通量测序技术的发展,棉花单核苷酸多态性(Single nucleotide polymorphism,SNP)标记开发可利用的公共数据资源逐步增加。【方法】本研究基于陆地棉祖先基因组的现代种亚洲棉表达序列标签(Expressed sequence tag,EST)数据库,利用CAP3对亚洲棉EST数据库进行拼接。拼接获得7 187个重叠群(Contig),再利用Quality SNP软件进行SNP位点分析。【结果】在807条含有4条以上EST序列的Contig中查找到2 690个SNP位点。通过筛选次要等位基因频率大于30%的位点,获得953个可靠度较高的候选SNP,通过电子筛选,最终获得可用于陆地棉分析的SNP 149个,利用位点特异性聚合酶链式反应以及酶切扩增多态序列验证了EST-SNP的准确性。【结论】本研究证实基于亚洲棉EST数据库挖掘用于陆地棉研究的EST-SNP切实可行,并有望将EST-SNP用于陆地棉遗传图谱构建、重要性状的基因定位以及分子标记辅助育种。 展开更多

关键词 亚洲棉 单核苷酸多态性 酶切扩增多态性序列 表达序列标签

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M342抗除草剂基因CAPS标记的开发与应用 被引量：6

11

作者 程丽 胡茂龙 +7 位作者 浦惠明 龙卫华 高建芹 陈锋 周晓婴 张维 陈松 张洁夫 《江苏农业学报》 CSCD 北大核心 2019年第2期241-247,共7页

M342是利用EMS诱变定向选育获得的甘蓝型油菜抗磺酰脲类除草剂新种质。通过M342抗性基因与敏感型油菜的ALS基因序列分析结果表明,M342的BnALS3基因存在1处SNP突变,导致编码的蛋白质第556位色氨酸突变为亮氨酸,该突变导致基因序列对BsrD ... M342是利用EMS诱变定向选育获得的甘蓝型油菜抗磺酰脲类除草剂新种质。通过M342抗性基因与敏感型油菜的ALS基因序列分析结果表明,M342的BnALS3基因存在1处SNP突变,导致编码的蛋白质第556位色氨酸突变为亮氨酸,该突变导致基因序列对BsrD I内切酶消化的差异。为此设计了8条引物,从中筛选到引物对SU54F/SU58R在不同油菜品种中可以特异性扩增出目的片段,该片段经BsrD I酶切分型正确,从而开发了检测M342中抗性基因BnALS3R的CAPS标记。运用该标记对除草剂敏感型油菜、纯合抗性油菜及杂合抗性油菜BnALS3的基因型进行验证,并应用该标记对F_2、BC_1分离群体进行检测。结果表明,该标记验证的基因型结果与测序结果一致。F_2分离群体有Als3Als3、Als3als3、als3als3 3种基因型,BC_1分离群体有Als3als3、als3als3 2种基因型,与表型鉴定结果一致,遵循单基因遗传分离规律,表明该标记可以应用于抗性基因的检测。CAPS标记的获得为抗除草剂油菜的分子标记辅助选择育种奠定了基础。 展开更多

关键词 油菜 磺酰脲类除草剂 乙酰乳酸合酶 酶切扩增多态性序列(CAPS)标记

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