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分子动力学并行算法的优化与应用
被引量：
6
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作者
刘正华
杨决宽
陈云飞
《计算机应用研究》
CSCD
北大核心
2008年第3期718-720,共3页
比较了小型机群中模拟小规模粒子系统采用原子分解和区域分解算法的模拟时间。针对原子分解算法,优化了各进程粒子的受力计算,尤其对严重影响并行效率的全局通信进行了优化,最终使得并行效率提高了30%以上。使用该优化算法对固态氩的导...
比较了小型机群中模拟小规模粒子系统采用原子分解和区域分解算法的模拟时间。针对原子分解算法,优化了各进程粒子的受力计算,尤其对严重影响并行效率的全局通信进行了优化,最终使得并行效率提高了30%以上。使用该优化算法对固态氩的导热系数进行了计算,模拟结果与实验值比较吻合,大大缩短了时间。
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关键词
分子动力学
并行
算法
原子分解法
MPI_Allgather
邻居交换算法
非阻塞通信
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职称材料
题名
分子动力学并行算法的优化与应用
被引量：
6
1
作者
刘正华
杨决宽
陈云飞
机构
东南大学机械工程学院
出处
《计算机应用研究》
CSCD
北大核心
2008年第3期718-720,共3页
基金
国家自然科学基金资助项目(50506008,50475077)
文摘
比较了小型机群中模拟小规模粒子系统采用原子分解和区域分解算法的模拟时间。针对原子分解算法,优化了各进程粒子的受力计算,尤其对严重影响并行效率的全局通信进行了优化,最终使得并行效率提高了30%以上。使用该优化算法对固态氩的导热系数进行了计算,模拟结果与实验值比较吻合,大大缩短了时间。
关键词
分子动力学
并行
算法
原子分解法
MPI_Allgather
邻居交换算法
非阻塞通信
Keywords
molecular dynamics
parallel algorithm
atom decomposition
MPI_Allgather
neighbor-exchange algorithm
nonblocking communication
分类号
TP3 [自动化与计算机技术—计算机科学与技术]
TP301.6 [自动化与计算机技术—计算机系统结构]
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作者
出处
发文年
被引量
操作
1
分子动力学并行算法的优化与应用
刘正华
杨决宽
陈云飞
《计算机应用研究》
CSCD
北大核心
2008
6
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