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汉坦病毒系统发生分析及其基因分型的研究
被引量：
8
1
作者
张永振
屈勇刚
+2 位作者
杨东明
李莹
Zhen F.Fu
《中国人兽共患病学报》
CAS
CSCD
北大核心
2006年第3期193-197,201,共6页
目的寻找适于汉坦病毒进行系统发生分析的系统发生树构建方法及其基因片段。选用GenBank中部分有代表性的汉坦病毒株,用M、S、M+S全序列,以及G1、G2的2003-2302、2741-2950核苷酸片段分别以邻位相连法(NJ)和最大简约法(MP)构建系统发生...
目的寻找适于汉坦病毒进行系统发生分析的系统发生树构建方法及其基因片段。选用GenBank中部分有代表性的汉坦病毒株,用M、S、M+S全序列,以及G1、G2的2003-2302、2741-2950核苷酸片段分别以邻位相连法(NJ)和最大简约法(MP)构建系统发生树。用M+S、M、G1、以及G2的2003-2302片段以NJ法构建的系统发生树将所选25株病毒分为5个分支,分别对应于HTN、SEO、DOB、PUU血清型及引起HPS的Sin Nombre血清族。但用G2区的2741-2950片段构建的系统发生树将DOB型与HTN型分为一支。以MP法用M、M+S及G1片段构建的发生树,结果与NJ法相同,但用S与G2的2003-2302、2741-2950片段构建的系统发生树则不能将所有的病毒株分在相应的血清型。因此,汉坦病毒的基因分型及系统发生分析时,NJ法优于MP法;用M片段的G1核苷酸序列可以替代M与S片段全序列进行基因分型及系统发生分析。
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关键词
汉坦病毒
系统发生分析
基因分型
邻位相连法
最大简约
法
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职称材料
题名
汉坦病毒系统发生分析及其基因分型的研究
被引量：
8
1
作者
张永振
屈勇刚
杨东明
李莹
Zhen F.Fu
机构
中国疾病预防控制中心传染病预防控制所
北京生物医药研究所
Department of Pathology
出处
《中国人兽共患病学报》
CAS
CSCD
北大核心
2006年第3期193-197,201,共6页
基金
科技部科研院所社会公益研究专项资金项目(2002DIB40095)
国家十五攻关项目(2003BA712A08-02)
文摘
目的寻找适于汉坦病毒进行系统发生分析的系统发生树构建方法及其基因片段。选用GenBank中部分有代表性的汉坦病毒株,用M、S、M+S全序列,以及G1、G2的2003-2302、2741-2950核苷酸片段分别以邻位相连法(NJ)和最大简约法(MP)构建系统发生树。用M+S、M、G1、以及G2的2003-2302片段以NJ法构建的系统发生树将所选25株病毒分为5个分支,分别对应于HTN、SEO、DOB、PUU血清型及引起HPS的Sin Nombre血清族。但用G2区的2741-2950片段构建的系统发生树将DOB型与HTN型分为一支。以MP法用M、M+S及G1片段构建的发生树,结果与NJ法相同,但用S与G2的2003-2302、2741-2950片段构建的系统发生树则不能将所有的病毒株分在相应的血清型。因此,汉坦病毒的基因分型及系统发生分析时,NJ法优于MP法;用M片段的G1核苷酸序列可以替代M与S片段全序列进行基因分型及系统发生分析。
关键词
汉坦病毒
系统发生分析
基因分型
邻位相连法
最大简约
法
Keywords
HantaVirus
phylogenetic analysis
genotyping
Neighbor-joining method
maximum parsimony method
分类号
R373.3 [医药卫生—病原生物学]
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作者
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被引量
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1
汉坦病毒系统发生分析及其基因分型的研究
张永振
屈勇刚
杨东明
李莹
Zhen F.Fu
《中国人兽共患病学报》
CAS
CSCD
北大核心
2006
8
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