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猫传染性腹膜炎病毒S和3c基因遗传进化分析及其S蛋白免疫原性研究
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作者 张婷 刘童通 +6 位作者 李春雨 姚孟 李炜 杨勃 孙子龙 牛胜 张鼎 《动物医学进展》 北大核心 2025年第6期18-25,共8页
猫传染性腹膜炎病毒(FIPV)属于冠状病毒属成员,是引起猫传染性腹膜炎(FIP)发生的病原体。FIPV感染给猫健康造成巨大威胁,阐明FIPV遗传变异特征及主要抗原蛋白免疫原性对FIP防控具有重要意义。扩增4株FIPV山西株S和3c基因,分析FIPV山西... 猫传染性腹膜炎病毒(FIPV)属于冠状病毒属成员,是引起猫传染性腹膜炎(FIP)发生的病原体。FIPV感染给猫健康造成巨大威胁,阐明FIPV遗传变异特征及主要抗原蛋白免疫原性对FIP防控具有重要意义。扩增4株FIPV山西株S和3c基因,分析FIPV山西株同源性和遗传进化特征。结果显示,4株FIPV山西株间S基因相似性为89.6%~91.9%,与已公布的Ⅰ型猫冠状病毒(FCoV)相似性为85.9%~92.7%。FIPV山西株间3c基因相似性为91.5%~95.3%,与公布的Ⅰ型FCoV参考株相似性为90.9%~95.9%。S、3c基因遗传进化分析显示,4株FIPV山西株均属于Ⅰ型FCoV。将表达、纯化的FIPV S蛋白免疫Balb/c小鼠,间接ELISA检测小鼠血清S蛋白抗体水平,结果显示FIPV S蛋白具有良好的免疫原性,为FIPV感染的诊断与防控提供了重要科学依据。 展开更多
关键词 猫传染性腹膜炎病毒 遗传进化分析 刺突蛋白 3c蛋白 免疫原性
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青海海北地区牦牛病毒性腹泻病毒流行病学调查及5′-UTR遗传进化分析 被引量:2
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作者 林伟山 马豆豆 +6 位作者 雷萌桐 魏斌 李国才 王光华 王戈平 简莹娜 李秀萍 《中国畜牧兽医》 北大核心 2025年第3期1241-1249,共9页
【目的】了解青海省海北地区牦牛群中牛病毒性腹泻病毒(Bovine viral diarrhea virus,BVDV)的流行情况及遗传学分子特征。【方法】对采集自青海海北地区的148份腹泻牦牛粪便样品提取病毒RNA并反转录合成cDNA,以其为模板扩增BVDV 5′-UT... 【目的】了解青海省海北地区牦牛群中牛病毒性腹泻病毒(Bovine viral diarrhea virus,BVDV)的流行情况及遗传学分子特征。【方法】对采集自青海海北地区的148份腹泻牦牛粪便样品提取病毒RNA并反转录合成cDNA,以其为模板扩增BVDV 5′-UTR保守区域,建立特异性检测牦牛BVDV的实时荧光定量PCR方法,并以该方法对青海海北地区牦牛养殖场BVDV感染情况进行检测。选取4份BVDV阳性样品,对BVDV 5′-UTR区域序列进行PCR扩增和测序,与NCBI中不同亚型BVDV以及同属病毒毒株进行相似性比对,并基于BVDV 5′-UTR区域进行遗传进化分析。【结果】本研究基于BVDV 5′-UTR成功建立实时荧光定量PCR检测方法,标准曲线相关系数(R^(2))为0.997,标准品浓度为2.69×10^(2)~2.69×10^(9)拷贝/μL时具有良好的线性关系,最小检出限为2.69×10^(2)拷贝/μL。重复性试验结果显示,变异系数均<1.7%,具有良好的重复性和稳定性。采用建立的实时荧光定量PCR方法对青海省海北地区门源县、祁连县、海晏县和湟源县的腹泻牦牛粪便样品进行检测,结果显示,BVDV阳性率分别为45.00%、36.00%、30.77%和29.00%。BVDV 5′-UTR序列比对结果显示,分离获得的4株牦牛源BVDV与伊朗、美国的BVDV-1a亚型毒株聚集在同一个独立分支,核苷酸序列相似性为76.6%~99.7%。【结论】本研究明确了BVDV-1a型是导致青海省海北地区牦牛腹泻的重要病原之一,为该地区牦牛养殖场及时、有效地采取防控措施提供了科学依据,同时丰富了当地BVDV的分子流行病学调查数据,为该地区牛病毒性腹泻病的防控及疫苗研发提供了理论基础。 展开更多
关键词 牦牛 牛病毒性腹泻病毒(BVDV) 流行病学 实时荧光定量PCR 遗传进化分析
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鸽腺病毒Ⅰ型TaqMan探针实时荧光定量PCR检测方法的建立及遗传进化分析 被引量:1
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作者 安乐乐 刘倩芸 +2 位作者 蓝秋菊 罗迅 赵永清 《江西农业大学学报》 北大核心 2025年第1期167-177,共11页
【目的】鸽腺病毒感染在全球鸽群中广泛分布,可引起多种临床症状,如呕吐、腹泻、肝脏损伤等,严重影响鸽的健康与养殖效益。建立一种快速高效检测鸽腺病毒Ⅰ型(PiAdV-Ⅰ)TaqMan探针实时荧光定量PCR方法,为鸽腺病毒Ⅰ型临床检测及流行病... 【目的】鸽腺病毒感染在全球鸽群中广泛分布,可引起多种临床症状,如呕吐、腹泻、肝脏损伤等,严重影响鸽的健康与养殖效益。建立一种快速高效检测鸽腺病毒Ⅰ型(PiAdV-Ⅰ)TaqMan探针实时荧光定量PCR方法,为鸽腺病毒Ⅰ型临床检测及流行病学调查提供技术平台。【方法】依据GenBank公布鸽腺病毒Ⅰ型Hexon基因保守区设计引物探针并构建重组质粒pCE2-TA-PiAdV-Ⅰ;优化反应体系和程序,绘制标准曲线、特异性、敏感性和重复性评价,建立鸽腺病毒Ⅰ型TaqMan探针实时荧光定量PCR检测方法;扩增测序阳性临床样品的Hexon基因,使用MEGA5.0进行进化树构建及同源性分析。【结果】该TaqMan探针实时荧光定量PCR方法标准曲线y=-3.1081x+37.374,线性相关系数R2为0.9977,线性关系良好;与鸽疱疹病毒、鸽圆环病毒等鸽子其他常见病毒无交叉反应,具有良好的特异性;最低检测拷贝数为14.6 copies/μL,敏感性是常规PCR方法的10倍,具有高敏感性;组内和组间变异系数均低于1.1%,重复性好。通过检测112份鸽子病料样品,该TaqMan探针实时荧光定量PCR方法检测阳性率为69.64%(78/112),并且高于常规PCR方法阳性检出率65.18%(73/112)。此外,建立的TaqMan探针实时荧光定量PCR方法与常规PCR方法的阳性符合率为100%,总体符合率为95.54%。3条测序毒株与Ⅰ型鸽腺病毒参考毒株同源性为99.47%~99.71%,遗传关系高度接近,表明可能由同一个原始毒株进化而来。【结论】研究建立的鸽腺病毒Ⅰ型TaqMan探针实时荧光定量PCR检测方法线性关系良好、特异性强、敏感性高及重复性好,可快速高效检测出临床样品中的PiAdV-Ⅰ。此外,所扩增序列能够用于分析临床毒株遗传进化特征,有助于快速准确诊断鸽腺病毒感染及疫苗研发提供参考依据。 展开更多
关键词 鸽腺病毒Ⅰ型 Hexon基因 TaqMan探针实时荧光定量PCR 遗传进化分析 临床检测 流行病学调查
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2020-2022年广西地区猪圆环病毒3型检测及遗传进化分析
4
作者 刘文波 李思雨 +9 位作者 庞燕丽 陈国昌 刘嘉琪 覃建光 覃一峰 陈樱 欧阳康 黄伟坚 黄稳妃 韦祖樟 《中国动物传染病学报》 北大核心 2025年第4期213-223,共11页
为了解广西地区猪圆环病毒3型(PCV3)的流行病学特点及遗传变异情况,本研究对2020-2022年采自广西不同地区屠宰场健康猪组织(肝脏、脾脏、肺脏、淋巴结等)和血清样品68份以及规模养猪场或散养户猪场的病死猪组织和血清样品162份,进行PCR... 为了解广西地区猪圆环病毒3型(PCV3)的流行病学特点及遗传变异情况,本研究对2020-2022年采自广西不同地区屠宰场健康猪组织(肝脏、脾脏、肺脏、淋巴结等)和血清样品68份以及规模养猪场或散养户猪场的病死猪组织和血清样品162份,进行PCR检测。随机选取部分PCV3阳性样品进行全基因测序,并与GenBank中收录的23株参考序列进行比对和遗传进化分析。结果显示:PCV3阳性率为17.83%,对随机选取的24份PCV3阳性样品进行扩增测序,经遗传变异分析国内主要流行PCV3a和PCV3b两个基因型,在14株PCV3a毒株中,其中1株属于PCV3a-1亚型,7株属于PCV3a-2亚型,6株属于PCV3a-IM亚型,另外10株属于PCV3b亚型;2020-2021年,广西流行优势毒株为PCV3a,2022年,PCV3b替代PCV3a成为优势毒株;全基因组相似性分析显示,24株PCV3基因序列与参考毒株的相似性为98.6%~99.8%;对PCV3毒株的Cap蛋白进行氨基酸比较分析,结果显示,Cap蛋白共有4个高突变区,有2个高突变区是位于T细胞抗原表位区,这些突变可能对病毒的感染性和抗原性有所影响;值得注意的是,Cap蛋白的24和27位氨基酸残基的突变与PCV3的分型密切相关。研究结果有助于了解广西地区的PCV3流行情况和遗传进化动态。 展开更多
关键词 猪圆环病毒3型 CAP蛋白 全基因组扩增 遗传进化分析
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鸽圆环病毒全基因组测序及遗传进化分析
5
作者 王仲浩 田野 +5 位作者 袁小远 李桂明 陈书民 刘明超 王传文 孟凯 《中国畜牧兽医》 北大核心 2025年第11期5414-5421,共8页
【目的】了解华东部分地区流行的鸽圆环病毒(Pigeon circovirus,PiCV)基因组特征及遗传变异规律。【方法】无菌采集58只病死鸽的肺脏、脾脏、肝脏组织,利用PCR扩增进行病原检测。对PiCV阳性样本通过PCR扩增病毒基因组全长并进行TA克隆... 【目的】了解华东部分地区流行的鸽圆环病毒(Pigeon circovirus,PiCV)基因组特征及遗传变异规律。【方法】无菌采集58只病死鸽的肺脏、脾脏、肝脏组织,利用PCR扩增进行病原检测。对PiCV阳性样本通过PCR扩增病毒基因组全长并进行TA克隆。阳性质粒测序结果通过DNAStar和Mega 11.0软件进行全基因组序列拼接以及核苷酸、氨基酸序列比对,并构建系统进化树。利用RDP 5.42和Simplot 3.5.2软件对分离株进行重组分析并鉴定。【结果】PCR检测结果显示,58只病死鸽中检出30只PiCV阳性,且其他病毒未检出。测序结果显示,成功获得5株PiCV全基因组序列,分别命名为SD02、SD040、JS091、AH056和AH529,序列长度分别为2037、2034、2039、2039和2041 bp。相似性比对结果显示,5株PiCV分离株与国内外参考株核苷酸序列相似性为83.2%~100%,与国内的分离株亲缘关系更近。遗传进化分析结果显示,5株PiCV分离株属于不同亚型,分离株SD040、SD02、JZ091、AH056、AH529分别属于B、A、C、G和H亚型。氨基酸序列分析表明,5株PiCV分离株与标准株jz1相比,Cap蛋白氨基酸出现不同程度的突变、替换和缺失,Rep蛋白存在3个氨基酸位点缺失和1个氨基酸位点突变。重组分析表明,5株PiCV分离株有2个重组事件被鉴定,其中分离株AH056是由GX6株和JS2株重组产生,重组断点位于161 bp处。【结论】本研究分离获得5株不同亚型PiCV全基因组序列。病毒重组及关键蛋白突变为其多样性和复杂性的重要成因。本研究丰富了对PiCV基因组特征及遗传演化规律的认识,为华东地区PiCV的防控提供了重要参考依据。 展开更多
关键词 鸽圆环病毒 全基因组测序 遗传进化分析
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谱系1和8重组猪繁殖与呼吸综合征病毒的分离鉴定与遗传进化分析
6
作者 邹舟 黎颖 +2 位作者 韦莹莹 刘惠僮 韦祖樟 《动物医学进展》 北大核心 2025年第1期29-37,共9页
2023年从广西疑似发生猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)感染猪场的病猪肺脏组织中分离到1株PRRSV,将其命名为GXWZ20230831。采用RT-PCR扩增其全基因组序列并测序,分析遗传进化特点。结果显示,GXWZ20230831能够在Marc-145细胞上增殖,且产... 2023年从广西疑似发生猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)感染猪场的病猪肺脏组织中分离到1株PRRSV,将其命名为GXWZ20230831。采用RT-PCR扩增其全基因组序列并测序,分析遗传进化特点。结果显示,GXWZ20230831能够在Marc-145细胞上增殖,且产生明显的细胞病变;该毒株全基因组长度为15019个核苷酸(nt),与基因2型PRRSV谱系1 NADC30-like毒株的同源性最高,为94.0%,与基因1型PRRSV代表毒株Lelystad virus同源性最低,仅为60.0%;通过Nsp2氨基酸序列比对,结果发现GXWZ20230831存在NADC30-like典型的131(111+1+19)个氨基酸的不连续缺失模式;与美洲型代表株VR2332相比,GXWZ20230831的GP5蛋白在非中和抗原表位发生了V27A、V185A以及R191K 3处突变,同时在GP5蛋白中存在4个潜在的N-糖基化位点;构建的全基因组序列、nsp2基因、ORF5基因遗传进化树均显示该毒株处于谱系1的分支;重组分析表明,GXWZ20230831是1株以谱系1经典毒株NADC30为骨架,谱系8毒株提供重组片段的重组毒株,重组断点位于基因组的nsp1(458-1821 nt)和Nsp4(5405-8179 nt)中。研究结果可为掌握广西地区的PRRSV遗传变异规律提供参考,为制定防控措施提供科学依据。 展开更多
关键词 猪繁殖与呼吸综合征病毒 分离鉴定 重组 遗传进化分析
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一株BVDV-2型的分离鉴定及遗传进化分析
7
作者 刘佳莹 孙超 +2 位作者 陈天祥 尹鑫 孙东波 《中国预防兽医学报》 北大核心 2025年第4期412-417,共6页
牛病毒性腹泻(BVD)是由牛病毒性腹泻病毒(BVDV)引起的牛接触性传染病。为了解黑龙江省BVDV流行株及其分子特征,本研究对黑龙江省黑河市某规模化奶牛场21份鼻拭子样品。利用RT-PCR检测BVDV阳性样品。利用MDBK细胞对阳性样品进行分离培养... 牛病毒性腹泻(BVD)是由牛病毒性腹泻病毒(BVDV)引起的牛接触性传染病。为了解黑龙江省BVDV流行株及其分子特征,本研究对黑龙江省黑河市某规模化奶牛场21份鼻拭子样品。利用RT-PCR检测BVDV阳性样品。利用MDBK细胞对阳性样品进行分离培养及鉴定后,通过二代测序技术获得分离株全基因组序列,利用DNAMAN进行核苷酸相似性分析,利用MEGA11软件包对分离株进行系统发育和分子进化分析,并绘制BVDV5'UTR和全基因组序列进化树。利用BepiPred-2.0服务器预测BVDV E2蛋白的B细胞表位。将阳性样品在MDBK细胞中连续传6代,利用间接免疫荧光试验(IFA)检测病毒并采用电镜观察病毒粒子形态。结果显示,检测出4份BVDV阳性样品,且它们之间的5'UTR基因序列相同,为同一病毒株;IFA可以检测到病毒,电镜观察到具有典型BVDV形态特征的病毒粒子;5'UTR基因及全基因组遗传进化分析显示该分离株为BVDV-2b亚型;E2蛋白B细胞抗原表位分析显示,该分离株与BVDV SD1301株E2蛋白B细胞表位区域(aa150~aa180)高度相似,提示二者可能具有相似的致病性。以上结果表明,本研究分离到黑龙江地区首株BVDV-2b亚型,命名为HLJ-11株。研究明确了该规模化牛场内BVDV的遗传进化情况,为该地区BVD的防控奠定了实验基础。 展开更多
关键词 牛病毒性腹泻病毒 分离鉴定 全基因组测序 遗传进化分析 B细胞表位预测
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牛疱疹病毒4型TL01株的分离鉴定及遗传进化分析
8
作者 张心琴 戴鑫钧 姚火春 《南京农业大学学报》 北大核心 2025年第3期604-611,共8页
[目的]本文旨在对一种与奶牛繁殖障碍疾病有关的国内新发病原牛疱疹病毒4型(BoHV-4)进行检测、分离与鉴定。[方法]采集我国东北地区某养牛场疑似发生BoHV-4感染牛的生殖道拭子,将阳性样本接种HeLa细胞分离病毒,通过特异性qPCR、间接免... [目的]本文旨在对一种与奶牛繁殖障碍疾病有关的国内新发病原牛疱疹病毒4型(BoHV-4)进行检测、分离与鉴定。[方法]采集我国东北地区某养牛场疑似发生BoHV-4感染牛的生殖道拭子,将阳性样本接种HeLa细胞分离病毒,通过特异性qPCR、间接免疫荧光(IFA)及电镜观察等方法对分离病毒进行鉴定,并测定病毒一步生长曲线。用PCR扩增病毒gB和TK基因并进行遗传进化分析。[结果]阳性样本接种细胞后盲传3代,能够产生圆缩、聚集等疱疹病毒典型细胞病变效应(CPE),从IFA结果观察到感染病毒的细胞中出现明显的特异性绿色荧光,电镜观察感染细胞可见直径100~150 nm的病毒粒子,衣壳和囊膜结构清晰,将该毒株命名为TL01。其生长曲线显示在感染后36 h达到峰值(10~(6.3)TCID_(50)·mL^(-1))。PCR扩增病毒gB和TK基因并对其序列进行遗传进化分析,发现TL01的gB基因与参考株DN599在同一分支,属于基因2型;TL01的TK基因与参考株Movar33/63同属于基因1型。[结论]本研究成功分离出1株BoHV-4毒株,为深入研究BoHV-4的生物学特性和流行病学提供参考。 展开更多
关键词 牛疱疹病毒4型 病毒分离鉴定 遗传进化分析
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对1例黄牛急性死亡病例的病原宏基因组检测及遗传进化分析
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作者 马烁 傅国璋 +4 位作者 沈雪鹰 孙兴南 韩永川 杜春红 童贻刚 《中国动物检疫》 2025年第10期36-41,共6页
为找出2023年3月—2024年3月云南省腾冲市黄牛急性死亡的病因,采集1例死亡病例的心、肺、脑等组织样品,在排除相关病原体感染后,进行病原宏基因组测序(mNGS),基于mNGS结果设计PCR扩增引物,通过PCR扩增获取病原全基因组序列,开展系统发... 为找出2023年3月—2024年3月云南省腾冲市黄牛急性死亡的病因,采集1例死亡病例的心、肺、脑等组织样品,在排除相关病原体感染后,进行病原宏基因组测序(mNGS),基于mNGS结果设计PCR扩增引物,通过PCR扩增获取病原全基因组序列,开展系统发育分析。结果显示:在组织样品中检测到牛腺病毒7型(BAdV-7)序列,经PCR扩增获得1条全长30006 bp的完整基因组序列(YN-BAdV7);该序列与2022年德国参考株(OM677816.1)、2021年美国参考株(MN901942.2)核苷酸序列相似性为99.6%,与欧美流行株聚于同一进化分支,明显区别于其他型腺病毒。结果表明,云南省腾冲市存在BAdV-7流行,流行毒株与欧美流行株存在紧密遗传关联,该病原很可能导致了当地黄牛的急性死亡。应进一步加强对该病毒的溯源调查及其感染的防控,降低养殖户损失。 展开更多
关键词 宏基因组学检测 牛腺病毒7型 遗传进化分析 黄牛
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广东某规模化猪场PCV2d感染的诊断与遗传进化分析
10
作者 钟玮霖 尧建辉 +4 位作者 魏晓琪 颜广智 陈盛楠 刘明杰 黄良宗 《中国畜牧兽医》 北大核心 2025年第6期2781-2789,共9页
【目的】确定广东某规模化猪场发病猪是否为猪圆环病毒2型(Porcine circovirus type 2,PCV2)感染,并评估病毒的遗传特性及其在猪群中的流行情况,为疫病的防控提供科学数据支持。【方法】采用实时荧光定量PCR和ELISA方法对猪场病猪的肾... 【目的】确定广东某规模化猪场发病猪是否为猪圆环病毒2型(Porcine circovirus type 2,PCV2)感染,并评估病毒的遗传特性及其在猪群中的流行情况,为疫病的防控提供科学数据支持。【方法】采用实时荧光定量PCR和ELISA方法对猪场病猪的肾脏、淋巴结、脾脏等内脏组织及血清样本进行检测分析,并通过PCR扩增PCV2阳性样本的ORF2基因。利用DNAStar软件包中的MegAlign模块对所得ORF2基因序列与GenBank数据库中23株PCV2参考毒株进行相似性比对。运用Mega 7.0软件构建基于ORF2基因序列的遗传进化树,以明确鉴定毒株与参考毒株之间的遗传关系。【结果】流行病学调查、临床症状及病理解剖结果显示,该猪场病猪符合PCV2感染的特征。实时荧光定量PCR检测发现3份样本的Ct值分别为14.42、15.13和16.08,表明病毒载量较高,且PCV2检测结果为阳性。ELISA检测结果显示,不同日龄段猪群中Cap蛋白抗体阳性率介于60%~100%之间,而Rep蛋白抗体阳性率则在0~100%之间,特别是150日龄猪群的2种蛋白抗体阳性率均达到100%,表明PCV2感染强度较高。ORF2基因测序获得了3条序列,分别命名为LZC-2305-1、LZC-2305-2和LZC-2305-3。相似性分析结果显示,这3条序列间具有99.9%~100%的相似性,且与GenBank中的23株PCV2参考毒株序列的相似性为82.3%~99.7%,其中与CZ246序列相似性最高,为99.6%~99.7%。遗传进化树分析进一步证实,本研究获得的3条序列与CZ246序列具有最近的亲缘关系,归属于PCV2的2d分支。【结论】本研究确诊该猪场猪群发生了PCV2d分支的感染。本研究结果不仅为该猪场的PCV2防控提供了科学依据,也为其他规模化猪场的疫病监测与防控提供了参考。 展开更多
关键词 猪圆环病毒2型(PCV2) 诊断 实时荧光定量PCR ELISA 遗传进化分析
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猪流行性腹泻病毒GX15株的遗传进化分析及其致病性初探
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作者 孙倩 宋瑞鹏 +7 位作者 林俊 覃绍敏 陆晨阳 杜泓明 岑敏 劳论邦 刘金凤 吴健敏 《中国动物传染病学报》 北大核心 2025年第4期27-39,共13页
本研究针对1株分离自广西某地的猪流行性腹泻病毒(PEDV)GX15开展研究。GX15株基因全长为28 042 nt,对其进行序列分析并构建遗传进化树,结果显示,该毒株属于GⅡb基因亚型,分析其毒力相关基因发现GX15株在S蛋白上的多个中和抗原表位存在变... 本研究针对1株分离自广西某地的猪流行性腹泻病毒(PEDV)GX15开展研究。GX15株基因全长为28 042 nt,对其进行序列分析并构建遗传进化树,结果显示,该毒株属于GⅡb基因亚型,分析其毒力相关基因发现GX15株在S蛋白上的多个中和抗原表位存在变异,其中第254位天冬酰胺(N)和第255位色氨酸(W)的缺失不仅涉及病毒的中和表位,还涉及病毒的附着结构域(CAD),影响病毒与细胞间的结合,而ORF3基因虽然具有PEDV高致病性毒株的分子特征,但在ORF3蛋白上却有F70I和A126T 2个突变。动物感染试验发现,GX15株以104.23TCID50的病毒液经消化道途径人工感染6日龄仔猪可引起腹泻并导致仔猪死亡,以101.23TCID50剂量感染仔猪,仔猪出现腹泻但未发生死亡。本研究结果为后续建立PEDV动物感染模型并进行致病机制研究奠定了基础。 展开更多
关键词 猪流行性腹泻病毒 体外培养特性 遗传进化分析 动物感染试验
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2株新型鸭呼肠孤病毒的分离鉴定及全基因组遗传进化分析
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作者 李长乐 姚鑫炎 +2 位作者 王明月 肖毅 张雪莲 《家畜生态学报》 北大核心 2025年第3期96-102,共7页
为了解广东地区鸭呼肠孤病毒的序列信息,对广东省佛山市和肇庆市疑似呼肠孤病毒感染的病鸭进行检测、分离、鉴定及全基因组测序分析。通过对疑似样本进行剖检发现,病鸭肝脏呈现不规则出血斑块,脾脏和法氏囊出现严重出血、坏死。使用实... 为了解广东地区鸭呼肠孤病毒的序列信息,对广东省佛山市和肇庆市疑似呼肠孤病毒感染的病鸭进行检测、分离、鉴定及全基因组测序分析。通过对疑似样本进行剖检发现,病鸭肝脏呈现不规则出血斑块,脾脏和法氏囊出现严重出血、坏死。使用实验室建立好的检测方法对其进行检测,并利用LMH细胞对新型鸭呼肠孤病毒(Novel Duck reovirus,NDRV)进行分离,同时对分离的毒株进行全基因测序及分析。结果显示,在第3代的LMH细胞上出现典型的细胞病变,经检测确定为NDRV。全长扩增显示,所分离的2株NDRV全长均为23419 bp,可分为10个片段,分别为L1~L3、M1~M3和S1~S4。核苷酸同源性与氨基酸同源性分析显示,与国内的NDRV同源性最高,与番鸭呼肠孤病毒(Muscovy Duck reovirus,MDRV)和禽呼肠孤病毒(Avain revirus,ARV)同源性较低。遗传进化关系显示,所分离的2株毒株的10个片段均分布于NDRV大分支,由此表明,分离的2株毒株均为NDRV。该研究丰富了NDRV的序列信息,为广东地区NDRV的防控及特异性生物制品的研究提供了参考依据。 展开更多
关键词 新型鸭呼肠孤病毒 分离鉴定 全基因组测序 遗传进化分析
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2020-2024年北京地区PRRSV-2流行病学调查和遗传进化分析
13
作者 郭生革 《中国兽医杂志》 北大核心 2025年第10期50-57,共8页
为了分析2020—2024年北京市猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)的流行情况和遗传变异特征,本试验从北京市8个地区的不同规模猪场采集了6127份临床样本,利用实时荧光定量反转录聚合酶链式反应(RT-qPCR)技术检测PRRSV感染情况,通过PCR扩增获... 为了分析2020—2024年北京市猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)的流行情况和遗传变异特征,本试验从北京市8个地区的不同规模猪场采集了6127份临床样本,利用实时荧光定量反转录聚合酶链式反应(RT-qPCR)技术检测PRRSV感染情况,通过PCR扩增获得PRRSV的开放阅读框5(ORF5)序列,并基于ORF5基因进行同源性分析和遗传进化分析。结果显示,2020—2024年北京地区样本PRRSV总检出率为16.35%(1002/6127),不同年度的PRRSV检出率呈逐年下降趋势;不同地区的PRRSV检出率介于10.31%~22.84%,其中延庆区的检出率最高;不同样本类型的PRRSV检出率不同,其中肺脏样本的检出率最高,为22.54%(222/985),环境样本的检出率较低,为3.72%(16/430),种公猪精液中未检出PRRSV。本试验测序获得26个PRRSV ORF5基因序列,通过系统进化分析发现,北京地区检测到的PRRSV毒株主要属于谱系1.8(NADC30-like)和1.5(NADC34-like),占比分别为42.31%(11/26)和34.62%(9/26),此外,谱系5(VR2332-like)和谱系8(HP-PRRSVlike)也有少量分离毒株分布。本试验揭示了北京市PRRSV-2的流行特性和遗传多样性,为制定针对性防控措施提供了科学依据。 展开更多
关键词 猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV) 开放阅读框5(ORF5) 流行病学 遗传进化分析
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一株鹅源细小病毒的分离鉴定与遗传进化分析
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作者 彭珊 王超 +2 位作者 朱婉君 张济培 陈济铛 《广东畜牧兽医科技》 2025年第4期94-104,共11页
小鹅瘟是由鹅细小病毒(Goose parvovirus,GPV)引发的传染病,20日龄内雏鹅具有高致死性,而青年鹅常表现为隐性感染,易被忽视。2024年11月,广东揭阳某地养鹅场青年鹅群(56日龄)急性发病,为明确病因,针对送检的病死鹅进行剖检并无菌采集肝... 小鹅瘟是由鹅细小病毒(Goose parvovirus,GPV)引发的传染病,20日龄内雏鹅具有高致死性,而青年鹅常表现为隐性感染,易被忽视。2024年11月,广东揭阳某地养鹅场青年鹅群(56日龄)急性发病,为明确病因,针对送检的病死鹅进行剖检并无菌采集肝、脾和肠组织样本,通过PCR/RT-PCR方法对常见鹅病毒性传染病病原核酸进行检测。将GPV阳性组织样本研磨处理后接种至鹅胚,随后对PCR阳性尿囊液样本进行全基因组克隆测序,并基于获得的序列数据开展系统发育与分子进化分析。结果显示,送检组织样品中鹅细小病毒核酸呈阳性,鹅圆环病毒(Goose circovirus,GoCV)、鹅星状病毒(Goose astrovirus,GoAstV)、新城疫病毒(Newcastle Disease Virus,NDV)和坦布苏病毒(Tembusu virus,TMUV)核酸均为阴性。阳性病料组织悬液接种鹅胚后,鹅胚死亡且胚体严重出血,鹅胚尿囊液PCR检测为GPV阳性。测序结果显示,毒株基因组全长为5028 bp,由ITR区域和NS、VP基因构成,将该毒株命名为GPV/GD/3121/2024株。相似性分析显示,该分离株与DY16株的NS1和VP1基因相似性最高,分别达到99.4%和95.9%。GPV/GD/3121/2024株与国内近年GPV分离株(DY16株、RC16株和HB-2019株)全基因序列相似性高达97.5%。基于全基因组序列、非结构蛋白NS1和结构蛋白VP1序列的遗传演化分析均显示,分离株与欧洲疫苗株(VG32/1)、中国内地疫苗株(GDaGPV、SYG61v)和中国台湾疫苗株(82-0321V)均同属一个大分支,遗传关系较近。此外,与经典GPV毒株相比,GPV/GD/3121/2024株VP1基因含有3个特有的碱基突变位点,分别为A2496T、G2515C、A2772G,这些突变导致VP1结构蛋白发生V38L、S178T和Y491H氨基酸位点改变。该研究确定了该场青年鹅发病致死系感染GPV所致,并对毒株进行分离鉴定和遗传进化分析,同时简要比较了国内GPV的分子特征,为该病毒的生物学特性研究和科学防控提供了参考信息。 展开更多
关键词 鹅细小病毒 全基因 遗传进化分析 氨基酸序列比对
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云南省西双版纳地区茶花鸡后口吸虫的鉴定与遗传进化分析
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作者 唐玲 朱劼垚 +6 位作者 侯明鹏 张绍云 李书宁 闫晓霞 魏炜 李布宾 刘孝刚 《中国动物检疫》 2025年第2期120-124,共5页
为确定云南省西双版纳地区茶花鸡盲肠分离到的吸虫种类及遗传进化关系,对高校实践课程中发现的茶花鸡盲肠吸虫进行形态学鉴定、PCR扩增测序、序列同源性分析及遗传进化分析。结果显示:吸虫虫体和虫卵形态结构均符合鸡后口吸虫特征;虫体I... 为确定云南省西双版纳地区茶花鸡盲肠分离到的吸虫种类及遗传进化关系,对高校实践课程中发现的茶花鸡盲肠吸虫进行形态学鉴定、PCR扩增测序、序列同源性分析及遗传进化分析。结果显示:吸虫虫体和虫卵形态结构均符合鸡后口吸虫特征;虫体ITS2序列与鸡后口吸虫(MH915391.1)相似性为99.26%,虫体COX1序列与鸡后口吸虫(NC_044643.1)相似性为98.99%;分离的吸虫与鸡后口吸虫聚于同一个分支。结果表明,西双版纳地区传入了鸡后口吸虫。提示未来应加强本地区禽群中的鸡后口吸虫监测和定期驱虫。 展开更多
关键词 西双版纳茶花鸡 鸡后口吸虫 分子鉴定 遗传进化分析
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新型鸭呼肠孤病毒σC蛋白遗传进化分析及多克隆抗体制备
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作者 钟日成 林寅盛 张济培 《广东畜牧兽医科技》 2025年第2期30-36,共7页
新型呼肠孤病毒(Novel duck reovirus,NDRV)是可引起番鸭、北京鸭和鹅等多种水禽,发生肝脏、脾脏不规则出血和坏死的传染性疾病,近年来广东地区水禽中该病的发病率呈上升趋势。为了解广东地区新型呼肠孤病毒遗传进化特征,该试验从广东... 新型呼肠孤病毒(Novel duck reovirus,NDRV)是可引起番鸭、北京鸭和鹅等多种水禽,发生肝脏、脾脏不规则出血和坏死的传染性疾病,近年来广东地区水禽中该病的发病率呈上升趋势。为了解广东地区新型呼肠孤病毒遗传进化特征,该试验从广东佛山某鸭场发病番鸭中分离得到一株试验毒株,通过对该毒株σC基因序列分析,结果表明该试验毒株与NDRV同处于一个分支,并且核苷酸相似性达95.1%-99.6%;而与典型MDRV和ARV遗传距离较远,且相似性均低于50%。与SH12和DH13毒株相比,该试验毒株出现了15个氨基酸残基的变异。为了解该试验毒株σC蛋白的抗原性,进一步构建了pET32a⁃σC质粒,并建立了重组σC蛋白在BL21(DE3)内稳定表达的方法,通过Western blot鉴定该蛋白能够与NDRV阳性血清和兔多克隆抗体发生特异性结合。为进一步了解NDRV在广东地区水禽中的遗传进化特征以及基因工程疫苗的研发提供参考。 展开更多
关键词 新型鸭呼肠孤病毒 σC蛋白 遗传进化分析 多克隆抗体制备
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马源马腺疫链球菌的分离鉴定与遗传进化分析
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作者 子尔德·乌什洪 葛常起 +3 位作者 江叶克·热提别克 范雨欣 李建娥 弓超 《新疆畜牧业》 2025年第2期24-28,共5页
为研究新疆塔城地区马腺疫链球菌的耐药性和系统发育特征,采集该地区某马场患病马匹颌下淋巴结化脓液,分离出马腺疫链球菌,并对分离菌进行革兰氏染色镜检观察、生化鉴定、药敏试验及16S rDNA基因的PCR扩增等鉴定。结果显示,从采集的样... 为研究新疆塔城地区马腺疫链球菌的耐药性和系统发育特征,采集该地区某马场患病马匹颌下淋巴结化脓液,分离出马腺疫链球菌,并对分离菌进行革兰氏染色镜检观察、生化鉴定、药敏试验及16S rDNA基因的PCR扩增等鉴定。结果显示,从采集的样品中分离得到1株马腺疫链球菌,试验表明,该菌株对氨苄西林、环丙沙星、链霉素等10种药物高度敏感,基于16S rDNA基因序列的分析显示,该菌株与日本(AB849351、AB849353、LC269354和LC269355)、中国(HQ452825)、美国(OR076380)、韩国(MN075421)等菌株亲缘最近。本研究为塔城地区马腺疫链球菌的防控以及临床用药的选择提供了一定的参考。 展开更多
关键词 马腺疫链球菌 分离鉴定 遗传进化分析
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河北省牛梨形虫流行病学调查及遗传进化分析 被引量:4
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作者 孙通宝 陈丽凤 +4 位作者 邹亚学 吴晨雨 果欣雨 张雪晴 王秋悦 《中国预防兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第5期529-534,共6页
为了解我国河北省牛梨形虫的种类、感染率、遗传进化及季节流行性情况,本研究共收集河北省7个地级市的牛血液样品564份,以提取的牛全血液基因组DNA为模板,采用套式PCR对牛梨形虫18S r RNA基因进行扩增检测,并鉴定虫种,选取10份不同地区... 为了解我国河北省牛梨形虫的种类、感染率、遗传进化及季节流行性情况,本研究共收集河北省7个地级市的牛血液样品564份,以提取的牛全血液基因组DNA为模板,采用套式PCR对牛梨形虫18S r RNA基因进行扩增检测,并鉴定虫种,选取10份不同地区牛犁形虫阳性样品测序,并构建其18S r RNA基因系统进化树分析其遗传进化特征。结果显示,我国河北省牛梨形虫总感染率为18.6%(105/564),其中张家口地区牛梨形虫感染率最高,为83.3%(20/24),极显著高于河北省其他地区(P<0.01),唐山、沧州、石家庄及承德的牛梨形虫感染率分别为27.4%(32/117)、22.1%(17/77)、25.0%(20/80)和19.0%(16/84),秦皇岛和衡水地区牛梨形虫感染率为0。感染梨形虫的虫种主要为双芽巴贝斯虫、牛巴贝斯虫和瑟氏泰勒虫,感染率最高的为双芽巴贝斯虫(12.2%,69/564)。18S r RNA基因的进化树分析结果显示,10份牛梨形虫18S r RNA基因均呈地区性聚集;统计学分析结果显示,8月份河北省牛梨形虫感染率最高(29.7%),显著高于其他月份(P<0.05),4月~8月间牛梨形虫感染率呈逐渐上升的趋势,8月份达到顶峰后感染率逐渐下降。本研究首次对河北省牛梨形虫进行了流行病学调查,并分析了其遗传进化特征,结果表明河北省存在牛梨形虫的感染,尤其是张家口地区,该地区应在夏季应加强对牛梨形虫的重点防控。本研究为河北省牛梨形虫的防制提供了科学依据。 展开更多
关键词 牛梨形虫 巴贝斯虫 泰勒虫 感染调查 遗传进化分析
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山东地区1株牛病毒性腹泻病毒的分离鉴定及遗传进化分析 被引量:1
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作者 毕峻铭 董雅琴 +7 位作者 崔进 沙洲 顾丛丛 郑辉 魏荣 孙福亮 张锋 张志宏 《中国畜牧兽医》 CAS CSCD 北大核心 2024年第10期4485-4499,共15页
【目的】了解并掌握山东地区牛病毒性腹泻病毒(Bovine viral diarrhea virus,BVDV)流行毒株的生物学特性和遗传变异情况,为BVDV防控提供理论依据和技术支持。【方法】采集养牛场疑似BVDV感染样品制备组织上清液,利用RT-PCR方法进行病原... 【目的】了解并掌握山东地区牛病毒性腹泻病毒(Bovine viral diarrhea virus,BVDV)流行毒株的生物学特性和遗传变异情况,为BVDV防控提供理论依据和技术支持。【方法】采集养牛场疑似BVDV感染样品制备组织上清液,利用RT-PCR方法进行病原鉴定,接种MDBK细胞进行病毒分离培养,采用间接免疫荧光试验(IFA)和电镜观察对分离毒株进行鉴定,对分离毒株全基因组进行分段扩增、克隆和测序,并采用Lasergene等软件分别对全基因组序列、N^(pro)和E2基因进行比对和遗传演化分析。【结果】病料样品BVDV特异性引物RT-PCR扩增得到大小约504 bp的目的条带,与预期大小一致。IFA结果显示特异性绿色荧光;电镜下可见直径约50 nm的病毒粒子,表明分离到1株非致细胞病变型BVDV毒株,命名为SDNF9株。分离株基因组全长为12232 nt,与BVDV参考毒株的全基因组核苷酸相似性为79.1%~93.8%,其中,与中国分离毒株22AH-1和澳大利亚毒株Bega-like的相似性最高,为93.8%;N^(pro)和E2蛋白氨基酸存在多个位点变异;SDNF9分离毒株与BVDV2型毒株和BVDV3型毒株处于遗传演化的不同分支,而与BVDV 1型毒株处于同一分支,属于BVDV 1c基因型。【结论】本研究成功分离到1株BVDV 1c流行毒株,并进行基因组和遗传演化分析,与中国分离毒株22AH-1亲缘关系最近,为山东地区牛病毒性腹泻的防控和疫苗研制提供数据和材料支持。 展开更多
关键词 牛病毒性腹泻病毒(BVDV) 分离 鉴定 序列分析 遗传进化分析
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犬源细小病毒兰州株的分离鉴定与VP2基因的遗传进化分析 被引量:1
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作者 孔繁丽 卢曾军 +3 位作者 陈慧丽 李坤 刘果 张小丽 《西北农业学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第11期2011-2019,共9页
为了解近年来甘肃省兰州市犬细小病毒(Canine parvovirus,CPV)的基因型分布情况及遗传进化方向,于兰州市宠物医院采集8份细小病毒阳性(试纸条检测)的犬粪便样品,使用F81细胞分离病毒;利用PCR、间接免疫荧光试验、血凝试验鉴定所分离的病... 为了解近年来甘肃省兰州市犬细小病毒(Canine parvovirus,CPV)的基因型分布情况及遗传进化方向,于兰州市宠物医院采集8份细小病毒阳性(试纸条检测)的犬粪便样品,使用F81细胞分离病毒;利用PCR、间接免疫荧光试验、血凝试验鉴定所分离的病毒;随后分析病毒基因型和VP2基因的遗传进化关系。结果显示,共分离得到7株细小病毒,1株为New CPV-2a型CPV,5株为CPV-2c型CPV,1株为猫细小病毒(Feline parvovirus,FPV)。VP2氨基酸序列同源性及进化分析结果显示,分离到的CPV-2c型毒株VP2同源性为100%,与北京、江苏等地分离株的亲缘关系较近;New CPV-2a型毒株与吉林、西安等地的分离株亲缘关系较近;犬源猫细小病毒(LZ05)与已报道的FPV毒株相比,存在91S→A、322V→T独特的突变,且与2020年北京一株犬源猫细小病毒分离株亲缘关系最近。 展开更多
关键词 犬细小病毒 分离鉴定 VP2 遗传进化分析
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