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自主研发奶牛13K和40K液相SNP芯片的性能验证及在基因组选择中的应用
1
作者
宋建
贺巾锋
+7 位作者
郑伟杰
刘林
麻柱
钱长嵩
周靖航
韩博
张琪
孙东晓
《畜牧兽医学报》
北大核心
2025年第11期5502-5511,共10页
旨在对自主研发奶牛13K和40K液相基因组SNP芯片的检出率、基因型检测一致性、填充准确性及基因组遗传评估准确性进行验证。本研究对203头验证群体进行13K、40K及已有商业化126K、150K芯片基因型检测并比较分析检出率与基因型一致性。基...
旨在对自主研发奶牛13K和40K液相基因组SNP芯片的检出率、基因型检测一致性、填充准确性及基因组遗传评估准确性进行验证。本研究对203头验证群体进行13K、40K及已有商业化126K、150K芯片基因型检测并比较分析检出率与基因型一致性。基于中国荷斯坦牛基因组选择参考群体,采用Beagle软件将4款芯片的基因型数据分别填充至50K密度水平并采用GBLUP方法对验证群体的9个性状进行基因组遗传评估,比较其填充准确性及9个性状的基因组遗传评估准确性。结果表明,验证群体的13K和40K芯片检出率分别为97.70%和97.20%,126K和150K芯片检出率分别为99.30%和98.27%,13K和40K芯片与126K和150K芯片的共有位点数分别为11 331、11 125与42 504、40 881,共有位点基因型一致性分别为96.23%、96.50%与97.18%、97.43%;13K芯片填充准确性(MAF>0.01)为95.90%,略低于高密度商业化芯片,但高于国际通用Illumina 7K低密度芯片(填充准确性为94.30%),40K芯片填充准确性(MAF>0.01)为99.07%,与126K(填充准确性为99.23%)和150K芯片(填充准确性为99.05%)基本一致;13K、40K、126K和150K芯片对验证群体产奶量、乳脂率、乳蛋白率、乳脂量、乳蛋白量、泌乳系统评分、体型总分、体细胞评分、肢蹄评分等9个性状基因组遗传评估准确性分别为0.619 0~0.735 2、0.642 0~0.758 7、0.620 8~0.742 8和0.633 4~0.751 4,无显著差异。研究结果表明,自主研发13K和40K液相芯片性能较好,可以用于荷斯坦奶牛早期遗传评估和优秀牛只选择。
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关键词
液相SNP芯片
奶牛
检出率
基因型填充
遗传评估准确性
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职称材料
题名
自主研发奶牛13K和40K液相SNP芯片的性能验证及在基因组选择中的应用
1
作者
宋建
贺巾锋
郑伟杰
刘林
麻柱
钱长嵩
周靖航
韩博
张琪
孙东晓
机构
中国农业大学动物科学技术学院
北京奶牛中心
石家庄博瑞迪生物技术有限公司
中国农业大学三亚研究院
出处
《畜牧兽医学报》
北大核心
2025年第11期5502-5511,共10页
基金
国家重点研发计划项目(2021YFF1000700)
教育部创新团队发展计划(IRT_15R62)。
文摘
旨在对自主研发奶牛13K和40K液相基因组SNP芯片的检出率、基因型检测一致性、填充准确性及基因组遗传评估准确性进行验证。本研究对203头验证群体进行13K、40K及已有商业化126K、150K芯片基因型检测并比较分析检出率与基因型一致性。基于中国荷斯坦牛基因组选择参考群体,采用Beagle软件将4款芯片的基因型数据分别填充至50K密度水平并采用GBLUP方法对验证群体的9个性状进行基因组遗传评估,比较其填充准确性及9个性状的基因组遗传评估准确性。结果表明,验证群体的13K和40K芯片检出率分别为97.70%和97.20%,126K和150K芯片检出率分别为99.30%和98.27%,13K和40K芯片与126K和150K芯片的共有位点数分别为11 331、11 125与42 504、40 881,共有位点基因型一致性分别为96.23%、96.50%与97.18%、97.43%;13K芯片填充准确性(MAF>0.01)为95.90%,略低于高密度商业化芯片,但高于国际通用Illumina 7K低密度芯片(填充准确性为94.30%),40K芯片填充准确性(MAF>0.01)为99.07%,与126K(填充准确性为99.23%)和150K芯片(填充准确性为99.05%)基本一致;13K、40K、126K和150K芯片对验证群体产奶量、乳脂率、乳蛋白率、乳脂量、乳蛋白量、泌乳系统评分、体型总分、体细胞评分、肢蹄评分等9个性状基因组遗传评估准确性分别为0.619 0~0.735 2、0.642 0~0.758 7、0.620 8~0.742 8和0.633 4~0.751 4,无显著差异。研究结果表明,自主研发13K和40K液相芯片性能较好,可以用于荷斯坦奶牛早期遗传评估和优秀牛只选择。
关键词
液相SNP芯片
奶牛
检出率
基因型填充
遗传评估准确性
Keywords
liquid-phase SNP chip
dairy cattle
call rate
genotype imputation
genomic prediction accuracy
分类号
S823.2 [农业科学—畜牧学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
自主研发奶牛13K和40K液相SNP芯片的性能验证及在基因组选择中的应用
宋建
贺巾锋
郑伟杰
刘林
麻柱
钱长嵩
周靖航
韩博
张琪
孙东晓
《畜牧兽医学报》
北大核心
2025
0
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