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秦岭蕙兰种群遗传结构与基因流研究
1
作者 王小国 张晶 +3 位作者 齐天锋 陈玮 梁红艳 孔玉华 《广西植物》 北大核心 2026年第1期65-74,共10页
蕙兰(Cymbidium faberi)属兰科兰属植物,野生蕙兰被列入联合国《濒危野生动植物种国际贸易公约》附录Ⅱ和中国珍稀濒危植物信息系统保护范围。秦岭是我国南北气候的地理分界线和重要的生态安全屏障。为了解秦岭野生蕙兰的遗传背景,该研... 蕙兰(Cymbidium faberi)属兰科兰属植物,野生蕙兰被列入联合国《濒危野生动植物种国际贸易公约》附录Ⅱ和中国珍稀濒危植物信息系统保护范围。秦岭是我国南北气候的地理分界线和重要的生态安全屏障。为了解秦岭野生蕙兰的遗传背景,该研究利用筛选出的2对叶绿体DNA引物psbA-trnH和rpl14-rpl36,对秦岭蕙兰15个种群271个个体进行序列扩增和测序,分析其遗传多样性,检测遗传结构并估算种群间基因流。结果表明:(1)秦岭蕙兰种群平均单倍型多样性为0.725,平均核苷酸多态性为3.1×10^(-3),具有较高遗传多样性水平。(2)分子方差分析(AMOVA)结果表明,秦岭蕙兰遗传变异主要发生在种群内(88.84%),种群间遗传变异仅占11.16%,种群间遗传分化水平较低(ΦST=0.112,P<0.01),没有形成明显谱系地理结构。(3)基因流估算结果显示,除3个种群存在不对称双向基因流(迁出的基因流较强,迁入的基因流较弱)以外,其余种群间基因流强度(Nm)均大于1,表明秦岭蕙兰种群间种子介导的基因交流频繁。综上认为,蕙兰种子长距离传播和扩散能力可能是该遗传结构形成的原因,建议就地保护时优先保护单倍型多样性较高的LSZ和NCZ种群。该研究可为该物种种质资源保护提供理论依据。 展开更多
关键词 蕙兰 遗传多样性 种群遗传结构 基因流 秦岭
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基于SSR标记的4种榧树属植物遗传多样性及遗传结构研究
2
作者 马长乐 张金丽 +3 位作者 杨建欣 李靖 岳亮亮 周炳江 《山东农业科学》 北大核心 2026年第1期36-46,共11页
为揭示榧树属植物的遗传多样性水平和遗传结构状况,为种质资源评价、保护和利用提供理论依据,本试验以4个榧树属物种累计295个样本为研究对象,用筛选出的15对引物对所有样本进行SSR-PCR扩增,并将扩增产物进行毛细管电泳检测,探究其遗传... 为揭示榧树属植物的遗传多样性水平和遗传结构状况,为种质资源评价、保护和利用提供理论依据,本试验以4个榧树属物种累计295个样本为研究对象,用筛选出的15对引物对所有样本进行SSR-PCR扩增,并将扩增产物进行毛细管电泳检测,探究其遗传多样性和遗传结构并进行聚类分析。结果表明:(1)以有效等位基因为标准,遗传多样性从高到低依次为巴山榧(多态位点百分率P=87.50%,期望杂合度H_(e)=0.396,Shannon’s信息指数I=0.740)、佛罗里达榧(P=86.67%,H_(e)=0.342,I=0.596)、四川榧(P=73.33%,H_(e)=0.285,I=0.480)、云南榧(P=57.57%,H_(e)=0.194,I=0.332)。(2)榧树属21个居群的居群内近交系数(F_(is))平均值为0.174,居群间遗传系数(F_(st))平均值为0.490,居群间基因流(Nm)为0.260,说明基因交流不频繁。榧树居群的居群总近交系数(F_(it))值均大于F_(is)值,说明居群间的杂合水平要大于居群内。(3)分子方差分析结果表明,榧属植物的遗传变异主要来源于居群间,变异系数为58%。21个居群间的Nei’s标准遗传距离在0.018~2.453之间,平均值为0.609。总体而言遗传距离与地理距离呈正相关关系(r=0.759,P<0.05),而云南榧和巴山榧的遗传距离与地理距离之间没有显著的相关性。(4)21个居群的遗传相似系数在0.403~0.983之间。当相似系数为0.12时,可将4种榧树属物种21个居群分为2个大类,佛罗里达榧的1个居群为一大类,其余3个物种的20个居群为另一大类;当相似系数为0.58时,可将其分为4个大类。 展开更多
关键词 榧树属 SSR标记 遗传多样性 遗传结构
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中国特有珍稀孑遗植物青檀种群遗传多样性和遗传结构分析
3
作者 乔谦 程甜甜 +5 位作者 燕语 孙忠奎 张林 鲁仪增 刘燕 高云 《生态学报》 北大核心 2026年第4期2047-2063,共17页
青檀(Pteroceltis tatarinowii)是我国特有的单属种珍稀孑遗植物,也是特有的纤维树种与钙质土壤植物群落中的先锋树种,具有重要的经济、文化与生态价值。目前,青檀正面临种群数量减少和种群衰退的问题,亟需开展保护性研究。以收集的12个... 青檀(Pteroceltis tatarinowii)是我国特有的单属种珍稀孑遗植物,也是特有的纤维树种与钙质土壤植物群落中的先锋树种,具有重要的经济、文化与生态价值。目前,青檀正面临种群数量减少和种群衰退的问题,亟需开展保护性研究。以收集的12个省(市)的21个野生青檀种群共计210份种质为材料,采用简化基因组测序技术对其种群遗传多样性与遗传结构进行了分析,为青檀的遗传资源保护提供理论依据与实践指导。研究结果表明,青檀的物种遗传多样性水平较低,且种群内部存在近交现象(Ho=0.1992、He=0.2084、Pi=0.2142、Fis=0.0385),遗传分化水平大多为中等(Fst=0.1201),种群间存在基因交流(Nm=1.9002),推测以种子流为主,表现为西南三个种群(GXGL、GXLZ、GZGY)和安徽淮北(AHHB)、陕西华阴(SHXHY)、江西湖口(JXHK)种群向其它种群进行基因迁移,整体具有由南到北的基因流动现象,以西南种群为原始种群具有两条可能的种群迁移路径,进而推测西南地区为青檀的冰期避难所。种群遗传结构分析将21个青檀种群分为4个亚群:(1)北部和中西部地区亚群(NW)、(2)东部暖温带地区亚群(ER)、(3)长江中下游地区亚群(SR)、(4)西南地区亚群(SW)。同时检测出安徽淮北(AHHB)、湖北麻城(HBMC)、江西湖口(JXHK)、山东曲阜(SDQF)、陕西华阴(SHXHY)5个种群包含较多的特有SNP和单一的遗传背景,需设立单独的保护单元。 展开更多
关键词 青檀 珍稀濒危植物 基因流 遗传多样性 遗传结构
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雅砻江中游干支流软刺裸裂尻鱼群体遗传结构分析
4
作者 王继安 曾如奎 +6 位作者 汪鄂洲 董微微 李娟 朱滨 阙延福 乔晔 邵科 《水生态学杂志》 北大核心 2026年第1期205-213,共9页
分析雅砻江中游软刺裸裂尻鱼(Schizopygopsis malacanthus)不同地理群体的遗传结构,为其野生资源保护提供理论依据,并为雅砻江中游过鱼设施和增殖放流效果评估提供本底数据。2023年在两河口坝上曲入河和坝下干支流共采集187尾5个软刺裸... 分析雅砻江中游软刺裸裂尻鱼(Schizopygopsis malacanthus)不同地理群体的遗传结构,为其野生资源保护提供理论依据,并为雅砻江中游过鱼设施和增殖放流效果评估提供本底数据。2023年在两河口坝上曲入河和坝下干支流共采集187尾5个软刺裸裂尻鱼野生群体遗传材料,并测定了其线粒体Cyt b序列,分析了其遗传多样性、遗传结构和种群历史动态。结果表明,187尾软刺裸裂尻鱼样本中共检测到多态位点103个,定义了30个单倍型。5个群体单倍型多样性范围(0.669±0.032)~(0.938±0.024),核苷酸多样性范围(0.022 69±0.004 65)~(0.004 37±0.000 34),表明雅砻江中游软刺裸裂尻鱼总体遗传多样性较高。群体间总的遗传分化指数Fst为0.764 20(P<0.01),除支流卧龙寺沟群体与城南大桥群体间存在频繁的基因交流外,其余群体间遗传分化显著。分子方差分析(AMOVA)显示,软刺裸裂尻鱼76.42%的分子遗传变异来源于群体间,23.58%的变异来源于群体内。分子系统进化关系分析表明,5个软刺裸裂尻鱼群体存在2个明显的单倍型谱系分支,其中霍曲河群体为单独一支,与其余4个群体亲缘关系较远。中性检验结果显示,软刺裸裂尻鱼在近期历史上群体大小保持稳定,未经历显著的种群扩张事件。 展开更多
关键词 软刺裸裂尻鱼 遗传多样性 遗传结构 细胞色素B 雅砻江中游
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凹脉金花茶的遗传多样性和群体遗传结构分析
5
作者 韦伶芝 蔡欣茹 +5 位作者 杨一山 江海都 彭丽辉 刘晟源 韦霄 柴胜丰 《广西植物》 北大核心 2026年第1期28-38,共11页
为进一步了解极小种群物种凹脉金花茶(Camellia impressinervis)的遗传多样性和群体遗传结构,该研究采用基因分型测序技术(GBS)对广西分布的4个居群56份凹脉金花茶样品进行简化基因组测序,并对其遗传多样性和群体遗传结构等进行分析。... 为进一步了解极小种群物种凹脉金花茶(Camellia impressinervis)的遗传多样性和群体遗传结构,该研究采用基因分型测序技术(GBS)对广西分布的4个居群56份凹脉金花茶样品进行简化基因组测序,并对其遗传多样性和群体遗传结构等进行分析。结果表明:(1)从56份凹脉金花茶样本中获得高质量单核苷酸多样性(SNP)位点4 014 956个,Q20和Q30的平均值分别为98.74%和95.35%,GC含量分布范围为41.70%~45.67%。(2)下雷陇恒居群(CI-LH)的期望杂合度(He=0.201 4)、核苷酸多样性(Pi=0.211 7)、近交系数(Fis=0.126 1)最高,弄岗卜那居群(CI-BN)的观测杂合度(Ho=0.171 6)、核苷酸多样性(Pi=0.180 3)、近交系数(Fis=-0.023 0)最低,群体间基因流强度(Nm)的范围为1.151 3~4.557 7,平均值为2.212 2。(3)聚类分析、主成分分析与居群遗传结构分析表明,56份凹脉金花茶可被分为4个类群。综上认为,凹脉金花茶具有中等程度的遗传多样性和遗传分化水平,建议加强对CI-BN居群的就地保护,在条件成熟的情况下实施回归引种,以实现其居群恢复和扩大。此外,加强栖息地保护以及禁止人工挖掘对于保持其遗传多样性至关重要。该研究结果为凹脉金花茶的遗传保育和有效保护提供科学依据。 展开更多
关键词 凹脉金花茶 基因分型测序技术 极小种群物种 遗传多样性 群体遗传结构
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接种旧金山卤虫对渤海湾塘沽和埕口盐场卤虫种群形态和遗传结构的影响
6
作者 董考帅 韩学凯 +3 位作者 张睿 刘雪 张波 隋丽英 《水生生物学报》 北大核心 2026年第1期141-151,共11页
为探究卤虫Artemia franciscana在人工接种渤海湾盐场并与本地孤雌生殖卤虫种群共存的30余年间,其混合种群遗传多样性、遗传结构及形态学特征是否发生变化,本研究选取1990—2021年收集的美国旧金山(San Francisco Bay,SFB)A.franciscan... 为探究卤虫Artemia franciscana在人工接种渤海湾盐场并与本地孤雌生殖卤虫种群共存的30余年间,其混合种群遗传多样性、遗传结构及形态学特征是否发生变化,本研究选取1990—2021年收集的美国旧金山(San Francisco Bay,SFB)A.franciscana、越南永州人工养殖的A.franciscana、中国渤海湾(Bohai Bay,BHB)的土著孤雌生殖卤虫种群(Parthenogenetic Artemia population)及SFB A.franciscana接种后的渤海湾盐场混合种群的卤虫卵进行孵化和培养,待其生长至成体时进行形态学测量和比较。利用COI基因序列分析不同群体接种前后的遗传多样性变化,并探讨不同群体间的遗传结构及其在新栖息地的适应性变化。结果表明,旧金山卤虫接种并定植于中国渤海湾盐田后,导致该地区卤虫种群的遗传多样性升高,A.franciscana已经取代当地孤雌卤虫群体成为渤海湾盐田的优势种,而渤海湾本地孤雌种群正面临着灭绝的风险。旧金山原始种群与接种后的渤海湾埕口种群和塘沽种群无显著遗传分化,表明这两个种群均从旧金山种群直接接种引入。形态学测量分析发现,旧金山卤虫的引入造成渤海湾卤虫混合群体卵径不断下降,雄虫体长显著增加;同样旧金山卤虫引入越南后也出现卵径下降的现象。这表明旧金山卤虫具有较强的环境适应性和形态可塑性,以满足其定殖及在共存竞争中获取更宽的生态幅。研究结果为科学认识和合理保护渤海湾盐田生态系统生物多样性、制定生态环境保护策略提供科学依据。 展开更多
关键词 COI基因 遗传多样性 群体遗传结构 形态学测量值 卤虫
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文冠果全基因组SNP鉴定及遗传结构分析
7
作者 程志鹏 李守科 +3 位作者 李超 刘京 朱凯丽 刘金凤 《果树资源学报》 2026年第1期50-58,共9页
【目的】为了解山东地区主要种植的文冠果品种(系)的遗传多样性,明确亲缘关系,开发SNP标记为文冠果的种质资源鉴定与评价奠定基础。【方法】基于第3代全基因组重测序技术进行文冠果SNP标记开发,同时利用遗传相似性、系统发育、群体聚类... 【目的】为了解山东地区主要种植的文冠果品种(系)的遗传多样性,明确亲缘关系,开发SNP标记为文冠果的种质资源鉴定与评价奠定基础。【方法】基于第3代全基因组重测序技术进行文冠果SNP标记开发,同时利用遗传相似性、系统发育、群体聚类分析和主成分分析等研究了文冠果种质资源遗传结构和遗传多样性。【结果】从15份文冠果种质资源中筛选得到137029个高质量SNP标记位点,基于SNP标记,其两两样品种间遗传相似系数变化范围介于0.3241~0.4538,平均为0.38;利用系统进化树和群体聚类分析都将15份文冠果种质资源分为2个类群,而利用群体主成分分析则聚为一个类群,遗传结构分析共同表明我国不同地区之间的文冠果种质资源并未严格按照地域分布归类。【结论】文冠果种质资源遗传多样性相对丰富,且不同地域间存在种质资源交流,而采用SNP标记可有效鉴定文冠果种质资源。 展开更多
关键词 文冠果 种质资源 SNP标记 遗传结构 遗传多样性
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利用全基因组重测序分析雅安奶山羊遗传多样性和遗传结构 被引量：1
8
作者 郭家中 张一菲 +3 位作者 武国 孙学良 杨舒慧 张红平 《四川农业大学学报》 北大核心 2025年第2期444-451,共8页
【目的】旨在利用全基因组测序技术探究雅安奶山羊群体遗传多样性和遗传结构,为该品种的保护与利用提供参考。【方法】对20只雅安奶山羊开展全基因组测序,并使用关中奶山羊、萨能奶山羊、川中黑山羊和成都麻羊的测序数据,在全基因组内检... 【目的】旨在利用全基因组测序技术探究雅安奶山羊群体遗传多样性和遗传结构,为该品种的保护与利用提供参考。【方法】对20只雅安奶山羊开展全基因组测序,并使用关中奶山羊、萨能奶山羊、川中黑山羊和成都麻羊的测序数据,在全基因组内检测SNPs,开展遗传多样性、基因组近交系数、主成分分析(PCA)、遗传结构和群体分化指数(FST)等分析。【结果】结果显示,在雅安奶山羊常染色体基因组中共检测到14875627个双等位基因SNPs,位于基因间区和内含子区的SNPs占比为89.67%。全基因组单位点的观测杂合度、期望杂合度和核酸多样性的平均值分别为0.265、0.300和0.308。每只雅安奶山羊基因组中平均含有1235个ROH,个体ROH总长度平均值为327.04 Mb。基于F_(ROH)、F_(IS)、F_(VR1)、F_(VR2)和F_(UNI),雅安奶山羊基因组近交系数中位数分别为0.120、0.106、0.125、0.112和0.103。PCA结果表明,在PC1上奶山羊与非奶山羊群体可清晰地分成两大类群;群体结构分析(K=4)和系统发育树进一步显示雅安奶山羊与关中奶山羊遗传关系更近。雅安奶山羊与关中奶山羊、萨能奶山羊、川中黑山羊和成都麻羊的全基因组25-kb滑窗FST平均值分别为0.054、0.062、0.189和0.240。【结论】雅安奶山羊遗传多样性较高,但部分个体近交严重且与关中奶山羊、萨能奶山羊无实质遗传分化,引种改良不会显著改变其种质特性。 展开更多
关键词 奶山羊 全基因组测序 遗传多样性 基因组近交系数 遗传结构
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杉木群体遗传结构的均一性显示:2000年的栽培导致中国杉木已完全转化为人工林
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作者 张建国 李云晓 +4 位作者 段爱国 王兆山 张雄清 刘娟娟 何彩云 《林业科学》 北大核心 2025年第12期1-23,共23页
【目的】理清杉木属植物的起源、演替和散布过程,解析现代杉木遗传多样性和遗传结构特征,揭示现代杉木分布格局形成的可能机制。【方法】通过梳理杉木大化石、孢粉化石和阴沉木相关文献资料,理清历史时期杉木属植物的起源、演替、散布... 【目的】理清杉木属植物的起源、演替和散布过程,解析现代杉木遗传多样性和遗传结构特征,揭示现代杉木分布格局形成的可能机制。【方法】通过梳理杉木大化石、孢粉化石和阴沉木相关文献资料,理清历史时期杉木属植物的起源、演替、散布及其与现代杉木分布的关系。以江西省大岗山1981年建立的全国杉木种源试验林183个种源1440个单株、福建邵武种源试验林台湾杉木种源14个单株和四川德昌杉木种源20个单株为研究材料,将种源分别按10个种源区群体、14个省区种源群体和23个地理种源群体进行遗传多样性和遗传结构特征分析。对174个种源的1352个单株进行SSR测序,对177个种源的531个单株、4株台湾杉木和6株德昌杉木进行叶绿体cpDNA测序。【结果】杉木不同地理种源群体内遗传变异占总变异的98.20%~99.16%,仅有0.84%~1.80%的变异来自于不同地理种源群体间,表明杉木不同地理种源群体间的遗传组成及其结构已趋于一致,不同地理种源群体的遗传结构没有显著差异。杉木为一属一种,台湾杉木可能从浙江或福建引入。德昌杉木因长期适应当地环境,形成了遗传结构相对独立的种源,该种源未受外来基因流影响,且已在区域内实现人工栽培。不同地理种源群体间遗传分化低,其原因主要是不同地理种源群体间存在较高的基因流水平(N_(m):2.689~6.328),驱动这种高水平基因流的实现并非不同地理种源群体间自然产生的基因流,而是2000年来大规模长距离引种栽培形成的结果。公元1000-1600年,我国南方地区通过种植杉木实现重新造林,称之中国南方大造林,为我国历史上“第一次森林革命”。杉木人工林的迅速发展是应对“宋代木材危机”进行税收改革的成果,成功地满足了宋、元、明、清时期大量的木材需求,影响至今。杉木至今仍是我国造林面积和蓄积量第一的主要造林树种,其栽培面积在1999-2003年间达到1380万hm2峰值。【结论】第四纪末次冰盛期,杉木分布退缩至我国南部边缘地带,濒临灭绝。现代杉木可能起源于一个由叶绿体单倍型Hap14构成的极小孑遗种群或单株。不同地理种源群体遗传结构无显著差异,表明所研究的1955年之前起源的177个地理种源均为人工林,推测明清时杉木可能已完全转化为人工林。长达2000年的栽培,特别是宋代以来我国南方大规模杉木造林开创了我国历史上“第一次森林革命”,长距离引种、栽培以及发达的木材贸易,导致杉木天然林消失殆尽,全部转化为人工林,成为世界林业史上的奇迹。杉木作为森林革命的标志性树种,暗示林业制度的建立以及造林学理论与技术的萌芽最早可追溯至我国宋代以前。 展开更多
关键词 杉木 起源 种源 遗传多样性 遗传结构 第一次森林革命
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基于线粒体COI基因的江西省柑橘木虱种群遗传结构分析
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作者 黄爱军 马家钰 +1 位作者 周俊 易龙 《环境昆虫学报》 北大核心 2025年第5期1605-1612,共8页
柑橘木虱Diaphorina citri Kuwayama是柑橘新梢期的重要害虫,也是柑橘黄龙病田间传播的最主要媒介昆虫,严重威胁着柑橘产业的健康发展。掌握害虫的种群遗传结构,对于制定有效的防控策略具有重要的参考价值。本研究以柑橘木虱的线粒体CO... 柑橘木虱Diaphorina citri Kuwayama是柑橘新梢期的重要害虫,也是柑橘黄龙病田间传播的最主要媒介昆虫,严重威胁着柑橘产业的健康发展。掌握害虫的种群遗传结构,对于制定有效的防控策略具有重要的参考价值。本研究以柑橘木虱的线粒体COI基因为分子标记,开展江西省柑橘木虱的种群遗传结构和多样性研究。在16个种群316头柑橘木虱供试样本COI基因序列中,共检测到8种单倍型(Hap_1~Hap_8),其中Hap_1占总群体的92.7%,是所有种群中的优势单倍型,单倍型网络图呈现典型的星型结构,且Hap_1处于中心位置,推测Hap_1为所有供试群体的祖先单倍型。总群体单倍型多样性指数(Hd)为0.139,核苷酸多样性指数(Pi)为0.00022,表现出较低的遗传多样性。XYYS种群与多数种群间分化指数(Fst)大于0.15,呈现出相对较高的分化程度,而其他种群间分化程度低。中性检验及碱基错配分布分析结果表明,江西省柑橘木虱种群经历过快速的种群扩张。本研究结果为系统了解江西省柑橘木虱种群遗传结构提供了基础数据。 展开更多
关键词 柑橘木虱 柑橘黄龙病 COI基因 种群遗传结构
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长江刀鲚体内派氏异尖线虫感染特征及遗传结构
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作者 杨彦平 程鑫 +3 位作者 华忠 应聪萍 马凤娇 刘凯 《水生生物学报》 北大核心 2025年第9期39-47,共9页
为掌握长江刀鲚(Coilia nasus)感染派氏异尖线虫(Anisakis pegreffii)状况及派氏异尖线虫群体遗传特征以探究长江刀鲚海水生活史背景,于2021年4—7月长江刀鲚生殖洄游汛期内,在长江下游设置崇明、泰州和安庆3个样区,采集长江刀鲚样本,以... 为掌握长江刀鲚(Coilia nasus)感染派氏异尖线虫(Anisakis pegreffii)状况及派氏异尖线虫群体遗传特征以探究长江刀鲚海水生活史背景,于2021年4—7月长江刀鲚生殖洄游汛期内,在长江下游设置崇明、泰州和安庆3个样区,采集长江刀鲚样本,以ITS区作为分子标记对长江刀鲚感染线虫进行物种鉴定,并进一步分析派氏异尖线虫群体遗传结构。结果显示,在135尾长江刀鲚样本中共鉴定出派氏异尖线虫354条,感染率为77.78%,平均感染强度为(3.37±2.97)条/尾,平均感染丰度为(2.62±2.97)条/尾。时间特征分析显示,调查早期派氏异尖线虫感染率最大为86.67%,明显高于中晚期的75.56%和71.11%,调查末期平均感染强度最大,为(5.27±3.96)条/尾,显著高于早中期的(3.07±3.13)和(3.01±2.21)条/尾(P<0.05),平均感染丰度随时间变化差异不显著;空间特征分析显示:安庆样区派氏异尖线虫感染率和平均感染强度、感染丰度均最大,分别为88.89%、(4.83±3.63)和(4.29±3.75)条/尾,平均感染强度、感染丰度均极显著高于崇明和泰州样区(P<0.01),泰州样区各项指标均最小,其中感染强度和感染丰度与崇明样区差异不显著。遗传结构分析共筛选多态性位点369个,包含6个单一信息位点,363个简约信息位点;定义了23个单倍型,其中Hap_1与Hap_2为主要单倍型;单倍型多样性指数(H_(d))为0.523,核苷酸多样性指数(π)为0.23633,平均核苷酸差异数(K)为162.123。基于ML法和NJ法构建的单倍型系统发育树显示长江刀鲚感染派氏异尖线虫群体来源于2个谱系;AMOVA分析显示,2个谱系群体之间产生了极显著的遗传分化(F_(st)=0.98946,P<0.01),错配分析及中性检验进一步表明派氏异尖线虫两个谱系群体在近期发生过明显的种群扩张。 展开更多
关键词 感染特征 遗传结构 长江刀鲚 派氏异尖线虫
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桂牧一号杂交象草中烟草花叶病毒的鉴定及其密码子偏好性和遗传结构分析
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作者 洪森荣 章雪丽 +1 位作者 林子贻 林道兴 《西南农业学报》 北大核心 2025年第6期1150-1161,共12页
【目的】明确桂牧一号杂交象草中的主要危害病毒种类及其病毒的发生和群体遗传结构,了解桂牧一号杂交象草该病毒的遗传变异机制。【方法】首先利用Illumina Hiseq 2500平台对桂牧一号杂交象草进行小RNA深度测序,然后利用大肠杆菌重组蛋... 【目的】明确桂牧一号杂交象草中的主要危害病毒种类及其病毒的发生和群体遗传结构,了解桂牧一号杂交象草该病毒的遗传变异机制。【方法】首先利用Illumina Hiseq 2500平台对桂牧一号杂交象草进行小RNA深度测序,然后利用大肠杆菌重组蛋白表达和RT-PCR技术对其病毒进行检测和鉴定,最后利用生物信息学软件对其病毒进行密码子偏好性的分析和群体遗传结构分析。【结果】桂牧一号杂交象草经小RNA测序检测出烟草花叶病毒;病毒蛋白的大肠杆菌重组表达和病毒基因的RT-PCR结果验证小RNA测序结果的可靠性;桂牧一号杂交象草烟草花叶病毒具有外壳蛋白、运动蛋白、带电蛋白等6个基因,基因总长度为11037 bp,基因平均长度为1839.5 bp,基因间区GC含量为43.35%;桂牧一号杂交象草烟草花叶病毒CP基因的密码子偏好性均较弱,偏好使用以A/T结尾;桂牧一号杂交象草烟草花叶病毒CP基因密码子偏好性的主要影响因素为自然选择,次要影响因素为内部压力;桂牧一号杂交象草烟草花叶病毒CP基因的最优密码子为6个(GAA、GCA、GCC、ACU、UUA和AGA),多以A、U结尾;桂牧一号杂交象草烟草花叶病毒CP基因与重庆烟草分离物Fengjie-1(HE818423.1和HE818424.1)CP基因的核苷酸和氨基酸序列一致性较高。重庆、广西、贵州、湖北、辽宁、四川、云南、韩国、德国、美国10个烟草花叶病毒群体分离物CP基因具有较高的遗传多样性水平,其中美国、韩国和湖北烟草花叶病毒的遗传多样性最高;10个烟草花叶病毒群体分离物CP基因错配曲线图的实际观测值均背离期望值,均出现锯齿状的峰形分布,均处于动态平衡状态,近期均无群体扩张事件;10个烟草花叶病毒群体分离物CP基因的遗传分化明显(F_(ST)>0.25),基因交流频繁(Nm>1);10个烟草花叶病毒群体分离物CP基因的dN/dS均远小于1。【结论】桂牧一号杂交象草烟草花叶病毒与重庆烟草分离物Fengjie-1(HE818423.1和HE818424.1)的亲缘关系较近,遗传漂变是引起烟草花叶病毒不同群体分离物CP基因遗传分化的主要原因。烟草花叶病毒群体分离物CP基因处于负向选择的压力之下,保守性较高,序列的遗传结构较为稳定。研究结果为桂牧一号杂交象草中烟草花叶病毒病的防控及其抗病育种提供一定的理论支持。 展开更多
关键词 桂牧一号杂交象草 烟草花叶病毒 小RNA深度测序 密码子偏好性 最优密码子 遗传结构分析
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基于50K液相芯片的中国绵羊群体遗传结构与羊毛性状选择信号分析 被引量：4
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作者 张嘉良 黄畅 +4 位作者 杨永林 杨华 白文林 马月辉 赵倩君 《畜牧兽医学报》 北大核心 2025年第7期3164-3176,共13页
旨在揭示不同被毛类型绵羊群体的遗传结构特征,通过选择信号分析筛选与羊毛性状相关的候选基因。本研究选择8个绵羊群体(包括15只欧拉羊、13只塔什库尔干羊、15只阿勒泰羊、16只藏绵羊、12只青海毛肉兼用细毛羊、10只甘肃高山细毛羊、1... 旨在揭示不同被毛类型绵羊群体的遗传结构特征,通过选择信号分析筛选与羊毛性状相关的候选基因。本研究选择8个绵羊群体(包括15只欧拉羊、13只塔什库尔干羊、15只阿勒泰羊、16只藏绵羊、12只青海毛肉兼用细毛羊、10只甘肃高山细毛羊、15只中国美利奴羊和11只敖汉细毛羊)共计107只个体作为研究对象。将绵羊群体按照不同羊毛类型分为两组,包括59只细毛型绵羊和48只粗毛型绵羊。使用自主研发的绵羊SNP 50K液相芯片对所选绵羊群体进行基因分型,经质控后进行主成分分析、邻接连接树和群体遗传结构分析。基于群体遗传分化指数(FST)和核苷酸多样性比值(θπratio)两种选择信号方法筛选与羊毛性状相关的候选基因,通过KEGG通路分析确定候选基因的功能。主成分分析、邻接连接树和群体遗传结构分析的结果表明,两组绵羊群体之间存在遗传分化。基于FST和θπRatio的结合分析,前1%区域作为受选择区域,检测到165个受选择区域,包含456个受选择基因。基因注释发现,受选择基因与毛囊及毛发发育(JAK2、SELENBP1)、黑色素合成(IRF4)、真皮乳头细胞的间接调控(RAC2)以及皮肤分子生物学中关键管家基因(SDHA)密切相关。本研究探究了8个我国绵羊群体的遗传结构,细毛型和粗毛型绵羊群体间有明显的群体分化。基于两种选择信号检测方法筛选到与羊毛性状相关的候选基因(JAK2、IRF4、RAC2、IDUA、SDHA和SELENBP1)等。研究结果可为绵羊羊毛性状的分子遗传标记挖掘提供参考。 展开更多
关键词 绵羊 SNP芯片 群体遗传结构 选择信号
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基于填充测序数据的荣昌猪群体遗传结构和选择信号分析 被引量：4
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作者 吴平先 王俊戈 +5 位作者 刁淑琪 柴捷 查琳 郭宗义 陈红跃 龙熙 《畜牧兽医学报》 北大核心 2025年第1期147-158,共12页
旨在基于填充序列数据,通过选择信号分析挖掘荣昌猪重要经济性状相关的候选基因,探究其在人工和自然选择过程中的受选择情况。本研究选取591头荣昌猪进行猪50K基因分型,随机选取其中120头进行全基因组测序,以全基因组重测序数据为填充... 旨在基于填充序列数据,通过选择信号分析挖掘荣昌猪重要经济性状相关的候选基因,探究其在人工和自然选择过程中的受选择情况。本研究选取591头荣昌猪进行猪50K基因分型,随机选取其中120头进行全基因组测序,以全基因组重测序数据为填充参考模板对50K基因数据进行填充,基于填充序列数据开展遗传结构、Tajima’D和CLR分析。基因型填充后,基因型填充正确率为0.942,质控后保留了8 823 367个高质量SNPs(填充正确率为1.00)。遗传结构分析显示,荣昌猪群体不存在明显的群体分层,且绝大部分个体间遗传距离>0.1,分子亲缘系数<0.1。CLR检验筛选到226个潜在受选择区域,基因注释发现与繁殖、生长、胴体等性状相关的候选基因(CDK9、SLC2A8、IGF1R、GSK3B等基因)。利用Tajima’D检验检测到225个潜在受选择区域,基因注释发现与毛长度(CFAP299)、毛色或耳聋(MITF、ZNF532)、脂肪沉积(GSK3B)、繁殖(FOXP1)等性状相关的基因。进一步整合不同方法分析结果,发现11个相同的潜在受选择区域和123个候选基因,包括MITF、ZNF532、GSK3B等与耳聋和白化病、繁殖等经济性状相关的基因,并且发现1条显著的GO条目和KEGG通路(P<0.05)与黑色素生成、视觉发育等通路相关。本研究根据富集分析结果和基因分子生物学功能,筛选出MITF、ZNF532、GSK3B、FOXP1、SLC2A8、CDK9、IGF1R、TBC1D4等8个重要候选基因可能参与调控荣昌猪毛色、耳聋、脂肪沉积、繁殖性能、生长性能等经济性状相关。该结果从全基因组水平探究了荣昌猪的遗传结构和选择信号特征,筛选出的重要候选基因为后续荣昌猪保种育种和特色性状的遗传机制解析提供了重要的理论参考。 展开更多
关键词 荣昌猪 全基因组测序 基因型填充 遗传结构 选择信号
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基于SSR分子标记的油棕遗传多样性及群体遗传结构分析 被引量：2
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作者 刘加能 程秋如 +6 位作者 潘登浪 李炜芳 彭小芸 周若茹 周丽霞 曾宪海 刘子凡 《中国油脂》 北大核心 2025年第4期111-118,共8页
旨在为挖掘油棕优异种质提供参考,筛选30对SSR引物对605份油棕种质资源的遗传多样性和群体遗传结构进行分析。结果显示:30对SSR引物在所有资源中观察等位基因数(N_(a))平均值为11.933,有效等位基因数(N_(e))平均值为4.116,多态性信息含... 旨在为挖掘油棕优异种质提供参考,筛选30对SSR引物对605份油棕种质资源的遗传多样性和群体遗传结构进行分析。结果显示:30对SSR引物在所有资源中观察等位基因数(N_(a))平均值为11.933,有效等位基因数(N_(e))平均值为4.116,多态性信息含量(PIC)平均值为0.711,表明SSR引物多态性较高,且种质间遗传多样性丰富;Structure分析将605份油棕种质分为2个组群,与主坐标分析结果一致,其中组群1的遗传多样性较组群2高,组群2的自交程度较组群1明显;个体非加权配对法聚类分析将605份油棕种质划分为3个组群,两两种质间遗传距离介于0.4~0.8的占94%,说明该群体的遗传组成简单;分子方差分析表明个体内变异(85%)高于个体间变异(10%)和群体间变异(5%),与两组群间遗传分化系数(0.025)低和基因流(9.613)高的结果相一致。综上,参试油棕种质群体遗传结构简单,群体水平上遗传分化程度较低,个体水平上遗传变异丰富,亟需重视对变异优株选择创制。 展开更多
关键词 油棕 遗传多样性 SSR 群体遗传结构
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巨须裂腹鱼在藏木鱼道和加查鱼道基于基因交流的过坝需求及遗传结构特征 被引量：1
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作者 董微微 乔晔 +8 位作者 谢意军 徐珊霞 刘卫 陈小娟 汪鄂洲 邵科 熊标 李娟 朱滨 《水生态学杂志》 北大核心 2025年第6期222-230,共9页
了解巨须裂腹鱼(Schizothorax macropogon)在藏木鱼道和加查鱼道过坝的基因交流需求及其受到的过滤作用,为鱼道精细化运行管理提供数据支撑和参考依据。2020—2021年通过分析采自藏木水电站上游、藏木鱼道、藏木水电站下游、加查鱼道和... 了解巨须裂腹鱼(Schizothorax macropogon)在藏木鱼道和加查鱼道过坝的基因交流需求及其受到的过滤作用,为鱼道精细化运行管理提供数据支撑和参考依据。2020—2021年通过分析采自藏木水电站上游、藏木鱼道、藏木水电站下游、加查鱼道和加查水电站下游等5个群体共217尾巨须裂腹鱼的线粒体Cyt b基因序列,计算遗传多样性,获得其遗传结构特征。结果表明:(1)藏木水电站和加查水电站上游与下游巨须裂腹鱼群体遗传多样性水平相近,单倍型多样性范围为0.821~0.879,核苷酸多样性范围为0.00226~0.00244,两两群体间基因交流频繁(45.41<|Nm|<2083.83),未发生遗传分化(-0.0110<FST<0.0109;P>0.05),应作为同一个管理单元进行保护;巨须裂腹鱼在藏木水电站和加查水电站具有过坝进行基因交流的需求,从遗传多样性保护的角度,被列为过鱼对象是合理的。(2)遗传多样性分析结果显示,藏木鱼道和加查鱼道对巨须裂腹鱼没有明显过滤作用。 展开更多
关键词 巨须裂腹鱼 鱼道 基因流 遗传结构
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基于SSR标记淡黄金花茶的遗传多样性和遗传结构研究 被引量：3
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作者 向盈盈 唐绍清 卢永彬 《广西植物》 北大核心 2025年第4期654-666,共13页
淡黄金花茶(Camellia flavida)是分布于广西西南部的国家二级保护植物,具有重要的观赏价值。了解珍稀濒危物种的遗传多样性和遗传结构,可为其种质资源的保护和管理提供理论依据。该研究基于14对微卫星(SSR)引物对已知分布区内的12个淡... 淡黄金花茶(Camellia flavida)是分布于广西西南部的国家二级保护植物,具有重要的观赏价值。了解珍稀濒危物种的遗传多样性和遗传结构,可为其种质资源的保护和管理提供理论依据。该研究基于14对微卫星(SSR)引物对已知分布区内的12个淡黄金花茶自然种群进行了遗传多样性和遗传结构分析。结果表明:(1)14对引物共检测到63个等位基因;SSR位点的平均多态性信息含量(PIC)为0.691,显示出高度遗传多态性。(2)12个种群的平均等位基因数(N_(a))为4.476,平均有效等位基因数(N e)为2.720,平均观测杂合度(H_(o))为0.590,平均期望杂合度(H_(e))为0.575,而种群间遗传分化系数(F_(ST))为0.212。(3)AMOVA分析结果显示,种群间的分子变异为21.19%(P<0.05),种群间存在高水平的遗传分化,该结果得到了STRUCTURE分析和UPGMA分析的支持。(4)Mantel检验结果表明种群间的遗传距离与地理距离存在显著正相关(R 2=0.177,P<0.05)。该研究认为淡黄金花茶群体维持着一定水平的遗传多样性,而且种群间存在高水平的遗传分化,建议加强对淡黄金花茶自然种群的保护,以及夏石种群的保护。 展开更多
关键词 淡黄金花茶 遗传多样性 遗传分化 遗传结构 SSR标记
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黑沙蒿的遗传结构与谱系地理学研究 被引量：1
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作者 秀芳 王铁娟 +1 位作者 唐思如 刘梦瑶 《中国草地学报》 北大核心 2025年第1期96-104,共9页
黑沙蒿为我国北方地区分布的重要固沙植物,对区域生态环境保护具有重要作用。本研究基于2个直系同源单拷贝核基因分别对黑沙蒿10个自然种群的198个和180个个体进行测序,探讨其遗传结构和种群历史动态,为进一步揭示气候振荡下蒿属沙生植... 黑沙蒿为我国北方地区分布的重要固沙植物,对区域生态环境保护具有重要作用。本研究基于2个直系同源单拷贝核基因分别对黑沙蒿10个自然种群的198个和180个个体进行测序,探讨其遗传结构和种群历史动态,为进一步揭示气候振荡下蒿属沙生植物的迁移、演化提供参考。结果表明,两个核基因c7847和c9065分别检测到46个和42个单倍型,总的单倍型多样性分别为0.9440和0.8984,各种群单倍型多样性则分别在0.9192~0.9705和0.8578~0.9385,显示出较高的遗传多样性。AMOVA分析表明,黑沙蒿99%以上的遗传变异存在于种群内,种群间分化很小。单倍型分布未表现出明显的系统地理结构(N_(st)>G_(st),P>0.05)。中性检验和歧点分布分析结果显示,黑沙蒿经历过种群扩张,其中分布区东部、南部、西部的种群扩张更为明显。 展开更多
关键词 黑沙蒿 单拷贝核基因 遗传结构 谱系地理
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基于SLAF-seq技术的湿加松遗传多样性和遗传结构分析 被引量：1
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作者 王哲 邓乐平 +5 位作者 龙永彬 谢威 曾明 欧阳曦 郭文冰 李义良 《林业与环境科学》 2025年第1期1-8,共8页
为了分析湿加松Pinus elliottii×P.caribaea育种群体的遗传多样性和遗传结构,并构建核心种质,辅助湿加松高世代育种,研究以台山市红岭种子园内湿加松初级种子园的50个无性系和湿加松育种园的66个优良个体为材料,通过SLAF-seq技术开... 为了分析湿加松Pinus elliottii×P.caribaea育种群体的遗传多样性和遗传结构,并构建核心种质,辅助湿加松高世代育种,研究以台山市红岭种子园内湿加松初级种子园的50个无性系和湿加松育种园的66个优良个体为材料,通过SLAF-seq技术开发126365个高质量SNP标记。遗传多样性分析结果显示,湿加松育种群体期望杂合度(He)、观测杂合度(Ho)分别为0.2806、0.2103,Nei多样性指数(H)、多态性信息含量(PIC)和香浓-维纳指数(I)分别为0.2819、0.2323和0.4419。系统发育树将所有样本分为3个大分支,群体结构最佳类群数量K=6,其中类群Q4包含的种子园样本最少。评选出了23份材料构建核心种质,遗传多样性覆盖度超过99%,分别来自6个类群,其中只有7个来自初级种子园。该研究表明湿加松育种群体具有中等的遗传多样性和多源的遗传结构,揭示了湿加松初级种子园相较于整个育种群体在遗传结构方面存在一定的缺陷。 展开更多
关键词 湿加松 SLAF-seq 遗传多样性 遗传结构
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基于全基因组重测序分析攸县麻鸭群体遗传结构和遗传多样性
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作者 何旭 万伟粲 +8 位作者 刘洋 黄璇 张旭 邓萍 胡艳 燕海峰 戴求仲 蒋桂韬 李闯 《中国畜牧兽医》 北大核心 2025年第9期4195-4204,共10页
【目的】分析攸县麻鸭保种群的群体遗传结构和遗传多样性,以更好地保护和利用攸县麻鸭这一遗传资源。【方法】本研究从攸县麻鸭保种场的30个家系中各选取1只公鸭进行翅静脉采血并提取DNA,通过全基因组重测序(WGS)获取遗传信息。基于30... 【目的】分析攸县麻鸭保种群的群体遗传结构和遗传多样性,以更好地保护和利用攸县麻鸭这一遗传资源。【方法】本研究从攸县麻鸭保种场的30个家系中各选取1只公鸭进行翅静脉采血并提取DNA,通过全基因组重测序(WGS)获取遗传信息。基于30只公鸭的重测序数据,采用观测杂合度(Ho)、期望杂合度(He)、群体近交系数(Fis)、多态信息含量(PIC)、基因多样性指数(Nei)、有效等位基因数(Ne)和香农指数(SHI)等指标评估群体遗传多样性;同时通过G矩阵、主成分分析(PCA)、群体结构分析和连续纯合性片段(ROH)分析揭示保种群体的遗传结构。【结果】经过检测和筛选获得攸县麻鸭采样群体的单核苷酸多态性(SNPs)位点18853217个;G矩阵结果显示,大部分个体间亲缘关系较远,仅少数个体存在较近的亲缘关系;PCA将样本分为3个亚群,大部分样品较为聚集;各亚群中,亚群1与亚群3之间的群体分化指数(Fst)为0.051,有中等程度的分化,其余亚群之间Fst均小于0.050;在群体遗传结构分析中,当K=2时,群体被最优地分为2个群体;攸县麻鸭群体的He略大于Ho(0.299 vs.0.288),PIC、Nei和Ne分别为0.258、0.324和1.524;群体共检测出493个ROH,ROH总长度为333.80 Mb,FROH平均值为0.011。【结论】攸县麻鸭保种场群体的遗传结构相对稳定,存在一定程度的近亲关系但处于相对较低水平,后续的保种工作需要加强外部血缘的引入,合理规划配种方案,做好内部管理,以维持较低的近交水平。 展开更多
关键词 全基因组重测序 攸县麻鸭 遗传多样性 群体遗传结构 保种
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