浙江省水稻种质资源的遗传相似度分析

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作者 严志琴 章孟臣 +6 位作者 陈小央 李燕 徐群 王珊 冯跃 魏兴华 杨窑龙 《植物遗传资源学报》 北大核心 2025年第9期1734-1743,I0001-I0009,共19页

浙江省水稻栽培历史悠久,拥有丰富的稻种资源。目前保存在国家水稻种质资源中期库(杭州)的浙江省稻种资源共有2000余份,但并没有进行系统的筛选鉴定,导致一些稻种资源重复保存。以1970份浙江省原产稻种资源为研究材料,利用第二代重测序... 浙江省水稻栽培历史悠久,拥有丰富的稻种资源。目前保存在国家水稻种质资源中期库(杭州)的浙江省稻种资源共有2000余份,但并没有进行系统的筛选鉴定,导致一些稻种资源重复保存。以1970份浙江省原产稻种资源为研究材料,利用第二代重测序技术构建了浙江省稻种资源的基因组变异图谱,通过测序深度、连锁不平衡、缺失率等条件对SNP进行过滤,筛选10532个核心SNP标记用于遗传相似度计算。对13组主要的同名品种进行分析,同名品种之间的遗传相似度均未超过0.95,且相互之间存在较大的表型变异,因此同名材料间实际为不同的水稻品种。同时利用1970份材料的核心SNP标记,通过计算两两遗传相似度,筛选出11个高遗传相似度的材料组合。比较表型鉴定结果、植株形态特征发现,高遗传相似度的材料具有高度相似的表型与田间表现,在一定程度上证实了遗传相似度在水稻品种鉴定中的有效性。本研究基本摸清了浙江省水稻种质资源保存现状,揭示了同名品种不一定为重复品种,而异名品种也可能属于同一品种,为浙江省水稻种质资源的保护和利用提供了重要的科学依据。 展开更多

关键词 稻种资源 核心SNP标记 遗传相似度 表型变异

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基于SNP标记的小麦品种遗传相似度及其检测准确度分析 被引量：1

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作者 许乃银 金石桥 +7 位作者 晋芳 刘丽华 徐剑文 刘丰泽 任雪贞 孙全 许栩 庞斌双 《作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第4期887-896,共10页

遗传相似度检测的准确度估计是对SNP标记法在农作物品种检测体系中应用的必要补充和完善。本研究基于2021年小麦品种SNP标记法跨实验室协同验证实验数据,分析了该方法的检测准确度及在品种间的遗传相似度。分析结果表明:(1)10个实验室... 遗传相似度检测的准确度估计是对SNP标记法在农作物品种检测体系中应用的必要补充和完善。本研究基于2021年小麦品种SNP标记法跨实验室协同验证实验数据,分析了该方法的检测准确度及在品种间的遗传相似度。分析结果表明:(1)10个实验室对55组小麦品种组合的标记位点相似度检测的总体准确度约为98%。(2)GGE双标图的品种遗传关系功能图显示,7组小麦品种的组内遗传相似度在95%以上,其余组合的遗传相似度较低。(3)依据GGE双标图的“正确度-精确度”功能图和“准确度排序”功能图,发现洛旱7号/洛旱11等品种组合的相似度检测准确度较高,晋麦47/临抗11的检测准确度一般,而济麦22/婴泊700的检测准确度较差。(4)10个实验室的检测准确度存在显著差异,其中2个实验室检测的正确度、精确度和准确度表现显著差于其余实验室。(5)各实验室检测正确度的容许误差分布于1.3%~1.9%之间,平均为1.5%;准确度的容许误差分布于1.5%~2.0%之间,平均为1.7%。其中,Lab2和Lab3的检测正确度和准确度的容许误差显著差于其余实验室。本研究构建了SNP标记法对品种相似性检测的准确度统计模型,分析了品种组合和实验室的检测准确度及其容许误差,采用GGE双标图方法对检测正确度、精确度和准确度进行可视化分析,验证了各实验室对品种位点相似性检测的准确度和可靠性,为SNP标记法在农作物品种遗传相似性检测中的准确度评价提供了理论支持和应用范例。 展开更多

关键词 小麦(Triticum aestivum L.) GGE双标图 SNP标记 遗传相似度 位点相似度 准确度

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一种新的分子遗传相似度计算方法 被引量：8

3

作者 高会江 杨运清 潘玉春 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2001年第5期455-457,共3页

指出了Nei氏遗传相似度仅仅是用来描述两个二进制变量差异或相似程度的一种距离系数或相似系数 ,与个体间亲缘程度没有必然联系。根据亲缘系数的定义 ,提出新的遗传相似度计算公式即rA(x ,y) =2N2xyNxNy或rA(x ,y) =N2xyNxNy。并通过实... 指出了Nei氏遗传相似度仅仅是用来描述两个二进制变量差异或相似程度的一种距离系数或相似系数 ,与个体间亲缘程度没有必然联系。根据亲缘系数的定义 ,提出新的遗传相似度计算公式即rA(x ,y) =2N2xyNxNy或rA(x ,y) =N2xyNxNy。并通过实例验证了该公式可用于判断个体间亲缘程度方面。 展开更多

关键词 分子遗传相似度 亲缘系数 验证 公式

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基于父个体相似度的自适应遗传算法 被引量：10

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作者 田小梅 郑金华 李合军 《计算机工程与应用》 CSCD 北大核心 2005年第18期61-63,187,共4页

标准遗传算法在产生后代个体时采用先交叉后变异的策略,一方面当父个体非常相似时,交叉操作很难产生新的个体,影响算法对新的解空间进行搜索,从而导致种群多样性的丧失;另一方面交叉产生的优秀个体再历经变异,极有可能遭破坏而影响算法... 标准遗传算法在产生后代个体时采用先交叉后变异的策略,一方面当父个体非常相似时,交叉操作很难产生新的个体,影响算法对新的解空间进行搜索,从而导致种群多样性的丧失;另一方面交叉产生的优秀个体再历经变异,极有可能遭破坏而影响算法的收敛性。该文根据染色体的相似性,给出了个体相似度的概念,并在此基础上提出了依据父个体相似度的大小自适应地选择遗传算子(交叉或变异)的遗传算法。仿真实验表明,与采用常规遗传策略的遗传算法相比,新算法能显著提高解的质量和收敛速度。 展开更多

关键词 相似度 自适应遗传算法 基于父个体相似度的自适应遗传算法

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5个罗非鱼群体的遗传分析与分子标记 被引量：18

5

作者 杜诚 卢迈新 +3 位作者 叶星 劳海华 黄樟翰 白俊杰 《大连水产学院学报》 CAS CSCD 北大核心 2005年第1期25-28,共4页

采用经过筛选的 15条随机引物对奥利亚罗非鱼Oreochromisaureus(Au) 和 4个尼罗罗非鱼群体Oreochromisniloticus即尼罗美国群体Ⅰ (AnⅠ)、美国群体Ⅱ (AnⅡ)、美国群体Ⅲ (AnⅢ )、“吉富”群体 (GF) 进行RAPD分析。结果发现: 1 ) ... 采用经过筛选的 15条随机引物对奥利亚罗非鱼Oreochromisaureus(Au) 和 4个尼罗罗非鱼群体Oreochromisniloticus即尼罗美国群体Ⅰ (AnⅠ)、美国群体Ⅱ (AnⅡ)、美国群体Ⅲ (AnⅢ )、“吉富”群体 (GF) 进行RAPD分析。结果发现: 1 ) 各罗非鱼群体内的平均遗传相似度依次为Au(0 9236)、AnⅠ (0 8158)、AnⅡ (0 7813)、AnⅢ (0 7853)、GF (0 7458); Au与AnⅠ、AnⅡ、AnⅢ及GF的种群间平均遗传距离分别为 0 3154、0 2755、0 2685和 0 2392。2) 用引物S509、S506、S471扩增出具有群体特异性的带, 其中用S509扩增的 1 600bp、2 000bp两片段为 4个尼罗群体所特有, 可作为区别Au的分子标记; 用S506扩增的 2 000bp片段为AnⅠ、AnⅡ、GF所特有, 可以作为与AnⅢ区别的分子标记; 用S471扩增的 150bp片段为AnⅡ所特有, 可作为区别GF和AnⅠ的分子标记。 展开更多

关键词 罗非鱼 RAPD 遗传分析 分子标记 遗传相似度

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罗氏沼虾6个养殖群体遗传多样性的微卫星分析 被引量：32

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作者 孙成飞 叶星 +2 位作者 董浚键 田园园 梁健辉 《南方水产科学》 CAS CSCD 北大核心 2015年第2期20-26,共7页

采用微卫星分子标记技术比较了中国和泰国罗氏沼虾（Macrobrachium rosenbergii）养殖群体的遗传多样性及遗传结构。使用12对荧光标记微卫星引物扩增3个广东罗氏沼虾养殖群体、1个江苏养殖群体以及2个泰国养殖群体,结果显示所检测的12... 采用微卫星分子标记技术比较了中国和泰国罗氏沼虾（Macrobrachium rosenbergii）养殖群体的遗传多样性及遗传结构。使用12对荧光标记微卫星引物扩增3个广东罗氏沼虾养殖群体、1个江苏养殖群体以及2个泰国养殖群体,结果显示所检测的12个微卫星位点均具有较高的多态性[多态信息含量（PIC）=0.853-0.941]。各群体均具有较高的遗传多样性水平[期望杂合度（He）=0.848-0.896]。群体间遗传分化指数（Fst）及AMOVA分析显示,群体间遗传分化属于中低水平（Fst〈0.15）,遗传变异有5.27%来自群体之间,94.73%来自于群体内部。遗传距离分析显示江苏群体和广东群体2的遗传距离（Da）最近（0.160 8）;而广东群体1和泰国群体2之间的遗传距离最远（0.695 8）。基于遗传距离构建的UPGMA系统进化树显示,6个群体聚为2个大支,广东3个群体与江苏群体聚为一支,泰国的2个群体聚为另一支。研究结果显示所分析的中国和泰国罗氏沼虾养殖群体均具有较高的遗传多样性,但彼此亲缘关系较远。 展开更多

关键词 微卫星 罗氏沼虾 遗传多样性 遗传相似度 遗传距离

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斑鳜种内遗传多态性以及与翘嘴鳜的分子鉴别 被引量：11

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作者 杨星 杨军峰 +6 位作者 汤明亮 彭智 赵兴高 曾可为 蔡焰直 邵雪玲 刘思阳 《水生生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2007年第6期891-895,共5页

关键词 斑鳜 翘嘴鳜 RAPD 遗传相似度 遗传距离

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川滇高山栎群体遗传结构的初步研究 被引量：15

8

作者 李进 陈可咏 李渤生 《北京林业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 1997年第2期93-98,共6页

采集海拔２２００～３８００ｍ川滇高山株８个群体以及通麦栎１个群体的样品，应用同工酶电泳的方法研究其群体遗传结构，测得Ｇｓｒ的平均值为０．１６７，与其它广泛分布、异型杂交、风媒传粉、多年生植物相比要高些，这可能与川滇高... 采集海拔２２００～３８００ｍ川滇高山株８个群体以及通麦栎１个群体的样品，应用同工酶电泳的方法研究其群体遗传结构，测得Ｇｓｒ的平均值为０．１６７，与其它广泛分布、异型杂交、风媒传粉、多年生植物相比要高些，这可能与川滇高山株垂直分布的特点有关。平均每代迁移率估计值（２．６６０）也偏低。相似生境下的川滇高山栎的遗传变异水平。 展开更多

关键词 川滇高山 通麦栎 遗传变异 遗传相似度 栎群

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异源精子遗传物质对雌核发育草鱼基因组的影响分析 被引量：6

9

作者 胡海星 郑康 +3 位作者 陈金辉 刘正华 张琼宇 罗琛 《水生生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2008年第5期701-710,共10页

为分析外源精子对人工诱导雌核发育草鱼基因组的影响,用随机扩增多态性和微卫星技术对经两代连续人工诱导,遗传背景一致的雌核发育草鱼以及母本草鱼和父本鲤鱼的基因组DNA进行了比较分析。10个随机引物在雌核发育草鱼中共检测到104个RAP... 为分析外源精子对人工诱导雌核发育草鱼基因组的影响,用随机扩增多态性和微卫星技术对经两代连续人工诱导,遗传背景一致的雌核发育草鱼以及母本草鱼和父本鲤鱼的基因组DNA进行了比较分析。10个随机引物在雌核发育草鱼中共检测到104个RAPD位点,在鲤鱼中检测到103个位点。7对微卫星引物在雌核发育草鱼中共扩增出4个微卫星位点,在鲤鱼中检测到22个位点。两种方法在雌核发育草鱼和鲤鱼中所检测到的位点均没有一个相同。根据RAPD和微卫星分析数据进行的遗传相似度分析表明二代人工雌核发育草鱼群体与其一代人工诱导雌核发育草鱼母本的遗传相似度从0.9903到1.000,与父本鲤鱼的遗传相似度为0.000。这些实验结果证明在适当的紫外线处理强度下,鲤鱼精子的遗传物质能够被完全破坏,不会对雌核发育草鱼的基因组造成遗传污染。 展开更多

关键词 雌核发育草鱼 RAPD 微卫星 遗传相似度 异源遗传物质

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16个天然冰草种群遗传多样性RAPD分析 被引量：13

10

作者 李景欣 云锦凤 郭军 《草地学报》 CAS CSCD 2005年第3期190-193,共4页

采用57个10 bp随机引物,对16个天然冰草(Agropyron crtstatum)种群352个单株的基因组DNA进行RAPD多态性检测.结果表明:从57个RAPD引物中选出多态性标记的引物11个;检测出125个位点,102个显多态性;用Shannon多样性指数量化的遗传多态度为... 采用57个10 bp随机引物,对16个天然冰草(Agropyron crtstatum)种群352个单株的基因组DNA进行RAPD多态性检测.结果表明:从57个RAPD引物中选出多态性标记的引物11个;检测出125个位点,102个显多态性;用Shannon多样性指数量化的遗传多态度为2.19,种群内和种群间遗传变异比例分别为60%和40%,种群间的遗传相似度在0.7702～0.9776之间,遗传距离的变化范围为0.0226～0.2611;聚类分析结果表明:16个种群大致可分为4类,生境和表型相近的种群基本聚为一类,和形态学研究的结果基本一致,证明物种变异与生境密切相关. 展开更多

关键词 冰草 遗传多样性 遗传相似度 遗传距离 聚类分析 随即扩增多态DNA 种群

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两个人工雌核发育草鱼群体遗传纯合性分析 被引量：3

11

作者 赵如榕 肖亚梅 +3 位作者 彭亮跃 陈松 周工健 刘筠 《湖南师范大学自然科学学报》 CAS 北大核心 2008年第2期110-114,共5页

为了进一步了解和掌握2005年、2006年两个人工雌核发育草鱼群体的纯合性,以普通草鱼为对照,采用多个随机引物进行RAPD-PCR扩增,对两个人工雌核发育草鱼群体进行了遗传纯合性分析.实验结果表明:普通草鱼多态位点比例为27.28%,群体内遗传... 为了进一步了解和掌握2005年、2006年两个人工雌核发育草鱼群体的纯合性,以普通草鱼为对照,采用多个随机引物进行RAPD-PCR扩增,对两个人工雌核发育草鱼群体进行了遗传纯合性分析.实验结果表明:普通草鱼多态位点比例为27.28%,群体内遗传相似度系数为0.9322;2005年人工雌核发育草鱼多态位点比例为16.00%,群体内遗传相似度系数为0.9616;2006年人工雌核发育草鱼的多态位点比例为19.59%,群体内遗传相似度系数为0.9515.分析表明,两个人工雌核发育草鱼群体的遗传纯合度高于普通草鱼,2006年人工雌核发育草鱼群体的遗传纯合性较2005年低. 展开更多

关键词 草鱼 人工雌核发育 RAPD 遗传相似度

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我国主推玉米品种亲本的遗传结构解析 被引量：3

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作者 李晶晶 张文洋 +2 位作者 王利锋 王浩 李会勇 《河南农业科学》 北大核心 2021年第1期27-34,共8页

基于56K玉米基因芯片对我国常用玉米骨干亲本自交系进行遗传结构解析,并对我国主推玉米品种的亲本进行杂种优势模式分析,以期为玉米育种提供指导和参考。结果表明,从56000个单核苷酸多态性(SNP)位点中共筛选到35261个高质量SNP标记,所... 基于56K玉米基因芯片对我国常用玉米骨干亲本自交系进行遗传结构解析,并对我国主推玉米品种的亲本进行杂种优势模式分析,以期为玉米育种提供指导和参考。结果表明,从56000个单核苷酸多态性(SNP)位点中共筛选到35261个高质量SNP标记,所检测到的最小等位基因频率(MAF)平均值为0.28,有12.56%的SNP位点处于0.45≤MAF≤0.50,具有较高的多态性水平;多态信息含量(PIC)为0.10~0.50,平均值为0.37。聚类分析结果表明,71份玉米自交系共划分为5个类群,其中,Ⅰ类群是以PH6WC为代表的坚秆综合种(BSSS)类种质;Ⅱ类群以PH4CV、迪卡517父本和登海505父本等父本自交系为主;Ⅲ类群以Reid、P群及欧洲父本自交系为主;Ⅳ类群以综3和综31为代表的国内种质为主;Ⅴ类群以SPT、Suwan及CIMMYT热带种质为主。同时,针对我国16个主推玉米品种的亲本自交系SNP差异,共筛选出7615个多态位点和7592个保守位点。 展开更多

关键词 玉米杂交种亲本 自交系 单核苷酸多态性 遗传相似度 聚类分析 杂种优势

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基于55K SNP芯片分析的优质小麦的遗传多样性 被引量：1

13

作者 张楠 彭义峰 +3 位作者 李亚青 张士昌 李孟军 何明琦 《麦类作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2022年第3期264-271,共8页

为分析优质小麦品种的遗传多样性,探讨其亲缘关系,以45个优质小麦品种和5个优质高代品系为试验材料,利用55KSNP芯片对其杂合度、遗传相似度、群体遗传结构和染色体低多态性区段进行分析。结果表明,45个优质小麦品种的遗传相似度系数(GS)... 为分析优质小麦品种的遗传多样性,探讨其亲缘关系,以45个优质小麦品种和5个优质高代品系为试验材料,利用55KSNP芯片对其杂合度、遗传相似度、群体遗传结构和染色体低多态性区段进行分析。结果表明,45个优质小麦品种的遗传相似度系数(GS)为0.488~0.928,平均值为0.603,其中16个品种与其他品种的GS均高于0.800;50个优质小麦品种(系)可分为2个类群7个亚群,其中类群1可分为6个亚群。除亚群Ⅴ的10个品种外,其余亚群品种的遗传聚类结果与品种系谱来源较为吻合。B基因组的多态性SNP位点最多,A基因组次之,D基因组最少。在21条染色体中,4D染色体上的多态性SNP位点最少。A基因组和D基因组染色体低多态性区段高于B基因组。在优质小麦选育过程中,A基因组和D基因组受到的选择压力高于B基因组。 展开更多

关键词 优质小麦 SNP芯片 遗传多样性 遗传相似度系数 进化树分析

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基于GBS-SNP的武夷茶树(Camellia sinensis,Synonym:Thea bohea L.)遗传分析及标记开发 被引量：10

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作者 李力 罗盛财 +8 位作者 王飞权 黎巷汝 冯花 石玉涛 叶江华 刘菲 赵佳林 李舒莹 张渤 《茶叶科学》 CAS CSCD 北大核心 2023年第3期310-324,共15页

为深入了解武夷茶树(Camelliasinensis,异名:TheaboheaL.)的遗传多样性与背景关系,收集126个武夷茶树品种/品系与223个来自12个不同地区的优异茶树品种/品系,共349份茶树资源。采用基因分型测序(Genotyping by sequencing,GBS)技术筛选... 为深入了解武夷茶树(Camelliasinensis,异名:TheaboheaL.)的遗传多样性与背景关系,收集126个武夷茶树品种/品系与223个来自12个不同地区的优异茶树品种/品系,共349份茶树资源。采用基因分型测序(Genotyping by sequencing,GBS)技术筛选出973个高质量核心SNP进行茶树遗传多样性及背景关系分析。基于模型的遗传结构(Structure)、系统发育树(NJtree)和主成分分析(PCA)结果表明,349个茶树可分为5个亚群,亚群聚类主要是基于茶树之间的亲缘关系,而不是树型或叶形等形态特征。基因流分析表明,从闽南地区到武夷山地区和武夷山地区到浙江地区存在基因渗入。遗传相似度分析显示,在349个茶树中有136对样本的遗传相似系数大于0.9,其中有26对涉及武夷茶树品种/品系。通过两两比对的辨识度分析,从973个SNP标记中筛选出21个可100%识别349个茶树品种/品系的SNP标记,其中18个SNP标记即可100%识别126个武夷茶树品种/品系,并建立遗传指纹图谱与开发鉴定引物。研究结果为今后武夷茶树种质资源的管理和育种提供有价值的信息。 展开更多

关键词 武夷茶 基因分型测序 遗传相似度 基因流 指纹图谱 鉴定引物

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两个不同的人工雌核发育草鱼群体基因组DNA的RAPD分析 被引量：12

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作者 陈金辉 黄明敏 +2 位作者 郑康 林凯东 罗琛 《水生生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2004年第5期471-477,共7页

采用随机扩增多态性DNA(RAPD)技术对连续两代人工诱导雌核发育草鱼群体和一代人工诱导雌核发育草鱼群体的群体内的遗传相似度、遗传距离以及群体多样性进行了分析 ,并用一个随机取样的普通草鱼群体作比较。用 2 6个多态性引物在 3个群... 采用随机扩增多态性DNA(RAPD)技术对连续两代人工诱导雌核发育草鱼群体和一代人工诱导雌核发育草鱼群体的群体内的遗传相似度、遗传距离以及群体多样性进行了分析 ,并用一个随机取样的普通草鱼群体作比较。用 2 6个多态性引物在 3个群体中共检测到了 2 91个扩增位点 ;在 3个群体中检测到的位点数分别为 2 6 5、2 72和2 82。其中多态性位点数分别为 15、19和 81。遗传学统计分析结果表明 :3个群体的多态位点比例分别为 5 6 6 %、6 99%、2 8 72 % ;香农表型多样性指数分别为 0 170 2、0 316 9和 0 84 5 0 ;按照Nei指数统计的三个群体的遗传相似度分别为 0 985 1、0 982 0、0 9114。这些结果表明 :两个雌核发育草鱼群体的遗传多样性远低于普通草鱼群体 ,而其群体的基因组DNA同质性远高于普通草鱼。而在两个雌核发育草鱼群体中 ,两代雌核发育群体的遗传多样性要低于一代雌核发育群体的遗传多样性 ;而群体的遗传纯合度则前者高于后者。 展开更多

关键词 雌核发育 草鱼 群体 基因组DNA 遗传相似度 遗传距离 RAPD分析

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基于核糖体DNA大亚基片断序列探讨中国东海海域赤潮原甲藻的分子分类 被引量：11

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作者 王鹏 梁君荣 +5 位作者 高亚辉 高杨 吕颂辉 齐雨藻 李雪松 俞志明 《厦门大学学报（自然科学版）》 CAS CSCD 北大核心 2005年第3期437-440,共4页

采用PCR扩增技术对分类上有争议的中国东海赤潮原因种(被称为东海原甲藻,本文简称:东海株系)的基因组DNA进行了核糖体DNA大亚基片断(LSU rDNA)的扩增和测序,并与一同扩增的来自美国CCMP的被称为具齿原甲藻(本文简称:CCMP株系)的同源序... 采用PCR扩增技术对分类上有争议的中国东海赤潮原因种(被称为东海原甲藻,本文简称:东海株系)的基因组DNA进行了核糖体DNA大亚基片断(LSU rDNA)的扩增和测序,并与一同扩增的来自美国CCMP的被称为具齿原甲藻(本文简称:CCMP株系)的同源序列进行分析比较.结果表明,两者710 bp的LSU rDNA同源序列中仅存在7个碱基的差异,遗传相似度高达99.01%,遗传差异为0.99%.进一步与Genebank其他3种原甲藻即P.mexicanum、P.micans和P.minimum的同源序列进行比较,发现其他3种原甲藻两两间的种间遗传相似度在91.1%～95.5%之间,而P.micans和P.minimum种内不同株系的遗传相似度为99.4%～99.9%,均为99%以上.综合这些数据说明东海株系与CCMP株系之间的0.99%的遗传差异应视为种内差异,原甲藻的东海株系与CCMP株系当属异名同种.因此本试验结果从分子水平支持了被称为东海原甲藻的原甲藻与被称为具齿原甲藻(P.dentatum)的原甲藻同为一种的观点. 展开更多

关键词 核糖体DNA 大亚基 分子分类 东海海域 赤潮 片断 遗传相似度 东海原甲藻 具齿原甲藻 CCMP 基因组DNA 同源序列 遗传差异 中国东海 扩增技术 分析比较 分子水平 试验结果 种内差异 株系 PCR 测序 碱基 异名

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水稻种质资源全基因组DNA指纹鉴定方法研究 被引量：9

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作者 马小定 崔迪 +2 位作者 韩冰 焦成智 韩龙植 《植物遗传资源学报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第4期1106-1113,共8页

开展水稻种质资源DNA指纹鉴定可以赋予每份种质统一的身份信息,对于查清我国资源家底、评估资源遗传基础、提高资源利用效率和保护种业知识产权等具有重要意义。本研究利用已完成全基因组DNA重测序的5374份水稻种质资源为材料,通过参考... 开展水稻种质资源DNA指纹鉴定可以赋予每份种质统一的身份信息,对于查清我国资源家底、评估资源遗传基础、提高资源利用效率和保护种业知识产权等具有重要意义。本研究利用已完成全基因组DNA重测序的5374份水稻种质资源为材料,通过参考样本资源的选择、高质量SNP位点分析以及最优SNP数量和SNP组合的挑选,建立了2套水稻种质资源全基因组DNA指纹标准。通过主成分分析和系统进化树分析,指纹标准1和2选择的SNP可以代表94,197个高质量群体共有SNP进行群体遗传多样性检测;群体遗传相似度分析验证了指纹标准1和2对于开展水稻种质资源遗传相似性鉴定的有效性。本研究有望为水稻种质资源保护与利用以及种业知识产权保护等提供技术支撑,并为其他作物制定全基因组DNA指纹鉴定标准提供参考。 展开更多

关键词 SNP标记 指纹图谱 遗传相似度 实质性派生品种

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基于ISSR分子标记的褐马鸡亲缘关系分析 被引量：4

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作者 武玉珍 冯睿芝 张峰 《生态学报》 CAS CSCD 北大核心 2015年第4期1059-1067,共9页

褐马鸡(Crossoptilon mantchuricum)是中国特有濒危鸟类,国家一级保护动物。为了保护褐马鸡种质资源,保障驯养繁育种群和再引入种群的遗传基因结构优化,采用ISSR分子标记技术,对山西庞泉沟国家自然保护区和太原动物园两个种群35个褐马... 褐马鸡(Crossoptilon mantchuricum)是中国特有濒危鸟类,国家一级保护动物。为了保护褐马鸡种质资源,保障驯养繁育种群和再引入种群的遗传基因结构优化,采用ISSR分子标记技术,对山西庞泉沟国家自然保护区和太原动物园两个种群35个褐马鸡进行了亲缘关系分析。从20条ISSR引物中筛选出10条扩增条带清晰稳定、重复性好的引物,共扩增出65条DNA条带,其中77%呈多态性。两个种群各个体之间的Nei's无偏差遗传距离和遗传相似度分析表明:个体间遗传相似性的平均值分别为0.5061与0.7591,遗传距离的平均值分别为0.4939与0.2409。用组平均法对35个褐马鸡个体进行聚类分析,结果显示:大多数同一种群的个体首先聚在一起,显示出生态地理条件相似的种群亲缘关系较近。 展开更多

关键词 褐马鸡 ISSR 遗传距离 遗传相似度 聚类分析 亲缘关系

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基于二代测序技术的MNP标记鉴别刺芹侧耳菌株 被引量：8

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作者 魏传正 王朦 +5 位作者 张鹏 刘芳 严俊杰 谢宝贵 邓优锦 谢路昱 《食用菌学报》 CSCD 北大核心 2023年第1期1-9,共9页

以31个刺芹侧耳(Pleurotus eryngii)菌株及福建省主栽品种‘Ple 0100’为材料,经二代测序与标记序列筛选,构建32个菌株的MNP标记数据库,结果表明,32个菌株之间的遗传相似度为1.79%~99.60%,其中DUS16与DUS17的遗传相似度为99.60%,DUS02与... 以31个刺芹侧耳(Pleurotus eryngii)菌株及福建省主栽品种‘Ple 0100’为材料,经二代测序与标记序列筛选,构建32个菌株的MNP标记数据库,结果表明,32个菌株之间的遗传相似度为1.79%~99.60%,其中DUS16与DUS17的遗传相似度为99.60%,DUS02与DUS23、DUS30的遗传相似度均为99.01%,DUS23与DUS30的遗传相似度为99.20%。拮抗实验结果表明,遗传相似度高的菌株之间无拮抗现象,可能是极近似品种或相同品种。对3家刺芹侧耳生产企业的子实体、子实体组织分离物、废菌渣、菇脚进行MNP检测,发现这些样品与‘Ple 0100’的遗传相似度均为100.00%,表明利用MNP标记进行品种鉴别的材料不限于菌丝体。对5个自交菌株及其亲本进行MNP标记检测,结果表明,自交菌株之间遗传相似度为26.84%~61.43%,与亲本之间的遗传相似度为28.43%~78.33%,表明刺芹侧耳减数分裂过程中存在广泛的染色体重组和同源染色体交换。对国内52家刺芹侧耳生产企业的56份鲜菇样品的组织分离物进行MNP检测,发现与‘Ple 0100’的相似度均为100.00%,表明国内刺芹侧耳栽培品种高度一致。研究结果表明基于二代测序技术的MNP标记技术可用于刺芹侧耳菌株间遗传相似度分析及新菌株鉴别。 展开更多

关键词 遗传相似度 品种鉴定 二代测序 多聚单核苷酸多态性 拮抗反应

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饲用大豆全株蛋白含量关联SSR标记筛选

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作者 李忠旺 陈光荣 +5 位作者 刘新星 杨如萍 朱天地 陈琛 陈子萱 陈玉梁 《草业科学》 CAS CSCD 北大核心 2023年第8期2072-2081,共10页

提高全株蛋白含量是饲用大豆(Glycine max)最重要的育种目标。为筛选可用于饲用大豆全株高蛋白含量育种实践的有效分子标记,本研究以甘肃省农业科学院大豆育种课题组前期筛选的55份饲用大豆核心种质资源作为供试群体材料,以大豆鼓粒期... 提高全株蛋白含量是饲用大豆(Glycine max)最重要的育种目标。为筛选可用于饲用大豆全株高蛋白含量育种实践的有效分子标记,本研究以甘肃省农业科学院大豆育种课题组前期筛选的55份饲用大豆核心种质资源作为供试群体材料,以大豆鼓粒期全株蛋白含量为目标性状,利用国内外文献报道的40个蛋白含量相关SSR标记对受试群体遗传多样性、群体结构进行分析,通过一般混合线性模型(GLM)和混合线性模型(MLM)两种模型对大豆全株蛋白含量与标记进行关联分析。结果表明,从40个SSR标记中筛选出多态性高、重复性好的标记21个,利用这21个SSR标记在群体中共检测出118个等位变异,每个标记的等位基因数变幅为3~10个,平均为5.6个;利用遗传相似度UPGMA聚类分析可将55份材料分成I、II、III 3类,遗传结构分析可分成POP1、POP2、POP3、POP4共4个亚群,两种方法分类结果不尽相同但基本相似;两种模型同时检测到6个SSR标记与全株蛋白含量显著相关(P<0.05),可用于全株高蛋白含量饲草大豆分子标记辅助选择育种实践。 展开更多

关键词 大豆 鼓粒期 蛋白质含量 关联分析 群体结构 遗传相似度

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