银鱼是我国重要的经济鱼类,为了解云南杞麓湖和星云湖银鱼群体的遗传多样性与遗传结构,经PCR扩增与测序获得653 bp COI和1205 bp Cytb基因序列。COI基因39条序列共检测到5个单倍型,单倍型多样性、核苷酸多样性、平均核苷酸差异数分别为0...银鱼是我国重要的经济鱼类,为了解云南杞麓湖和星云湖银鱼群体的遗传多样性与遗传结构,经PCR扩增与测序获得653 bp COI和1205 bp Cytb基因序列。COI基因39条序列共检测到5个单倍型,单倍型多样性、核苷酸多样性、平均核苷酸差异数分别为0.323±0.093、0.00060±0.00020、0.39406。Cytb基因38条序列共检测到6个单倍型,单倍型多样性、核苷酸多样性、平均核苷酸差异数分别为0.413±0.097、0.00102±0.00033、1.22760。COI和Cytb基因的AMOVA分子变异显示群体内的方差组分比率(92.39%,87.03%)大于群体间的方差组分比率(7.61%,12.97%),显示遗传变异主要发生在群体内;且群体间存在中度遗传分化和基因流。COI系统发育树显示杞麓湖和星云湖银鱼序列同新银鱼属未定种、太湖新银鱼和陈氏新银鱼聚为单系支;Cytb树显示两湖银鱼序列同太湖新银鱼和陈氏新银鱼聚为单系支,支持率为100%。单倍型网络图显示两湖银鱼群体的所有单倍型并没有单独聚在一起。此外,COI基因的中性检验和核苷酸错配分布结果显示杞麓湖和两个湖泊总的数据集的群体在历史上发生过群体扩张事件。上述结果表明杞麓湖和星云湖银鱼群体遗传多样性水平较低,无显著的群体遗传结构。展开更多
第四纪气候波动以及地理和环境隔离深刻地影响了现代植物的遗传多样性、遗传结构和地理分布格局。该研究采用分子谱系地理学的研究方法对药用植物半夏19个居群共212个个体的3个叶绿体片段psb K-psb I、atp F-atp H和trn L-F进行分析,探...第四纪气候波动以及地理和环境隔离深刻地影响了现代植物的遗传多样性、遗传结构和地理分布格局。该研究采用分子谱系地理学的研究方法对药用植物半夏19个居群共212个个体的3个叶绿体片段psb K-psb I、atp F-atp H和trn L-F进行分析,探究半夏的遗传多样性、遗传结构、地理分布格局模式及成因,并探讨其居群历史动态。结果表明:(1)半夏总单倍型多样性H d为0.882,总核苷酸多样性π为1.23×10-3,在物种水平上表现出较高的遗传多样性。(2)分子方差分析(AMOVA)结果显示,半夏遗传变异主要发生在居群间,显著的遗传分化(F ST=0.909,P<0.001)和较低的种群内遗传多样性(H S=0.134);种群间遗传分化系数N ST=0.913>G ST=0.855(0.01<P<0.05),表明叶绿体单倍型具有明显的谱系地理结构。(3)中性检验结果显示,Tajima s D值、Fu and Li s D值以及Fu and Li s F值均为不显著正值,Fu s Fs值为不显著负值且失配分析曲线呈双峰,表明半夏居群整体没有经历过扩张事件。(4)单倍型地理分布显示,西南地区和中-东部地区具有单倍型多样性较高,并存在特有单倍型,故推测第四纪冰期时在这两个区域存在冰期避难所。总之,通过3个叶绿体基因对不同区域半夏的分析,阐明了其遗传多样性、遗传结构和地理分布格局,为半夏优良种源的分子筛选和保护提出了科学的建议和保护策略。展开更多
【目的】利用SSR标记深入研究西藏光核桃的遗传多样性及遗传结构,揭示其遗传结构与地理分布、海拔梯度等的相关性,为西藏光核桃资源的有效利用与科学保护提供理论依据。【方法】利用25对SSR引物,分析西藏地区21个光核桃天然群体420份个...【目的】利用SSR标记深入研究西藏光核桃的遗传多样性及遗传结构,揭示其遗传结构与地理分布、海拔梯度等的相关性,为西藏光核桃资源的有效利用与科学保护提供理论依据。【方法】利用25对SSR引物,分析西藏地区21个光核桃天然群体420份个体的遗传多样性和遗传结构。应用Gen Al Ex 6.501、Arlequin v3.1、NTSYS pc version 2.10、STRUCTURE、STRUCTURE Harvester、CLUMP和Distruct等软件进行遗传参数估算、主坐标分析、遗传变异分析、聚类图构建及遗传结构分析。【结果】基于25个SSR分子标记的遗传多样性分析表明,西藏光核桃群体遗传多样性和近亲繁殖水平适中,其平均等位基因数(Na)、有效等位基因数(Ne)、期望杂合度(He)、观察杂合度(Ho)、Shannon’s信息指数(I)和近交系数(F)分别为3.8、2.5、0.52、0.44、0.95和0.17,其中,P17群体遗传多样性最高(Ne=4.7,He=0.63,Ho=0.56,I=1.57),而P18群体遗传多样性最低(Ne=1.7,He=0.30,Ho=0.22,I=0.49)。西藏光核桃的贝叶斯遗传结构分析(STRUCTURE)与遗传距离的主坐标分析(PCo A)、UPGMA聚类分析结果基本一致,均将供试420份光核桃个体划分为3个类群,其分组结果具有明显的地理区域特性。Mantel检测显示遗传距离与地理距离(r=0.50,P<0.01)、海拔梯度(r=0.61,P<0.01)呈显著正相关。分子方差分析(AMOVA)显示,16.3%的遗传变异来自群体间,群体间的遗传分化水平为中等,而大部分遗传变异(83.7%)来自群体内。【结论】西藏光核桃遗传多样性适中,群体间存在地理隔离效应和海拔梯度的遗传变异,其遗传分化程度较高,这可能源于西藏光核桃生境片段化、海拔梯度的影响以及山脉阻隔引起的地理隔离效应。西藏光核桃受人为干扰较严重,且个体间的近亲繁殖较频繁,若不及时采取保护措施,其遗传多样性将会逐渐降低。基于遗传结构分析,确定西藏光核桃3个保护单元,并建议限制人为活动对其破坏,实施就地保护的同时,促进不同居群间的基因交流,保护西藏光核桃的遗传多样性。展开更多
采用ISSR标记方法,对南方红豆杉〔Taxus chinensis(Pilger)Rehd.var.mairei(Lemée et Lévl.)Cheng et L.K.Fu〕3个野生种群(包括江西黄港和黄沙种群以及福建枫溪种群)、2个迁地保护栽培种群及2个迁地保护衍生种群(均位于江苏...采用ISSR标记方法,对南方红豆杉〔Taxus chinensis(Pilger)Rehd.var.mairei(Lemée et Lévl.)Cheng et L.K.Fu〕3个野生种群(包括江西黄港和黄沙种群以及福建枫溪种群)、2个迁地保护栽培种群及2个迁地保护衍生种群(均位于江苏南京中山植物园和江西庐山植物园)的遗传多样性和遗传结构进行了分析和比较。结果显示:用8个引物从南方红豆杉的基因组总DNA中共扩增出73条带,其中多态性条带62条。2个迁地保护衍生种群的多态性条带百分率(PPB)、Nei’s多样性指数(h)和Shannon信息指数(I)较高,3个野生种群的PPB、h和I值总体上居中,而2个迁地保护栽培种群的PPB、h和I值较低。合并后的迁地保护衍生种群以及野生种群均有较高的遗传多样性,二者的PPB、h和I值相近,分别为78.08%和82.19%、0.207 6和0.205 8、0.322 9和0.325 9;但二者的遗传结构存在差异,迁地保护衍生种群的遗传分化系数(GST)为0.068 9,明显低于野生种群(0.168 5)。合并后的迁地保护栽培种群的遗传多样性相对较低,PPB、h和I值分别为60.27%、0.180 7和0.275 2;而GST值最高(0.251 4),明显高于合并后的野生种群和迁地保护衍生种群。研究结果表明:在植物园次生林环境条件下,回归到自然生境下的南方红豆杉迁地保护衍生种群的遗传多样性趋于丰富并接近野生种群,从而证明了植物园在濒危植物迁地保护中具有以往未被认识到的巨大潜力。展开更多
文摘银鱼是我国重要的经济鱼类,为了解云南杞麓湖和星云湖银鱼群体的遗传多样性与遗传结构,经PCR扩增与测序获得653 bp COI和1205 bp Cytb基因序列。COI基因39条序列共检测到5个单倍型,单倍型多样性、核苷酸多样性、平均核苷酸差异数分别为0.323±0.093、0.00060±0.00020、0.39406。Cytb基因38条序列共检测到6个单倍型,单倍型多样性、核苷酸多样性、平均核苷酸差异数分别为0.413±0.097、0.00102±0.00033、1.22760。COI和Cytb基因的AMOVA分子变异显示群体内的方差组分比率(92.39%,87.03%)大于群体间的方差组分比率(7.61%,12.97%),显示遗传变异主要发生在群体内;且群体间存在中度遗传分化和基因流。COI系统发育树显示杞麓湖和星云湖银鱼序列同新银鱼属未定种、太湖新银鱼和陈氏新银鱼聚为单系支;Cytb树显示两湖银鱼序列同太湖新银鱼和陈氏新银鱼聚为单系支,支持率为100%。单倍型网络图显示两湖银鱼群体的所有单倍型并没有单独聚在一起。此外,COI基因的中性检验和核苷酸错配分布结果显示杞麓湖和两个湖泊总的数据集的群体在历史上发生过群体扩张事件。上述结果表明杞麓湖和星云湖银鱼群体遗传多样性水平较低,无显著的群体遗传结构。
文摘第四纪气候波动以及地理和环境隔离深刻地影响了现代植物的遗传多样性、遗传结构和地理分布格局。该研究采用分子谱系地理学的研究方法对药用植物半夏19个居群共212个个体的3个叶绿体片段psb K-psb I、atp F-atp H和trn L-F进行分析,探究半夏的遗传多样性、遗传结构、地理分布格局模式及成因,并探讨其居群历史动态。结果表明:(1)半夏总单倍型多样性H d为0.882,总核苷酸多样性π为1.23×10-3,在物种水平上表现出较高的遗传多样性。(2)分子方差分析(AMOVA)结果显示,半夏遗传变异主要发生在居群间,显著的遗传分化(F ST=0.909,P<0.001)和较低的种群内遗传多样性(H S=0.134);种群间遗传分化系数N ST=0.913>G ST=0.855(0.01<P<0.05),表明叶绿体单倍型具有明显的谱系地理结构。(3)中性检验结果显示,Tajima s D值、Fu and Li s D值以及Fu and Li s F值均为不显著正值,Fu s Fs值为不显著负值且失配分析曲线呈双峰,表明半夏居群整体没有经历过扩张事件。(4)单倍型地理分布显示,西南地区和中-东部地区具有单倍型多样性较高,并存在特有单倍型,故推测第四纪冰期时在这两个区域存在冰期避难所。总之,通过3个叶绿体基因对不同区域半夏的分析,阐明了其遗传多样性、遗传结构和地理分布格局,为半夏优良种源的分子筛选和保护提出了科学的建议和保护策略。
文摘【目的】利用SSR标记深入研究西藏光核桃的遗传多样性及遗传结构,揭示其遗传结构与地理分布、海拔梯度等的相关性,为西藏光核桃资源的有效利用与科学保护提供理论依据。【方法】利用25对SSR引物,分析西藏地区21个光核桃天然群体420份个体的遗传多样性和遗传结构。应用Gen Al Ex 6.501、Arlequin v3.1、NTSYS pc version 2.10、STRUCTURE、STRUCTURE Harvester、CLUMP和Distruct等软件进行遗传参数估算、主坐标分析、遗传变异分析、聚类图构建及遗传结构分析。【结果】基于25个SSR分子标记的遗传多样性分析表明,西藏光核桃群体遗传多样性和近亲繁殖水平适中,其平均等位基因数(Na)、有效等位基因数(Ne)、期望杂合度(He)、观察杂合度(Ho)、Shannon’s信息指数(I)和近交系数(F)分别为3.8、2.5、0.52、0.44、0.95和0.17,其中,P17群体遗传多样性最高(Ne=4.7,He=0.63,Ho=0.56,I=1.57),而P18群体遗传多样性最低(Ne=1.7,He=0.30,Ho=0.22,I=0.49)。西藏光核桃的贝叶斯遗传结构分析(STRUCTURE)与遗传距离的主坐标分析(PCo A)、UPGMA聚类分析结果基本一致,均将供试420份光核桃个体划分为3个类群,其分组结果具有明显的地理区域特性。Mantel检测显示遗传距离与地理距离(r=0.50,P<0.01)、海拔梯度(r=0.61,P<0.01)呈显著正相关。分子方差分析(AMOVA)显示,16.3%的遗传变异来自群体间,群体间的遗传分化水平为中等,而大部分遗传变异(83.7%)来自群体内。【结论】西藏光核桃遗传多样性适中,群体间存在地理隔离效应和海拔梯度的遗传变异,其遗传分化程度较高,这可能源于西藏光核桃生境片段化、海拔梯度的影响以及山脉阻隔引起的地理隔离效应。西藏光核桃受人为干扰较严重,且个体间的近亲繁殖较频繁,若不及时采取保护措施,其遗传多样性将会逐渐降低。基于遗传结构分析,确定西藏光核桃3个保护单元,并建议限制人为活动对其破坏,实施就地保护的同时,促进不同居群间的基因交流,保护西藏光核桃的遗传多样性。
