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“沪农灵芝1号”聚酮合酶特异性分析 被引量:3
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作者 龚明 鲍大鹏 +1 位作者 唐传红 张劲松 《食用菌学报》 CSCD 北大核心 2017年第4期1-5,F0003,共6页
对"沪农灵芝1号"(简称沪灵芝)(Ganoderma lucidum SH)等10个代表性的担子菌物种进行全基因组次级代谢物(secondary metabolite,SM)簇分析,结果显示沪灵芝聚酮合酶(polyketide synthases,PKS)的骨架基因以及SM簇的数量分别为5... 对"沪农灵芝1号"(简称沪灵芝)(Ganoderma lucidum SH)等10个代表性的担子菌物种进行全基因组次级代谢物(secondary metabolite,SM)簇分析,结果显示沪灵芝聚酮合酶(polyketide synthases,PKS)的骨架基因以及SM簇的数量分别为5和3,高于其它物种,并且都位于支架的末端。通过生物信息学分析发现,PKS7和9的SM簇只在沪灵芝中分布;只有PKS7的SM簇(PKS7簇)的骨架基因具有完整的I型PKS功能模块;只有PKS7簇的骨架基因具有单拷贝直系同源性;PKS7簇的功能注释基因在不饱和脂肪酸生物合成通路中富集。这些结果表明PKS7簇为沪灵芝特异性的SM簇,可能代表了沪灵芝抗逆性强的分子特征。 展开更多
关键词 灵芝 比较基因组分析 次级代谢 PKS 通路富集分析
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基于网络分析的鱼腥草毒性作用机制 被引量:6
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作者 李洁 郑小松 《沈阳药科大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第11期1047-1055,共9页
目的采用网络毒理学的方法预测并分析鱼腥草中主要活性物质的相关毒性作用机制。方法通过中药系统药理数据库和分析平台(traditional chinese medicine systems pharmacology database and analysis platform,TCMSP)比较毒物基因组学数... 目的采用网络毒理学的方法预测并分析鱼腥草中主要活性物质的相关毒性作用机制。方法通过中药系统药理数据库和分析平台(traditional chinese medicine systems pharmacology database and analysis platform,TCMSP)比较毒物基因组学数据库(the comparative toxicogenomics database,CTD)筛选出鱼腥草中6种有毒活性成分,并用Swiss Target Prediction服务器预测有毒活性成分的靶点信息,进而使用Cytoscape软件构建了有毒活性成分-靶点互作网络以及靶点之间的互作网络。使用DAVID(the database for annotation,visualization and integrated discovery)数据库,进行基因本体分析以及京都基因和基因组百科全书通路富集分析,得出了鱼腥草中有毒物质可能通过哪些通路对人体产生危害。结果研究结果显示,鱼腥草有毒活性成分对应的联系度最高的蛋白PTGS2、PRSS1、MAPT、SLC6A2等以及有毒活性成分可能通过Toll样受体信号通路、MAPK信号通路、Nod样受体信号通路、RIG-I样受体信号通路、mTOR信号通路引起过敏反应;可能抑制中枢神经系统;还可能通过对细胞凋亡的调节引起其他自身免疫系统疾病。结论初步探究了鱼腥草的毒理机制,并预测了鱼腥草可能存在的毒性,并为预测中药成分的毒性以及探究毒性机制提供了新思路。 展开更多
关键词 鱼腥草 网络毒理学 基因本位分析 京都基因和基因组百科全书通路富集分析
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基于网络分析的大黄毒性作用机制 被引量:4
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作者 李洁 郑小松 《沈阳药科大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第10期934-943,共10页
目的采用网络毒理学的方法预测并分析大黄中有毒物质的相关毒性作用机制。方法将在中药系统药理数据库和分析平台(TCMSP)可以查询到已知的大黄的化合物成分,与在比较毒物基因组学数据库(CTD)中查询到的大黄化合物成分的毒物信息进行比对... 目的采用网络毒理学的方法预测并分析大黄中有毒物质的相关毒性作用机制。方法将在中药系统药理数据库和分析平台(TCMSP)可以查询到已知的大黄的化合物成分,与在比较毒物基因组学数据库(CTD)中查询到的大黄化合物成分的毒物信息进行比对,筛选出大黄中9种有毒成分,并用Swiss Target Prediction服务器等查询有毒成分的靶点信息,进而使用Cytoscape软件构建了毒性成分-靶点互作网络以及靶点之间的互作网络,发现了其中Degree值最高的几种靶点蛋白。使用DAVID生物信息平台,进行基因本体(GO)分析以及京都基因和基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,得出了大黄中有毒物质可能通过哪些通路对人体产生危害。结果大黄中毒性成分可能通过p53信号通路、钙离子信号通路、Toll样受体信号通路、Wnt信号通路引起毒性;还可能通过细胞凋亡调节引起毒性及其他自身免疫系统疾病。结论初步探究了大黄的毒理机制,并预测了大黄可能存在的毒性,并为预测中药成分的毒性以及探究毒性机制提供了新思路。 展开更多
关键词 大黄 网络毒理学 基因本位分析 京都基因和基因组百科全书通路富集分析
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儿童噬血细胞性淋巴组织细胞增生症发病机制的生物信息学研究 被引量:2
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作者 欧丹艳 袁媛 罗建明 《医学研究生学报》 CAS 北大核心 2014年第4期382-386,共5页
目的噬血细胞性淋巴组织细胞增生症(hemophagocytic lymphohistiocytosis,HLH)是一种致命的过度炎症性疾病,好发于儿童,死亡率高达40%。为进一步了解儿童HLH的发病机制,研究利用生物信息学方法筛选儿童HLH相关基因,并进行通路富集分析... 目的噬血细胞性淋巴组织细胞增生症(hemophagocytic lymphohistiocytosis,HLH)是一种致命的过度炎症性疾病,好发于儿童,死亡率高达40%。为进一步了解儿童HLH的发病机制,研究利用生物信息学方法筛选儿童HLH相关基因,并进行通路富集分析。方法从GEO数据库中获得儿童HLH外周血单个核细胞基因表达谱数据集GSE26050,利用GEO2R在线分析工具筛选差异表达基因,随后使用DAVID数据库的KEGG通路富集方法对其进行分析。结果筛选出表达差异2倍及以上的基因184个,其中126个为上调基因、58个为下调基因;富集出3条通路:细胞因子-细胞因子受体相互作用、造血细胞谱及NOD样受体通路。结论通过生物信息学方法可筛选出儿童HLH相关基因及与之发生发展密切相关的生物通路,为进一步揭示儿童HLH发病机制提供实验参考。 展开更多
关键词 噬血细胞性淋巴组织细胞增生症 儿童 差异表达基因 通路富集分析
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皂荚与野皂荚刺中次生代谢物的差异 被引量:3
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作者 耿瑜欣 李红姣 +4 位作者 郑建伟 张芹 于丽娜 李佳秋 李保会 《林业科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2022年第4期82-94,共13页
【目的】皂刺中的许多次生代谢物是药用活性成分。本文旨在探究皂荚与野皂荚刺的差异次生代谢物及进行差异代谢途径富集分析,为皂刺功能性化合物分离鉴定以及研究开发提供理论依据。【方法】以皂荚和野皂荚的1年生棘刺为材料,用UPLC-MS... 【目的】皂刺中的许多次生代谢物是药用活性成分。本文旨在探究皂荚与野皂荚刺的差异次生代谢物及进行差异代谢途径富集分析,为皂刺功能性化合物分离鉴定以及研究开发提供理论依据。【方法】以皂荚和野皂荚的1年生棘刺为材料,用UPLC-MS/MS检测平台和自建数据库MWDB4.0进行代谢组分析。【结果】1)2个种的皂刺中共检测到457种次生代谢物,分为酚酸、生物碱、萜类、黄酮、木脂素、香豆素、鞣质类、其他8大类,酚酸和黄酮占比较大;2)野皂荚刺与皂荚刺相比,共有213种显著差异代谢物,其中121种物质在野皂荚刺中含量较高,包括55种酚酸,54种黄酮,5种木脂素和香豆素,4种生物碱,2种萜类,1种其他;92种物质在皂荚刺中含量较高,包括21种酚酸,19种黄酮,14种鞣质,14种生物碱,8种木脂素和香豆素,16种其他。3)皂荚刺中特有的代谢物有22种,异牡荆素-2″-O-鼠李糖苷、N,N′-二阿魏酰腐胺、香叶木素-8-C-(2″-O-鼠李糖基)葡萄糖苷、紫檀芪、原花青素C2相对含量较高,野皂荚刺中特有的代谢物有27种,松柏苷、5-O-咖啡酰莽草酸、槲皮素-3-O-(2″-对香豆酰)葡萄糖苷的相对含量较高。4)差异代谢物的代谢途径分析表明“茋类、二芳基庚烷类和姜酚的生物合成”途径中显著差异代谢物富集显著,苯丙烷生物合成和类黄酮代谢的差异代谢物富集较多。【结论】皂荚和野皂荚刺中共检测到457种次生代谢物;差异代谢物质主要是黄酮和酚酸类;茋类、二芳基庚烷类和姜酚的生物合成的差异代谢物显著富集(P<0.05),苯丙烷生物合成和黄酮类生物合成的差异代谢物富集较多。 展开更多
关键词 皂荚 野皂荚 皂刺 代谢组 差异代谢物 通路富集分析
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干燥综合征相关差异表达基因的筛选 被引量:4
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作者 赵文甲 刘维 吴沅皞 《医学研究生学报》 CAS 北大核心 2018年第9期916-920,共5页
目的干燥综合征(SS)被认为是仅次于类风湿关节炎的常见风湿免疫病。文章利用基因表达谱数据,筛选SS相关基因,以进一步探讨SS的发病机制,寻找治疗SS的潜在药物治疗靶点。方法采用Affymetrix Human Genome U133 Plus2.0Array平台,疾病组... 目的干燥综合征(SS)被认为是仅次于类风湿关节炎的常见风湿免疫病。文章利用基因表达谱数据,筛选SS相关基因,以进一步探讨SS的发病机制,寻找治疗SS的潜在药物治疗靶点。方法采用Affymetrix Human Genome U133 Plus2.0Array平台,疾病组织类型为人类腮腺组织,包括符合2002年美欧共识小组诊断标准的SS样本24份及非SS样本25份。从GEO数据库中获取SS样本腮腺组织细胞表达谱。GEO2R在线工具筛选差异表达基因,DAVID工具富集基因功能和通路。STRING数据库构建差异表达基因蛋白产物相互作用的网络,将数据导入Cytoscape软件,计算网络拓扑特性,筛选核心基因。结果 SS样本中分别筛选到24个上调基因和147个下调差异基因,差异基因涉及细胞黏附分子、肠道免疫网络Ig A分泌、病毒性心肌炎、类风湿关节炎及白细胞跨内皮迁移信号通路。PTPRC、CD86、STAT1、FYN、LCP2为关键基因。结论通过生物信息学方法可筛选出SS相关生物通路以及关键基因,为进一步揭示SS发病机制提供参考。 展开更多
关键词 干燥综合征 通路富集分析 基因 差异表达
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热风干燥对辣椒提取物的抗氧化活性及其代谢物组成的影响研究 被引量:1
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作者 王淑好 胡作民 +2 位作者 林欣 付湘晋 郭薇丹 《食品安全质量检测学报》 CAS 北大核心 2023年第22期313-320,共8页
目的 解析热风干燥(40℃)对辣椒提取物抗氧化活性及其代谢物组成的影响。方法 以总还原力、自由基清除率为指标评价辣椒提取物的抗氧化活性,并采用非靶代谢物组学技术分析辣椒代谢物组成及含量。结果 干燥辣椒的抗氧化活性强于新鲜辣椒... 目的 解析热风干燥(40℃)对辣椒提取物抗氧化活性及其代谢物组成的影响。方法 以总还原力、自由基清除率为指标评价辣椒提取物的抗氧化活性,并采用非靶代谢物组学技术分析辣椒代谢物组成及含量。结果 干燥辣椒的抗氧化活性强于新鲜辣椒;共鉴定出183个代谢物,其中L-苹果酸是含量最高的代谢物,新鲜辣椒与干燥辣椒中分别达(43838.68±16560.63)μg/g、(47095.13±18522.70)μg/g;辣椒总氨基酸与总有机酸含量在干燥前后无显著变化,糖及其衍生物含量显著减少,维生素及其衍生物含量显著增加(P<0.05);辣椒在热风干燥中积累了大量氧化应激、高渗胁迫应激代谢物,如γ-氨基丁酸、焦谷氨酸、脯氨酸、L-半胱氨酸、L-苏阿糖、甘露醇等;代谢通路富集分析发现,碳水化合物类代谢和氨基酸类代谢在干燥过程中比较活跃;γ-氨基丁酸含量在热风干燥中从400 mg/100 g增加到600 mg/100 g。结论 辣椒在热风干燥过程中发生明显的氧化应激、高渗胁迫应激代谢,抗氧化活性物质类代谢物累积可能是干燥辣椒的抗氧化活性增强的原因,辣椒能富集高含量γ-氨基丁酸是本研究的一个新发现。本研究可为干辣椒品质形成机制研究提供参考。 展开更多
关键词 辣椒 热风干燥 抗氧化活性 代谢物组成 代谢通路富集分析
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