基于慢性阻塞性肺疾病潜在治疗靶点的孟德尔随机化和GEO数据库识别分析

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作者 蒋先伟 王明航 +2 位作者 李慧茹 董晓升 刘元元 《吉林大学学报(医学版)》 北大核心 2025年第4期1072-1083,共12页

目的:通过使用微阵列数据集和孟德尔随机化(MR)方法筛选慢性阻塞性肺疾病(COPD)患者遗传、诊断及治疗的关键靶点,为COPD患者的临床诊疗提供依据。方法:通过基因表达综合数据库(GEO)获得4个COPD基因表达谱数据,采用R软件对数据进行整理... 目的:通过使用微阵列数据集和孟德尔随机化(MR)方法筛选慢性阻塞性肺疾病(COPD)患者遗传、诊断及治疗的关键靶点,为COPD患者的临床诊疗提供依据。方法:通过基因表达综合数据库(GEO)获得4个COPD基因表达谱数据,采用R软件对数据进行整理和归一化处理,并筛选出差异表达基因(DEGs)。MR分析COPD与相关表达数量性状位点(eQTL)的因果关系,再与DEGs取交集来确定潜在关键靶点。采用基因集合富集分析(GSEA)、基因本体论(GO)功能富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)信号通路富集分析探讨关键靶点的功能作用和途径,外部数据集对其表达进行验证。结果:共筛选出1 571个DEGs,其中表达上调基因820个,表达下调基因751个。MR分析最终筛选出286个COPD相关基因,通过与DEGs取交集得出3个上调基因,包括二酰甘油激酶γ(DGKG)、重肽神经丝蛋白(NEFH)和Fc受体样B(FCRLB);6个下调基因,包括金属还原酶4(STEAP4)、含普列克底物蛋白家族F成员2(PLEKHF2)、分化簇3D(CD3D)、转胶蛋白2(TAGLN2)、三基序蛋白22(TRIM22)和核糖体蛋白L9(RPL9)。生物学功能分析结果主要涉及铁输入细胞、氧化还原酶活性、原发性免疫缺陷症和辅助性T(Th) 1及Th2细胞分化等途径。MR分析结果证实了上述靶点与COPD之间的因果关系。外部验证集分析,与健康对照组比较,COPD样本组中FCRLB基因表达水平升高(P<0.01),CD3D和RPL9基因表达水平降低(P<0.05或P<0.01),与MR分析结果一致,证明了本研究的可靠性。结论:DGKG、NEFH、FCRLB、STEAP4、PLEKHF2、CD3D、TAGLN2、TRIM22和RPL9COPD可能是COPD患者疾病发生发展过程中的重要调控因子及临床诊疗靶点。 展开更多

关键词 慢性阻塞性肺疾病 孟德尔随机化 基因本体论功能富集分析 京都基因和基因组百科全书信号通路富集分析 生物标志物 生物信息学

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姜黄素治疗骨关节炎过程中潜在的铁死亡关键基因的分析与验证 被引量：1

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作者 李培金 韩倩 +2 位作者 王威 唐园 李照文 《世界科学技术-中医药现代化》 CSCD 北大核心 2024年第9期2455-2465,共11页

目的通过生物信息学手段,基于铁死亡(Ferroptosis)基因探究姜黄素治疗骨关节炎(Osteoarthritic,OA)的分子机制,为骨关节炎的诊疗和新药开发提供理论基础。方法通过基因综合表达数据(Gene Expression Omnibus,GEO)检索,下载姜黄素治疗骨... 目的通过生物信息学手段,基于铁死亡(Ferroptosis)基因探究姜黄素治疗骨关节炎(Osteoarthritic,OA)的分子机制,为骨关节炎的诊疗和新药开发提供理论基础。方法通过基因综合表达数据(Gene Expression Omnibus,GEO)检索,下载姜黄素治疗骨关节炎的高通量测序数据;通过主成分分析,考察姜黄素治疗前后基因表达主成分的变化;通过limma算法,考察姜黄素治疗前后转录组的变化;通过基因本体论富集算法,考察姜黄素治疗前后信号通路的改变;通过GeneMANIA在线工具,构建蛋白-蛋白相互作用网络并筛选枢纽基因;通过荧光定量PCR技术,体外验证姜黄素治疗对枢纽基因表达量的影响。结果姜黄素治疗前后,软骨细胞的转录组表达和信号通路活性发生显著改变(P<0.05);蛋白-蛋白相互作用网络显示,GCLC、HMOX1、FTL、FTH1和SLC7A11为铁死亡枢纽基因;亚铁离子荧光探针检测和细胞内活性氧(Reactive oxygen species,ROS)检测结果显示,与对照组相比,IL-1β显著诱导炎症并提高了软骨细胞中Fe^(2+)和ROS的累积,姜黄素治疗显著缓解了IL-1β诱导的炎症反应,并显著降低软骨细胞中Fe^(2+)和ROS的含量;荧光定量PCR和免疫印迹技术结果显示,姜黄素治疗显著改变了枢纽基因的表达水平(P<0.05)。结论姜黄素可能通过介导GCLC、SLC7A11基因的上调和HMOX1、FTL、FTH1基因的下调影响软骨细胞的铁死亡过程,从而对骨关节炎具有治疗作用。 展开更多

关键词 骨关节炎 铁死亡 基因表达谱 通路富集分析 生物信息学

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“沪农灵芝1号”聚酮合酶特异性分析 被引量：3

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作者 龚明 鲍大鹏 +1 位作者 唐传红 张劲松 《食用菌学报》 CSCD 北大核心 2017年第4期1-5,F0003,共6页

对"沪农灵芝1号"(简称沪灵芝)(Ganoderma lucidum SH)等10个代表性的担子菌物种进行全基因组次级代谢物(secondary metabolite,SM)簇分析,结果显示沪灵芝聚酮合酶(polyketide synthases,PKS)的骨架基因以及SM簇的数量分别为5... 对"沪农灵芝1号"(简称沪灵芝)(Ganoderma lucidum SH)等10个代表性的担子菌物种进行全基因组次级代谢物(secondary metabolite,SM)簇分析,结果显示沪灵芝聚酮合酶(polyketide synthases,PKS)的骨架基因以及SM簇的数量分别为5和3,高于其它物种,并且都位于支架的末端。通过生物信息学分析发现,PKS7和9的SM簇只在沪灵芝中分布;只有PKS7的SM簇(PKS7簇)的骨架基因具有完整的I型PKS功能模块;只有PKS7簇的骨架基因具有单拷贝直系同源性;PKS7簇的功能注释基因在不饱和脂肪酸生物合成通路中富集。这些结果表明PKS7簇为沪灵芝特异性的SM簇,可能代表了沪灵芝抗逆性强的分子特征。 展开更多

关键词 灵芝 比较基因组分析 次级代谢 PKS 通路富集分析

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基于网络药理学的桑葚药理功能定位及作用机制分析 被引量：4

4

作者 钟雪 李倩 +2 位作者 宋昱 王惠国 唐劲天 《天津师范大学学报（自然科学版）》 CAS 北大核心 2022年第4期46-51,63,共7页

为了探究桑葚的药理功能及其作用机制,利用网络药理学方法,对桑葚中含有的化合物进行网络数据构建.利用TCMSP和PubChem平台对得到的64种化合物进行筛选,利用Swiss Target Prediction平台预测靶点蛋白,应用Cytoscape软件对潜在的作用靶... 为了探究桑葚的药理功能及其作用机制,利用网络药理学方法,对桑葚中含有的化合物进行网络数据构建.利用TCMSP和PubChem平台对得到的64种化合物进行筛选,利用Swiss Target Prediction平台预测靶点蛋白,应用Cytoscape软件对潜在的作用靶点进行网络互作分析,同时使用DAVID数据库对靶点进行功能及通路富集分析.最终得到二氢槲皮素、黄芩苷、桑黄素、杨梅酮、山奈酚5种候选化合物. 5种化合物共有71个潜在作用靶点和67条生物途径,主要涉及癌症途径(pathways in cancer);节点数最高的蛋白靶点为caspase-3,应用Schrodinger suite 2017软件进行靶蛋白分子对接,caspase-3与黄芩苷的得分最高.研究结果表明,桑葚中的这些生物途径和靶点蛋白主要与抗肿瘤相关. 展开更多

关键词 桑葚 网络药理学 作用机制 分子对接 CASPASE-3蛋白 通路富集分析

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肾小管间质性肾病基因-表型关联性分析

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作者 杨雨蒙 张颖 +3 位作者 魏敏 周雅丽 杨单植 邢国兰 《郑州大学学报（医学版）》 CAS 北大核心 2023年第3期320-326,共7页

目的:筛选肾小管间质性肾病遗传变异枢纽基因。方法:对经肾活检证实且无明确病因的24例肾小管间质性肾病患者进行全外显子组测序,应用Phenolyzer数据库进行基因-表型关联评分,筛选其共有的罕见遗传变异,利用DAVID 6.8数据库进行基因功... 目的:筛选肾小管间质性肾病遗传变异枢纽基因。方法:对经肾活检证实且无明确病因的24例肾小管间质性肾病患者进行全外显子组测序,应用Phenolyzer数据库进行基因-表型关联评分,筛选其共有的罕见遗传变异,利用DAVID 6.8数据库进行基因功能通路富集分析。应用String数据库构建PPI网络图,并使用Cytoscape中的插件cytoHubba进行可视化分析,寻找枢纽基因。应用SWISS-Pdb Viewer软件分析枢纽基因突变前后表达蛋白三级结构的变化。结果:24例中女9例,男15例,年龄18~40(26.17±8.82)岁。全外显子组测序检测出19例患者携带致病或可能致病的基因突变位点,共发现35个肾小管间质性肾病易感基因,其在TGF-β信号通路、细胞因子-细胞因子受体相互作用信号通路中富集。PPI网络和Cytoscape分析筛选出4个枢纽基因,即VCP、PRKDC、RBPJ、MYH11,且VCP基因突变造成蛋白质空间结构和功能的改变。结论:肾小管间质性肾病易感基因主要富集在离子跨膜转运的调节、蛋白质转运的调控、蛋白质磷酸化等生物过程,TGF-β信号通路、细胞因子-细胞因子受体相互作用信号通路中。VCP基因可能与肾小管间质性肾病有关。 展开更多

关键词 肾小管间质性肾病 全外显子组测序 基因-表型关联 通路富集分析 蛋白质三级结构模型

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基于网络药理学探讨石菖蒲治疗血管性痴呆的作用机制 被引量：13

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作者 吴林 陈静 +2 位作者 唐秀松 王清碧 陈炜 《中华中医药学刊》 CAS 北大核心 2021年第5期9-12,I0013-I0016,共8页

目的基于网络药理学探讨石菖蒲治疗血管性痴呆(VD)的作用机制。方法筛选石菖蒲的活性成分,构建石菖蒲活性成分—作用靶点网络和蛋白相互作用网络,对靶点涉及的生物功能和通路进行分析。结果从石菖蒲中筛选出3个活性成分,作用于25个血管... 目的基于网络药理学探讨石菖蒲治疗血管性痴呆(VD)的作用机制。方法筛选石菖蒲的活性成分,构建石菖蒲活性成分—作用靶点网络和蛋白相互作用网络,对靶点涉及的生物功能和通路进行分析。结果从石菖蒲中筛选出3个活性成分,作用于25个血管性痴呆靶点,石菖蒲治疗VD的核心基因主要有CASP3、MAPK8、RELA、AR等。中药-疾病靶点涉及的GO功能共富集到77条生物过程,主要包括核受体活性、转录因子活性,直接配体调节的序列特异性DNA、类固醇激素受体、类固醇结合、RNA聚合酶II转录因子结合、RNA聚合酶II基础转录因子结合、谷胱甘肽结合等。中药-疾病靶点涉及的KEGG通路主要包括流体剪切应力与动脉粥样硬化通路、 AGE-RAGE信号通路、调控TNF信号通路、PI3K-Akt信号通路、IL-17信号通路、NF-κB信号通路、MAPK号通路等。结论基于网络药理学探讨石菖蒲治疗血管性痴呆的作用机制,为临床治疗VD提供了一定的理论依据,也可为VD新型药物的开发提供方向。 展开更多

关键词 石菖蒲 血管性痴呆 网络药理学 靶点 作用机制 信号通路 KEGG通路富集分析

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基于网络药理学的阳和化岩汤治疗乳腺癌作用机制探讨 被引量：7

7

作者 张洋 刘晓菲 +1 位作者 王楠 朱晴 《辽宁中医杂志》 CAS 2019年第10期2135-2138,2239,共5页

目的:通过网络药理学方法探讨阳和化岩汤治疗乳腺癌的作用机理。方法:运用中药成分数据库TCMID、中药系统药理学数据库和分析平台TCMSP、知网CNKI获取阳和化岩汤的药物主要成分及作用靶标基因,于DRUGBANK数据库中获取乳腺癌疾病相对应... 目的:通过网络药理学方法探讨阳和化岩汤治疗乳腺癌的作用机理。方法:运用中药成分数据库TCMID、中药系统药理学数据库和分析平台TCMSP、知网CNKI获取阳和化岩汤的药物主要成分及作用靶标基因,于DRUGBANK数据库中获取乳腺癌疾病相对应的靶标基因,获取两者相交集靶基因,运用网络可视化软件STRING构建蛋白质间相互作用网络,并将结果进行网络可视化展示,通过网络结构和节点间加权重联系的计算分析算法筛选出重要的关键基因。借助DAVID在线工具进行疾病药物交集靶基因的基因本体论(GO)分析和KEGG通路富集分析。最后利用Cytoscape软件构建阳和化岩汤治疗乳腺癌的'化合物—靶点—通路'网络图。结果:阳和化岩汤靶标基因与乳腺癌疾病靶标基因的交集基因有524个。GO分析结果显示,生物功能包括细胞表面受体连接的信号转导,G蛋白偶联受体蛋白信号通路,细胞内信号级联,第二信使介导的信号,调节细胞增殖维持稳态等,交集靶基因的细胞功能主要在于作用于细胞膜、细胞质及细胞外间隙等。交集靶基因的分子功能主要是相同蛋白结合、肽结合、蛋白质二聚化活性、趋化因子受体结合等。信号通路富集结果显示,阳和化岩汤与乳腺癌交集靶基因的网络主要涉及细胞因子—细胞因子受体相互作用、趋化因子信号通路、PI3K/Akt信号通路、T细胞受体信号通路、VEGF信号通路、Erb B信号通路等。结论:阳和化岩汤治疗乳腺癌是多靶点、多通路共同作用的过程,其机制多与调节肿瘤细胞增殖与凋亡通路相关。 展开更多

关键词 网络药理学 阳和化岩汤 乳腺癌 基因本体论分析 KEGG通路富集分析

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基于网络药理学探析补中益气汤治疗变应性鼻炎的作用机制 被引量：12

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作者 戚媛媛 韩秀丽 +2 位作者 王旗旗 杨祺 王玉明 《世界中医药》 CAS 2021年第20期2987-2991,2998,共6页

目的:基于网络药理学探析补中益气汤治疗变应性鼻炎的作用机制。方法:通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)筛选得到补中益气汤的化学成分和作用靶点,同时利用GeneCards数据库获得与变应性鼻炎治疗相关的靶基因,利用Cytoscape3.7.... 目的:基于网络药理学探析补中益气汤治疗变应性鼻炎的作用机制。方法:通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)筛选得到补中益气汤的化学成分和作用靶点,同时利用GeneCards数据库获得与变应性鼻炎治疗相关的靶基因,利用Cytoscape3.7.1软件将所获得数据进行“药物-成分-疾病-靶点”网络可视化模型构建,使用STRING数据库构建共有靶基因的蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络,最后采用R软件以P<0.05、Q<0.05进行关键靶基因本体(GO)富集分析和京都基因和基因组百科全书(KEGG)功能富集分析。结果:筛选出补中益气汤有效活性成分172个,其治疗变应性鼻炎的机制可能与IL6、VEGFA、JUN、MMP9、MMP2等核心靶蛋白密切相关,推测其主要通过参与IL-17、TNF、HIF-1、Toll样受体、PI3K-AKT、核因子κB、MAPK、Th1和Th2细胞分化、JAK-STAT等信号通路干预调控变应性鼻炎。结论:本研究揭示了补中益气汤治疗变应性鼻炎多基因、多靶点、多通路的网络调节机制,从整体角度阐述了中医药有效的作用机制,为下一步实验研究提供分子层面的思路。 展开更多

关键词 补中益气汤 变应性鼻炎 网络药理学 药物活性成分 靶点 网络可视化模型 蛋白质-蛋白质相互作用网络 通路富集分析

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良恶性乳腺肿瘤外周血基因差异表达研究 被引量：2

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作者 何浪 魏娜 +1 位作者 郭政 王丹 《中国免疫学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2016年第10期1424-1427,1436,共5页

目的:利用基因表达谱数据,探讨良恶性乳腺肿瘤患者外周血基因表达变化。方法:从GEO数据库中获取良性和恶性乳腺肿瘤患者外周血单个核细胞(PBMCs)表达谱。GEO2R在线工具筛选差异表达基因,DAVID工具富集基因功能和通路。STRING数据库构建... 目的:利用基因表达谱数据,探讨良恶性乳腺肿瘤患者外周血基因表达变化。方法:从GEO数据库中获取良性和恶性乳腺肿瘤患者外周血单个核细胞(PBMCs)表达谱。GEO2R在线工具筛选差异表达基因,DAVID工具富集基因功能和通路。STRING数据库构建差异表达基因蛋白产物相互作用的网络,筛选核心基因。结果:良恶性乳腺肿瘤分别筛选到563和237个差异基因,乳腺癌差异基因涉及白细胞激活、血管生成等生物学过程以及白细胞跨内皮迁移信号通路。IL8、RHOB、ITGB1等为关键基因。结论:良恶性乳腺肿瘤患者外周血基因表达模式存在明显差异,为将外周血作为替代材料应用于乳腺肿瘤的诊断及监测研究开辟了新思路。 展开更多

关键词 乳腺肿瘤 外周血单个核细胞 差异表达基因 通路富集分析

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儿童噬血细胞性淋巴组织细胞增生症发病机制的生物信息学研究 被引量：2

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作者 欧丹艳 袁媛 罗建明 《医学研究生学报》 CAS 北大核心 2014年第4期382-386,共5页

目的噬血细胞性淋巴组织细胞增生症(hemophagocytic lymphohistiocytosis,HLH)是一种致命的过度炎症性疾病,好发于儿童,死亡率高达40%。为进一步了解儿童HLH的发病机制,研究利用生物信息学方法筛选儿童HLH相关基因,并进行通路富集分析... 目的噬血细胞性淋巴组织细胞增生症(hemophagocytic lymphohistiocytosis,HLH)是一种致命的过度炎症性疾病,好发于儿童,死亡率高达40%。为进一步了解儿童HLH的发病机制,研究利用生物信息学方法筛选儿童HLH相关基因,并进行通路富集分析。方法从GEO数据库中获得儿童HLH外周血单个核细胞基因表达谱数据集GSE26050,利用GEO2R在线分析工具筛选差异表达基因,随后使用DAVID数据库的KEGG通路富集方法对其进行分析。结果筛选出表达差异2倍及以上的基因184个,其中126个为上调基因、58个为下调基因;富集出3条通路:细胞因子-细胞因子受体相互作用、造血细胞谱及NOD样受体通路。结论通过生物信息学方法可筛选出儿童HLH相关基因及与之发生发展密切相关的生物通路,为进一步揭示儿童HLH发病机制提供实验参考。 展开更多

关键词 噬血细胞性淋巴组织细胞增生症 儿童 差异表达基因 通路富集分析

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皂荚与野皂荚刺中次生代谢物的差异 被引量：3

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作者 耿瑜欣 李红姣 +4 位作者 郑建伟 张芹 于丽娜 李佳秋 李保会 《林业科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2022年第4期82-94,共13页

【目的】皂刺中的许多次生代谢物是药用活性成分。本文旨在探究皂荚与野皂荚刺的差异次生代谢物及进行差异代谢途径富集分析,为皂刺功能性化合物分离鉴定以及研究开发提供理论依据。【方法】以皂荚和野皂荚的1年生棘刺为材料,用UPLC-MS... 【目的】皂刺中的许多次生代谢物是药用活性成分。本文旨在探究皂荚与野皂荚刺的差异次生代谢物及进行差异代谢途径富集分析,为皂刺功能性化合物分离鉴定以及研究开发提供理论依据。【方法】以皂荚和野皂荚的1年生棘刺为材料,用UPLC-MS/MS检测平台和自建数据库MWDB4.0进行代谢组分析。【结果】1)2个种的皂刺中共检测到457种次生代谢物,分为酚酸、生物碱、萜类、黄酮、木脂素、香豆素、鞣质类、其他8大类,酚酸和黄酮占比较大;2)野皂荚刺与皂荚刺相比,共有213种显著差异代谢物,其中121种物质在野皂荚刺中含量较高,包括55种酚酸,54种黄酮,5种木脂素和香豆素,4种生物碱,2种萜类,1种其他;92种物质在皂荚刺中含量较高,包括21种酚酸,19种黄酮,14种鞣质,14种生物碱,8种木脂素和香豆素,16种其他。3)皂荚刺中特有的代谢物有22种,异牡荆素-2″-O-鼠李糖苷、N,N′-二阿魏酰腐胺、香叶木素-8-C-(2″-O-鼠李糖基)葡萄糖苷、紫檀芪、原花青素C2相对含量较高,野皂荚刺中特有的代谢物有27种,松柏苷、5-O-咖啡酰莽草酸、槲皮素-3-O-(2″-对香豆酰)葡萄糖苷的相对含量较高。4)差异代谢物的代谢途径分析表明“茋类、二芳基庚烷类和姜酚的生物合成”途径中显著差异代谢物富集显著,苯丙烷生物合成和类黄酮代谢的差异代谢物富集较多。【结论】皂荚和野皂荚刺中共检测到457种次生代谢物;差异代谢物质主要是黄酮和酚酸类;茋类、二芳基庚烷类和姜酚的生物合成的差异代谢物显著富集(P<0.05),苯丙烷生物合成和黄酮类生物合成的差异代谢物富集较多。 展开更多

关键词 皂荚 野皂荚 皂刺 代谢组 差异代谢物 通路富集分析

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干燥综合征相关差异表达基因的筛选 被引量：4

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作者 赵文甲 刘维 吴沅皞 《医学研究生学报》 CAS 北大核心 2018年第9期916-920,共5页

目的干燥综合征(SS)被认为是仅次于类风湿关节炎的常见风湿免疫病。文章利用基因表达谱数据,筛选SS相关基因,以进一步探讨SS的发病机制,寻找治疗SS的潜在药物治疗靶点。方法采用Affymetrix Human Genome U133 Plus2.0Array平台,疾病组... 目的干燥综合征(SS)被认为是仅次于类风湿关节炎的常见风湿免疫病。文章利用基因表达谱数据,筛选SS相关基因,以进一步探讨SS的发病机制,寻找治疗SS的潜在药物治疗靶点。方法采用Affymetrix Human Genome U133 Plus2.0Array平台,疾病组织类型为人类腮腺组织,包括符合2002年美欧共识小组诊断标准的SS样本24份及非SS样本25份。从GEO数据库中获取SS样本腮腺组织细胞表达谱。GEO2R在线工具筛选差异表达基因,DAVID工具富集基因功能和通路。STRING数据库构建差异表达基因蛋白产物相互作用的网络,将数据导入Cytoscape软件,计算网络拓扑特性,筛选核心基因。结果 SS样本中分别筛选到24个上调基因和147个下调差异基因,差异基因涉及细胞黏附分子、肠道免疫网络Ig A分泌、病毒性心肌炎、类风湿关节炎及白细胞跨内皮迁移信号通路。PTPRC、CD86、STAT1、FYN、LCP2为关键基因。结论通过生物信息学方法可筛选出SS相关生物通路以及关键基因,为进一步揭示SS发病机制提供参考。 展开更多

关键词 干燥综合征 通路富集分析 基因 差异表达

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基于网络药理学探讨三子养亲汤治疗慢性阻塞性肺疾病的作用机制 被引量：4

13

作者 马馨蕊 吕晓东 +2 位作者 庞立建 刘勇明 梁元钰 《世界中医药》 CAS 2022年第11期1560-1564,共5页

目的:运用网络药理学的研究方法探讨三子养亲汤治疗慢性阻塞性肺疾病(COPD)的作用机制。方法:利用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)对三子养亲汤中药物的化学成分、作用靶标进行检索与筛选;利用GeneCards数据库对COPD的相关靶标... 目的:运用网络药理学的研究方法探讨三子养亲汤治疗慢性阻塞性肺疾病(COPD)的作用机制。方法:利用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)对三子养亲汤中药物的化学成分、作用靶标进行检索与筛选;利用GeneCards数据库对COPD的相关靶标进行检索与筛选;取药物与疾病的交集靶点,将交集靶点输入到String数据库进行分析,构建多层次网络和蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络,并对其进行基因本体(GO)富集分析和京都基因和基因组百科全书(KEGG)富集分析。结果:筛选后得出22个三子养亲汤有效成分和231个作用靶点。COPD相关基因中Relevance score大于3的基因有5737个,药物与疾病的共有靶点有115个。PPI网络分析得出,三子养亲汤治疗COPD与AKT1、MAPK1、IL6、JUN、CASP3等基因有关。GO功能富集分析和KEGG通路富集分析得到GO条目170个、KEGG通路162条。KEGG通路富集分析得出三子养亲汤治疗COPD主要通过包括Lipid and atherosclerosis和PI3K-AKT signaling pathway等通路进行调控。结论:本研究从网络药理学的方向,系统地阐述了三子养亲汤通过药物的多成分、多靶点特点对慢性阻塞性肺疾病产生作用机制,为三子养亲汤治疗慢性阻塞性肺疾病的进一步研究提供了基础。 展开更多

关键词 三子养亲汤 慢性阻塞性肺疾病 网络药理学 蛋白质-蛋白质相互作用网络 基因本体功能富集分析 京都基因和基因组百科全书通路富集分析

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基于网络药理学探讨益母草-马齿苋治疗异常子宫出血的作用机制 被引量：8

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作者 秦璐璐 刘文琼 《特产研究》 2022年第1期43-54,共12页

本研究基于网络药理学方法预测益母草-马齿苋治疗异常子宫出血(AUB)的关键靶点并分析其潜在的作用机制。通过TCMSP数据库、《中药词典》以及相关文献获取益母草-马齿苋的中药成分及作用靶点,并对靶基因进行注释通过GeneCards和OMIM数据... 本研究基于网络药理学方法预测益母草-马齿苋治疗异常子宫出血(AUB)的关键靶点并分析其潜在的作用机制。通过TCMSP数据库、《中药词典》以及相关文献获取益母草-马齿苋的中药成分及作用靶点,并对靶基因进行注释通过GeneCards和OMIM数据库对AUB的相关靶基因进行检索,运用Cytoscape软件与STRING数据库构建"中药-成分-疾病-靶点"调控网络和蛋白互作网络;通过Bioconductor软件对靶点的GO及KEGG通路进行富集分析利用AutoDock Vina对核心活性成分和核心蛋白靶点进行分子对接验证,PyMOL软件绘制对接结果图。结果表明以口服生物利用度(OB)和类药性(DL)为标准,并检索《中药词典》及相关文献最终从益母草-马齿苋中共筛选出19个有效成分,与疾病相对应的作用靶点共92个最终通过GO和KEGG富集分析获得相关基因通路,分子对接结果表明其核心活性成分与核心蛋白靶点之间具有较强的结合活性。本文初步得出益母草-马齿苋可能通过多成分多靶点发挥调控细胞增殖和凋亡、促进血管再生、抑制炎症反应和调节激素分泌等作用,对异常子宫出血起到相应的治疗作用。 展开更多

关键词 益母草-马齿苋 异常子宫出血 网络药理学 作用机制 GO和KEGG通路富集分析 分子对接

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基于网络药理学探讨小青龙汤治疗慢性阻塞性肺疾病的作用机制 被引量：18

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作者 张平安 高娜 +3 位作者 陈明哲 张莹雪 李奕璇 吴建军 《世界中医药》 CAS 2021年第24期3585-3590,3595,共7页

目的:利用网络药理学分析小青龙汤治疗慢性阻塞性肺疾病(COPD)的作用机制。方法:在中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)检索小青龙汤药物活性成分和靶点,绘制中药-化合物-靶基因网络,筛选关键化合物;利用GeneCards和人类孟德尔遗传... 目的:利用网络药理学分析小青龙汤治疗慢性阻塞性肺疾病(COPD)的作用机制。方法:在中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)检索小青龙汤药物活性成分和靶点,绘制中药-化合物-靶基因网络,筛选关键化合物;利用GeneCards和人类孟德尔遗传数据库(OMIM)搜索COPD疾病基因;绘制韦恩图并获取药物-疾病共同基因;利用小青龙汤-慢阻肺药物疾病共同基因绘制蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络,根据网络关系选择核心基因;对核心基因分别进行基因本体(GO)功能注释和富集分析和京都基因和基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。结果:挖掘得到小青龙汤中药活性成分137个,潜在作用靶点188个,慢性阻塞性肺疾病相关靶点6949个,小青龙汤-COPD共同靶点160个,主要富集于92个生物过程和49条信号通路上。结论:小青龙汤中多个药物含有山柰酚、槲皮素、(+)-儿茶素、豆甾醇、β-谷固醇等成分,可作用于AKT1、IL6、MAPK1、PTGS2、TP53等核心基因,调控氧化应激反应、血小板α-颗粒等生物过程,参与HIF-1、PI3K-AKT信号通路的调节,干预氧化应激反应和炎症反应等过程,产生抑制炎症反应、抗氧化应激的作用,进而通过上述过程参与COPD的炎症反应与氧化应激过程。 展开更多

关键词 网络药理学 小青龙汤 慢性阻塞性肺疾病 靶基因 GO功能注释 KEGG通路富集分析 炎症反应 氧化应激

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高原红细胞增多症差异DNA甲基化谱研究

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作者 冀君华 杨敏 +5 位作者 蒋艳 杨庭显 马晓静 尹启超 尹红卫 冀林华 《中国实验血液学杂志》 2025年第2期580-586,共7页

目的:探讨高原红细胞增多症(HAPC)患者全基因组差异甲基化谱。方法:研究共纳入HAPC成年男性患者20例,藏、汉族患者各10例。对照组健康成年男性20例,藏、汉族各10例。取各组外周血进行DNA抽取与质检,构建DNA文库,组间的差异甲基化区域(D... 目的:探讨高原红细胞增多症(HAPC)患者全基因组差异甲基化谱。方法:研究共纳入HAPC成年男性患者20例,藏、汉族患者各10例。对照组健康成年男性20例,藏、汉族各10例。取各组外周血进行DNA抽取与质检,构建DNA文库,组间的差异甲基化区域(DMR)使用简化代表性亚硫酸氢盐测序的方法进行检测,比对参考基因,将富集区域与对照组比较,取差异富集区域,差异富集区域取交集,将富集区域关联到基因,并根据组间富集区域富集样本个数差异筛选组间差异的甲基化富集区域,针对差异关联基因集进行GO、KEGG功能和通路富集分析。结果:藏族患者与对照组相比单个CpG甲基化差异>25%的位点共17152个,<-25%的位点共15558个。两组间甲基化差值最大的5个基因分别为MCCC2、RP3-399L15.3、ZNF621、RP11-394A14.2和SLC39A10。两组差异基因的信号通路注释中差异最显著的通路为血清素能突触。汉族患者与对照组相比单个CpG甲基化差异>25%的位点共2687个,<-25%的位点共2602个。两组间甲基化差值最大的5个基因分别为NAA25、CORO2B、PDC、ZNF853和MLLT10。差异最显著的基因信号通路为谷氨酸能突触、Rap1信号通路、逆行内源性大麻素信号传导和胆碱能突触。HAPC患者与对照组相比单个CpG甲基化差异位点>25%的位点共3895个,<-25%的位点共3969个。两组甲基化差值最大的能达到78.1%,而最小为-42.6%,两组间甲基化差值最大的5个基因分别为MCCC2、ARSJ、CTNNA3、SLC39A10和SWAP70。差异基因最为显著的通路为调节干细胞多能性的信号通路。结论:HAPC的发生可能与DNA甲基化异常变化有关,甲基化位点可能对HAPC的早期诊断具有一定的帮助。 展开更多

关键词 高原红细胞增多症 表观遗传学 DNA甲基化 功能和通路富集分析

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