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基于机器学习方法的丙型肝炎病毒非结构蛋白5B聚合酶抑制剂活性预测(英文)
被引量:
5
1
作者
吕巍
薛英
《物理化学学报》
SCIE
CAS
CSCD
北大核心
2011年第6期1407-1416,共10页
在丙型肝炎病毒(HCV)的基因复制和蛋白质成熟的过程中,非结构蛋白5B(NS5B)作为RNA依赖的RNA聚合酶起到了重要的作用.抑制NS5B聚合酶可以阻止丙型肝炎病毒的RNA复制,因此成为一种治疗丙型肝炎的有效方法.通过计算机方法进行虚拟筛选和预...
在丙型肝炎病毒(HCV)的基因复制和蛋白质成熟的过程中,非结构蛋白5B(NS5B)作为RNA依赖的RNA聚合酶起到了重要的作用.抑制NS5B聚合酶可以阻止丙型肝炎病毒的RNA复制,因此成为一种治疗丙型肝炎的有效方法.通过计算机方法进行虚拟筛选和预测NS5B聚合酶抑制剂已经变得越来越重要.本文主要采用机器学习方法(支持向量机(SVM)、k-最近相邻法(k-NN)和C4.5决策树(C4.5DT))对已知的丙型肝炎病毒NS5B蛋白酶抑制剂与非抑制剂建立分类预测模型.1248个结构多样性化合物(552个NS5B抑制剂与696个非NS5B抑制剂)被用于测试分类预测系统,并用递归变量消除法选择与NS5B抑制剂相关的性质描述符以提高预测精度.独立验证集的总预测精度为84.1%-85.0%,NS5B抑制剂的预测精度为81.4%-91.7%,非NS5B抑制剂的预测精度为78.2%-87.2%.其中支持向量机给出最好的NS5B抑制剂预测精度(91.7%);C4.5决策树给出最好的非NS5B抑制剂预测精度(87.2%);k-最近相邻法给出最好的总预测精度(85.0%).研究表明机器学习方法可以有效预测未知数据集中潜在的NS5B抑制剂,并有助于发现与其相关的分子描述符.
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关键词
机器学习方
法
分子描述符
递归变量消除法
支持向量机
丙型肝炎病毒
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职称材料
基于机器学习方法的激素敏感脂肪酶抑制剂活性预测(英文)
被引量:
4
2
作者
吕巍
薛英
《物理化学学报》
SCIE
CAS
CSCD
北大核心
2010年第2期471-477,共7页
脂肪组织中,激素敏感脂肪酶(HSL)被认为是调节脂肪酸代谢的关键限速酶.HSL在糖尿病的发病过程中起重要作用,抑制HSL活性有助于糖尿病的治疗,因此探索新颖的HSL抑制剂成为当前研究的热门.在激素敏感脂肪酶的作用机制和三维结构缺乏的情况...
脂肪组织中,激素敏感脂肪酶(HSL)被认为是调节脂肪酸代谢的关键限速酶.HSL在糖尿病的发病过程中起重要作用,抑制HSL活性有助于糖尿病的治疗,因此探索新颖的HSL抑制剂成为当前研究的热门.在激素敏感脂肪酶的作用机制和三维结构缺乏的情况下,需要发展预测HSL抑制剂的方法.本文采用几种机器学习方法(支持向量机(SVM)、k-最近相邻法(k-NN)和C4.5决策树(C4.5DT))对已知的HSL抑制剂与非抑制剂建立分类预测模型.252个结构多样性化合物(123个HSL抑制剂与129个HSL非抑制剂)被用于测试分类预测系统,并用递归变量消除法选择与HSL抑制剂相关的性质描述符以提高预测精度.本研究对独立验证集的总预测精度为75.0%-80.0%,HSL抑制剂的预测精度为85.7%-90.5%,非HSL抑制剂的预测精度为63.2%-68.4%.支持向量机方法给出最好的总预测精度(80.0%).本研究表明支持向量机等机器学习方法可以有效预测未知数据集中潜在的HSL抑制剂,并有助于发现与其相关的分子描述符.
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关键词
支持向量机激
素敏感脂肪酶
机器学习方
法
分子描述符
递归变量消除法
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职称材料
题名
基于机器学习方法的丙型肝炎病毒非结构蛋白5B聚合酶抑制剂活性预测(英文)
被引量:
5
1
作者
吕巍
薛英
机构
山东农业大学生命科学学院
四川大学化学学院
四川大学生物治疗国家重点实验室
出处
《物理化学学报》
SCIE
CAS
CSCD
北大核心
2011年第6期1407-1416,共10页
基金
supported by the National Key Basic Research Program of China(2009CB118500)
Scientific Research Foundation for theReturned Overseas Chinese Scholars,Ministry of Education,China(20071108-18-15)~~
文摘
在丙型肝炎病毒(HCV)的基因复制和蛋白质成熟的过程中,非结构蛋白5B(NS5B)作为RNA依赖的RNA聚合酶起到了重要的作用.抑制NS5B聚合酶可以阻止丙型肝炎病毒的RNA复制,因此成为一种治疗丙型肝炎的有效方法.通过计算机方法进行虚拟筛选和预测NS5B聚合酶抑制剂已经变得越来越重要.本文主要采用机器学习方法(支持向量机(SVM)、k-最近相邻法(k-NN)和C4.5决策树(C4.5DT))对已知的丙型肝炎病毒NS5B蛋白酶抑制剂与非抑制剂建立分类预测模型.1248个结构多样性化合物(552个NS5B抑制剂与696个非NS5B抑制剂)被用于测试分类预测系统,并用递归变量消除法选择与NS5B抑制剂相关的性质描述符以提高预测精度.独立验证集的总预测精度为84.1%-85.0%,NS5B抑制剂的预测精度为81.4%-91.7%,非NS5B抑制剂的预测精度为78.2%-87.2%.其中支持向量机给出最好的NS5B抑制剂预测精度(91.7%);C4.5决策树给出最好的非NS5B抑制剂预测精度(87.2%);k-最近相邻法给出最好的总预测精度(85.0%).研究表明机器学习方法可以有效预测未知数据集中潜在的NS5B抑制剂,并有助于发现与其相关的分子描述符.
关键词
机器学习方
法
分子描述符
递归变量消除法
支持向量机
丙型肝炎病毒
Keywords
Machine learning method
Molecular descriptor
Recursive feature elimination
Support vector machine
Hepatitis C virus
分类号
R373 [医药卫生—病原生物学]
在线阅读
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职称材料
题名
基于机器学习方法的激素敏感脂肪酶抑制剂活性预测(英文)
被引量:
4
2
作者
吕巍
薛英
机构
四川大学化学学院
四川大学生物治疗国家重点实验室
出处
《物理化学学报》
SCIE
CAS
CSCD
北大核心
2010年第2期471-477,共7页
基金
国家自然科学基金(20773089)
教育部留学归国人员科研启动基金(20071108-18-15)资助项目~~
文摘
脂肪组织中,激素敏感脂肪酶(HSL)被认为是调节脂肪酸代谢的关键限速酶.HSL在糖尿病的发病过程中起重要作用,抑制HSL活性有助于糖尿病的治疗,因此探索新颖的HSL抑制剂成为当前研究的热门.在激素敏感脂肪酶的作用机制和三维结构缺乏的情况下,需要发展预测HSL抑制剂的方法.本文采用几种机器学习方法(支持向量机(SVM)、k-最近相邻法(k-NN)和C4.5决策树(C4.5DT))对已知的HSL抑制剂与非抑制剂建立分类预测模型.252个结构多样性化合物(123个HSL抑制剂与129个HSL非抑制剂)被用于测试分类预测系统,并用递归变量消除法选择与HSL抑制剂相关的性质描述符以提高预测精度.本研究对独立验证集的总预测精度为75.0%-80.0%,HSL抑制剂的预测精度为85.7%-90.5%,非HSL抑制剂的预测精度为63.2%-68.4%.支持向量机方法给出最好的总预测精度(80.0%).本研究表明支持向量机等机器学习方法可以有效预测未知数据集中潜在的HSL抑制剂,并有助于发现与其相关的分子描述符.
关键词
支持向量机激
素敏感脂肪酶
机器学习方
法
分子描述符
递归变量消除法
Keywords
Support vector machine
Hormone-sensitive lipase
Machine learning method
Moleculardescriptor
Recursive feature elimination
分类号
R587.1 [医药卫生—内分泌]
在线阅读
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
基于机器学习方法的丙型肝炎病毒非结构蛋白5B聚合酶抑制剂活性预测(英文)
吕巍
薛英
《物理化学学报》
SCIE
CAS
CSCD
北大核心
2011
5
在线阅读
下载PDF
职称材料
2
基于机器学习方法的激素敏感脂肪酶抑制剂活性预测(英文)
吕巍
薛英
《物理化学学报》
SCIE
CAS
CSCD
北大核心
2010
4
在线阅读
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职称材料
已选择
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