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题名“特藏寒羊”群体遗传结构分析与选择信号的对比分析
被引量：2
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作者
王婷
张元庆
闫益波
上官明军
郭宏宇
王志武
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机构
山西农业大学动物科学学院
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出处
《畜牧兽医学报》
CAS
CSCD
北大核心
2024年第7期2913-2926,共14页
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基金
山西省重点研发(2022ZDYF114,2022ZDYF114-1)
山西省农业农村厅育种联合攻关项目(YZGG-09,YZGG-09-03)。
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文摘
旨在了解“特藏寒羊”群体遗传结构和优势性能的遗传来源,为配种方案和杂交利用提供依据,帮助组建特定性能的家系。本研究应用SNP 50K v3芯片对50只“特藏寒羊”(公羊18只,母羊32只)、24只特克塞尔羊(公母各半)和48只欧拉羊(藏系绵羊)(公羊20只,母羊28只)进行单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphisim,SNPs)检测;使用Plink、GCTA和MegaX软件对“特藏寒羊”进行遗传结构分析;Tajima’D法对“特藏寒羊”、特克塞尔羊和欧拉羊(藏系绵羊)进行群体内基因组选择信号分析,将“特藏寒羊”的选择信号分别与特克赛尔羊和欧拉羊(藏系绵羊)的选择信号取交集进行GO和KEGG功能富集分析,找到可能影响“特藏寒羊”优势性能的亲本来源和相关基因。结果显示:“特藏寒羊”平均多态信息含量(PIC)为0.26±0.12,平均期望杂合度(He)为0.36±0.14,平均观测杂合度(Ho)为0.37±0.16,平均最小等位基因频率(MAF)为0.25±0.15,平均有效等位基因数(Ne)为1.59±0.07;ROHs长度主要分布在1~5 Mb,占比50.4%,长度20 Mb+的ROH占比9.52%,近交系数F_(ROH)中位数为0.085;遗传距离D值为0.1527~0.3491,平均遗传距离0.2796;NJ聚类分析共划分5个家系,家系内个体分布不均;“特藏寒羊”与欧拉羊(藏系绵羊)交集信号定位的基因与免疫相关,包括原发性免疫缺陷、造血细胞系和T细胞受体信号通路;“特藏寒羊”与特克塞尔羊交集信号定位的基因与生物代谢相关。综上所述,“特藏寒羊”存在一定程度近交,需加强管理;欧拉羊(藏系绵羊)更影响“特藏寒羊”免疫功能,特克塞尔羊更影响“特藏寒羊”生长发育和肉质性状。
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关键词
群体遗传结构
选择信号分析
欧拉羊(藏系绵羊)
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Keywords
population genetic structure
selective signals analysis
Euler Tibetan sheep
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分类号
S826.2
[农业科学—畜牧学]
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