逆转录转座子LINE-1与肿瘤的发生和发展 被引量：10

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作者 刘茜 王瑾晖 +1 位作者 李晓宇 岑山 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2016年第2期93-102,共10页

LINE-1是现今人体内存在的唯一具有自主转座活性的转座子,约有500 000个拷贝,占人类基因组总量的17%。LINE-1是通过转录和逆转录在内的转座过程产生新的DNA拷贝,并使新产生的DNA拷贝插入基因组的不同位置。LINE-1转座会影响基因组中其... LINE-1是现今人体内存在的唯一具有自主转座活性的转座子,约有500 000个拷贝,占人类基因组总量的17%。LINE-1是通过转录和逆转录在内的转座过程产生新的DNA拷贝,并使新产生的DNA拷贝插入基因组的不同位置。LINE-1转座会影响基因组中其他基因的表达或调控,因而会对基因组的稳定性产生影响,从而导致基因疾病或肿瘤的发生。本文总结了近年来国际上对LINE-1转座与肿瘤的发生和发展之间关系的研究进展,为肿瘤的治疗和机制研究提供一些线索。 展开更多

关键词 转座 逆转录转座子 基因组 LINE-1 肿瘤 基因稳定性 逆转录酶

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辣椒Ty3-gypsy逆转录转座子逆转录酶序列的克隆及分析

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作者 李宁 杨生保 +5 位作者 杨涛 王柏柯 唐亚萍 王强 帕提古丽.艾斯木托拉 余庆辉 《新疆农业科学》 CAS CSCD 北大核心 2016年第12期2166-2174,共9页

【目的】从辣椒基因组中克隆Ty3-gypsy逆转录转座子逆转录酶序列,分析其家族特性及进化关系。【方法】根据Ty3-gypsy逆转录转座子逆转录酶保守区域设计简并引物,通过PCR扩增、回收、克隆、测序得到的目的基因序列。【结果】克隆从辣椒... 【目的】从辣椒基因组中克隆Ty3-gypsy逆转录转座子逆转录酶序列,分析其家族特性及进化关系。【方法】根据Ty3-gypsy逆转录转座子逆转录酶保守区域设计简并引物,通过PCR扩增、回收、克隆、测序得到的目的基因序列。【结果】克隆从辣椒基因组14条逆转录转座子逆转录酶序列,序列大小均为340 bp左右。生物信息学分析表明,序列长度变化范围为310~345 bp,同源性范围为60.2%~99.1%。这些核苷酸序列具有较高的异质性,主要表现为终止密码子突变。聚类分析可将所得序列分为5大类,基于逆转录酶序列进行的不同物种进化树分析显示,第Ⅳ、Ⅴ类序列与荸荠、潘那利番茄等组成一大类,可能是逆转录转座子横向传递的结果。【结论】辣椒Ty3-gypsy逆转录转座子逆转录酶序列具有普遍性、异质性等特点,与荸荠、潘那利番茄等物种的同类型逆转座子可能有相同的起源。 展开更多

关键词 辣椒 Ty3-gypsy逆转录转座子 逆转录酶

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家蚕LTR逆转录转座子的鉴定、分类及系统发育分析

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作者 许红恩 韩民锦 +3 位作者 张化浩 沈以红 向仲怀 张泽 《昆虫学报》 CAS CSCD 北大核心 2011年第11期1211-1222,共12页

转座子是真核生物基因组的重要组成成分。为了研究家蚕Bombyx mori长末端重复序列(long terminal repeat,LTR)逆转录转座子的分类及进化,本研究采用denovo预测和同源性搜索相结合的方法,在家蚕基因组中共鉴定出了38个LTR逆转录转座子家... 转座子是真核生物基因组的重要组成成分。为了研究家蚕Bombyx mori长末端重复序列(long terminal repeat,LTR)逆转录转座子的分类及进化,本研究采用denovo预测和同源性搜索相结合的方法,在家蚕基因组中共鉴定出了38个LTR逆转录转座子家族,序列长度占整个基因组的0.64%,远小于先前预测的11.8%,其中有6个家族为本研究的新发现。38个家族中,26个家族有表达序列标签(expression sequencetag,EST)证据,表明这些家族具有潜在的活性。对有EST证据的6个家族和没有EST证据的5个家族用RT-PCR进行了组织表达谱实验,结果表明这11个家族在一些组织中有表达,这进一步证实了这些家族具有转录活性,基于此我们推测家蚕中大部分的LTR逆转录转座子家族很可能具有潜在活性。对转座子的插入时间进行估计,结果表明绝大部分元件都是最近1百万年内插入到家蚕基因组中的。我们还比较了黑腹果蝇Drosophila melanogaster、冈比亚按蚊Anopheles gambiae和家蚕B.mori中Ty3/Gypsy超家族分支的差异,结果表明不同枝在不同昆虫中有着不同的扩张。家蚕中LTR逆转录转座子的鉴定和系统分析有助于我们理解逆转录转座子在昆虫进化中的作用。 展开更多

关键词 家蚕 基因组 转座元件 LTR逆转录转座子 系统发育分析 组织表达谱

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栉孔扇贝LTR逆转录转座子的基因组分布特征及时空表达模式分析

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作者 刘盼盼 李语丽 +3 位作者 刘福云 于洪伟 包振民 王师 《中国海洋大学学报（自然科学版）》 CAS CSCD 北大核心 2020年第10期47-54,共8页

长末端重复序列(LTR)逆转录转座子在真核生物中是普遍存在的,通过“复制-黏贴”的方式插入到基因组的其它位置,影响基因的活性及基因组的结构。DNA测序技术的快速发展为分子生物学研究提供了大量的组学资源,也为全基因组水平逆转录转座... 长末端重复序列(LTR)逆转录转座子在真核生物中是普遍存在的,通过“复制-黏贴”的方式插入到基因组的其它位置,影响基因的活性及基因组的结构。DNA测序技术的快速发展为分子生物学研究提供了大量的组学资源,也为全基因组水平逆转录转座子的系统分析提供了数据支持。本研究基于已发表的栉孔扇贝(Chlamys farreri)基因组信息,系统分析了栉孔扇贝LTR逆转录转座子的基因组分布特征及在胚胎发育各个时期和成体各个组织的表达模式。研究发现栉孔扇贝LTR总长度与染色体长度呈正相关关系,而LTR密度(每Mb染色体上的LTR拷贝数)与染色体长度呈负相关关系;Gypsy、Ngaro和DIRS是栉孔扇贝基因组中数量最多、总长度最长的三类LTR亚家族,且主要分布在基因间区;相比于其它种类的LTR,Gypsy和Ngaro在胚胎发育各个时期和各个成体组织/器官中具有显著的表达优势,而且在胚胎发育过程中呈现动态表达模式,其中表达量的峰值和低谷分别出现在担轮幼虫时期和壳顶幼虫时期;Gypsy和Ngaro在大部分组织/器官中占据表达优势,唯一例外的组织是肝胰腺,其表达量最高的LTR类型为ERV1。本研究对栉孔扇贝逆转录转座子基因组分布特征及时空表达模式的系统分析为进一步理解转座子的功能以及对基因组进化的作用提供了重要线索。 展开更多

关键词 栉孔扇贝 LTR逆转录转座子 分布特征 时空表达模式

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逆转录转座子LINE-1在肿瘤-免疫相关研究中的新进展 被引量：1

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作者 张蕊(综述) 于津浦(审阅) 《中国肿瘤生物治疗杂志》 CAS CSCD 北大核心 2021年第6期616-623,共8页

长散布元件-1(long interspersed nuclear element-1,LINE-1)逆转录转座子是肿瘤中染色体不稳定、基因组不稳定和遗传异质性的主要标志,并已成为许多疾病发生、发展和不良预后的标志物之一。LINE-1也参与调控免疫系统,并通过多种方式影... 长散布元件-1(long interspersed nuclear element-1,LINE-1)逆转录转座子是肿瘤中染色体不稳定、基因组不稳定和遗传异质性的主要标志,并已成为许多疾病发生、发展和不良预后的标志物之一。LINE-1也参与调控免疫系统,并通过多种方式影响免疫微环境。LINE-1逆转录转座子的异常表达可对先天免疫应答产生强烈刺激,激活免疫系统,引发自身免疫和炎症反应。因此,抑制LINE-1的活性已成为多种肿瘤的潜在治疗策略。本文主要综述了LINE-1的调控机制、LINE-1与肿瘤和免疫的相关性以及LINE-1的多种抑制剂,为LINE-1的研究提供了新的认识。 展开更多

关键词 逆转录转座 LINE-1 调控机制 肿瘤 免疫 抑制剂

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LINE-1编码的逆转录酶在肿瘤形成过程中的作用 被引量：3

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作者 叶仲杰 刘启鹏 +1 位作者 岑山 李晓宇 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2017年第5期368-376,共9页

逆转录转座子LINE-1是人类基因组中最大的转座子家族,约有500 000个拷贝,占人类基因组总量的17%,同时它也是人类基因组中唯一具有自主转座能力的转座子。LINE-1编码的逆转录酶是LINE-1转座所必需,近年来的研究表明该酶在包括肿瘤形成等... 逆转录转座子LINE-1是人类基因组中最大的转座子家族,约有500 000个拷贝,占人类基因组总量的17%,同时它也是人类基因组中唯一具有自主转座能力的转座子。LINE-1编码的逆转录酶是LINE-1转座所必需,近年来的研究表明该酶在包括肿瘤形成等重要的病理或生理过程中都发挥着重要的作用。抑制该酶的活性可阻滞肿瘤发展的进程、恢复肿瘤细胞的分化状态以及改变肿瘤细胞的转录组谱。本文根据近年来对LINE-1编码的逆转录酶的研究进展,介绍该酶通过对非编码RNA转录组谱的调控在肿瘤形成过程中产生的作用,以期为肿瘤的早期诊断以及抗肿瘤药物的开发提供一些线索。 展开更多

关键词 长散布元件-1 逆转录酶 逆转录转座 非编码RNA 转录组谱 肿瘤

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基因重复驱动的演化:基因组学时代的回顾与展望 被引量：1

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作者 沈洁宇 苏天晗 +2 位作者 余大奇 谭生军 张勇 《遗传》 北大核心 2025年第2期147-171,共25页

基因重复指基因组中一个基因通过多样化的分子机制从一个基因拷贝形成两个或多个重复拷贝的过程,是新基因起源的重要途径之一,对真核生物基因组贡献了约为一半的基因,也推动了物种的适应性演化。在过去50年中,特别是近20年进入组学时代... 基因重复指基因组中一个基因通过多样化的分子机制从一个基因拷贝形成两个或多个重复拷贝的过程,是新基因起源的重要途径之一,对真核生物基因组贡献了约为一半的基因,也推动了物种的适应性演化。在过去50年中,特别是近20年进入组学时代以来,演化遗传学领域对于重复基因的产生机制、演化历程与演化动力展开了广泛而深入的讨论。一方面,重复基因的序列相似性带来的功能冗余使机体具有更强的稳健性;另一方面,重复基因的功能分歧带来了新功能与可演化性的提升。本文全面介绍了上述基因重复的机制、重复基因的命运及演化模型,最后展望了三代测序技术、基因编辑等各种高通量技术将进一步推动重复基因在遗传-发育-演化网络中角色的解析。 展开更多

关键词 基因重复 全基因组重复 逆转录转座 功能冗余 新功能化 亚功能化

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piRNA抑制基因转座的分子机制 被引量：7

8

作者 刘启鹏 安妮 +1 位作者 岑山 李晓宇 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2018年第6期445-450,共6页

转座子是一类可以在染色体上或不同染色体间自由移动的DNA。在高等生物中,处于活跃状态的转座子多为通过RNA中间体进行转座的逆转录转座子。由于逆转录转座子在细胞基因组中占有很高的比例,它的频繁转座能引起细胞基因组结构和功能的改... 转座子是一类可以在染色体上或不同染色体间自由移动的DNA。在高等生物中,处于活跃状态的转座子多为通过RNA中间体进行转座的逆转录转座子。由于逆转录转座子在细胞基因组中占有很高的比例,它的频繁转座能引起细胞基因组结构和功能的改变,导致癌症等严重基因疾病的发生,因此宿主细胞在长期的进化中形成了多种自我保护机制用以控制逆转录转座子活性。属于非编码小RNA的piRNA以其独特的机制在转录及转录后水平控制逆转录转座子RNA中间体的产生,抑制了逆转录转座过程的发生。本文总结了近年来piRNA控制转座子转座相关分子机制的研究进展,以期为转座子及基因调控方面的研究工作提供一些参考。 展开更多

关键词 转座子 逆转录转座子 非编码小干扰RNA PIRNA

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N^(6)-腺苷甲基化修饰及其对LINE-1的调控机制 被引量：1

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作者 张傲 岑山 李晓宇 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2024年第3期209-218,共10页

长散布元件-1(long interspersed elements-1,LINE-1)是现今在人类基因组中唯一具有自主转座能力的转座子,其转座会引起细胞基因组结构和功能的改变,是导致多种严重疾病的重要因素。在转座过程中,LINE-1 mRNA是转座中间体的核心,宿主细... 长散布元件-1(long interspersed elements-1,LINE-1)是现今在人类基因组中唯一具有自主转座能力的转座子,其转座会引起细胞基因组结构和功能的改变,是导致多种严重疾病的重要因素。在转座过程中,LINE-1 mRNA是转座中间体的核心,宿主细胞对其进行相关修饰直接影响转座。N^(6)-腺苷甲基化修饰(m^(6)A)是真核细胞RNA上最丰富且动态可逆的表观遗传修饰。目前发现m^(6)A修饰也存在于LINE-1 mRNA上,参与LINE-1整个生命周期的调控,影响其转座和基因组中LINE-1相邻基因的表达,进而影响基因组稳定性、细胞自我更新与分化潜能,在人类发育和疾病中具有重要作用。本文介绍了LINE-1 m^(6)A修饰的位置、功能以及相关机制,并总结了LINE-1的m^(6)A修饰对其转座调控的研究进展,以期为相关疾病发生发展的机制研究和治疗提供新的思路。 展开更多

关键词 m^(6)A修饰 逆转录转座子 LINE-1 基因组 基因组稳定性

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基因重复的研究进展 被引量：8

10

作者 彭贵子 陈玲玲 田大成 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2006年第7期886-892,共7页

基因重复是基因通过不等交换、逆转录转座或全基因组重复等途径产生一个与原基因相似的基因或碱基序列。它与生物体基因组大小的进化、新基因的起源、物种的分化以及基因抗突变的能力大小等都密切相关。文章综述了重复基因的产生机制、... 基因重复是基因通过不等交换、逆转录转座或全基因组重复等途径产生一个与原基因相似的基因或碱基序列。它与生物体基因组大小的进化、新基因的起源、物种的分化以及基因抗突变的能力大小等都密切相关。文章综述了重复基因的产生机制、保留机制、选择作用、分化途径以及重复基因进化速率等方面的相关研究,揭示了基因重复对生物进化的重要性,以引起大家对该领域的关注。 展开更多

关键词 基因重复 重复基因 不等交换 逆转录转座 全基因组重复

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灵长类动物限制性因子SAMHD1的生物学功能分析 被引量：1

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作者 李爽 郭浩然 魏伟 《吉林大学学报（医学版）》 CAS CSCD 北大核心 2019年第3期484-490,I0001,共8页

目的:探讨不同灵长类动物限制因子不育-α-基序结构域和组氨酸/天冬氨酸残基双联体结构域包涵蛋白1 (SAMHD1)的抗病毒、抑制逆转录转座子LINE-1和减弱干扰素(IFN)产生信号通路等作用,为灵长类动物SAMHD1的研究提供依据。方法:构建稳定... 目的:探讨不同灵长类动物限制因子不育-α-基序结构域和组氨酸/天冬氨酸残基双联体结构域包涵蛋白1 (SAMHD1)的抗病毒、抑制逆转录转座子LINE-1和减弱干扰素(IFN)产生信号通路等作用,为灵长类动物SAMHD1的研究提供依据。方法:构建稳定表达不同灵长类动物SAMHD1蛋白的U937细胞系,以空载体构建的细胞作为阴性对照组,以稳定表达不同灵长类动物SAMHD1蛋白的U937细胞系为实验组。经佛波酯(PMA)刺激分化成巨噬样细胞后,流式细胞术分析各组HIV-1病毒感染率。以单独转染SAMHD1表达质粒的HEK293T细胞为对照组,共同转染SAMHD1与HIV-2/SIV Vpx表达质粒的细胞为实验组,转染后48h收获细胞,采用Western blotting法检测SAMHD1蛋白表达水平,免疫荧光检测法观察不同SAMHD1蛋白的细胞内定位。以单独转染LINE-1-GFP报告质粒的HEK293T细胞作为对照组,以共同转染LINE-1-GFP与SAMHD1表达质粒的细胞为实验组,采用流式细胞术检测GFP阳性细胞率,代表SAMHD1对LINE-1转座子的活性。以单独转染IFN-luc报告质粒的HEK293T细胞为对照组,共同转染IFN-luc和SAMHD1表达质粒的细胞为实验组,采用化学发光仪检测HEK293T细胞中荧光素酶的表达水平。结果:与阴性对照组比较,灵长类动物SAMHD1稳定表达的实验组HIV-1病毒感染率明显降低(P<0.01)。与对照组比较,实验组灵长类动物SAMHD1蛋白表达水平降低(P<0.05或P<0.01)。免疫荧光检测,灵长类动物SAMHD1蛋白均定位于细胞核中。与对照组比较,实验组GFP阳性细胞率明显降低,即SAMHD1对LINE-1转座子活性降低(P<0.05或P<0.01)。与对照组比较,实验组灵长类动物HEK293T细胞中荧光素酶表达水平明显降低(P<0.05)。结论:不同灵长类动物SAMHD1蛋白具有抵抗HIV-1病毒感染、抑制逆转录转座子LINE-1以及拮抗天然免疫系统产生IFN的作用。 展开更多

关键词 灵长类动物 限制因子 不育-α-基序结构域和组氨酸/天冬氨酸残基双联体结构域包涵蛋白1 逆转录病毒 逆转录转座子 VPX

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SLFN14抗LINE-1分子机制研究 被引量：1

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作者 毛洋 丁寄葳 +2 位作者 陈淑敏 岑山 李晓宇 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2020年第7期669-679,共11页

长散在核重复序列1 (long interspersed nuclear element-1, LINE-1)是迄今为止发现的人体基因组中唯一具有自主转座活性的逆转录转座子,其转座常引起宿主基因组不稳定,从而导致包括癌症在内的各种严重基因疾病的发生。宿主因子在宿主抗... 长散在核重复序列1 (long interspersed nuclear element-1, LINE-1)是迄今为止发现的人体基因组中唯一具有自主转座活性的逆转录转座子,其转座常引起宿主基因组不稳定,从而导致包括癌症在内的各种严重基因疾病的发生。宿主因子在宿主抗LINE-1转座中发挥着重要作用。宿主因子SLFN14作为免疫系统重要组成员,具有抗病毒活性。本实验室研究发现SLFN14对于LINE-1的转座具有抑制作用。为进一步探究其具体的作用机制,通过对LINE-1复制周期中的转录、翻译、逆转录、整合环节进行实验分析,证实SLFN14能够通过影响LINE-1 mRNA转录过程及其半衰期,降低LINE-1 mRNA的水平,从而影响LINE-1蛋白及cDNA表达水平,最终导致LINE-1复制受阻。同时,通过对SLFN14活性中心的定位,本研究还发现SLFN14的抗LINE-1活性与其核糖核酸内切酶结构域和核糖体结合结构域密切相关。上述研究结果展示了SLFN14调控LINE-1复制的机制,进一步完善了宿主因子调控网络,为控制因LINE-1复制引起的基因组不稳定提供了新思路。 展开更多

关键词 转座 逆转录转座子 LINE-1 SLFN14 5’-UTR内部启动子区

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