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微滴式数字聚合酶链式反应精准定量检测羊肉中掺杂猪肉 被引量:26
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作者 任君安 邓婷婷 +2 位作者 黄文胜 葛毅强 陈颖 《食品科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2017年第2期311-316,共6页
以羊和猪的单拷贝持家基因DNA复制蛋白A1为靶基因设计合成了适用于微滴式数字聚合酶链式反应的特异性引物和探针,通过理论推导获得了单位质量两种肉基因拷贝数之比的固定值,并进行了验证,据此将样品中羊肉和猪肉的拷贝数转换为相对质量... 以羊和猪的单拷贝持家基因DNA复制蛋白A1为靶基因设计合成了适用于微滴式数字聚合酶链式反应的特异性引物和探针,通过理论推导获得了单位质量两种肉基因拷贝数之比的固定值,并进行了验证,据此将样品中羊肉和猪肉的拷贝数转换为相对质量分数,从而建立了羊肉中掺杂猪肉的精准定量检测方法。该方法可以很好地应用于羊肉中掺杂猪肉的含量检测,猪肉的最低定量限为1%,在5%~80%范围内绝对误差小于±1.30%,相对误差小于±10%,定量结果准确、重复性高,可以为肉类掺假的监管工作提供有力的技术参考。 展开更多
关键词 羊肉 猪肉 精准定量 数字聚合链式反应
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应用微滴式数字聚合酶链式反应定量检测牛肉制品中的猪源性成分 被引量:15
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作者 刘立兵 石蕊寒 +7 位作者 项佳林 孙晓霞 付琦 王金凤 周巍 王素华 郭春海 王建昌 《肉类研究》 北大核心 2018年第9期29-34,共6页
参照GB/T 25165—2010《明胶中牛、羊、猪源性成分的定性检测方法实时荧光聚合酶链式反应法》,以牛的生长激素(growth hormone,GH)基因和猪的朊蛋白(prion protein,PRNP)基因2种核基因为靶基因合成特异性引物和探针。理论推导单位质量... 参照GB/T 25165—2010《明胶中牛、羊、猪源性成分的定性检测方法实时荧光聚合酶链式反应法》,以牛的生长激素(growth hormone,GH)基因和猪的朊蛋白(prion protein,PRNP)基因2种核基因为靶基因合成特异性引物和探针。理论推导单位质量牛肉的GH基因与猪肉PRNP基因拷贝数之比为一固定值,通过微滴式数字聚合酶链式反应(droplet digital polymerase chain reaction,ddPCR)方法对该固定值进行检测和验证,并以该固定值对牛肉/猪肉人工混合样本和市售牛肉制品中的猪肉成分进行定量检测。结果表明:该方法具有良好的准确性及可重复性;牛肉中掺杂猪肉质量分数在5%~99%范围内时,检测结果绝对误差小于1.28%,变异系数小于6.5%,猪肉成分的回收率为99.09%~102.80%;20份牛肉制品中,4份检出猪肉成分,其中3份的相对含量为29.19%~98.15%,1份为0.12%(低于本方法检出限5%)。因此,dd PCR方法可以较好地应用于牛肉制品中掺杂猪肉成分的定量检测。 展开更多
关键词 数字聚合链式反应 牛肉 猪肉 定量检测
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微滴式数字聚合酶链式反应对香肠制品中鸡、猪、牛源性成分的定量分析 被引量:10
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作者 刘立兵 陈敏娜 +6 位作者 孙晓霞 张亦琴 付琦 钱云开 周巍 郭春海 王建昌 《肉类研究》 北大核心 2020年第8期51-56,共6页
为实现肉制品中动物源性成分的定量检测,基于微滴式数字聚合酶链式反应(droplet digital polymerase chain reaction,ddPCR),以鸡的转化生长因子β-3基因、猪的朊蛋白基因和牛的生长激素基因为靶基因,建立香肠制品中鸡、猪、牛源性成分... 为实现肉制品中动物源性成分的定量检测,基于微滴式数字聚合酶链式反应(droplet digital polymerase chain reaction,ddPCR),以鸡的转化生长因子β-3基因、猪的朊蛋白基因和牛的生长激素基因为靶基因,建立香肠制品中鸡、猪、牛源性成分的定量检测方法。结果表明:所建立ddPCR方法特异性强,能特异性检测相应的鸡、猪、牛源性成分;根据肉粉质量(mg)与DNA质量浓度(ng/μL)、DNA质量浓度(ng/μL)与基因拷贝数浓度(copies/μL)之间的线性关系,得到鸡肉粉、猪肉粉和牛肉粉质量(x1)与基因拷贝数浓度(y 2)之间的关系式为:鸡:x1=n×y2/273.946-n/886.557+0.216;猪:x1=n×y2/64.950+n/60.644+0.215;牛:x1=n×y2/62.839+n/12.646+1.218(n为稀释倍数);基于建立的ddPCR方法对64份市售不同种类香肠样品进行检测,在1份原料标识仅为“猪肉”的香肠中检出鸡源性成分含量为18.68%。本研究建立的ddPCR方法能够实现香肠中鸡、猪、牛源性成分的准确定量检测,并可以此判断“蓄意掺假”或“无意带入”。 展开更多
关键词 数字聚合链式反应 鸡、猪、牛源性成分 定量分析 肉类掺假
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基于微滴式数字聚合酶链式反应技术的肉制品中鸭源性成分的定量检测 被引量:7
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作者 刘立兵 员丽娟 +4 位作者 陈敏娜 王金凤 付琦 孙晓霞 王建昌 《肉类研究》 2021年第3期30-32,33,34,共5页
为实现肉制品中鸭源性成分的定量检测,基于微滴式数字聚合酶链式反应(droplet digital polymerase chain reaction,ddPCR)技术,以鸭生长激素(growth hormone,GH)基因为靶基因,建立肉制品中鸭源性成分的定量检测方法。结果表明:所建立的d... 为实现肉制品中鸭源性成分的定量检测,基于微滴式数字聚合酶链式反应(droplet digital polymerase chain reaction,ddPCR)技术,以鸭生长激素(growth hormone,GH)基因为靶基因,建立肉制品中鸭源性成分的定量检测方法。结果表明:所建立的ddPCR方法能特异性检测鸭源性成分,灵敏性为11.1 copies/μL;根据鸭肉粉质量(mg)与DNA质量浓度(ng/μL)、DNA质量浓度(ng/μL)与鸭GH基因拷贝数浓度(copies/μL)之间的线性关系,建立鸭肉粉质量(x)与鸭GH基因拷贝数浓度(y)之间的关系式为x=(n×y)/725.046-n/1317.06+0.153;模拟混合样本中鸭肉粉质量分数5%-100%时,鸭源性成分检测的绝对误差均小于±1.52%,变异系数均小于10.38%,回收率为98.35%~125.32%;在88份商品化肉制品中,11份肉制品中检出鸭源性成分,检出率为12.5%,且鸭源性成分含量为18.6%~87.4%。本研究所建立的鸭源性成分ddPCR方法有较好的准确性和较强的适用性,能够应用于肉制品中鸭源性成分的定量检测。 展开更多
关键词 肉制品 鸭源性成分 生长激素基因 数字聚合链式反应 定量检测
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一种用于核酸高灵敏检测的液滴式数字聚合酶链式反应芯片 被引量:2
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作者 袁浩钧 郜晚蕾 +5 位作者 景奉香 刘松生 周洪波 贾春平 金庆辉 赵建龙 《高等学校化学学报》 SCIE EI CAS CSCD 北大核心 2017年第7期1140-1147,共8页
为了实现对核酸的高灵敏度检测,构建了一种新型的液滴式数字聚合酶链式反应(dd PCR)芯片.该芯片由产生液滴的聚二甲基硅氧烷(PDMS)模块和储存液滴的玻璃腔室构成.实验结果表明,该芯片可以在25 min内产生2×106个直径为20μm的微液滴... 为了实现对核酸的高灵敏度检测,构建了一种新型的液滴式数字聚合酶链式反应(dd PCR)芯片.该芯片由产生液滴的聚二甲基硅氧烷(PDMS)模块和储存液滴的玻璃腔室构成.实验结果表明,该芯片可以在25 min内产生2×106个直径为20μm的微液滴(体积4.187 p L).利用该芯片定量检测了表皮生长因子受体(EGFR)基因第19号外显子,在DNA浓度为106~101copies/μL范围内呈现良好的线性关系(R2=0.9998);在浓度为106copies/μL的19号外显子野生型DNA中检测105~100copies/μL的突变型DNA,其检测敏感度可达到0.0001%.该方法在同一芯片上实现了液滴产生、核酸扩增和荧光信号读取的功能,在核酸绝对定量及痕量突变基因的检测中具有潜在应用前景. 展开更多
关键词 数字聚合链式反应 流控芯片 高灵敏度核酸检测
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微滴数字PCR技术在多拷贝木聚糖酶酿酒酵母工程菌筛选中的应用 被引量:5
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作者 兰雪 张斯童 +6 位作者 李哲 常浩 孙旸 王刚 陈欢 王春凤 陈光 《食品科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2018年第10期179-184,共6页
为获得高产木聚糖酶酿酒酵母工程菌,利用rDNA整合法构建木聚糖酶酿酒酵母整合表达载体,实现木聚糖酶基因的多拷贝表达,并利用微滴数字聚合酶链式反应技术对转化子拷贝数进行检测,分析木聚糖酶基因拷贝数与酶活力之间的关系。结果表明:利... 为获得高产木聚糖酶酿酒酵母工程菌,利用rDNA整合法构建木聚糖酶酿酒酵母整合表达载体,实现木聚糖酶基因的多拷贝表达,并利用微滴数字聚合酶链式反应技术对转化子拷贝数进行检测,分析木聚糖酶基因拷贝数与酶活力之间的关系。结果表明:利用rDNA整合法获得了10株不同拷贝数木聚糖酶酿酒酵母工程菌,对其酶活力进行测定,发现当拷贝数小于9时,菌株产酶能力随拷贝数增加而增强,9拷贝数时菌株产酶能力最强,酶活力为308 U/m L,超过9拷贝,产酶能力降低。 展开更多
关键词 数字聚合链式反应技术 多拷贝 酿酒酵母 木聚糖 rDNA整合法
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一步法微滴数字PCR检测生菜中GII型诺如病毒 被引量:12
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作者 陈嘉茵 方苓 +4 位作者 吴诗微 唐书泽 张志强 李晖 吴希阳 《食品科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2019年第4期332-337,共6页
目的:采用逆转录微滴数字聚合酶链式反应(reverse transcription droplet digital polymerase chain reaction,RT-ddPCR)技术和QX200 Droplet Digital PCR System,建立一步法RT-ddPCR高灵敏快速检测生菜中GII型诺如病毒(norovirus geneg... 目的:采用逆转录微滴数字聚合酶链式反应(reverse transcription droplet digital polymerase chain reaction,RT-ddPCR)技术和QX200 Droplet Digital PCR System,建立一步法RT-ddPCR高灵敏快速检测生菜中GII型诺如病毒(norovirus genegroup II,NoV GII)的方法。方法:优化RT-ddPCR检测NoV GII的反应体系;通过10倍梯度稀释的NoV GII线性阳性质粒确定RT-ddPCR的检测范围;利用其他常见的肠道病毒核酸(非GII型诺如病毒)作为反应模板,与NoV GII核酸同时进行RT-ddPCR,判定反应体系的特异性,并通过不同时间多次检测样品的方式判断该检测方法的稳定性。采用ISO/TS 15216-1:2013食品中诺如病毒RNA提取方法,对人工染毒不同水平(高、中、低)的NoVGII生菜样品进行检测,同时研究去除抑制物前后对RT-ddPCR检测的影响,并与逆转录定量聚合酶链式反应(reverse transcription quantitative polymerase chain reaction,RT-qPCR)进行检测回收率的对比,探究RT-ddPCR在食品中NoV GII快速与定量检测上的发展潜力与应用前景。结果:RT-ddPCR的最高检测限为8.47×104 copies/μL,最低检测限为2.12 copies/μL,RT-ddPCR扩增效率为95.44%,标准曲线相关系数为0.997 3。在不同浓度人工染毒生菜样品中,抑制物的存在对ddPCR回收率检测结果没有显著性差异。在高、中染毒浓度下,抑制物对RT-qPCR与RT-ddPCR回收率检测结果影响不显著。低浓度下,未去除抑制物的RT-qPCR法平均回收率仅1.43%,与去除抑制物后的RT-qPCR检测结果(平均回收率为9.71%)有显著差异,且与RT-ddPCR的检测结果(未去除抑制物的RT-ddPCR平均回收率为11.80%,去除抑制物后平均回收率为12.53%)存在显著性差异。结论:生菜抑制物对RT-ddPCR的检测影响不显著,利用RT-ddPCR可有效测出低浓度的受污染样品,避免用现有的RT-qPCR方法因抑制物带来的"假阴性"检测结果。本实验建立的RT-ddPCR方法能高效、灵敏地检测出受污染食品中NoV GII的低病毒含量,在食源性病毒检测中具有可观的发展潜力和应用前景。 展开更多
关键词 逆转录微滴数字聚合酶链式反应 一步法 GII型诺如病毒 生菜 回收率
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微滴式数字PCR技术定量检测发酵乳中金黄色葡萄球菌 被引量:28
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作者 周巍 李月华 +5 位作者 孙勇 李永波 张涛 刘琼 张岩 王丽霞 《食品科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2017年第16期287-291,共5页
基于微滴式数字聚合酶链式反应(droplet digital polymerase chain reaction,dd PCR)技术,建立发酵乳中金黄色葡萄球菌定量检测方法。以金黄色葡萄球菌nuc基因为目的片段设计特异性的引物和探针,优化反应体系,通过活菌提取和ddPCR方法... 基于微滴式数字聚合酶链式反应(droplet digital polymerase chain reaction,dd PCR)技术,建立发酵乳中金黄色葡萄球菌定量检测方法。以金黄色葡萄球菌nuc基因为目的片段设计特异性的引物和探针,优化反应体系,通过活菌提取和ddPCR方法对靶标基因的检测特异性和灵敏度进行实验,并对定量结果进行分析。本研究建立了发酵乳中ddPCR技术定量检测金黄色葡萄球菌的方法,检测特异性良好,检测灵敏度为3.3×10~1 CFU/g,定量的偏差率为+10.18%,证明了ddPCR用于绝对定量检测的可行性,为其他食品污染菌和致病菌标准化控制体系提供有益的示范作用。 展开更多
关键词 数字聚合链式反应技术 发酵乳 定量检测 金黄色葡萄球菌
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微滴式数字PCR技术用于生物样品种属鉴定和绝对定量 被引量:23
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作者 胡伟 陈荣华 +3 位作者 张晨 安志远 王斌 平原 《法医学杂志》 CAS CSCD 2014年第5期342-345,共4页
目的运用微滴式数字PCR技术进行生物样品的种属鉴定和绝对定量。方法选择人mtDNA两个编码基因ND4和16S rRNA,设计特异性引物与探针,用人来源及常见动物样本验证种属特异性,再用重组质粒和2组共16份人来源生物检材,倍比稀释。使用微滴式... 目的运用微滴式数字PCR技术进行生物样品的种属鉴定和绝对定量。方法选择人mtDNA两个编码基因ND4和16S rRNA,设计特异性引物与探针,用人来源及常见动物样本验证种属特异性,再用重组质粒和2组共16份人来源生物检材,倍比稀释。使用微滴式数字PCR技术进行种属检验和绝对定量,验证其灵敏度和稳定性。结果人重组质粒FAM(ND4)可进行人来源样品的检测,其检测结果与各级稀释梯度基本吻合,微滴式数字PCR技术可以检测出反应体系中低至单拷贝的DNA。结论微滴式数字PCR技术可以进行生物样品的种属鉴定和绝对定量,并具有很高的灵敏度和特异性,可应用于日常法医物证检验。 展开更多
关键词 法医遗传学 聚合反应 种属鉴定 绝对定量 数字PCR
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微滴数字PCR和Super-ARMS检测晚期肺腺癌患者血浆循环肿瘤DNA表皮生长因子受体基因突变的临床价值研究 被引量:15
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作者 曹喆 王静 +11 位作者 秦娜 李琨 吕嘉林 王敬慧 杨新杰 李曦 张卉 张权 龙洪清 舒诚荣 马丽 张树才 《中国肺癌杂志》 CAS CSCD 北大核心 2020年第2期84-90,共7页
背景与目的晚期肺腺癌患者在选择靶向药物时需以肿瘤表皮生长因子受体(epidermal growth factor receptor, EGFR)基因突变类型作为依据,然而晚期肺腺癌肿瘤组织取材较难,有专家共识指出外周血可替代肿瘤组织作为检测标本。本文旨在探讨... 背景与目的晚期肺腺癌患者在选择靶向药物时需以肿瘤表皮生长因子受体(epidermal growth factor receptor, EGFR)基因突变类型作为依据,然而晚期肺腺癌肿瘤组织取材较难,有专家共识指出外周血可替代肿瘤组织作为检测标本。本文旨在探讨微滴数字聚合酶链反应法(droplet digital polymerase chain reaction, ddPCR)和超级扩增阻滞突变系统(super-amplification refractory mutation system, super-ARMS)这两种方法检测晚期肺腺癌患者外周血中血浆循环肿瘤脱氧核糖核酸(circulating tumor DNA, ctDNA)中EGFR基因突变的临床价值。方法收集2016年2月-2019年2月首都医科大学附属北京胸科医院确诊的初治晚期肺腺癌共119例纳入研究,比较ddPCR和Super-ARMS技术检测血浆ctDNA EGFR基因突变的敏感度、特异度。部分EGFR基因经典突变阳性患者接受一线EGFR酪氨酸激酶抑制剂(EGFR tyrosine kinase inhibitors, EGFR-TKI)口服治疗,将患者按检测结果分亚组,组1为ddPCR及Super-ARMS检测EGFR基因突变结果均为阳性,21例。组2为ddPCR及Super-ARMS检测EGFR基因突变结果均为阴性,16例。组3为ddPCR检测结果为阳性而Super-ARMS检测结果为阴性,5例。组4为ddPCR检测结果为阴性而Super-ARMS检测结果阳性,因组4患者个数为0,不纳入统计。以客观缓解率(objective response rate, ORR)及疾病控制率(disease control rate, DCR)评估近期疗效,并用生存分析比较组间无进展生存时间(progression-free survival, PFS)以评估远期疗效。结果 119例晚期肺腺癌组织样本中,共检测到58例(48.7%)EGFR基因突变。ddPCR技术检测与肿瘤组织EGFR基因突变结果的符合率为82.4%(Kappa=0.647, P<0.001),灵敏度为74.1%,特异度为90.2%。而Super-ARMS检测与组织检测的符合度为71.4%,灵敏度仅为58.6%,特异度为83.6%。组3的ORR与DCR值低于组1、2,但组间ORR相比均无统计学意义(P>0.05)。生存分析显示,三组患者PFS比较,差异无统计学意义(χ~2=2.221, P=0.329)。结论 ddPCR作为一种高敏感度及特异度的液体基因检测方法,可以作为检测晚期肺腺癌患者血浆ctDNA EGFR基因突变的一种较为可靠的方法。血浆基因检测结果同样可作为EGFR-TKIs药物对患者的疗效预测的依据。 展开更多
关键词 肺肿瘤 数字聚合反应 表皮生长因子受体 基因突变 循环肿瘤脱氧核糖核酸 突变扩增系统 Super-突变扩增系统
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微滴技术的数字PCR研究现状及发展趋势 被引量:19
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作者 刘聪 蒋克明 +3 位作者 周武平 张涛 印晨宇 黎海文 《化学研究与应用》 CAS CSCD 北大核心 2018年第7期1041-1047,共7页
微滴式数字聚合酶链式反应(dd PCR)技术结合了液滴微流控芯片与数字PCR技术,是一种新型的核酸扩增及检测技术。其不仅继承了数字PCR技术高通量、高灵敏度、低消耗等优点,而且解决了传统数字PCR芯片结构复杂、加工困难、成本高等问题,在... 微滴式数字聚合酶链式反应(dd PCR)技术结合了液滴微流控芯片与数字PCR技术,是一种新型的核酸扩增及检测技术。其不仅继承了数字PCR技术高通量、高灵敏度、低消耗等优点,而且解决了传统数字PCR芯片结构复杂、加工困难、成本高等问题,在生命科学领域得到了广泛的应用。本文综述了近年来微滴式数字PCR技术的研究现状,以及目前的发展趋势。 展开更多
关键词 数字聚合链式反应 流控 研究现状 发展趋势
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基于微滴数字PCR技术的婴幼儿配方乳粉中双歧杆菌定量检测及应用 被引量:7
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作者 李恩静 王丹 +5 位作者 薛晨玉 杨红莲 耿健强 穆同娜 吴燕涛 吕莹 《食品科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2022年第20期165-171,共7页
应用微滴式数字聚合酶链式反应(droplet digital polymerase chain reaction,ddPCR)技术,建立婴幼儿配方乳粉中双歧杆菌定量检测方法。以双歧杆菌的单拷贝特异性基因rpsL为目标基因设计引物探针,对ddPCR条件进行优化,考察方法的特异性... 应用微滴式数字聚合酶链式反应(droplet digital polymerase chain reaction,ddPCR)技术,建立婴幼儿配方乳粉中双歧杆菌定量检测方法。以双歧杆菌的单拷贝特异性基因rpsL为目标基因设计引物探针,对ddPCR条件进行优化,考察方法的特异性、灵敏度和重复性,并与平板计数方法进行对照验证。结果表明,建立的方法具有良好的特异性、灵敏性和重复性。细菌纯培养液的检出限为296 CFU/mL,模拟样品检出限为7 300 CFU/g,不与10种近缘乳酸菌发生交叉反应,且重复性较好,采用已建立的ddPCR方法和平板计数方法对市售婴幼儿配方乳粉样品进行检测,2种方法测定值结果偏差小于10%,结果一致性较好。本研究建立的ddPCR方法对婴幼儿配方乳粉中的双歧杆菌定量检测能够更快速、灵敏、准确,具有一定的应用前景。 展开更多
关键词 数字聚合链式反应 平板计数法 双歧杆菌 定量检测 婴幼儿配方乳粉
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基于微球和微柱阵列芯片的乳滴数字PCR定量方法 被引量:1
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作者 程祖乐 王琨 +3 位作者 毛红菊 夏文薇 金庆辉 赵建龙 《传感器与微系统》 CSCD 2017年第5期16-18,共3页
BEAMing是一种基于磁珠表面核酸扩增的乳滴数字聚合酶链反应(PCR)技术,具有很高的灵敏度,然而后续检测目标磁珠比较困难。通过修饰链霉亲和素的聚苯乙烯微球捕获BEAMing实验中生物素修饰的目标磁珠并利用微柱阵列芯片拦截微球,可以达到... BEAMing是一种基于磁珠表面核酸扩增的乳滴数字聚合酶链反应(PCR)技术,具有很高的灵敏度,然而后续检测目标磁珠比较困难。通过修饰链霉亲和素的聚苯乙烯微球捕获BEAMing实验中生物素修饰的目标磁珠并利用微柱阵列芯片拦截微球,可以达到统计磁珠的目的。微柱阵列芯片采用基于尺寸差异的拦截原理。该芯片组装简单成本低,降低了BEAMing技术的磁珠统计难度。利用该方法对不同浓度的特定DNA序列做了检测,验证了该方法的实用性。 展开更多
关键词 柱阵列芯片 数字聚合反应 生物传感器
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食品中Escherichia coli O157:H7微滴数字PCR绝对定量检测方法的建立 被引量:21
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作者 魏咏新 马丹 +5 位作者 李丹 徐蕾蕊 魏海燕 张西萌 刘莉 曾静 《食品科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2020年第16期259-265,共7页
为建立食品中Escherichia coli O157:H7的微滴数字聚合酶链式反应(droplet digital polymerase chain reaction,ddPCR)快速定量检测方法,针对E.coli O157:H7的特异性单拷贝基因hlyA设计引物探针,并进行特异性、灵敏度和重复性实验,同时... 为建立食品中Escherichia coli O157:H7的微滴数字聚合酶链式反应(droplet digital polymerase chain reaction,ddPCR)快速定量检测方法,针对E.coli O157:H7的特异性单拷贝基因hlyA设计引物探针,并进行特异性、灵敏度和重复性实验,同时通过人工污染三文鱼样品的检测,比较平板计数法、real-time PCR和ddPCR方法的测定值效果。结果表明,所建立的E.coli O157:H7 ddPCR检测方法具有良好的特异性、灵敏性和重复性。细菌纯培养液中定量限为105 CFU/mL,检出限为25 CFU/mL,人工污染三文鱼样品中检出限为110 CFU/g。对不同人工污染水平的三文鱼样品,ddPCR与平板计数的测定值结果无显著性差异(P>0.05),比real-time PCR方法的测定值结果更加稳定、准确。因此,本研究建立的ddPCR方法能够更加快速、准确、灵敏、特异地绝对定量检测食品中E.coli O157:H7。 展开更多
关键词 Escherichia coli O157:H7 数字聚合链式反应 实时聚合链式反应 定量限 检出限
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一种羊乳粉的微滴式数字PCR定量分析方法 被引量:3
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作者 陈晨 史国华 +6 位作者 张瑞 张涛 严陶陶 陈勃旭 张子仑 张岩 周巍 《食品科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2022年第22期341-345,共5页
基于市场上对乳品溯源技术的迫切需求,以微滴式数字聚合酶链式反应技术对羊乳粉中的乳源进行准确判别。基因检测技术对判别乳源来源方面克服了成分复杂、检测时间长等的缺点,更加精准地针对本源进行检测,减少了误判的可能性。本实验以... 基于市场上对乳品溯源技术的迫切需求,以微滴式数字聚合酶链式反应技术对羊乳粉中的乳源进行准确判别。基因检测技术对判别乳源来源方面克服了成分复杂、检测时间长等的缺点,更加精准地针对本源进行检测,减少了误判的可能性。本实验以羊乳粉质量、DNA质量浓度及其拷贝数为实验指标,建立了以羊乳粉拷贝数与质量的关系式,准确地判断出羊乳粉的质量,其公式为M=(C-4.75)/3.56,其中,M代表羊乳粉的质量(mg),C代表每微升的拷贝数(copies/μL),该方法的建立对现有市场上的羊乳粉定量检测提供了新的方法和思路。 展开更多
关键词 羊乳粉 数字聚合链式反应 掺假
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miR-888和miR-891a的双重微滴式数字PCR检测在精液鉴定中的应用
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作者 魏孙祥 陈惠香 +6 位作者 胡胜 赵一霞 石慧霞 王哲 李文 季安全 孙启凡 《法医学杂志》 CAS CSCD 2022年第6期719-725,共7页
目的 利用微滴式数字PCR(droplet digital PCR,ddPCR)技术建立可同时检测miR-888和miR-891a的体系,并评估其在精液鉴定中的应用价值。方法 通过设计不同荧光修饰的报告基团的水解探针实现对miR-888和miR-891a的双重ddPCR检测,对5种体液... 目的 利用微滴式数字PCR(droplet digital PCR,ddPCR)技术建立可同时检测miR-888和miR-891a的体系,并评估其在精液鉴定中的应用价值。方法 通过设计不同荧光修饰的报告基团的水解探针实现对miR-888和miR-891a的双重ddPCR检测,对5种体液(外周血、月经血、精液、唾液、阴道分泌液)共75份样本进行检测,采用Mann-Whitney U检验进行差异性分析,通过ROC曲线分析评估miR-888和miR-891a区分精液的能力并获得鉴别的最佳截断值。结果 该体系双重检测与单独检测结果差异无统计学意义,检测灵敏度可达到0.1 ng总RNA,批内与批间变异系数均小于15%。经双重ddPCR检测,精液中miR-888和miR-891a的表达量均高于其他体液。经ROC曲线分析,miR-888的AUC为0.976,最佳截断值为2.250 copies/μL,判别正确率为97.33%;miR-891a的AUC为1.000,最佳截断值为1.100copies/μL,判别正确率为100%。结论 本研究成功建立了双重ddPCR检测miR-888和miR-891a的方法,体系的稳定性和重复性良好,可用于精液鉴定,miR-888和miR-891a均具有较高的精液鉴别能力,且miR-891a的判别正确率更高。 展开更多
关键词 法医遗传学 数字聚合反应 小核糖核酸 精液 miR-888 miR-891a
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土壤固碳微生物的绝对定量检测实验设计
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作者 付小花 陈皓 +2 位作者 张华 周磊 唐贤春 《实验室研究与探索》 CAS 北大核心 2024年第4期18-22,共5页
为了定量检测土壤中的固碳微生物,设计以功能基因cbbL为靶标的固碳微生物微滴数字聚合酶链式反应(ddPCR)检测方法。选择合适的引物探针,从退火温度、探针浓度以及引物浓度进行反应条件的优化,分析ddPCR检测方法的线性范围、敏感性、重... 为了定量检测土壤中的固碳微生物,设计以功能基因cbbL为靶标的固碳微生物微滴数字聚合酶链式反应(ddPCR)检测方法。选择合适的引物探针,从退火温度、探针浓度以及引物浓度进行反应条件的优化,分析ddPCR检测方法的线性范围、敏感性、重复性和特异性。结果显示,当退火温度为55.8℃、探针与引物浓度分别为350、750 nmol/L时,建立的cbbL-ddPCR扩增反应效率最高,阴阳性微滴分布界限最明显,平均拷贝数较高;检测的线性范围为2.3×10^(0)~2.3×10^(5)copies/μL-DNA,曲线方程y=0.1077x-95.562,相关系数R^(2)为0.9997,检出限为0.5 copy/μL-DNA,21个重复的变异系数仅为3.92%,与其他4种非固碳微生物DNA未发生交叉反应。所建立的cbbL-ddPCR方法可用于土壤微生物固碳潜能测定。 展开更多
关键词 数字聚合链式反应 固碳生物 cbbL基因 反应条件优化
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聚二甲基硅氧烷球形微腔阵列的数字PCR芯片 被引量:2
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作者 符亚云 景奉香 +1 位作者 李刚 赵建龙 《传感器与微系统》 CSCD 2017年第2期78-81,共4页
数字聚合酶链式反应(d PCR)技术是一种核酸绝对定量技术,但现有d PCR平台因其昂贵的设备或复杂的操作限制了其实际应用。利用气体膨胀浇注成型技术,结合集成微腔阵列的模具,设计、制作了一种成本低廉、简单可靠的d PCR微流控芯片。独特... 数字聚合酶链式反应(d PCR)技术是一种核酸绝对定量技术,但现有d PCR平台因其昂贵的设备或复杂的操作限制了其实际应用。利用气体膨胀浇注成型技术,结合集成微腔阵列的模具,设计、制作了一种成本低廉、简单可靠的d PCR微流控芯片。独特的球形微腔为液滴存储提供了更稳定的几何形式,保证了样品数字离散化的可靠性和稳定性。同时,芯片还利用预脱气的聚二甲基硅氧烷(PDMS)实现自动进样和样品离散化,大大降低了对复杂昂贵设备的依赖,且提供了更高集成度。利用芯片进行了EGFR基因第19号外显子数字PCR定量检测,验证了该芯片的实用性。 展开更多
关键词 数字聚合链式反应 聚二甲基硅氧烷 绝对定量 流控芯片 球形
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一种用于核酸绝对定量检测的高鲁棒性液滴式数字PCR芯片 被引量:2
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作者 彭伙 高则航 +3 位作者 廖承悦 王晓冬 周洪波 赵建龙 《高等学校化学学报》 SCIE EI CAS CSCD 北大核心 2020年第8期1760-1767,共8页
为满足液滴式数字聚合酶链式反应(PCR)技术对扩增反应过程中稳定保存液滴以及反应后高效检测的核心需求,构建了一种具有过滤气泡和增强荧光信号功能的液滴式数字聚合酶链式反应芯片.该芯片可在10 min内产生20多万个半径约为21μm的液滴... 为满足液滴式数字聚合酶链式反应(PCR)技术对扩增反应过程中稳定保存液滴以及反应后高效检测的核心需求,构建了一种具有过滤气泡和增强荧光信号功能的液滴式数字聚合酶链式反应芯片.该芯片可在10 min内产生20多万个半径约为21μm的液滴.利用"玻璃天花板"的方式构建了独立于芯片主体材料的液滴收集腔,为液滴提供稳定的保存与反应环境;还构建了过滤结构,可有效过滤混入液相中的空气,提高芯片鲁棒性.同时,在液滴收集腔中引入反射层,增强荧光信号,使单个视野荧光成像时间缩短约40%,提高了检测效率.利用该芯片定量检测EGFR基因第21号外显子,检测信号与DNA浓度在10~1~10~5copies/μL范围内呈现良好的线性关系(R^2=0.998).该方案在载玻片大小的芯片上实现了液滴产生、PCR扩增和荧光信号读取,并具有较高的鲁棒性与检测效率,在核酸检测等方面具有应用潜力. 展开更多
关键词 数字聚合链式反应 流控芯片 核酸定量检测 脱氧核糖核酸
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基于共现流增强双向金字塔卷积网络的密集液滴识别
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作者 朱凌 王雅萍 廖丽敏 《计算机工程》 CAS CSCD 北大核心 2022年第7期241-246,253,共7页
基于深度学习的数字聚合酶链式反应(PCR)液滴识别对PCR图像中的目标进行高阶语义建模,能够减少人工参与特征设计和筛选带来的误差,但忽略了目标的低层物理结构和几何外观细节信息,且在特征建模的过程中重复使用了大量冗余信息,对特征的... 基于深度学习的数字聚合酶链式反应(PCR)液滴识别对PCR图像中的目标进行高阶语义建模,能够减少人工参与特征设计和筛选带来的误差,但忽略了目标的低层物理结构和几何外观细节信息,且在特征建模的过程中重复使用了大量冗余信息,对特征的表征能力有待改善。提出一种共现流增强双向金字塔卷积网络(CoFBiPCN)框架用于PCR液滴识别和统计。为增强金字塔的内部和层间相关性,设计具有时空分支的双向金字塔卷积网络,从正反2个方向对金字塔卷积网络得到的多尺度特征进行聚合,模拟PCR图像中液滴的上下文语义以及不同层级的细节信息,以捕获液滴的物理外观等低层信息。同时,设计切片的共现注意力(SCo-AN)模块,将不同尺度的高低层信息在不同的切片子空间中进行共享聚合,并交叉传递到不同分支的BiPCN中,强化高低层特征信息的交互和依赖关系,进一步增强信息流对PCR图像上液滴的表征,实现低层和高阶信息流的共享与交叉聚合。实验结果表明,CoF-BiPCN具备良好的识别性能,准确率和平均精度均值分别达到84.74%和45.09%,与Cascade RCNN模型相比分别提高4.3和3.12个百分点。 展开更多
关键词 数字聚合链式反应识别 金字塔卷积网络 多尺度信息 共现注意力 层间相关性 交叉聚合
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