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水稻gypsy类逆转座子对不同胁迫条件的响应 被引量:3
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作者 徐玲 杨静 +1 位作者 刘林 李成云 《湖南农业大学学报(自然科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2012年第6期591-596,共6页
LTR类逆转座子是水稻基因组中数量最多、分布最广的转座元件,其中Ty3–gypsy类所占比例较大。根据Ty3–gypsy类逆转座子逆转录酶的保守区域,采用简并引物,通过RT–PCR,对5种胁迫处理(稻瘟菌、水杨酸、2,4–D、高盐及组织培养)后的云南... LTR类逆转座子是水稻基因组中数量最多、分布最广的转座元件,其中Ty3–gypsy类所占比例较大。根据Ty3–gypsy类逆转座子逆转录酶的保守区域,采用简并引物,通过RT–PCR,对5种胁迫处理(稻瘟菌、水杨酸、2,4–D、高盐及组织培养)后的云南地方水稻品种月亮谷的cDNA进行扩增,并测序获得了一批转录片段,分析不同胁迫条件诱导激活的Ty3–gypsy类逆转座子的特点。结果表明:5种胁迫处理都能诱导月亮谷中Ty3 gypsy类逆转座子的表达;对不同胁迫响应的逆转座子序列大部分同源性较高,且呈交叉分布,仅有少部分具有胁迫响应的特异性,说明很多Ty3–gypsy类逆转座子能对不同胁迫进行响应。 展开更多
关键词 水稻 Ty3-gypsy类逆转座子 胁迫 响应
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四倍体野生种花生Ty1-copia类逆转座子逆转录酶基因的克隆与分析 被引量:8
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作者 阳太亿 刘俊仙 +9 位作者 刘菁 蒋菁 韩柱强 贺梁琼 唐秀梅 钟瑞春 黄志鹏 吴海宁 唐荣华 熊发前 《山东农业科学》 2019年第9期9-20,共12页
克隆与分析四倍体野生种花生的Ty1-copia类逆转座子逆转录酶基因序列,可为研究其转录活性、功能及调控提供序列基础。使用根据保守区设计的简并引物对,利用PCR技术对四倍体野生种花生(Arachis monticola)的基因组DNA进行扩增,经回收、... 克隆与分析四倍体野生种花生的Ty1-copia类逆转座子逆转录酶基因序列,可为研究其转录活性、功能及调控提供序列基础。使用根据保守区设计的简并引物对,利用PCR技术对四倍体野生种花生(Arachis monticola)的基因组DNA进行扩增,经回收、克隆和测序,对目的序列进行生物信息学分析。结果显示,目的条带大小约260 bp,克隆获得了32条逆转录酶序列,序列长度范围为257~269 bp,A+T所占比例范围为54.47%~68.77%,A+T与G+C比例为1.20~2.20。核苷酸序列间相似性范围为46.4%~98.9%,存在较高异质性,表现为缺失突变与点突变;氨基酸序列间相似性范围为6.3%~100%,有12条序列发生了终止密码子突变,呈现高度异质性。绝大部分序列的保守基序一致,但各序列间的保守基序也存在一定差异,呈现一定程度的异质性。32条序列系统聚类为4个家族,家族Ⅰ和家族Ⅲ分别占总序列数的31.25%和37.50%。对四倍体野生种花生与其它物种植物同一类型逆转录酶的氨基酸序列构建系统发育进化树,结果显示所有序列被分为6类,其中,Ⅰ类和Ⅱ类分别包含15条和9条四倍体野生种花生逆转录酶序列,表明四倍体野生种花生逆转录酶序列具有比较高的保守性;同时四倍体野生种花生逆转录酶序列与葡萄、拟南芥、马铃薯、野茶树、辣椒、甜菜、烟草、番茄、绿豆以及欧洲云杉等具有较近的亲缘关系,表明它们之间可能存在横向传递。本研究获得的逆转录酶序列为基于LTR逆转座子的花生属分子标记开发和应用奠定了基础。 展开更多
关键词 花生 四倍体野生种 Ty1-copia类逆转座子 逆转录酶 异质性
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逆转座子LINE1在Hela细胞中的表达及转录组分析
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作者 储旭 周涛 +2 位作者 李文豪 邢虎 陈良标 《大连海洋大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第2期153-159,共7页
为研究逆转座子LINE1(简称为L1)在Hela细胞内的作用机制,对转染L1的Hela细胞和正常细胞进行转录组测序,通过对转录组数据进行拼接组装,对差异表达基因进行了生物信息学分析。结果表明:试验共筛选出391个差异表达基因,其中45.6%的差异表... 为研究逆转座子LINE1(简称为L1)在Hela细胞内的作用机制,对转染L1的Hela细胞和正常细胞进行转录组测序,通过对转录组数据进行拼接组装,对差异表达基因进行了生物信息学分析。结果表明:试验共筛选出391个差异表达基因,其中45.6%的差异表达基因显著性上调,这些基因通过GO分类注释,可分为14类;通过KEGG对差异基因进行通路富集,表明差异基因主要富集在破骨细胞分化、色氨酸代谢、乙型肝炎、病毒致癌作用和可卡因成瘾等信号通路,发现了一些与细胞黏着连接、表皮相关的基因有差异性表达。研究表明,通过转录组测序,获得了丰富的关于L1在Hela细胞中表达的信息,为进一步研究L1在细胞中的作用机制供了思路和理论依据。 展开更多
关键词 LINE1 HELA细胞 转录组测序 逆转座子
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辣椒Ty3-gypsy逆转录转座子逆转录酶序列的克隆及分析
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作者 李宁 杨生保 +5 位作者 杨涛 王柏柯 唐亚萍 王强 帕提古丽.艾斯木托拉 余庆辉 《新疆农业科学》 CAS CSCD 北大核心 2016年第12期2166-2174,共9页
【目的】从辣椒基因组中克隆Ty3-gypsy逆转录转座子逆转录酶序列,分析其家族特性及进化关系。【方法】根据Ty3-gypsy逆转录转座子逆转录酶保守区域设计简并引物,通过PCR扩增、回收、克隆、测序得到的目的基因序列。【结果】克隆从辣椒... 【目的】从辣椒基因组中克隆Ty3-gypsy逆转录转座子逆转录酶序列,分析其家族特性及进化关系。【方法】根据Ty3-gypsy逆转录转座子逆转录酶保守区域设计简并引物,通过PCR扩增、回收、克隆、测序得到的目的基因序列。【结果】克隆从辣椒基因组14条逆转录转座子逆转录酶序列,序列大小均为340 bp左右。生物信息学分析表明,序列长度变化范围为310~345 bp,同源性范围为60.2%~99.1%。这些核苷酸序列具有较高的异质性,主要表现为终止密码子突变。聚类分析可将所得序列分为5大类,基于逆转录酶序列进行的不同物种进化树分析显示,第Ⅳ、Ⅴ类序列与荸荠、潘那利番茄等组成一大类,可能是逆转录转座子横向传递的结果。【结论】辣椒Ty3-gypsy逆转录转座子逆转录酶序列具有普遍性、异质性等特点,与荸荠、潘那利番茄等物种的同类型逆转座子可能有相同的起源。 展开更多
关键词 辣椒 Ty3-gypsy逆转录转座子 逆转录酶
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植物MITEs研究进展 被引量:3
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作者 俞朝 冯英 《浙江农业学报》 CSCD 2008年第3期213-218,共6页
微小倒转重复转座因子(miniature inverted-repeat transposable elements;MITEs)是动植物中广泛存在的非自主DNA因子,在基因组结构的进化中扮演重要的角色。文章综述了自MITEs在植物基因组中发现10多年来的研究进展,包括它们的特征、... 微小倒转重复转座因子(miniature inverted-repeat transposable elements;MITEs)是动植物中广泛存在的非自主DNA因子,在基因组结构的进化中扮演重要的角色。文章综述了自MITEs在植物基因组中发现10多年来的研究进展,包括它们的特征、分类与应用,并探讨了植物MITEs研究面临的挑战。 展开更多
关键词 MITE 转座因子 逆转座子 进化 植物
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