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中国汉族人群BSG基因SNPs发掘与连锁不平衡分析 被引量:1
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作者 郑杰 李慕鹏 +3 位作者 孙涛 呼晓雷 李元建 陈小平 《中南大学学报(医学版)》 CAS CSCD 北大核心 2013年第12期1208-1216,共9页
目的:探讨健康中国汉族人群中basigin(BSG)基因的单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphisms,SNPs)发生情况。方法:随机收集48例健康、无亲缘关系的中国汉族人外周血液并提取基因组DNA,设计引物对所有个体BSG基因的启动子区、外... 目的:探讨健康中国汉族人群中basigin(BSG)基因的单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphisms,SNPs)发生情况。方法:随机收集48例健康、无亲缘关系的中国汉族人外周血液并提取基因组DNA,设计引物对所有个体BSG基因的启动子区、外显子区和外显子内含子交界区的序列进行PCR扩增和正反向测序,通过判读测序峰图,明确SNPs的发生情况及其频率;通过Hardy-Weinberg平衡分析、单倍型推测和连锁不平衡分析,确定BSG基因位点的单倍型标签SNPs(haplotype tag SNPs,htSNPs);中性理论检验查明该基因位点SNPs频率分布是否符合选择中性。结果:共发现19个SNPs,其中包括2个新发现的SNPs;所有SNPs位点基因型分布均符合Hardy-Weinberg平衡。该基因位点共推测出4种常见单倍型域,确定9个SNPs为htSNPs。中性理论检验结果提示健康中国汉族人群BSG基因的SNPs分布符合中性进化假说。结论:首次对中国健康汉族人群BSG基因的SNPs进行了发掘,确定了其9个单倍型标签SNPs,为在汉族人群中研究该基因的遗传多态性与疾病易感性或药物反应性个体差异奠定了基础。 展开更多
关键词 BSG CD147 单核苷酸多态性(SNPs) 单倍型标签SNPs(tagSNPs) 连锁不平衡(ld) 中国汉族人群
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牛科物种MC_(1)R基因的进化与分析
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作者 吴旻鸿 武顺 +2 位作者 崔晓瀌 于璇璇 仲涛 《四川农业大学学报》 北大核心 2025年第3期716-723,共8页
【目的】旨在探讨MC1R基因在牛科物种中的演化历史及其调控毛色表型变化的功能,为牛科物种的遗传改良和保护提供理论依据,同时为理解动物适应环境的能力提供参考。【方法】对263条牛科物种MC1R基因的CDS序列进行了遗传多样性分析、连锁... 【目的】旨在探讨MC1R基因在牛科物种中的演化历史及其调控毛色表型变化的功能,为牛科物种的遗传改良和保护提供理论依据,同时为理解动物适应环境的能力提供参考。【方法】对263条牛科物种MC1R基因的CDS序列进行了遗传多样性分析、连锁不平衡(LD)分析、选择压力分析以及系统发育树的构建。【结果】遗传多样性分析显示,牛科山羊属中吐根堡山羊和简州大耳羊群体具有较高的单倍型多样性(Hd=0.639,0.661),表现出丰富的遗传变异,而营山黑山羊和南江黄羊群体的遗传变异相对较小(Hd=0.157,0.165)。LD分析显示,山羊群体中SNP位点之间的关联性较弱,绵羊群体在c.578T>C与c.600T>G、c.735C>T与c.788T>C位点间表现出较强的关联性。山羊和绵羊群体在遗传结构上形成了独特的分支,澳大利亚黑牛则沿独立的进化路径演化,各群体中的MC1R基因受到了不同程度的纯化选择。【结论】牛科物种MC1R基因在不同属种间表现出不同程度的遗传差异,反映了各群体在适应环境和进化过程中所承受的选择压力,为理解物种间的遗传关系、适应性演化及其生态适应机制提供了重要的信息,进一步揭示了牛科物种的遗传多样性及其在进化历程中的复杂性,从而为探索动物毛色与适应性演化的关系奠定了基础。 展开更多
关键词 牛科物种 MC_(1)R基因 遗传多样性 连锁不平衡(ld) 选择压力
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玉米Rubisco活化酶基因ZmRCA1的序列变异分析 被引量:6
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作者 谭贤杰 宋燕春 +4 位作者 石云素 程伟东 吴子恺 王天宇 黎裕 《作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2011年第1期58-66,共9页
Rubisco活化酶(RCA)是一种可激活光合作用关键酶Rubisco的伴侣蛋白,可通过对Rubisco的活性调节决定植物的碳同化效率。为了研究玉米ZmRCA1的多态性,参考GenBank中编码玉米Rubisco活化酶的ZmRCA1基因组序列设计引物对玉米微核心种质的95... Rubisco活化酶(RCA)是一种可激活光合作用关键酶Rubisco的伴侣蛋白,可通过对Rubisco的活性调节决定植物的碳同化效率。为了研究玉米ZmRCA1的多态性,参考GenBank中编码玉米Rubisco活化酶的ZmRCA1基因组序列设计引物对玉米微核心种质的95份自交系的ZmRCA1进行测序,获得长约1 680 bp的基因组序列。多态分析表明,在1 680 bp的区间内共发现22个SNP和8个InDel,其中5个SNP和1个InDel变异产生氨基酸序列改变;频率在0.1以上的13个多态性位点共形成27种单倍型,利用6个多态性位点就可以分辨约90%的单倍型。ZmRCA1基因具有高度序列保守性,基因DNA序列相似性为97.9%,而氨基酸序列的相似性则达99.8%;中性检验表明,ZmRCA1基因符合中性进化模型假设,没有发生纯化选择。 展开更多
关键词 Rubisco活化酶(RCA) 单核苷酸多态性(SNP) InDe1 连锁不平衡(ld) 单倍犁 单倍犁标签SNP
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关联分析在QTL定位中的应用 被引量:3
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作者 苗丽丽 刘秀林 温义昌 《山西农业科学》 2010年第2期12-14,共3页
玉米的许多重要农艺和经济性状都是复杂多基因控制的数量性状。随着分子标记技术的发展,利用分子标记可以将数量性状位点(QTL)定位到染色体上。近年来出现的基于连锁不平衡(LD)原理的关联分析被广泛应用于玉米数量性状位点的定位上。介... 玉米的许多重要农艺和经济性状都是复杂多基因控制的数量性状。随着分子标记技术的发展,利用分子标记可以将数量性状位点(QTL)定位到染色体上。近年来出现的基于连锁不平衡(LD)原理的关联分析被广泛应用于玉米数量性状位点的定位上。介绍了关联分析的基本原理以及影响定位精度的主要因素。 展开更多
关键词 玉米 耐旱性 数量性状位点(QTL) 连锁不平衡(ld)
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鸡IGF-1R基因序列变异与骨骼、体重性状的相关研究 被引量:7
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作者 王佩佩 李晓存 +2 位作者 冷丽 王守志 李辉 《中国家禽》 北大核心 2014年第11期5-9,共5页
以东北农业大学F2资源群体为试验材料,采用PCR-RFLP和PCR-SSCP对胰岛素样生长因子-1受体(IGF-1R)基因130 936 bp区域内的7个多态性位点(g.26636C〉T、g.101698A〉G、g.111012C〉G、g.115412A〉C、g.115463T〉C、g.123900G〉A和g.1309... 以东北农业大学F2资源群体为试验材料,采用PCR-RFLP和PCR-SSCP对胰岛素样生长因子-1受体(IGF-1R)基因130 936 bp区域内的7个多态性位点(g.26636C〉T、g.101698A〉G、g.111012C〉G、g.115412A〉C、g.115463T〉C、g.123900G〉A和g.130936T〉C)进行多态性检测和基因分型,利用Haploview软件对IGF-1R基因进行tag SNPs筛选。结果显示,g.26636C〉T、g.101698A〉G、g.111012C〉G、g.115412A〉C和g.115463T〉C多态性位点为IGF-1R基因的tag SNPs;g.115463T〉C、g.123900G〉A和g.130936T〉C 3个多态性位点彼此之间强连锁,处于一个单倍型块中(r2〉0.8),g.115463T〉C是单倍型块的tag SNP。进一步研究tagSNPs对鸡生长和体组成性状的影响,发现g.115463T〉C对绝大部分骨骼和体重性状有显著或接近显著的影响。因此推断影响鸡骨骼生长发育和6~12周龄体重的QTL可能位于此单倍型块内或处于与此单倍型块紧密连锁的下游区域。 展开更多
关键词 胰岛素样生长因子-1受体(IGF-1R) 连锁不平衡(ld) 骨骼 体重
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全基因组关联分析在作物育种研究中的应用 被引量:18
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作者 曹英杰 杨剑飞 王宇 《核农学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第8期1508-1518,共11页
全基因组关联分析(GWAS)是一种针对全基因组范围内的遗传变异进行基因分型,寻找某一群体内性状与分子标记或候选基因间关系的分析方法。GWAS对于连锁标记开发、目的基因挖掘和复杂性状的遗传研究具有重要作用,在作物数量性状研究和作物... 全基因组关联分析(GWAS)是一种针对全基因组范围内的遗传变异进行基因分型,寻找某一群体内性状与分子标记或候选基因间关系的分析方法。GWAS对于连锁标记开发、目的基因挖掘和复杂性状的遗传研究具有重要作用,在作物数量性状研究和作物育种中得到了广泛的应用。本文简要综述了利用GWAS挖掘与作物重要性状关联基因的研究过程中,群体结构、群体数量、连锁不平衡(LD)等因素对GWAS的影响,并重点分析了GWAS在粮食作物育种研究中取得的最新进展,初步讨论了GWAS对作物遗传育种的意义、存在的问题和未来发展趋势等,为利用GWAS在作物育种方面的运用,促进作物分子标记辅助育种以及提高育种效率提供了一定的理论依据。 展开更多
关键词 全基因组关联分析(GWAS) 连锁不平衡(ld) 作物分子标记辅助育种
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