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基于频繁项集挖掘和连续帧间差分的脂肪酶时-空结构模式与耐热性的关系
被引量：
1
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作者
李丽
丁彦蕊
《中国生物化学与分子生物学报》
CAS
CSCD
北大核心
2018年第3期293-300,共8页
酶的热稳定性问题一直是蛋白质工程领域关注的重点。本研究通过枯草芽孢杆菌脂肪酶的不同模拟温度下的分子动力学模拟轨迹,分析野生型脂肪酶(WTL)及其突变体(6B)残基间相互作用对热稳定性的影响。首先确定残基间的空间关系,采用空间聚类...
酶的热稳定性问题一直是蛋白质工程领域关注的重点。本研究通过枯草芽孢杆菌脂肪酶的不同模拟温度下的分子动力学模拟轨迹,分析野生型脂肪酶(WTL)及其突变体(6B)残基间相互作用对热稳定性的影响。首先确定残基间的空间关系,采用空间聚类和FP-growth算法,识别出保持协同运动的β3-β8以及C端部分区域,即确定刚性区;接着运用连续帧间差分法确定波动较大的柔性区,发现其主要位于转角处。以300 K常温状态下识别出的刚性区和柔性区为基础,考察刚性区和柔性区在不同温度下相互作用的动态变化规律,发现WTL和6B的刚性区内的相互作用几乎不随温度发生变化,在高温400 K时,WTL柔性区的稳定氢键数急剧减少为7,6B柔性区的稳定氢键数随温度变化较为稳定。另外,6B的柔性区较WTL少了310螺旋,这是由于突变后的Ser15与突变后的Ser17形成强大的氢键作用,A15S和F17S突变改善了脂肪酶结构的柔性使其热稳定性增强。
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关键词
热稳定性
空
间
聚类
FP-GROWTH算法
连续帧间差分法
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职称材料
题名
基于频繁项集挖掘和连续帧间差分的脂肪酶时-空结构模式与耐热性的关系
被引量：
1
1
作者
李丽
丁彦蕊
机构
江苏省媒体设计与软件技术重点实验室
江南大学工业生物技术教育部重点实验室
出处
《中国生物化学与分子生物学报》
CAS
CSCD
北大核心
2018年第3期293-300,共8页
基金
国家自然科学基金项目(No.21541006)资助~~
文摘
酶的热稳定性问题一直是蛋白质工程领域关注的重点。本研究通过枯草芽孢杆菌脂肪酶的不同模拟温度下的分子动力学模拟轨迹,分析野生型脂肪酶(WTL)及其突变体(6B)残基间相互作用对热稳定性的影响。首先确定残基间的空间关系,采用空间聚类和FP-growth算法,识别出保持协同运动的β3-β8以及C端部分区域,即确定刚性区;接着运用连续帧间差分法确定波动较大的柔性区,发现其主要位于转角处。以300 K常温状态下识别出的刚性区和柔性区为基础,考察刚性区和柔性区在不同温度下相互作用的动态变化规律,发现WTL和6B的刚性区内的相互作用几乎不随温度发生变化,在高温400 K时,WTL柔性区的稳定氢键数急剧减少为7,6B柔性区的稳定氢键数随温度变化较为稳定。另外,6B的柔性区较WTL少了310螺旋,这是由于突变后的Ser15与突变后的Ser17形成强大的氢键作用,A15S和F17S突变改善了脂肪酶结构的柔性使其热稳定性增强。
关键词
热稳定性
空
间
聚类
FP-GROWTH算法
连续帧间差分法
Keywords
thermal stability
spatial clustering
FP-growth algorithm
continuous inter-frame difference method
分类号
Q71 [生物学—分子生物学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
基于频繁项集挖掘和连续帧间差分的脂肪酶时-空结构模式与耐热性的关系
李丽
丁彦蕊
《中国生物化学与分子生物学报》
CAS
CSCD
北大核心
2018
1
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