犬细小病毒上海分离株全基因的克隆及进化树分析 被引量：15

1

作者 郭伟 商晓桂 +4 位作者 单同领 华修国 杨志彪 朱建国 周雨霞 《中国动物传染病学报》 CAS 2009年第3期27-32,共6页

为研究上海地区犬感染细小病毒(Canine parvovirus,CPV)的基因特点和基因型,参考GenBank上细小病毒3个基因型的全基因设计6对扩增引物进行PCR,分段扩增出目标片段,克隆于T载体上,测定序列并拼接,用MEGA软件、NJ法构建进化树。结果显示,... 为研究上海地区犬感染细小病毒(Canine parvovirus,CPV)的基因特点和基因型,参考GenBank上细小病毒3个基因型的全基因设计6对扩增引物进行PCR,分段扩增出目标片段,克隆于T载体上,测定序列并拼接,用MEGA软件、NJ法构建进化树。结果显示,犬细小病毒全基因为4 758bp,命名为CPV-SH,提交到GenBank上的序列号为FJ792845,与GenBank中4种基因型犬细小病毒的VP2基因核苷酸序列同源性比较发现,CPV-SH克隆与2a亚型犬细小病毒核苷酸同源性为最高99.7%,与2型、2b亚型、2c亚型的同源性分别为98.8%、99.5%、99.5%。CPV-SH属于2a亚型犬细小病毒,与国内北京分离株CPV/BJ082亲缘关系最近,同源性为99.9%。 展开更多

关键词 犬细小病毒 上海 2a基因亚型 进化树分析

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聚类技术在大样本序列进化树分析中的应用

2

作者 张文彤 姜庆五 《中国卫生统计》 CSCD 北大核心 2006年第5期393-396,共4页

目的进化树分析是生物信息学研究的重要工具,但是目前结果比较精确的进化树方法计算量都很大,无法在大样本数据中直接应用。本文试图通过结合聚类分析和进化树分析的方法以解决此问题。方法以甲型流感病毒的H3A1序列为例,首先使用两步... 目的进化树分析是生物信息学研究的重要工具,但是目前结果比较精确的进化树方法计算量都很大,无法在大样本数据中直接应用。本文试图通过结合聚类分析和进化树分析的方法以解决此问题。方法以甲型流感病毒的H3A1序列为例,首先使用两步聚类将数据进行拆分,随后按照类别分类构建进化树,并最终将其拼接为完整的进化树结果。结果序列的聚类结果与进化树结构间呈现出高度的一致性,各类别在时间上的更替规律在进化树中则呈现为各进化树节段的交替。结论聚类方法与进化树方法相结合可以很好地满足大样本序列的进化树分析需求,如果在模型中加入其他参数,还可以使结果更为丰富,值得在该领域中推广。 展开更多

关键词 生物信息学 聚类分析 进化树分析 甲型流感病毒

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一株猪肺炎木糖氧化杆菌分离鉴定及系统进化树分析 被引量：3

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作者 蔺旭光 李佳怡 +2 位作者 牛天明 娜仁图雅 刘锴 《中国人兽共患病学报》 CAS CSCD 北大核心 2017年第10期908-911,共4页

目的鉴定猪群体性肺部感染的病原菌。方法采用生化鉴定、小白鼠致病性试验、16SrRNA PCR鉴定及系统进化树分析。结果根据生化鉴定、小白鼠致病性试验及16SrRNA PCR鉴定。结果表明该菌为一株具有一定毒力的木糖氧化无色杆菌,同源性分析... 目的鉴定猪群体性肺部感染的病原菌。方法采用生化鉴定、小白鼠致病性试验、16SrRNA PCR鉴定及系统进化树分析。结果根据生化鉴定、小白鼠致病性试验及16SrRNA PCR鉴定。结果表明该菌为一株具有一定毒力的木糖氧化无色杆菌,同源性分析该菌与KF879922.1相似性为99.9%,命名为TLSY-1。结论该菌的鉴定将为仔猪肺炎病原鉴定提供新的依据。 展开更多

关键词 木糖氧化无色杆菌 病原菌 进化树分析 仔猪

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鸡传染性喉气管炎病毒分离鉴定及遗传进化分析 被引量：1

4

作者 袁辉 刘丹 +8 位作者 刘敏 吴琼 李凌丹 宾晨 李伟 李国攀 陈红心 周启立 熊涛 《动物医学进展》 北大核心 2025年第3期57-63,共7页

荆州某鸡场出现了疑似鸡传染性喉气管炎病毒(ILTV)感染,为确定该病病因,用PCR初步检测鸡传染性喉气管炎病毒为阳性;将阳性病料经处理后接种于SPF鸡胚绒毛尿囊膜,传至5代,收集出现痘斑和增厚的绒毛尿囊膜及尿囊液,对其进行PCR检测、病毒... 荆州某鸡场出现了疑似鸡传染性喉气管炎病毒(ILTV)感染,为确定该病病因,用PCR初步检测鸡传染性喉气管炎病毒为阳性;将阳性病料经处理后接种于SPF鸡胚绒毛尿囊膜,传至5代,收集出现痘斑和增厚的绒毛尿囊膜及尿囊液,对其进行PCR检测、病毒滴度测定及动物回归试验。确定分离到1株ILTV毒株,命名为JZCD202302株。参照GenBank公布的鸡传染性喉气管炎病毒WG株设计了gB、gC、gD、gE、gK、TK基因特异性引物,用MEGA6.0软件绘制了遗传进化树。gB-gC-gD-gE-gK-TK串联进化树分析结果显示,该毒株与澳大利亚疫苗相关野外重组流行毒株7b、ACC78、CL9和实验室疫苗重组株ILTV.157/19亲缘关系最近。 展开更多

关键词 鸡传染性喉气管炎病毒 分离鉴定 进化树分析

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1株山羊源D型多杀性巴氏杆菌的全基因组测序及生物学特性分析

5

作者 张振兴 陈珍 +5 位作者 陈巧玲 程逸文 陈思 满初日嘎 杜丽 王凤阳 《中国动物传染病学报》 北大核心 2025年第3期167-176,共10页

多杀性巴氏杆菌(Pasteurella multocida,Pm)是一种常见致病菌,可以引起多种禽类、家畜、野生动物,甚至人类的感染。本实验室先前从患病海南黑山羊组织中分离出1株D型Pm。为进一步了解该菌株的基因组特征,明确其毒力相关基因和遗传进化... 多杀性巴氏杆菌(Pasteurella multocida,Pm)是一种常见致病菌,可以引起多种禽类、家畜、野生动物,甚至人类的感染。本实验室先前从患病海南黑山羊组织中分离出1株D型Pm。为进一步了解该菌株的基因组特征,明确其毒力相关基因和遗传进化关系。为Pm感染疾病的预防和临床治疗提供参考。将该菌株命名为“Pm HN01”株,使用SMRT技术和Illumina测序技术相结合的方法进行全基因组测序。使用生物信息学、PCR鉴定和系统进化树等方法对Pm HN01株的基因组特征、毒力相关基因和遗传进化关系进行分析。将测序后的基因组信息提交至NCBI,获得登录号CP037861。Pm HN01株与其他巴氏杆菌具有相似的基因组谱,大小为2349898 bp,GC含量为40.25%,预测到2401个编码基因。在GO、KEGG和COG分析中分别有1651、2227和1912个基因注释。在PHI、VFDB和T3SS分析中,分别有121、43和84个基因注释。此外,选取23个毒力基因引物对其进行PCR鉴定,结果发现Pm HN01株含有exbB、exbD、tbpA、toxA、fimA等12个毒力基因,同北京和新疆等国内菌株的进化关系最近,同美国、瑞士、丹麦等国外菌株的进化关系最远。本研究首次获得了山羊源D型Pm HN01株的完整基因组信息,为Pm的基因组数据库增添了材料,丰富了Pm的宿主类型。进一步完善了Pm HN01株的毒力基因和系统进化信息,为后续Pm的流行区域和致病性研究提供了理论参考。 展开更多

关键词 D型多杀性巴氏杆菌 基因组测序 毒力相关基因 系统进化树分析

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爪哇香茅叶绿体基因组的组装与序列分析

6

作者 罗佳霖 窦秋玉 +4 位作者 郭大中 陈浩文 罗丽晶 李佳屹 范源洪 《热带作物学报》 北大核心 2025年第10期2346-2354,共9页

本研究以爪哇香茅草为试验材料,采用Illumina NovaSeq 6000测序平台对爪哇香茅的DNA序列进行测序。使用GetOrganelle v1.7.7.0软件对测序数据进行组装,构建叶绿体基因组。参照已知的曲序香茅叶绿体基因组,对爪哇香茅草叶绿体基因组进行... 本研究以爪哇香茅草为试验材料,采用Illumina NovaSeq 6000测序平台对爪哇香茅的DNA序列进行测序。使用GetOrganelle v1.7.7.0软件对测序数据进行组装,构建叶绿体基因组。参照已知的曲序香茅叶绿体基因组,对爪哇香茅草叶绿体基因组进行注释,并进行基因组特征分析和进化树构建。研究结果表明:爪哇香茅叶绿体基因组全长为139823 bp,其结构为典型的环状四分体,GC含量为38.45%,AT含量为61.55%,包括长度为82214 bp的1个大单拷贝区(LSC)、长度为21368 bp的1对反向重复区(IR)和1个14873 bp的小单拷贝区(SSC);在爪哇香茅叶绿体基因组中共注释到130个基因(其中包含85个mRNA基因、37个tRNA基因、8个rRNA基因);此外,注释到的这些基因中含有16个双拷贝基因,所占比例为12.31%,分别是7个tRNA基因、4个自我复制基因、4个rRNA基因、2个未知功能蛋白基因、1个NADH脱氢酶亚基基因。在爪哇香茅叶绿体基因组中检测到144个SSR位点,其中单核苷酸重复占绝对优势,以A/T为主;对4个香茅属物种的反向重复序列边界进行比较后发现,曲序香茅、喜马拉雅香茅与爪哇香茅在基因结构和种类上表现出极高的同源性,其中ndhH基因均位于小单拷贝区(SSC),而ndhF基因则均位于SSC与IRb的边界区域,但爪哇香茅在LSC区比曲序香茅(Cymbopogon flexuosus)和喜马拉雅香茅(Cymbopogon pospischilii)多出一个rps3基因;进化树分析表明,爪哇香茅草与喜马拉雅香茅、柠檬草(Cymbopogon citratus MK593547.1)亲缘关系最近。本研究完成了爪哇香茅完整叶绿体基因组组装及注释,解析了爪哇香茅叶绿体基因组特征,初步探明爪哇香茅在香茅属内的系统发育关系地位,为香茅属植物系统发育、遗传多样性和基因组研究,以及重要功能基因的挖掘利用奠定良好基础。 展开更多

关键词 爪哇香茅草 叶绿体基因组 组装 注释 进化树分析

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1株奶牛乳源弗氏柠檬酸杆菌的分离鉴定及耐药性分析

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作者 昭日格图 林鑫 +4 位作者 毛冉 李清泉 合希格白音 韩晓华 于辰龙 《中国动物传染病学报》 北大核心 2025年第2期194-199,共6页

确定内蒙古赤峰市某养殖场奶牛乳房炎的潜在致病菌,本试验从该养殖场牛奶中分离获得1株致病菌(X-3),采用形态学观察、生化鉴定、基于16S rDNA序列构建系统进化树、人工感染小鼠、毒力基因检测和Kirby-Bauer(K-B)纸片扩散法对分离菌株进... 确定内蒙古赤峰市某养殖场奶牛乳房炎的潜在致病菌,本试验从该养殖场牛奶中分离获得1株致病菌(X-3),采用形态学观察、生化鉴定、基于16S rDNA序列构建系统进化树、人工感染小鼠、毒力基因检测和Kirby-Bauer(K-B)纸片扩散法对分离菌株进行鉴定和分析。结果显示:分离菌株为弗氏柠檬酸杆菌(Citrobacter freundii),具有较强的致病性,小鼠腹腔注射0.2 mL浓度为1.5×10~7 CFU/mL弗氏柠檬酸杆菌,96 h内致死率为57.14%,剖检发现小鼠肺部出现出血斑,呈花斑样,肝脏淤血,肠道黏膜出血。经毒力基因检测该病菌携带cfa、ureD、ureE、ureF、ureG、viaB和ompX 7种毒力基因。药敏试验结果显示,分离菌株仅对15种抗生素中的3种敏感,包括头孢噻肟、左氧氟沙星和氟苯尼考。本研究结果为弗氏柠檬酸杆菌分离、鉴定、治疗和诊治提供科学依据,也为潜在细菌性奶牛乳腺炎的防治提供了参考数据。 展开更多

关键词 牛乳 弗氏柠檬酸杆菌 分离鉴定 进化树分析

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2020年广东肇庆地区鹅细小病毒VP1基因遗传进化分析 被引量：3

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作者 赵丹 陈德成 +3 位作者 胡楚坪 朱婉君 陈济铛 张济培 《广东畜牧兽医科技》 2021年第3期77-81,共5页

2019~2020年从广东肇庆地区的部份鹅场中收集到12份疑似小鹅瘟病例,对疑似小鹅瘟病例进行病原核酸鉴定,对阳性病例进行病毒分离和VP1基因的序列扩增和遗传进化分析。结果表明,12份疑似小鹅瘟病例中,共检测到7份阳性样品,阳性检测率为58... 2019~2020年从广东肇庆地区的部份鹅场中收集到12份疑似小鹅瘟病例,对疑似小鹅瘟病例进行病原核酸鉴定,对阳性病例进行病毒分离和VP1基因的序列扩增和遗传进化分析。结果表明,12份疑似小鹅瘟病例中,共检测到7份阳性样品,阳性检测率为58.3%。从阳性病例样本中分离获得7株小鹅瘟病毒毒株,其中1株与Ⅰa亚群毒株核苷酸序列相似性高达99.1%~99.3%,另6株则聚类形成此前未报道过的新亚群,本文将其命名为Ⅰf亚群。本研究结果进一步完善了我国广东地区小鹅瘟的流行病学信息,为本地区小鹅瘟病毒的流行病学调查及该病的综合防控奠定理论基础。 展开更多

关键词 小鹅瘟病毒 VP1基因 遗传进化树分析

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水稻RSSG58的进化分析及其拟南芥同源基因ATG58的组织表达模式

9

作者 于东明 李筱雨 +4 位作者 孙申领 孙炎锋 王伟 吕东 苗琛 《安徽农业科学》 CAS 2017年第10期126-128,183,共4页

[目的]查找水稻RSSG58在拟南芥中的同源基因并观察其组织表达模式。[方法]利用相关基因信息学网站构建水稻RSSG58的基因进化树,构建其同源基因ATG58::GUS定位载体转入拟南芥,观察分析ATG58的组织表达模式。[结果]进化树和序列对比发现AT... [目的]查找水稻RSSG58在拟南芥中的同源基因并观察其组织表达模式。[方法]利用相关基因信息学网站构建水稻RSSG58的基因进化树,构建其同源基因ATG58::GUS定位载体转入拟南芥,观察分析ATG58的组织表达模式。[结果]进化树和序列对比发现ATG58与RSSG58具有较高的序列相似性,GUS定位遗传材料显示ATG58在多种组织都有表达,在生长发育早期的根、子叶、下胚轴、胚芽表达量相对较高,在生殖发育阶段的花苞和花药内优势表达,ATG58与RSSG58具有相似的GUS定位组织表达模式。[结论]ATG58是水稻RSSG58的同源基因,二者组织表达模式一致,这些结果为深入研究拟南芥ATG58和水稻RSSG58在雄配子发育过程中的作用及机制提供了基础资料。 展开更多

关键词 水稻 RSSG58 ATG58 β-葡萄糖苷酸酶(GUS) 组织表达 进化树分析

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2015-2018年广东省猪流行性腹泻病毒M基因的遗传进化分析 被引量：2

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作者 赵贤杰 张天佑 +7 位作者 李舜 李桂珍 谢宏林 李康健 张熙 付强 马春全 陈胜锋 《中国兽医杂志》 CAS 北大核心 2020年第1期22-25,共4页

本试验通过对22株采集于2015-2018年广东省内猪流行性腹泻病毒(PEDV)流行株的M基因进行克隆和测序,并将测序结果与NCBI中PEDV参考株M基因进行同源性分析和构建系统进化树,从而了解广东省PEDV流行株的近年来遗传变异情况。结果显示,22株P... 本试验通过对22株采集于2015-2018年广东省内猪流行性腹泻病毒(PEDV)流行株的M基因进行克隆和测序,并将测序结果与NCBI中PEDV参考株M基因进行同源性分析和构建系统进化树,从而了解广东省PEDV流行株的近年来遗传变异情况。结果显示,22株PEDV流行株间核苷酸序列同源性为97.5%~100.0%,与华南地区参考株M基因核苷酸序列同源性为97.7%~99.9%,与国内较早分离株CH/S和经典毒株CV777同源性较低,分别为97.5%~98.1%、97.7%~98.2%。PEDV M基因遗传进化分析显示,22株广东PEDV流行株的同源性较高,亲缘关系紧密,此外,22株广东PEDV流行株与大部分代表性毒株、疫苗株亲缘关系较远,如国内早期分离株CH/S、经典毒株CV777、韩国株KRPEDV-9-Vaccine、泰国株MNIAH10054108、日本株JMe2、英国株Brl/87等。试验结果表明,广东省当前的PEDV流行毒株存在基因变异并形成独特进化分支。 展开更多

关键词 猪流行性腹泻病毒 M基因 同源性分析 遗传进化树分析

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苎麻和大蒜FLOWERING LOCUS T基因家族比较和进化分析

11

作者 高馨悦 严理 刘头明 《中国麻业科学》 2021年第3期105-110,共6页

开花是高等植物从营养生长到生殖生长转变的重要发育过程,该过程受内外多种因素调控,该过程中成花素FLOWERING LOCUS T(FT)蛋白的诱导极其关键。苎麻和大蒜分别为短日照和长日照经济作物,对比研究两者FT基因家族特征,有助于理解植物的... 开花是高等植物从营养生长到生殖生长转变的重要发育过程,该过程受内外多种因素调控,该过程中成花素FLOWERING LOCUS T(FT)蛋白的诱导极其关键。苎麻和大蒜分别为短日照和长日照经济作物,对比研究两者FT基因家族特征,有助于理解植物的开花进化。研究基于苎麻和大蒜基因组注释,筛选出2个苎麻FT家族基因和11个大蒜FT家族基因。结合模式植物拟南芥AtFT蛋白和水稻Hd3a蛋白进行保守序列比对分析,发现苎麻FT蛋白进化过程中高度保守,而大蒜的11个FT蛋白发生了广泛的氨基酸序列变异,仅有4个蛋白Asa2G02821.1、Asa6G00732.1、Asa7G06383.1和Asa7G06386.1保存了开花调节功能所必需的完整关键氨基酸序列。利用MAGA软件将该15个蛋白分为3类,其中苎麻蛋白Bnt01G000036、Bnt02G002054和大蒜Asa2G02821.1、Asa6G00732.1、Asa8G04470.1、Asa0G05138.1蛋白以及AtFT/Hd3a蛋白同属一个亚家族,推测他们是AtFT/Hd3a的直系同源蛋白,可能与苎麻和大蒜的开花控制相关。研究首次揭示了苎麻和大蒜的FT基因家族进化特征,为系统分析该两个经济作物的开花进化机制奠定了基础。此外,研究也在苎麻和大蒜中鉴定到AtFT/Hd3a的直系同源基因,为开展该两个经济作物的开花时间改良研究提供了基因资源。 展开更多

关键词 FLOWERING LOCUS T基因 苎麻 大蒜 序列比对分析 进化树分析

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2021年华东地区鸡传染性支气管炎病毒分离、鉴定及S1基因遗传特征分析

12

作者 蓝胜芝 侯博 +1 位作者 邵国青 王晨燕 《中国动物传染病学报》 北大核心 2024年第6期169-175,共7页

本研究在2021年从华东地区肉鸡或蛋鸡群中采集了187份具有呼吸道症状的患病鸡气管、肺脏和肾脏混合样本,通过鸡胚分离、RT-PCR和基因测序等方法分离鉴定出IBV,并对其S1基因测序,通过构建系统进化树进行遗传进化分析。结果显示:187份临... 本研究在2021年从华东地区肉鸡或蛋鸡群中采集了187份具有呼吸道症状的患病鸡气管、肺脏和肾脏混合样本,通过鸡胚分离、RT-PCR和基因测序等方法分离鉴定出IBV,并对其S1基因测序,通过构建系统进化树进行遗传进化分析。结果显示:187份临床病料中检测出79份阳性样品,将其接种SPF鸡胚共分离鉴定出39株IBV,S1进化树分析结果表明主要流行的基因型为GⅠ-19、GⅠ-13、tl/CH/LDT3/03型和GⅥ,其中GⅠ-19为优势基因型,其次是GⅠ-13。本研究初步明确了华东地区2021年IBV分离株的遗传进化特点,对IBV临床防控具有重要的参考意义。 展开更多

关键词 传染性支气管炎病毒(IBV) 分离 S1基因 进化树分析

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猪圆环病毒3型的鉴定和遗传演化分析

13

作者 陈燕凌 王颖旺 +5 位作者 杨潞 杨漫漫 李雪梅 张月 田志革 胡晓亮 《世界热带农业信息》 2024年第2期63-65,共3页

为了解宜宾市养殖场猪圆环病毒(PCV)3型的基因组特征和遗传变异规律。本试验利用PCR方法从流产母猪血液中鉴定出1株PCV3,命名为SC-YB2203。经过PCR方法扩增部分基因组序列,对测序结果拼接并进行系统进化树分析。结果显示:遗传进化树分... 为了解宜宾市养殖场猪圆环病毒(PCV)3型的基因组特征和遗传变异规律。本试验利用PCR方法从流产母猪血液中鉴定出1株PCV3,命名为SC-YB2203。经过PCR方法扩增部分基因组序列,对测序结果拼接并进行系统进化树分析。结果显示:遗传进化树分析发现SCYB2203与广州株MK142771和美国株MK496279属于同一分支3f,与西班牙株MH579746和美国株MK496280亲缘关系较近,与四川株MZ449244和重庆株KY075990亲缘关系较远。序列分析发现SC-YB2203与参考序列之间的同源性最高的为重庆株KY075990(98.5%),与湖南株MG372488的同源性为87.7%,与其他国内株同源性较高(97.6%-98.5%)。 展开更多

关键词 遗传变异规律 遗传演化分析 系统进化树分析 PCR方法 基因组特征 序列分析 宜宾市 参考序列

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2018—2019年华东华南地区水禽细小病毒的进化分析

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作者 李艳 孙永锋 +3 位作者 解红梅 李佳暖 赵传昊 李舫 《现代畜牧科技》 2022年第12期5-7,共3页

鹅细小病毒(GPV)和番鸭细小病毒(MDPV)严重危害水禽产业。自2015年以来,一种新型鸭源鹅细小病毒(N-GPV)在中国大陆持续爆发,给水禽产业造成重大经济损失。水禽细小病毒(WPV)病因再次引起研究人员的关注。本研究在2018—2019年期间,从中... 鹅细小病毒(GPV)和番鸭细小病毒(MDPV)严重危害水禽产业。自2015年以来,一种新型鸭源鹅细小病毒(N-GPV)在中国大陆持续爆发,给水禽产业造成重大经济损失。水禽细小病毒(WPV)病因再次引起研究人员的关注。本研究在2018—2019年期间,从中国东部和南部地区采集426份疑似细小病毒患病水禽组织样本,PCR检测总阳性率为51.2%(218/426)。最终,获得30个分离株,并对其VP3基因进行测序,进化树分析结果表明:分离株分布在7个分支,并与经典的GPV分支关系相近。本研究为水禽细小病毒(WPVs)疫苗的研发提供了候选株,仍需对水禽细小病毒进行连续不断的流行病学监测。 展开更多

关键词 水禽细小病毒 VP3基因 进化树分析 新型鸭源鹅细小病毒 重组

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小麦TaLSD1锌指蛋白基因的电子克隆及序列分析 被引量：14

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作者 黄新杰 郭军 +2 位作者 屈志鹏 黄丽丽 康振生 《西北植物学报》 CAS CSCD 北大核心 2007年第11期2147-2152,共6页

采用电子克隆与RT-PCR相结合的技术,在条锈菌(Pucciniastriiformis f.sp.tritici)侵染的小麦中克隆了一个LSD1型锌指蛋白基因,命名为TaLSD1(GenBank登录号为EF553327)。序列分析表明,该基因全长1024bp,编码生成1个包含3个保守LSD1型锌... 采用电子克隆与RT-PCR相结合的技术,在条锈菌(Pucciniastriiformis f.sp.tritici)侵染的小麦中克隆了一个LSD1型锌指蛋白基因,命名为TaLSD1(GenBank登录号为EF553327)。序列分析表明,该基因全长1024bp,编码生成1个包含3个保守LSD1型锌指结构(CxxCxRxxLMYxxGASxVxCxxC)且长度为146个氨基酸的多肽。进化树分析表明,TaLSD1与水稻(Oryza sativa)、拟南芥(Arabidopsis thaliana)和芜菁(Brassica rapa)中部分含有3个保守LSD1型锌指结构的同源基因亲缘关系较近,而与其它包含不同数目的LSD1型锌指结构基因亲缘关系较远。推测TaLSD1在进化中丢失了部分序列,进而执行新的功能。半定量RT-PCR结果显示,该基因在亲和以及非亲和组合中的表达模式很相似,均表现在前期基因表达被抑制而后期恢复正常。初步推测TaLSD1在转录水平上的表达受光诱导,同时,作为一个细胞程序性死亡的负调控因子在小麦与条锈菌互作过程中起作用。 展开更多

关键词 条锈菌 电子克隆 进化树分析 半定量RT-PCR LSDl型锌指结构

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夏枯草苯丙氨酸解氨酶基因的克隆与表达分析 被引量：15

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作者 许锋 曹腾 +3 位作者 宁迎晶 蒋丽阳 张威威 程水源 《华北农学报》 CSCD 北大核心 2012年第1期39-44,共6页

苯丙氨酸解氨酶(PAL)是迷迭香酸合成途径中的关键酶之一,根据其他植物PAL基因的保守区域设计特异引物,利用3'-RACE-PCR技术,本研究首次从夏枯草中克隆得到了PAL基因的cDNA片段序列,命名为PvPAL,Gen-Bank登录号为JN65446。PvPAL基因c... 苯丙氨酸解氨酶(PAL)是迷迭香酸合成途径中的关键酶之一,根据其他植物PAL基因的保守区域设计特异引物,利用3'-RACE-PCR技术,本研究首次从夏枯草中克隆得到了PAL基因的cDNA片段序列,命名为PvPAL,Gen-Bank登录号为JN65446。PvPAL基因cDNA片段长1 306 bp,其中编码区域为1 047 bp,编码349个氨基酸。蛋白质序列多重比较结果显示,PvPAL蛋白质序列与丹参、地黄、黄芩、藿香等植物的PAL蛋白质高度同源。PAL系统进化树分析结果表明,PvPAL与唇形科植物的PAL基因亲缘关系最近。组织表达分析结果显示,PvPAL基因在根、茎、叶中均表达,其中根中表达量最高。PvPAL基因的克隆为进一步研究夏枯草迷迭香酸合成的分子机制奠定了基础。 展开更多

关键词 苯丙氨酸解氨酶 表达分析 夏枯草 克隆 酶基因 蛋白质序列 唇形科植物 系统进化树分析

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大豆中一个WRKY28-like基因的克隆与功能分析 被引量：12

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作者 王婷婷 丛亚辉 +4 位作者 柳聚阁 王宁 帅琴 李艳 盖钧镒 《作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2016年第4期469-481,共13页

WRKY转录因子参与调节植物生长发育、生物与非生物胁迫应答等多种过程,At WRKY28是拟南芥中与抗病和耐逆相关的重要转录因子。为探讨大豆中一个At WRKY28同源基因Gm WRKY28-like(Glyma.14G028900)的生物学功能,本文对该基因进行了克隆... WRKY转录因子参与调节植物生长发育、生物与非生物胁迫应答等多种过程,At WRKY28是拟南芥中与抗病和耐逆相关的重要转录因子。为探讨大豆中一个At WRKY28同源基因Gm WRKY28-like(Glyma.14G028900)的生物学功能,本文对该基因进行了克隆、生物信息学分析、亚细胞定位、组织表达等试验,并对其在ABA、PEG、Na Cl胁迫下的表达水平进行了分析。结果显示,GmWRKY28-like基因的编码区(CDS)为1008 bp,编码335个氨基酸。GmWRKY28-like蛋白具有保守的WRKY结构域,含有22个丝氨酸(Serine)、1个苏氨酸(Threonine)、2个酪氨酸(Tyrosine),不含跨膜结构与信号肽;进化树分析表明大豆GmWRKY28-like与菜豆(Phaseolus vulgaris)WRKY28的相似性最高;亚细胞定位显示GmWRKY28-like定位在细胞核中。该基因在根、种子中表达量很低,在真叶、花、及茎尖分生组织表达量较高。GmWRKY28-like启动子中含有多种与生物和非生物逆境胁迫应答相关的元件,如MBS、W-box、ABRE、Box-W1等,且表达受到ABA、PEG、Na Cl的诱导。此外,过表达GmWRKY28-like显著增强了拟南芥的耐盐性。 展开更多

关键词 GmWRKY28 进化树分析 亚细胞定位 非生物胁迫

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茶树类黄酮3′-羟化酶基因的克隆与表达特性分析 被引量：9

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作者 王文丽 吴致君 +4 位作者 刘志薇 王永鑫 李辉 崔新 庄静 《茶叶科学》 CAS CSCD 北大核心 2017年第1期108-118,共11页

类黄酮3′-羟化酶(Flavonoid 3′-hydroxylase,F3′H)是细胞色素P450酶家族(Cytochrome P450,CYP450)的单加氧酶,在植物次生代谢和逆境调控方面起着重要的作用。本实验以茶树品种龙井43作为试验材料,利用RT-PCR方法,从c DNA中克隆得到... 类黄酮3′-羟化酶(Flavonoid 3′-hydroxylase,F3′H)是细胞色素P450酶家族(Cytochrome P450,CYP450)的单加氧酶,在植物次生代谢和逆境调控方面起着重要的作用。本实验以茶树品种龙井43作为试验材料,利用RT-PCR方法,从c DNA中克隆得到茶树中编码类黄酮3′-羟化酶基因,命名为Cs F3′H1。序列分析显示,Cs F3′H1基因开放阅读框为1 530 bp,编码509个氨基酸,含有相对保守的P450酶系结合域。进化树分析表明,Cs F3′H1与Cs F3′H3的进化树关系相近,与Cs F3′H2的进化树关系较远。序列多重比对显示,Cs F3′H1蛋白具有F3′H蛋白的特征基序,并与高粱、猕猴桃、杨树、拟南芥和葡萄同源蛋白一致性为66.48%。氨基酸组分、理化性质、亲水性/疏水性和无序化分析显示,Cs F3′H1是亲水性蛋白,无序化特征不明显。利用实时荧光定量PCR对Cs F3′H1基因在茶树不同组织和不同激素处理下的表达谱进行检测,结果显示:不同组织中,Cs F3′H1基因的表达水平在第一叶中最高,之后随着叶片的成熟逐渐下降,Cs F3′H1基因在老叶和根中几乎不表达,表达水平从高到低依次为第一叶>第二叶>第三叶>第四叶>嫩茎>根>老叶;在不同激素处理中,Cs F3′H1在SA激素处理下的表达量最高,为对照的2.24倍,在Me JA处理下表达量最低,为对照的0.43倍。 展开更多

关键词 茶树 类黄酮3′-羟化酶 进化树分析 组织表达 激素处理

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一株裂解性奶牛乳房炎源屎肠球菌噬菌体的分离及其生物学特性分析 被引量：4

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作者 张倩 于会举 +6 位作者 孙耀强 张湘莉兰 张培生 刘鸽 屈勇刚 童贻刚 李岩 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2017年第4期706-713,共8页

从新疆石河子地区奶牛粪样中分离裂解性屎肠球菌噬菌体,对其进行纯化及生物学特性分析,为治疗和控制细菌性感染提供基础。利用双层平板培养法从奶牛粪样中分离、纯化噬菌体,并观察噬菌斑特征,将纯化后的噬菌体浓缩液用磷钨酸负染,通过... 从新疆石河子地区奶牛粪样中分离裂解性屎肠球菌噬菌体,对其进行纯化及生物学特性分析,为治疗和控制细菌性感染提供基础。利用双层平板培养法从奶牛粪样中分离、纯化噬菌体,并观察噬菌斑特征,将纯化后的噬菌体浓缩液用磷钨酸负染,通过透射电子显微镜观察其形态特征。对该噬菌体进行全基因组测序和遗传进化分析,用双层平板培养法测定其宿主谱、最佳感染复数、一步生长曲线、热稳定性及pH稳定性。结果如下:分离并纯化出一株裂解性屎肠球菌噬菌体,命名为vB_EfaM_XJ3,其噬菌斑圆形透明、无晕环且边缘整齐,直径1.2~1.5mm;电镜观察其头部呈廿面体,头长约53.15nm,尾长约14.42nm×199.62nm;核酸类型为dsDNA,基因组全长为157.189kb,GC含量为50.27%;其基因序列与沙门菌噬菌体SKML-39的相似性高达98%。生物学特性研究显示vB_EfaM_XJ3目前只裂解其宿主菌;最佳感染复数为0.001,潜伏期为15min,爆发期为175min,裂解量约为84;能耐受50℃左右高温,在pH 5.0~11.0范围内效价稳定。分离鉴定出一株裂解性肌尾科屎肠球菌噬菌体,对它进行了生物学特性和亲缘性分析,为沙门菌和屎肠球菌抑菌剂的研究与应用奠定了基础。 展开更多

关键词 奶牛乳房炎 屎肠球菌 裂解性噬菌体 生物学特性 进化树分析

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基于丙型肝炎病毒NS5B基因序列分析的基因分型 被引量：8

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作者 张继明 尹有宽 +4 位作者 谢怡 卢清 张清波 邬祥惠 翁心华 《中国抗感染化疗杂志》 2003年第5期287-290,共4页

目的 :建立基于丙型肝炎病毒 (HCV)NS5B基因序列分析的基因分型方法 ,对上海地区慢性丙型肝炎进行基因分型。方法 :用HCVRNA实时荧光定量检测试剂盒对慢性丙型肝炎患者血清标本的HCVRNA水平进行定量分析。用逆转录 聚合酶链反应 (RT P... 目的 :建立基于丙型肝炎病毒 (HCV)NS5B基因序列分析的基因分型方法 ,对上海地区慢性丙型肝炎进行基因分型。方法 :用HCVRNA实时荧光定量检测试剂盒对慢性丙型肝炎患者血清标本的HCVRNA水平进行定量分析。用逆转录 聚合酶链反应 (RT PCR)和套式 PCR扩增HCVRNA阳性的 4 1份标本的部分HCVNS5B区基因 ,PCR产物经回收、纯化后直接进行测序分析。从GenBank中下载 2 5份不同基因型的HCV原型序列 ,用NS5B区 2 2 2bp的基因片段构建系统进化树 ,对临床标本相应的HCVNS5B区序列进行分析。结果 :基于HCVNS5B基因序列的系统进化树分析 ,可成功地对本组 4 1份标本进行基因分型。分型结果显示 ,1b型占 85 .4 % (35 / 4 1) ,2a型占 12 .2 0 % (5 / 4 1) ,3a型占 2 .4 4 % (1/ 4 1)。结论 :基于HCVNS5B区基因序列的系统进化树分析是一种可靠和方便的HCV基因分型方法。上海地区的HCV基因型以 展开更多

关键词 丙型肝炎病毒 基因型 系统进化树分析 NS5B基因 基因序列分析 基因分型

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