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基于Hadoop Streaming的Last比对软件并行化的研究与实现
1
作者
董本志
李文浩
景维鹏
《计算机工程与应用》
CSCD
2014年第2期226-230,共5页
随着下一代测序技术的到来,单机版Last比对软件已经不能满足海量数据的处理需求。使用Hadoop Streaming技术将Last比对软件快速部署到云计算环境中,解决当前单机版Last比对软件处理大数据能力差的问题。通过自定义的基于NFS文件系统的...
随着下一代测序技术的到来,单机版Last比对软件已经不能满足海量数据的处理需求。使用Hadoop Streaming技术将Last比对软件快速部署到云计算环境中,解决当前单机版Last比对软件处理大数据能力差的问题。通过自定义的基于NFS文件系统的数据集切分方法和基于Partitioner的任务分配方式能够实现均衡高效的数据切分,并保证并行化粒度可控。实验结果表明,在保证与单机运行结果一致的情况下,这种方法能有效缩减软件运行时间,具有较高的加速比。
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关键词
HADOOP
STREAMING
软件并行化
last比对
软件
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职称材料
离线信号的并行分析处理技术
2
作者
梁先明
《电讯技术》
北大核心
2018年第8期939-945,共7页
传统离线信号分析软件处理的数据量庞大且采用单一串行结构,其处理速度通常比较慢。为此,提出了基于图形处理单元(GPU)+中央处理器(CPU)异构方式实现离线信号分析软件的并行化优化思路。首先将离线信号分析中的单一信号串行流程改进为...
传统离线信号分析软件处理的数据量庞大且采用单一串行结构,其处理速度通常比较慢。为此,提出了基于图形处理单元(GPU)+中央处理器(CPU)异构方式实现离线信号分析软件的并行化优化思路。首先将离线信号分析中的单一信号串行流程改进为多信号同时处理方式以实现并行效果,然后重点分析了流程中几个比较费时的典型侦察信号处理算法的特点并进行了算法的优化实现和验证,最后提出了离线信号处理优化准则和资源分配策略。试验结果表明,离线信号分析处理软件算法优化改进后,大多数算法处理加速比达到20以上,具有较好的工程实用性,同时该优化准则和策略对于软件化实时信号处理也具有一定的参考价值。
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关键词
侦察信号处理
软件并行化
离线信号分析
PN码估计
CPU+GPU异构
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职称材料
题名
基于Hadoop Streaming的Last比对软件并行化的研究与实现
1
作者
董本志
李文浩
景维鹏
机构
东北林业大学信息与计算机工程学院
出处
《计算机工程与应用》
CSCD
2014年第2期226-230,共5页
基金
中央高校基本科研业务费专项资金项目(No.DL13CB05)
哈尔滨市科技创新人才研究专项(No.2013RFXXJ089)
哈尔滨市应用技术研究与开发项目(No.2013AE1CE007)
文摘
随着下一代测序技术的到来,单机版Last比对软件已经不能满足海量数据的处理需求。使用Hadoop Streaming技术将Last比对软件快速部署到云计算环境中,解决当前单机版Last比对软件处理大数据能力差的问题。通过自定义的基于NFS文件系统的数据集切分方法和基于Partitioner的任务分配方式能够实现均衡高效的数据切分,并保证并行化粒度可控。实验结果表明,在保证与单机运行结果一致的情况下,这种方法能有效缩减软件运行时间,具有较高的加速比。
关键词
HADOOP
STREAMING
软件并行化
last比对
软件
Keywords
hadoop streaming
software parallelization
last alignment software
分类号
TP311.52 [自动化与计算机技术—计算机软件与理论]
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职称材料
题名
离线信号的并行分析处理技术
2
作者
梁先明
机构
中国西南电子技术研究所
出处
《电讯技术》
北大核心
2018年第8期939-945,共7页
文摘
传统离线信号分析软件处理的数据量庞大且采用单一串行结构,其处理速度通常比较慢。为此,提出了基于图形处理单元(GPU)+中央处理器(CPU)异构方式实现离线信号分析软件的并行化优化思路。首先将离线信号分析中的单一信号串行流程改进为多信号同时处理方式以实现并行效果,然后重点分析了流程中几个比较费时的典型侦察信号处理算法的特点并进行了算法的优化实现和验证,最后提出了离线信号处理优化准则和资源分配策略。试验结果表明,离线信号分析处理软件算法优化改进后,大多数算法处理加速比达到20以上,具有较好的工程实用性,同时该优化准则和策略对于软件化实时信号处理也具有一定的参考价值。
关键词
侦察信号处理
软件并行化
离线信号分析
PN码估计
CPU+GPU异构
Keywords
reconnaissance signal processing
software parallel implementation
off-line signal analysis
PN code estimation
CPU+GPU heterogeneous
分类号
TN971 [电子电信—信号与信息处理]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
基于Hadoop Streaming的Last比对软件并行化的研究与实现
董本志
李文浩
景维鹏
《计算机工程与应用》
CSCD
2014
0
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职称材料
2
离线信号的并行分析处理技术
梁先明
《电讯技术》
北大核心
2018
0
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职称材料
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参考文献
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