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核桃JrJAZ基因家族鉴定与转录表达分析
被引量：
9
1
作者
刘凯
李津津
+5 位作者
王红霞
李林晴
赵书岗
张俊佩
马庆国
张志华
《河北农业大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2021年第1期41-50,共10页
为了揭示核桃JAZ基因家族在核桃生长发育中的作用,本研究通过构建隐马尔科夫模型与转录组数据结合的方法,在核桃全基因组数据库搜索JAZ家族基因,对该家族进行理化性质、基因结构、保守基序、启动子元件、蛋白互作预测等生物信息学和低...
为了揭示核桃JAZ基因家族在核桃生长发育中的作用,本研究通过构建隐马尔科夫模型与转录组数据结合的方法,在核桃全基因组数据库搜索JAZ家族基因,对该家族进行理化性质、基因结构、保守基序、启动子元件、蛋白互作预测等生物信息学和低温胁迫下的转录表达分析。结果表明,核桃JAZ基因家族包含17个成员,蛋白长度范围为138~385个氨基酸,开放阅读框为417~1149 bp,等电点为8.47~10,全部为碱性不稳定亲水蛋白;含有典型的TIFY和jas 2个高度保守的结构域,聚类分析发现,该类基因可分为Group A、Group B、Group C和Group D 4个亚族。在低温胁迫48 h后经转录表达分析,JrJAZ1、JrJAZ3、JrJAZ4、JrJAZ5、JrJAZ7、JrJAZ9、JrJAZ15、JrJAZ16为差异表达基因,推测可能响应低温胁迫。本研究结果将为进一步研究该类基因的功能提供了重要线索和依据。
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关键词
核桃
JAZ基因家族
生物信息学
分析
转录表达分析
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职称材料
核桃Alfin-like基因家族鉴定与转录表达分析
被引量：
1
2
作者
李洋
刘凯
+2 位作者
路粉
王红霞
王文桥
《河北农业大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2021年第4期51-57,共7页
为了揭示核桃Alfin-like家族在核桃响应低温胁迫中的作用,本研究通过生物信息学与RNA-seq结合的方法,在核桃全基因组数据库搜索Alfin-like家族基因,对该家族进行生物信息学和转录表达分析。结果表明,核桃Alfin-like基因家族包含8个成员...
为了揭示核桃Alfin-like家族在核桃响应低温胁迫中的作用,本研究通过生物信息学与RNA-seq结合的方法,在核桃全基因组数据库搜索Alfin-like家族基因,对该家族进行生物信息学和转录表达分析。结果表明,核桃Alfin-like基因家族包含8个成员,分布在5条染色体上,蛋白长度范围为240(JrAL5)~254(JrAL1)个氨基酸,开放阅读框为723(JrAL5)~771 bp(JrAL3),等电点为5.04~5.71,全部为酸性不稳定蛋白;含有典型的DUF3594 Domian和PHD domian 2个高度保守的结构域,聚类分析发现,该类基因可与双子叶植物拟南芥较近,与单子叶植物水稻较远。在低温胁迫48 h后经转录表达分析,JrAL2为差异表达基因,并且在种仁和芽中表达较高,在老叶和雄花中较低,推测JrAL2可能响应低温胁迫。
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关键词
核桃
Alfin-like基因家族
生物信息学
分析
转录表达分析
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职称材料
花苜蓿TCP基因家族的鉴定及其在干旱胁迫下的表达模式分析
3
作者
王苗苗
赵相龙
+2 位作者
王召明
刘志鹏
闫龙凤
《生物技术通报》
北大核心
2025年第6期179-190,共12页
【目的】TCP(Teosinte branched 1/Cincinnata/Proliferating cell factor)是调控植物生长发育和胁迫响应的一类转录因子。解析花苜蓿TCP基因家族成员的序列结构和理化性质,了解花苜蓿MruTCP基因在干旱胁迫下的作用,为牧草分子育种提供...
【目的】TCP(Teosinte branched 1/Cincinnata/Proliferating cell factor)是调控植物生长发育和胁迫响应的一类转录因子。解析花苜蓿TCP基因家族成员的序列结构和理化性质,了解花苜蓿MruTCP基因在干旱胁迫下的作用,为牧草分子育种提供基因资源。【方法】基于全基因组水平鉴定花苜蓿TCP基因,对其进行生物信息学分析和干旱胁迫下的表达模式分析。【结果】在花苜蓿中共鉴定到20个TCP基因,分布在7条染色体上。系统进化分析结果表明,MruTCP蛋白分为3个亚家族:PCF、CIN和CYC/TB1,各类蛋白的Motif种类和排列顺序有所差异,均含有一个共同的保守基序Motif 1,家族成员间的结构较为简单。共线性分析结果表明,花苜蓿TCP家族内存在2个片段重复事件,且与大豆之间的亲缘关系最近。启动子顺式作用元件分析的结果表明,MruTCP家族成员功能较为复杂,在信号传递、响应非生物胁迫、光信号响应、激素调节等方面均发挥作用。干旱胁迫下的转录组数据和RT-qPCR的结果表明,花苜蓿TCP基因家族成员在不同时间点和不同浓度干旱处理下的表达模式不同。其中,MruTCP05和MruTCP09包含了丰富的激素响应元件和胁迫响应元件,并且受干旱胁迫的强烈诱导。【结论】结合TCP基因家族的生物信息学分析和表达模式分析结果,推测MruTCP05和MruTCP09是调控花苜蓿耐旱性的候选基因。
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关键词
花苜蓿
TCP基因
干旱胁迫
转录表达分析
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职称材料
题名
核桃JrJAZ基因家族鉴定与转录表达分析
被引量：
9
1
作者
刘凯
李津津
王红霞
李林晴
赵书岗
张俊佩
马庆国
张志华
机构
河北农业大学山区研究所/河北省山区农业技术创新中心/国家北方山区农业工程技术研究中心
河北农业大学园艺学院
河北农业大学生命科学学院
中国林业科学研究院林业研究所/国家林业和草原局林木培育重点实验室
出处
《河北农业大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2021年第1期41-50,共10页
基金
国家重点研发计划项目(2019YFD1001603)
河北省自然科学基金资助项目(C2019204270).
文摘
为了揭示核桃JAZ基因家族在核桃生长发育中的作用,本研究通过构建隐马尔科夫模型与转录组数据结合的方法,在核桃全基因组数据库搜索JAZ家族基因,对该家族进行理化性质、基因结构、保守基序、启动子元件、蛋白互作预测等生物信息学和低温胁迫下的转录表达分析。结果表明,核桃JAZ基因家族包含17个成员,蛋白长度范围为138~385个氨基酸,开放阅读框为417~1149 bp,等电点为8.47~10,全部为碱性不稳定亲水蛋白;含有典型的TIFY和jas 2个高度保守的结构域,聚类分析发现,该类基因可分为Group A、Group B、Group C和Group D 4个亚族。在低温胁迫48 h后经转录表达分析,JrJAZ1、JrJAZ3、JrJAZ4、JrJAZ5、JrJAZ7、JrJAZ9、JrJAZ15、JrJAZ16为差异表达基因,推测可能响应低温胁迫。本研究结果将为进一步研究该类基因的功能提供了重要线索和依据。
关键词
核桃
JAZ基因家族
生物信息学
分析
转录表达分析
Keywords
walnut
JAZ gene family
bioinformatics analysis
transcriptional expression analysis
分类号
S664.1 [农业科学—果树学]
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职称材料
题名
核桃Alfin-like基因家族鉴定与转录表达分析
被引量：
1
2
作者
李洋
刘凯
路粉
王红霞
王文桥
机构
河北省农林科学院植物保护研究所
河北农业大学山区研究所/河北省山区农业工程技术研究中心/国家北方山区农业工程技术研究中心
河北农业大学园艺学院
出处
《河北农业大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2021年第4期51-57,共7页
基金
国家重点研发计划项目(2019YFD1001603)
河北省自然科学基金资助项目(C2019204270)
现代种业科技创新专项(21326352D)。
文摘
为了揭示核桃Alfin-like家族在核桃响应低温胁迫中的作用,本研究通过生物信息学与RNA-seq结合的方法,在核桃全基因组数据库搜索Alfin-like家族基因,对该家族进行生物信息学和转录表达分析。结果表明,核桃Alfin-like基因家族包含8个成员,分布在5条染色体上,蛋白长度范围为240(JrAL5)~254(JrAL1)个氨基酸,开放阅读框为723(JrAL5)~771 bp(JrAL3),等电点为5.04~5.71,全部为酸性不稳定蛋白;含有典型的DUF3594 Domian和PHD domian 2个高度保守的结构域,聚类分析发现,该类基因可与双子叶植物拟南芥较近,与单子叶植物水稻较远。在低温胁迫48 h后经转录表达分析,JrAL2为差异表达基因,并且在种仁和芽中表达较高,在老叶和雄花中较低,推测JrAL2可能响应低温胁迫。
关键词
核桃
Alfin-like基因家族
生物信息学
分析
转录表达分析
Keywords
walnut
Alfin-like gene family
bioinformatics analysis
transcriptional expression analysis
分类号
S664.1 [农业科学—果树学]
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职称材料
题名
花苜蓿TCP基因家族的鉴定及其在干旱胁迫下的表达模式分析
3
作者
王苗苗
赵相龙
王召明
刘志鹏
闫龙凤
机构
草种创新与草地农业生态系统全国重点实验室、兰州大学草地农业科技学院
国家草业技术创新中心(筹)
兰州大学生命科学学院
出处
《生物技术通报》
北大核心
2025年第6期179-190,共12页
基金
内蒙古自治区“揭榜挂帅”项目(2022JBGS0040)
2023年国家草业技术创新中心(筹)重大创新平台建设专项(CCPTZX2023N04)
国家现代农业产业技术体系(CARS-34)。
文摘
【目的】TCP(Teosinte branched 1/Cincinnata/Proliferating cell factor)是调控植物生长发育和胁迫响应的一类转录因子。解析花苜蓿TCP基因家族成员的序列结构和理化性质,了解花苜蓿MruTCP基因在干旱胁迫下的作用,为牧草分子育种提供基因资源。【方法】基于全基因组水平鉴定花苜蓿TCP基因,对其进行生物信息学分析和干旱胁迫下的表达模式分析。【结果】在花苜蓿中共鉴定到20个TCP基因,分布在7条染色体上。系统进化分析结果表明,MruTCP蛋白分为3个亚家族:PCF、CIN和CYC/TB1,各类蛋白的Motif种类和排列顺序有所差异,均含有一个共同的保守基序Motif 1,家族成员间的结构较为简单。共线性分析结果表明,花苜蓿TCP家族内存在2个片段重复事件,且与大豆之间的亲缘关系最近。启动子顺式作用元件分析的结果表明,MruTCP家族成员功能较为复杂,在信号传递、响应非生物胁迫、光信号响应、激素调节等方面均发挥作用。干旱胁迫下的转录组数据和RT-qPCR的结果表明,花苜蓿TCP基因家族成员在不同时间点和不同浓度干旱处理下的表达模式不同。其中,MruTCP05和MruTCP09包含了丰富的激素响应元件和胁迫响应元件,并且受干旱胁迫的强烈诱导。【结论】结合TCP基因家族的生物信息学分析和表达模式分析结果,推测MruTCP05和MruTCP09是调控花苜蓿耐旱性的候选基因。
关键词
花苜蓿
TCP基因
干旱胁迫
转录表达分析
Keywords
Medicago ruthenica
TCP gene
drought stress
transcriptional expression analysis
分类号
S541 [农业科学—作物学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
核桃JrJAZ基因家族鉴定与转录表达分析
刘凯
李津津
王红霞
李林晴
赵书岗
张俊佩
马庆国
张志华
《河北农业大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2021
9
在线阅读
下载PDF
职称材料
2
核桃Alfin-like基因家族鉴定与转录表达分析
李洋
刘凯
路粉
王红霞
王文桥
《河北农业大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2021
1
在线阅读
下载PDF
职称材料
3
花苜蓿TCP基因家族的鉴定及其在干旱胁迫下的表达模式分析
王苗苗
赵相龙
王召明
刘志鹏
闫龙凤
《生物技术通报》
北大核心
2025
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