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花生种皮色素合成相关通路的转录组-代谢组学联合分析 被引量:10
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作者 李佳伟 马钰聪 +7 位作者 杨鑫雷 王梅 崔顺立 侯名语 刘立峰 胡梦蝶 蒋晓霞 穆国俊 《植物遗传资源学报》 CAS CSCD 北大核心 2022年第1期240-254,共15页
花青素是具有重要生理活性的植物次生代谢产物,而关于花青素合成机制的研究已成为重要的研究热点之一。本研究以花青素类型和含量存在显著差异的紫珍珠、红珍珠、G110和白珍珠为研究材料,取开花后30 d和45 d样品进行转录组、代谢组分析... 花青素是具有重要生理活性的植物次生代谢产物,而关于花青素合成机制的研究已成为重要的研究热点之一。本研究以花青素类型和含量存在显著差异的紫珍珠、红珍珠、G110和白珍珠为研究材料,取开花后30 d和45 d样品进行转录组、代谢组分析以及双组学联合分析。RNA-Seq分析共鉴定出32805个差异表达基因,KEGG富集通量分析表明不同组别具有差异。GO分析结果表明,在氧化还原过程、花色苷化合物生物合成过程和类黄酮生物合成过程中,富集到与种皮颜色相关的差异表达基因分别为34个、21个和19个。液相色谱串联质谱(LC-MS/MS)法进行代谢组分析结果表明,差异表达代谢物包括原花青素、矮牵牛素、芍药素、锦葵素、飞燕草素和矢车菊素以及它们的衍生物;原花青素A1、A2、B2、B3,飞燕草素和矢车菊素在各个比较组显著上调,差异倍数为5.82~19.52。差异表达代谢物KEGG分析共富集到2条代谢通路,分别是花青素生物合成途径和类黄酮生物合成途径。转录组-代谢组的联合分析结果表明,类黄酮生物合成是种皮颜色形成的关键合成通路,飞燕草素和矢车菊素为主要差异表达代谢物。选择6个富集通路中的20个基因进行qRT-PCR验证,开花后30 d的G110相对于白珍珠中有12个基因被验证;开花后30 d的红珍珠相对于白珍珠中有12个基因被验证;开花后30 d的紫珍珠相对于白珍珠中有10个基因被验证;开花后45 d的G110相对于白珍珠中有2个基因被验证;开花后45 d的红珍珠相对于白珍珠中有7个基因被验证;开花后45 d的紫珍珠相对于白珍珠中有4个基因被验证,验证结果与转录组结果趋势一致。本研究结果将为深入研究花生种皮花青素合成的分子机理提供信息基础,同时对选育富含花青素的花生品种具有一定参考价值。 展开更多
关键词 花生 花青素 黄酮类生物合成 转录组-代谢组学联合分析 QRT-PCR
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花生子仁糖代谢转录组-代谢组学联合分析 被引量:4
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作者 马钰聪 赵雨露 +6 位作者 李佳伟 刘彬 王春妹 张敏 张利苹 蒋晓霞 穆国俊 《植物遗传资源学报》 CAS CSCD 北大核心 2022年第4期1143-1154,共12页
花生的营养保健价值不断受到重视,鲜食花生尤其是高糖甜花生逐渐被消费者喜爱。在花生品质育种中,子仁糖分已成为当今重要的育种目标之一,糖代谢分子调控机理的研究凸显重要。花生糖含量是花生品质性状的决定因子之一。本研究中的高糖... 花生的营养保健价值不断受到重视,鲜食花生尤其是高糖甜花生逐渐被消费者喜爱。在花生品质育种中,子仁糖分已成为当今重要的育种目标之一,糖代谢分子调控机理的研究凸显重要。花生糖含量是花生品质性状的决定因子之一。本研究中的高糖花生品系DJ的含糖量和普通花生品系DG存在品种间显著差异。糖分含量测定结果表明,DJ子仁总糖、可溶性糖及蔗糖含量分别是DG的2.4倍(P<0.001)、2.3倍(P<0.001)和4.0倍(P<0.001)。RNA-seq及KEGG分析结果表明,富集到3371个差异表达基因,筛选出4条与糖代谢密切相关代谢通路。筛选出与糖代谢相关的通路主干结构基因7个,包括arahy.53FINS(SS)、arahy.EMU47I(FBP)、arahy.N1N6FA(HK)、arahy.R3ZIXT(MAN)、arahy.VLU73I(PFK)、arahy.7JQX15(GPI)和arahy.CM68RF(TPSA);与衍生物相关的基因8个,包括arahy.8W34DS(USP)、arahy.PFN41B(RHM)、arahy.55VZFW(GMLS)、arahy.0RJM1Q(UGDH)、arahy.P7D082(UGDH)、arahy.9GGB7F(UGE)、arahy.FEY4ZS(GLCAK)和arahy.SAFK3A(GALE);新基因1个Arachis_hypogaea_newGene_10987(GAE)。在差异代谢物中定位到蔗糖、果糖、海藻糖、1-磷酸甘露糖、腺苷二磷酸葡萄糖、二磷酸尿苷乙酰氨基葡萄糖、尿苷二磷酸葡萄糖等,其中蔗糖、果糖、海藻糖显著上调,差异倍数分别为1.18、1.33和8.37。转录组与代谢组联合分析结果表明,淀粉和蔗糖代谢与果糖和甘露糖代谢是糖代谢的关键通路,蔗糖、果糖和海藻糖为主要差异代谢物质。16个关键差异表达基因qRT-PCR验证结果表明,调控趋势与转录组学趋势一致。本研究结果将为深入探究花生子仁糖代谢的分子调控机理提供参考。 展开更多
关键词 花生 子仁 代谢 转录代谢联合分析 QRT-PCR
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转录-代谢联合组学解析水杨酸调节脂质代谢减轻采后李果实冷害机制
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作者 郭楠 肖国芳 +1 位作者 乔婷 杨杨 《食品科学》 北大核心 2025年第8期311-321,共11页
旨在从脂质代谢的角度探讨水杨酸(salicylic acid,SA)减轻李果实冷害的潜在机制。以‘大紫’李为研究对象,评价外源SA处理对0℃贮藏条件下果实冷害指数、冷害发生率、电解质渗透率、丙二醛含量、脂氧合酶活性及膜脂脂肪酸不饱和指数的影... 旨在从脂质代谢的角度探讨水杨酸(salicylic acid,SA)减轻李果实冷害的潜在机制。以‘大紫’李为研究对象,评价外源SA处理对0℃贮藏条件下果实冷害指数、冷害发生率、电解质渗透率、丙二醛含量、脂氧合酶活性及膜脂脂肪酸不饱和指数的影响,并对贮藏第18天的果实展开转录-代谢联合组学分析。结果显示,在低温胁迫发生时,SA通过抑制膜脂降解、减轻膜脂过氧化反应、调节内源茉莉酸合成缓解冷害损伤,乙烯响应因子(ethylene responsive factor,ERF)与这一过程具有潜在的相关性。上述结果表明,SA缓解冷害损伤与抑制低温胁迫对膜脂的降解和氧化损伤作用及调节内源茉莉酸合成通路关键基因密切相关,ERF参与了这一过程。 展开更多
关键词 李果实 水杨酸 冷害 脂质代谢 转录-代谢联合
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‘中油蟠9号’桃套袋果实花色苷合成的转录组-代谢组联合分析
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作者 丁体玉 马欣欣 +3 位作者 于雪丽 周瑞金 王力荣 赵亚林 《植物遗传资源学报》 北大核心 2025年第4期817-829,共13页
油蟠桃‘中油蟠9号’果实套袋后外果皮有花色苷合成呈现色泽微红,此类型桃适宜套袋栽培,满足消费者对色泽品相的追求。本研究以‘中油蟠9号’盛花后89 d和102 d套袋果实外果皮为试验材料,对‘中油蟠9号’果实套袋后色泽形成原因进行转... 油蟠桃‘中油蟠9号’果实套袋后外果皮有花色苷合成呈现色泽微红,此类型桃适宜套袋栽培,满足消费者对色泽品相的追求。本研究以‘中油蟠9号’盛花后89 d和102 d套袋果实外果皮为试验材料,对‘中油蟠9号’果实套袋后色泽形成原因进行转录组、代谢组以及双组学联合分析。结果表明,转录组分析共鉴定2652个显著差异表达基因,其中与花色苷合成相关的差异表达基因有16个,如花色苷合成途径早期结构基因PpPAL,PpC4H,Pp4CLs,PpCHSs,PtpCHIs,PpF3H,PpF3′H,花色苷合成途径晚期结构基因PpDFR,PpANS,PpUFGT,PpGST,以及56个特异性上调表达的转录因子和光受体基因PpCRY3和PpUVR8.3,这些基因均上调表达,表达模式与花色苷含量相关。利用高效液相串联质谱法检测发育阶段外果皮中类黄酮代谢物的相对含量变化,共检测到112种显著差异代谢物,其中矢车菊素-3,5-二-O-葡萄糖苷显著上调,Log2FC差异倍数最高为16.8。矢车菊素-3,5-O-葡萄糖苷是‘中油蟠9号’套袋果实外果皮呈现红色的主要代谢物。结合双组学联合分析和转录因子结果,推测套袋遮光下PpBL、PpNAC1上调表达激活花色苷调节基因PpMYB10.1的表达,促进花色苷结构基因催化合成矢车菊素-3,5-二-O-葡萄糖苷,使‘中油蟠9号’外果皮呈现红色。研究结果有助于分析遮光下桃果实花色苷合成模式,为筛选更多适宜套袋栽培的优质蟠桃品种提供理论依据。 展开更多
关键词 套袋 ‘中油蟠9号’ 花色苷 转录-代谢联合分析 QRT-PCR
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基于RNA-Seq测序联合代谢组学数据探究肉苁蓉总苷拟雌激素作用机制
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作者 宋辉 单文猜 +3 位作者 黄晓俏 王玉涵 韩栩楠 谷天姝 《特产研究》 2025年第3期7-16,26,共11页
本研究旨在通过转录组测序技术及联合代谢组学数据分析,探讨肉苁蓉总苷(Glycosides of Cistanche, GCs)发挥拟雌激素作用机制。试验以性未成熟的雌性SD大鼠(视为雌激素水平为零)为模型、分为模型对照组、己烯雌酚对照组、GCs给药组,另... 本研究旨在通过转录组测序技术及联合代谢组学数据分析,探讨肉苁蓉总苷(Glycosides of Cistanche, GCs)发挥拟雌激素作用机制。试验以性未成熟的雌性SD大鼠(视为雌激素水平为零)为模型、分为模型对照组、己烯雌酚对照组、GCs给药组,另设正常成年雌性SD大鼠对照组。各组灌胃生理盐水或等体积药物,早、晚各一次,给药均持续3 d。各组随机取子宫组织进行RNA-Seq转录组测序,并对转录组测序数据和试验前期靶向代谢组学数据进行联合分析,从转录水平和内源性代谢物水平共同揭示GCs拟雌激素作用的机制。结果表明,通过RNA-Seq测序发现,GCs发挥拟雌激素作用调控的关键基因有46个,主要参与的生物过程为雌激素反应、氮化合物代谢过程的正向调控、发育过程、生物过程的正向调节等;主要参与的信号通路为雌激素信号通路、cAMP信号通路、Rap1信号通路、MAPK信号通路等。联合分析表明,代谢组与转录组共有通路16条,DEGs与DEMs相关性分析表明,牛磺酸及Gad2、Gad1、Ggt1、Ggt5、Cdo1;柠檬酸及Gldc;鸟氨酸与Pycrl、Pycr1;脯氨酸与Ckmt1、Sat1、Pycr1、Pycrl、Aoc1;-酮戊二酸与Pdha1l1、Ogdhl是GCs拟雌激素作用的关键候选代谢物及候选基因。GCs发挥拟雌激素作用调控的关键基因有46个,主要参与的信号通路为雌激素信号通路、cAMP信号通路、Rap1信号通路、MAPK信号通路等。牛磺酸及Gad2、Gad1、Ggt1、Ggt5、Cdo1;柠檬酸及Gldc;鸟氨酸与Pycrl、Pycr1;脯氨酸与Ckmt1、Sat1、Pycr1、Pycrl、Aoc1;-酮戊二酸与Pdha1l1、Ogdhl是GCs拟雌激素作用的关键候选代谢物及候选基因。本研究为肉苁蓉总苷拟雌激素作用机制提供了新思路。 展开更多
关键词 肉苁蓉总苷 拟雌激素 转录 代谢 联合分析
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转录组和代谢组联合分析植物呈色机制研究进展
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作者 郭聪 金雨晴 +8 位作者 王莹 柯裴蓓 陈燕 吴玲 黄欣 徐秋霞 谷青青 曹凡 李玉娟 《江苏农业科学》 北大核心 2025年第10期1-12,共12页
花、叶、果实等组织器官呈现不同颜色是植物重要的品质性状之一,其呈色机制是目前的研究热点。近年来,转录组和代谢组等生物技术的快速发展,有助于对植物体内呈色相关基因和代谢物的鉴定,为植物呈色机制研究提供了支撑。本文基于近几年... 花、叶、果实等组织器官呈现不同颜色是植物重要的品质性状之一,其呈色机制是目前的研究热点。近年来,转录组和代谢组等生物技术的快速发展,有助于对植物体内呈色相关基因和代谢物的鉴定,为植物呈色机制研究提供了支撑。本文基于近几年国内外转录组和代谢组联合分析在植物不同组织器官呈色上的研究报道,探讨了转录组和代谢组联合分析技术在植物呈色中的应用,总结了影响植物花、叶、果实、根、茎、种子等组织器官呈色的主要调节因子,包括合成途径、转录因子、结构基因、代谢物等。此外,基于转录组和代谢组联合分析,阐述了突变、外界因素对植物呈色的影响,列举了相关合成途径、转录因子、结构基因以及代谢物等调节因子,并探讨了其呈色机制。最后,对目前转录组和代谢组联合分析植物呈色机制的研究成果提出了问题,并进行了讨论和展望,以期为后续植物呈色研究提供新思路。 展开更多
关键词 转录 代谢 呈色机制 研究进展 联合分析
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基于转录组学分析1-MCP与EBR联合处理对鲜黄花菜采后衰老的影响 被引量:2
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作者 李可昕 韩晨瑞 +1 位作者 孙敏敏 曹建康 《食品科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2024年第4期279-288,共10页
利用不同剂量1-甲基环丙烯(1-methylcyclopropene,1-MCP)、2,4-表油菜素内酯(2,4-epibrassionolide,EBR)及其联合处理鲜黄花菜并进行为期15 d的贮藏实验(贮藏温度-1~1℃),通过测定理化指标并进行转录组学分析,研究1-MCP与EBR及其联合处... 利用不同剂量1-甲基环丙烯(1-methylcyclopropene,1-MCP)、2,4-表油菜素内酯(2,4-epibrassionolide,EBR)及其联合处理鲜黄花菜并进行为期15 d的贮藏实验(贮藏温度-1~1℃),通过测定理化指标并进行转录组学分析,研究1-MCP与EBR及其联合处理对鲜黄花菜采后衰老的影响。结果表明,采后使用1μL/L 1-MCP与1 mg/L EBR联合处理能够比单独处理更有效地延缓鲜黄花菜的黄化、伸长、软化、开散、质量损失、叶绿素降解等不良变化,从而极大地维持黄花菜花蕾的贮藏品质。转录组学分析表明,1-MCP与EBR联合处理调控了黄花菜衰老进程相关基因的转录水平,显著抑制了乙烯的生物合成和信号转导途径相关基因的转录,激活了油菜素内酯的生物合成和信号转导途径相关基因的转录,从而改变了黄花菜体内衰老类和生长类植物激素的代谢平衡。1-MCP与EBR联合处理抑制了叶绿素降解途径相关基因转录,有利于保持鲜黄花菜品质;联合处理也抑制了与衰老密切相关的E3泛素连接酶基因的转录,从而延缓细胞中蛋白质降解,推迟鲜黄花菜采后衰老的生理进程。研究结果可为延缓鲜黄花菜花蕾的采后衰老和保持贮藏品质提供理论依据和实践参考。 展开更多
关键词 鲜黄花菜 1-甲基环丙烯 2 4-表油菜素内酯 联合处理 采后衰老 转录
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代谢组和转录组联合解析马蔺花瓣花青素积累机制
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作者 李楠 毛培春 +3 位作者 郑明利 云岚 田小霞 孟林 《中国草地学报》 北大核心 2025年第2期56-69,共14页
马蔺的花色形成与其花瓣中花青素含量密切相关。为解析马蔺花青素积累过程及其基因调控途径,以现蕾期和盛花期两种花色(紫罗兰色和浅蓝色)的马蔺花瓣为材料,采用超高效液相色谱串联质谱和高通量RNA测序方法对其进行转录组和花瓣花青素... 马蔺的花色形成与其花瓣中花青素含量密切相关。为解析马蔺花青素积累过程及其基因调控途径,以现蕾期和盛花期两种花色(紫罗兰色和浅蓝色)的马蔺花瓣为材料,采用超高效液相色谱串联质谱和高通量RNA测序方法对其进行转录组和花瓣花青素合成相关代谢靶向代谢组测试分析。花青素靶向代谢分析表明,在马蔺花瓣中共鉴定出46种花青素代谢物,现蕾期紫罗兰色-浅蓝色和盛花期紫罗兰色-浅蓝色两个比较组中分别检测出34种和32种差异代谢物。转录组分析表明现蕾期紫罗兰色-浅蓝色和盛花期紫罗兰色-浅蓝色分别筛选出差异表达基因26774个和25371个,参与花青素合成的结构基因有37个,编码8个关键酶。联合分析筛选出11种代谢物和23个基因,通过相关性分析发现,CHS、CHI、F3H、DFR、3AT、BZ1等基因的表达水平与花青素代谢物的积累显著相关。综上,马蔺花色差异的关键代谢物为:二氢杨梅素、飞燕草素、飞燕草素-3-O-槐糖苷、飞燕草素-3-O-(6-O-丙二酰-β-D-葡萄糖苷)、飞燕草素-3-O-桑布双糖苷、飞燕草素-3-O-葡萄糖苷、飞燕草素-3-O-芸香糖苷和锦葵色素-3-O-葡萄糖苷,这些代谢物的合成和积累受F3’H、DFR、3AT和BZ1基因调控。 展开更多
关键词 马蔺 花色 代谢 转录 联合分析
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不同组学视角分析中药抗病毒作用研究进展
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作者 罗琴 刘丁语 +10 位作者 刘宝玲 乔常宏 陈翔宇 何振文 王晓虎 陈晶 张翩 黄元 王刚 刘昊 蔡汝健 《中国畜牧兽医》 北大核心 2025年第2期554-561,共8页
病毒是引起疾病的重要微生物之一,严重危害了人类和动物的健康及生命安全。随着病毒的不断变异与重组,如流感病毒、新型冠状病毒、猪繁殖与呼吸综合征病毒等,使得疫苗提供的保护有限。同时,有效抗病毒药物的缺乏使得病毒感染后治疗困难... 病毒是引起疾病的重要微生物之一,严重危害了人类和动物的健康及生命安全。随着病毒的不断变异与重组,如流感病毒、新型冠状病毒、猪繁殖与呼吸综合征病毒等,使得疫苗提供的保护有限。同时,有效抗病毒药物的缺乏使得病毒感染后治疗困难,因此,迫切需要寻找新的、安全、有效的防控方法来预防病毒感染。中药因具有成分安全、不易产生耐药性且能多途径、多靶点作用于病毒等优点而被广泛应用于抗病毒研究中。传统中药为抗病毒药物提供了丰富的基础,但传统试验手段进行抗病毒药物研发耗时久且工作量大,组学技术的发展为抗病毒药物研发提供了新的视角,利用组学数据分析药物和疾病之间的关系已成为筛选、评价药物疗效和发现新的药物靶点的有力手段。因此,笔者总结分析了转录组学、蛋白质组学、代谢组学及多组学联合分析在中药抗病毒中的研究进展,通过不同组学视角分析中药在抗病毒研究中的应用,不仅有助于深入理解中药的抗病毒机制,还可为抗病毒药物的研发和优化提供科学依据。 展开更多
关键词 中药 抗病毒作用 转录 蛋白质 代谢 联合分析
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基于代谢组学方法的混合香精香料差异性物质鉴定与品质分析 被引量:2
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作者 冷月 胡芸 +2 位作者 张进 李博岩 谢锋 《分析测试学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第2期226-235,共10页
使用气相色谱-质谱和代谢组学分析方法,研究了4种混合香精香料的多批次样本中的特征性和差异性物质,并对样本的品质一致性进行分析评价。从A、B、C、D 4种混合香精香料中分别鉴定出49、32、48、39种物质,其中乙酸乙酯、乙酰丙酸乙酯、... 使用气相色谱-质谱和代谢组学分析方法,研究了4种混合香精香料的多批次样本中的特征性和差异性物质,并对样本的品质一致性进行分析评价。从A、B、C、D 4种混合香精香料中分别鉴定出49、32、48、39种物质,其中乙酸乙酯、乙酰丙酸乙酯、异戊酸异戊酯、麦芽酚、二丙二醇、乙酸、4-氧代戊酸及5-羟甲基-2-呋喃甲醛8种物质是共有的主要风味组分。A与C型样本风味成分较为相似,果香与花香特征的酯类物质含量最为丰富,B型中具有酸香特征的酸类物质含量较高,D型中酮类致香物质最多。主成分分析与偏最小二乘判别分析能够识别混合香精香料中的特征性与差异性物质。根据变量投影重要性及统计结果筛选出的苹果酸二乙酯、反式-橙花叔醇、乙基麦芽酚等40种物质可用于4种香精香料的品质判断。不同类型样本的物质组成差异明显,同类型不同批次样本间特征物质的质量波动较小、品质一致性较好。 展开更多
关键词 混合香精香料 差异性物质 品质分析 气相色谱-质谱 代谢
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基于液相色谱-质谱联用技术的肺癌细胞代谢组学分析 被引量:26
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作者 余欣尉 吴谦 +4 位作者 吕望 王彦 马小琼 陈喆 阎超 《色谱》 CAS CSCD 北大核心 2013年第7期691-696,共6页
通过高效液相色谱-四极杆飞行时间质谱(HPLC-Q-TOF/MS)分别对肺癌细胞与正常细胞的极性与非极性代谢物进行指纹图谱分析,进一步应用偏最小二乘判别分析(PLS-DA)对代谢组学数据进行多维统计分析。研究结果显示,与正常细胞相比,肿瘤细胞... 通过高效液相色谱-四极杆飞行时间质谱(HPLC-Q-TOF/MS)分别对肺癌细胞与正常细胞的极性与非极性代谢物进行指纹图谱分析,进一步应用偏最小二乘判别分析(PLS-DA)对代谢组学数据进行多维统计分析。研究结果显示,与正常细胞相比,肿瘤细胞存在异常的蛋白质、脂肪酸、磷脂代谢,并发现31种对分类有显著贡献的代谢小分子物质。通过本研究,建立了基于液相色谱-质谱联用技术的肺癌细胞代谢组学分析方法,发现了肺癌潜在疾病标记物,可为肺癌分子标记物的发现及其早期诊断提供新思路和新方法。 展开更多
关键词 高效液相色谱-四极杆飞行时间质谱 偏最小二乘判别分析 代谢 肺癌
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基于液相色谱-质谱联用系统的系统性红斑狼疮患者血浆代谢组学分析 被引量:10
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作者 俞颖 曹毅 +2 位作者 陈益民 温成平 许志良 《色谱》 CAS CSCD 北大核心 2010年第7期644-648,共5页
应用快速分离液相色谱-串联四极杆飞行时间质谱(RRLC-Q-TOF/MS)系统对系统性红斑狼疮(SLE)患者血浆样本进行代谢指纹图谱的分析。分别应用监督模式识别方法正交信号校正结合偏最小二乘法-判别分析(OSC-PLS-DA)对代谢组数据进行处理,结... 应用快速分离液相色谱-串联四极杆飞行时间质谱(RRLC-Q-TOF/MS)系统对系统性红斑狼疮(SLE)患者血浆样本进行代谢指纹图谱的分析。分别应用监督模式识别方法正交信号校正结合偏最小二乘法-判别分析(OSC-PLS-DA)对代谢组数据进行处理,结果显示SLE患者与健康人群对照组的代谢指纹存在明显差异;进一步从SLE患者血清代谢图谱中筛选出10个对分类有显著贡献的离子,定性鉴定出7种代谢标志物,发现SLE患者存在异常的氨基酸、磷脂和卟啉的代谢状态。本研究可为SLE的监测和诊断以及SLE发病的分子基础研究提供科学依据。 展开更多
关键词 快速分离液相色谱-串联四极杆飞行时间质谱 正交变换偏最小二乘-判别分析 系统性红斑狼疮 代谢
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基于超高效液相色谱-高分辨质谱法高分辨非靶代谢组学的竹叶青组方发酵前后成分比较研究 被引量:1
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作者 蔚慧欣 张鑫 袁茂森 《食品与发酵工业》 CAS CSCD 北大核心 2024年第6期379-388,共10页
为探究肠道益生菌发酵对竹叶青药食同源组方的影响,该研究采用超高效液相色谱-高分辨质谱法对竹叶青组方发酵前后的化学成分进行整体分析。通过高分辨非靶代谢组学技术检测竹叶青组方发酵液发酵前后的化学成分,并进行主成分分析、偏最... 为探究肠道益生菌发酵对竹叶青药食同源组方的影响,该研究采用超高效液相色谱-高分辨质谱法对竹叶青组方发酵前后的化学成分进行整体分析。通过高分辨非靶代谢组学技术检测竹叶青组方发酵液发酵前后的化学成分,并进行主成分分析、偏最小二乘判别分析、正交偏最小二乘判别分析和差异组分筛选等分析,探讨发酵前后化学成分的变化情况。同时,基于网络药理学方法,探究发酵后显著增加的化学成分的潜在靶标和作用机制。研究结果结合数据库中化合物的精确分子质量、保留时间、分子式、质荷比以及多级质谱裂解信息,从竹叶青组方发酵液筛选鉴定化学成分共46个。高分辨非靶代谢组学对发酵前后样品的鉴定结果显示,正负离子模式下共筛选到91个差异组分,主要以黄酮类成分为主。此外,竹叶青组方经乳酸发酵后新产生70个化学成分(P<0.05)。网络药理学分析结果显示,竹叶青组方发酵后主要成分的作用靶标显著富集在与血管、神经受体、炎症等相关的信号通路上。 展开更多
关键词 竹叶青方发酵液 超高效液相色谱-高分辨质谱法 代谢 多元统计分析 网络药理
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高油酸油菜脂肪酸代谢的蛋白质组学与转录组学关联分析 被引量:2
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作者 王晓丹 肖钢 +3 位作者 常涛 张振乾 官春云 邬贤梦 《华北农学报》 CSCD 北大核心 2017年第6期31-36,共6页
为了解高油酸油菜脂肪酸代谢的调控机理,以一组高油酸近等基因系自交授粉后20~35 d的种子为材料,进行同位素相对标记技术与绝对定量技术关联转录组分析。结果表明:蛋白质组和转录组相关性并不高,定量蛋白和基因关联系数为-0.326 9;变化... 为了解高油酸油菜脂肪酸代谢的调控机理,以一组高油酸近等基因系自交授粉后20~35 d的种子为材料,进行同位素相对标记技术与绝对定量技术关联转录组分析。结果表明:蛋白质组和转录组相关性并不高,定量蛋白和基因关联系数为-0.326 9;变化趋势相反差异蛋白和基因的表达关联系数为-0.735 8;变化趋势相同差异蛋白和基因的表达关联系数为0.714 3。此外,鉴定出与差异蛋白表达趋势相同的差异基因80个,GO注释表明,这些基因涉及代谢、信号转导、防御与胁迫应答、氧化还原、转录等方面的功能,其中与脂肪酸代谢过程相关的有23个,上调表达16个,下调表达7个。gi|297330358(庚二酰ACP甲基酯的羧酸酯酶)、gi|297321940(磷酸化酶)、gi|297314818(乙酰胺、甲酰胺酶家族)可能在高油酸油菜脂肪酸代谢中发挥重要作用。证明蛋白质组学与转录组学关联分析能够对研究高油酸油菜脂肪酸代谢机制提供新思路。 展开更多
关键词 蛋白质 转录 关联分析 高油酸油菜 脂肪酸代谢
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基于HPLC/Q-TOF MS的4种农药联合暴露人群的代谢组学研究 被引量:2
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作者 张艳欣 杨鑫 +9 位作者 谢冰洁 佘永新 杜鹏飞 邹攀 金芬 金茂俊 邵华 王珊珊 郑鹭飞 王静 《分析测试学报》 CAS CSCD 北大核心 2016年第5期501-507,共7页
采用基于高效液相色谱-飞行时间质谱联用(HPLC-TOF MS)的代谢组学方法,研究了啶虫脒、高效氯氟氰菊酯、联苯菊酯、甲氨基阿维菌素苯甲酸盐4种农药联合暴露所致的施药人群尿液中内源性代谢物的变化。采集30位农民喷洒4种复合农药前和喷... 采用基于高效液相色谱-飞行时间质谱联用(HPLC-TOF MS)的代谢组学方法,研究了啶虫脒、高效氯氟氰菊酯、联苯菊酯、甲氨基阿维菌素苯甲酸盐4种农药联合暴露所致的施药人群尿液中内源性代谢物的变化。采集30位农民喷洒4种复合农药前和喷洒农药期1,3,5,7 d的尿液进行检测。提取正常尿液中常见代谢物并通过质控样品评价手段进行分析,结果表明该方法具有良好的稳定性和精密度,可用于尿液中代谢物分析。多变量分析结果表明,暴露人群施药前后尿液的代谢物含量存在较大差异。对选取的36个差异离子进行鉴定,确定了8个生物标志物的结构。结果显示联合暴露组人群尿液中多巴胺、5-羟色胺、酪氨酸、色氨酸、牛磺酸和马尿酸的含量显著下降;犬尿素和肌酸的含量显著上升。4种农药联合暴露导致接触人群尿液中色氨酸代谢途径的中间产物含量降低,肝代谢和能量代谢相关的代谢物蓄积,可能与神经系统和肝脏功能的受损有关。 展开更多
关键词 联合农药 代谢 高效液相色谱-飞行时间质谱联用 生物标志物
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不同产地虾酱代谢物组的比较 被引量:1
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作者 刘佳乐 郑兰萍 +4 位作者 刘颖 刘敏 陈亚泉 龙肇 付湘晋 《食品科学》 北大核心 2025年第4期147-153,共7页
目的:探究不同产地虾酱非挥发性小分子组成。方法:采用超高效液相色谱-静电场轨道阱高分辨质谱技术对山东、广东、河北地区虾酱中的代谢物进行检测;结合正交偏最小二乘判别分析识别不同产地虾酱特征性代谢物。结果:虾酱富含氨基酸、脂... 目的:探究不同产地虾酱非挥发性小分子组成。方法:采用超高效液相色谱-静电场轨道阱高分辨质谱技术对山东、广东、河北地区虾酱中的代谢物进行检测;结合正交偏最小二乘判别分析识别不同产地虾酱特征性代谢物。结果:虾酱富含氨基酸、脂肪酸类代谢物,形成了大量N-脂酰化合物,相对含量高的有肉桂酸、11’-羧基-α-铬醇和β-亮氨酸等,虾酱中还新发现多巴胺、去甲肾上腺素、6-羟基褪黑素、γ-谷氨酰胺-5-羟基色氨酸等积极神经递质类活性物质;山东虾酱主要有肉桂酸、β-亮氨酸等特征代谢物;广东虾酱主要有12-Hete-T和N-油酰牛磺酸等特征代谢物;河北虾酱主要有二十碳五烯酸和花青素-3-O-(6’-丙酰基阿拉伯糖苷)等特征代谢物。结论:虾酱富含β-亮氨酸、谷氨酸、脯氨酸-缬氨酸和亮氨酸-甘氨酸等小分子物质和牛磺酸、去甲肾上腺素和多巴胺等生物活性成分。不同产地虾酱中代谢产物组成具有一定的产地特异性。 展开更多
关键词 虾酱 代谢 超高效液相色谱-静电场轨道阱高分辨质谱 正交偏最小二乘判别分析 特征代谢
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代谢组和转录组联合分析果树生理机制的研究进展 被引量:9
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作者 许秋健 李丽 +5 位作者 王松标 马小卫 武红霞 许文天 梁清志 陈杰忠 《果树学报》 CAS CSCD 北大核心 2020年第9期1413-1424,共12页
随着系统生物学研究大数据时代的到来,高通量、高效的多组学联合分析已经成为园艺植物研究领域最热衷的高新技术手段。更多的研究将代谢组学和转录组学联合应用于果树生理遗传机制及其调控的解析,获得了不少研究成果。代谢组和转录组的... 随着系统生物学研究大数据时代的到来,高通量、高效的多组学联合分析已经成为园艺植物研究领域最热衷的高新技术手段。更多的研究将代谢组学和转录组学联合应用于果树生理遗传机制及其调控的解析,获得了不少研究成果。代谢组和转录组的整合,可以实现组学间的相互验证,既从转录层面预测代谢物的变化,又从代谢层面验证基因转录的结果;可以深入解析代谢谱和转录谱间的相互关系和果树各项生物系统的代谢机制。笔者综述了近年来国内外代谢组和转录组联合分析在果树的果实品质形成与调控、环境响应、免疫互作机制三方面的研究进展。 展开更多
关键词 果树 生理机制 代谢 转录 联合分析
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基于代谢组学分析耐盐碱水稻根际土壤特异代谢物
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作者 闫甜 冯乃杰 +1 位作者 郑殿峰 沈雪峰 《中南农业科技》 2024年第8期6-10,共5页
探究耐盐碱水稻种植对滨海盐渍土代谢变化。基于超高效液相色谱-串联质谱(UPLC-MS/MS)法的广泛靶向代谢组学研究,采用主成分分析(PCA)、偏最小二乘法判别分析(PLS-DA)、热图分析等方法对海水稻倒灌土壤进行分析。结果表明,与未种植耐盐... 探究耐盐碱水稻种植对滨海盐渍土代谢变化。基于超高效液相色谱-串联质谱(UPLC-MS/MS)法的广泛靶向代谢组学研究,采用主成分分析(PCA)、偏最小二乘法判别分析(PLS-DA)、热图分析等方法对海水稻倒灌土壤进行分析。结果表明,与未种植耐盐碱水稻的海水倒灌土壤(HC)相比,种植耐盐碱水稻的海水倒灌土壤(HR)和种植耐盐碱水稻+土壤改良剂的海水倒灌土壤(HT)根际土壤特异代谢物呈明显的分离状态。从3种土壤样品中共检测出121种代谢产物,其中HC与HR之间筛选出23个差异代谢物,分别是上调代谢物16种、下调代谢物7种;在HC与HT之间筛选出21个差异代谢物,分别是上调代谢物12种、下调代谢物9种。HR和HT的土壤特异代谢物主要集中在脂质、糖类、杂环化合物、胺类、氨基酸类等。表明种植耐盐碱水稻丰富了盐渍土中的代谢物种类。 展开更多
关键词 根际土壤特异代谢 耐盐碱水稻 滨海盐渍土 代谢 超高效液相色谱-串联质谱(UPLC-MS/MS)法 主成分分析(PCA)法 偏最小二乘法判别分析(PLS-DA)法 热图分析
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基于液相色谱-质谱联用技术的妊娠期糖尿病患者脐带血代谢组学网络分析 被引量:6
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作者 吴衍 张西 +2 位作者 张洁 张雪芹 申河清 《色谱》 CAS CSCD 北大核心 2019年第8期897-903,共7页
妊娠期糖尿病(GDM)患病率呈现逐年上升的趋势,探究其对母婴之间代谢影响变得尤为重要。该研究基于液相色谱-质谱的代谢组学技术,分析GDM条件下脐带血血清代谢组的变化。采用正交偏最小二乘判别分析模型(OPLS-DA)与网络模型结合进行分析... 妊娠期糖尿病(GDM)患病率呈现逐年上升的趋势,探究其对母婴之间代谢影响变得尤为重要。该研究基于液相色谱-质谱的代谢组学技术,分析GDM条件下脐带血血清代谢组的变化。采用正交偏最小二乘判别分析模型(OPLS-DA)与网络模型结合进行分析。结果表明代谢标志物花生四烯酸(AA)为关键代谢网络节点。通路分析显示,GDM会引起不饱和脂肪酸代谢异常,而该通路变化可能是GDM影响母婴代谢的重要分子机制。该文建立的代谢组学网络分析方法为研究GDM母婴间代谢变化提供了新的思路。 展开更多
关键词 液相色谱-质谱 代谢 网络分析 脂肪酸 妊娠期糖尿病
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转录组-代谢组分析方法及其在药物作用机理研究中的应用 被引量:5
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作者 金玉 李赫健 冯成强 《生物技术通报》 CAS CSCD 北大核心 2018年第12期68-76,共9页
随着高通量测序技术的发展,目前高通量整合分析技术是获取最终生物学信息必不可少的重要手段,是对传统药物作用机理研究方法的一次革命性变革。转录组学、代谢组学及二者联合应用是系统生物学的重要组成部分,近年来广泛应用在药物作用... 随着高通量测序技术的发展,目前高通量整合分析技术是获取最终生物学信息必不可少的重要手段,是对传统药物作用机理研究方法的一次革命性变革。转录组学、代谢组学及二者联合应用是系统生物学的重要组成部分,近年来广泛应用在药物作用机理研究相关的各个领域,如新药开发、提高药效和评价药物毒性、指导药物联合治疗等方面,已成为研究药物作用机理中不可或缺的筛选阶段。同时对转录组学、代谢组学、四种转录组-代谢组联合分析方法进行了综述,对不同联合分析方法的优缺点及存在的问题进行简要分析,阐述了近几年两组学联合分析方法在药物作用机理研究中的应用,展望其下一步的发展前景与挑战,以期探讨转录组学和代谢组学及其二者联合应用在药物作用机制研究中的策略,为今后药物作用的分子机理研究提供借鉴与参考,进而基于现有研究基础发掘新的研究方法与途径。 展开更多
关键词 转录 代谢 转录-代谢联合分析方法 药物作用机理
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