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基于转录组高通量测序分析白光对杜仲愈伤组织中绿原酸含量的影响 被引量:4
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作者 张俊娥 邓华锋 +3 位作者 郑文强 江京 金聪 赵夫凯 《江西师范大学学报(自然科学版)》 CAS 北大核心 2015年第6期570-574,共5页
利用Illumina Hi SeqTM2500平台对光暗培养的杜仲愈伤组织进行了转录组高通量测序,利用BLAST软件进行差异表达基因的功能注释和富集分析,就白光(光强为12 000 lux,16 h光照,8 h黑暗)对杜仲愈伤组织中绿原酸含量的影响进行了研究.结果表... 利用Illumina Hi SeqTM2500平台对光暗培养的杜仲愈伤组织进行了转录组高通量测序,利用BLAST软件进行差异表达基因的功能注释和富集分析,就白光(光强为12 000 lux,16 h光照,8 h黑暗)对杜仲愈伤组织中绿原酸含量的影响进行了研究.结果表明:通过Trinity软件合并组装后共获得62 030个Unigenes,通过BLASTX比对,共获得25 417(40.98%)个有注释信息的Unigenes.通过对KEGG通路进行深入分析表明,白光(光强为12 000 lux,16 h光照,8 h黑暗)培养杜仲愈伤组织18 d,与绿原酸合成相关的3种酶基因上调表达,它们分别为苯丙氨酸解氨酶(EC 4.3.1.24,phenylalanine ammonia-lyase,PAL)、肉桂酸-4-羟基化酶(EC 1.14.13.11,trans-cinnamate 4-monooxygenase,C4H)、奎宁酸羟基肉桂酰转移酶(EC 2.3.1.133,Shikimate o-hydroxyl-cinnamoyltransferase,HCT).由此推断,白光能促进杜仲愈伤组织中绿原酸的积累.研究结果为获取高产绿原酸资源和杜仲遗传分析提供有价值的资料. 展开更多
关键词 杜仲 愈伤 白光 绿原酸 转录组高通量测序
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基于高通量转录组测序技术筛选吉林黑鸡与卵泡发育相关基因及验证
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作者 陈晓霞 杨辉 +1 位作者 张连江 周会敏 《饲料研究》 北大核心 2024年第24期80-88,共9页
试验旨在筛选吉林黑鸡3个不同发育阶段的卵泡组织大白泡(LWF)、小黄泡(SYF)、大黄泡(LYF)与卵泡发育相关的差异表达基因(DEGs)。试验选取健康、体重和饲养管理环境一致的21周龄的吉林黑鸡3只,采用高通量转录组测序技术对吉林黑鸡不同发... 试验旨在筛选吉林黑鸡3个不同发育阶段的卵泡组织大白泡(LWF)、小黄泡(SYF)、大黄泡(LYF)与卵泡发育相关的差异表达基因(DEGs)。试验选取健康、体重和饲养管理环境一致的21周龄的吉林黑鸡3只,采用高通量转录组测序技术对吉林黑鸡不同发育阶段的卵泡组织的mRNA差异表达基因进行筛选和分析,构建了9个cDNA文库。从中选取13个共表达的差异表达基因:黄嘌呤脱氢酶(XDH)、同源域蛋白同源盒(HOPX)、溶质载体家族26成员1(SLC26A1)、CUB和SUSHI多域1(CSMD1)、脂肪酸结合蛋白3(FABP3)、嘌呤能受体(P2RX7)、主要组织相容性复合体B(BF2)、催乳素受体(PRLR)、17β-羟类固醇脱氢酶2(HSD17B2)、细胞色素P450家族19亚家族A成员1(CYP19A1)、谷氨酸离子型受体AMPA型亚基2(GRIA2)、神经肽Y受体Y4(NPY4R)、血管活性肠肽受体2(VIPR2)进行实时荧光定量PCR(RT-qPCR)验证。结果显示,高通量转录组测序结果准确。京都基因与基因组百科全书(KEGG)分析结果表明,核因子κB(NF-κB)信号通路、细胞黏附分子(CAMs)、类固醇激素生物合成、过氧化物酶体增殖物激活受体(PPAR)信号通路、神经活性配体-受体相互作用、环磷腺苷酸(CAMP)信号通路、JAK-STAT信号通路与卵泡发育调控有关。研究表明,试验结果可为进一步研究产蛋性状形成的分子机制奠定基础。 展开更多
关键词 高通量转录技术 吉林黑鸡 卵泡发育
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钩苞大丁草高通量转录组测序及差异表达分析 被引量:5
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作者 陈菁 郑伟 +2 位作者 王谈笑 王炜 徐晓丹 《西北植物学报》 CAS CSCD 北大核心 2017年第3期470-477,共8页
该研究采用Illumina Hi-Seq2500高通量测序技术,对叶背有纤维和无纤维发育的两组钩苞大丁草(Gerbera delavayi Franch.)叶片样品的cDNA进行转录组测序,分析其叶背毡毛纤维发育机理。测序结果得到了108 694条单基因序列,进一步筛选得到了... 该研究采用Illumina Hi-Seq2500高通量测序技术,对叶背有纤维和无纤维发育的两组钩苞大丁草(Gerbera delavayi Franch.)叶片样品的cDNA进行转录组测序,分析其叶背毡毛纤维发育机理。测序结果得到了108 694条单基因序列,进一步筛选得到了1 605条差异表达基因,838条差异表达基因在GO数据库具有功能定义,512条差异表达基因在COG分类体系中具有详细的蛋白功能释义,315条差异表达基因注释到了KEGG数据库中。其中,氨基糖和核苷酸糖代谢途径中控制纤维素合成的相关基因,苯丙烷类生物合成途径中控制木质素合成的相关基因,以及激素信号转导途径中控制生长素信号转导的相关基因表达量下调;激素信号转导途径中控制细胞分裂素、脱落酸信号转导的相关基因表达量上调。研究结果在一定程度上丰富了钩苞大丁草的基因信息,并为后续的遗传改良提供了基础数据。 展开更多
关键词 钩苞大丁草 转录 高通量 差异表达基因 纤维发生
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基于高通量转录组测序的牦牛和犏牛附睾尾部差异表达基因分析 被引量:3
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作者 赵旺生 李柯锐 +5 位作者 张婷婷 潘美兰 王鹏 李春海 张鹏 张永德 《南方农业学报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第5期1273-1282,共10页
【目的】探明牦牛和犏牛的附睾尾部差异表达基因(DEGs),筛选出与精子成熟和贮存密切相关的功能基因,为揭示犏牛精子发生及其成熟过程的分子机制打下理论基础。【方法】以牦牛和犏牛的附睾尾部为研究对象,通过Illumina 127-HiSeq 2000平... 【目的】探明牦牛和犏牛的附睾尾部差异表达基因(DEGs),筛选出与精子成熟和贮存密切相关的功能基因,为揭示犏牛精子发生及其成熟过程的分子机制打下理论基础。【方法】以牦牛和犏牛的附睾尾部为研究对象,通过Illumina 127-HiSeq 2000平台完成高通量转录组测序,经过滤、质量控制及拼接组装后,依据FDR<0.05且|log_(2)Fold Change|>1的筛选标准,通过EBSeq筛选出DEGs,然后进行GO功能注释分析和KEGG信号通路富集分析,并以实时荧光定量PCR验证高通量转录组测序数据的准确性。【结果】在牦牛和犏牛的附睾尾部共筛选获得76个DEGs,其中43个DEGs上调、33个DEGs下调;76个DEGs在COG、GO、KEGG、KOG、Nr、Pfam、Swiss-Prot和eggNOG等数据库中均有注释信息,尤其在COG和Pfam数据库中的注释率最高(达88.16%)。GO功能注释分析结果显示,DEGs被注释到生物过程(Biological process)、细胞组分(Cellular component)和分子功能(Molecular function)三大功能类别上;KEGG信号通路富集分析发现76个DEGs主要显著富集在3条信号通路上,分别是胆汁分泌通路(ko04976:Bile secretion)、ABC转运器(ko02010:ABC transporters)和cAMP信号通路(ko04024:cAMP signaling pathway)。随机选择8个DEGs(SERPINA1、MMP7、ATP2C1、ABCC1、NMT1、NAT1、CFTR和PRX)进行实时荧光定量PCR检测验证,结果显示这8个DEGs的表达模式与高通量转录组测序的结果基本一致,表明转录组数据准确可靠。【结论】在牦牛和犏牛的附睾尾部存在76个DEGs(43个DEGs上调,33个DEGs下调),显著富集在胆汁分泌通路、ABC转运器及c AMP信号通路上,与精子获能相关的DEGs有MMP7、IGFBP2和ABCC4基因,且这3个基因在犏牛附睾尾部呈下调表达,即精子获能失败可能是导致犏牛雄性不育的主要原因。 展开更多
关键词 牦牛 犏牛 附睾尾部 差异表达基因(DEGs) 精子 雄性不育 高通量转录
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转录组及代谢组联合解析玉米响应花粒期高温胁迫机制 被引量:11
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作者 李川 乔江方 +4 位作者 黄璐 张美微 张盼盼 牛军 刘京宝 《华北农学报》 CSCD 北大核心 2020年第1期8-21,共14页
为了探明我国玉米主要推广品种郑单958、先玉335花粒期高温胁迫下基因表达及代谢物差异,挖掘玉米响应高温胁迫的关键基因及代谢物,利用Illumina HiSeq^TM 2500高通量测序技术分别对郑单958、先玉335高温胁迫7,14 d的穗位叶及对照叶进行... 为了探明我国玉米主要推广品种郑单958、先玉335花粒期高温胁迫下基因表达及代谢物差异,挖掘玉米响应高温胁迫的关键基因及代谢物,利用Illumina HiSeq^TM 2500高通量测序技术分别对郑单958、先玉335高温胁迫7,14 d的穗位叶及对照叶进行高通量转录组测序,利用广泛靶向代谢组测序技术对样品进行高通量代谢物测序。转录组测序共获得214.81 Gb干净序列。郑单958高温胁迫7 d后检测到49个差异表达基因,其中24个为上调基因。继续高温胁迫14 d共检测到306个差异表达基因,其中130个为上调基因。高温胁迫7 d与高温胁迫14 d对比组中检测到1462个差异表达基因,其中647个为上调基因。先玉335高温胁迫7 d后共检测到381个差异表达基因,164个上调基因。继续高温胁迫14 d后共检测到299个差异表达基因,226个为上调基因。高温胁迫7 d与高温胁迫14 d对比组中共检测到2481个差异表达基因,其中1275个上调基因。在郑单958、先玉335高温胁迫7 d后对比组中检测到6646个差异表达基因,其中3253个上调基因。在郑单958、先玉335高温胁迫14 d对比组中检测到5958个差异表达基因,其中3110个上调基因。代谢物测序共检测到654个代谢物,郑单958高温胁迫7 d后共检测出28个差异代谢物,共注释到5个代谢通路中。高温胁迫14 d后共检测出54个差异代谢物,共注释到13个代谢通路中,其中9个差异代谢物呈上调表达。先玉335高温胁迫7 d后检测出98个差异代谢物,共注释到24个代谢通路中,其中43个差异代谢物呈上调表达。先玉335高温胁迫14 d后共检测出38个差异代谢物,共注释到13个代谢通路中,其中14个上调表达。郑单958高温胁迫7 d与先玉335高温胁迫7 d对比组共检测出144个差异代谢物,共注释到36个代谢通路中,其中81个差异代谢物呈上调表达。郑单958高温胁迫14 d与先玉335高温胁迫14 d对比组共检测出158个差异代谢物,共注释到40个代谢通路中,其中81个差异代谢物呈上调表达。 展开更多
关键词 玉米 高温胁迫 花粒期 高通量转录 代谢学分析 差异表达基因
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转录组及代谢组联合解析郑单309响应花粒期高温胁迫的机制 被引量:4
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作者 李川 黄璐 +5 位作者 乔江方 张美微 张盼盼 牛军 刘京宝 王淑凤 《河南农业科学》 北大核心 2021年第2期19-31,共13页
利用Illumina HiSeqTM2500高通量转录组测序技术及广泛靶向代谢组测序技术对玉米新品种郑单309高温胁迫7、14 d及正常生长条件下材料的穗位叶进行高通量测序,从而分析高温胁迫相关差异表达基因、差异表达代谢物,以期发掘玉米响应高温胁... 利用Illumina HiSeqTM2500高通量转录组测序技术及广泛靶向代谢组测序技术对玉米新品种郑单309高温胁迫7、14 d及正常生长条件下材料的穗位叶进行高通量测序,从而分析高温胁迫相关差异表达基因、差异表达代谢物,以期发掘玉米响应高温胁迫的关键基因及代谢物。转录组测序结果显示,郑单309高温胁迫7 d与正常生长条件材料对比组中共检测到515个差异表达基因,其中75个为上调表达基因,440个为下调表达基因;高温胁迫14 d与正常生长条件材料对比组中共检测到506个差异表达基因,其中114个为上调表达基因,392个为下调表达基因;高温胁迫7 d与14 d对比组中检测到2050个差异表达基因,其中790个为上调表达基因,1260个为下调表达基因。郑单309高温胁迫7 d与正常生长条件材料对比组中差异表达基因主要富集于细胞外区、分子功能调控等GO分类。郑单309高温胁迫14 d与正常生长条件材料对比组中差异表达基因主要富集于节奏过程、细胞外区等GO分类。郑单309高温胁迫7 d与14 d对比组中差异表达基因主要富集于单个有机体进程、细胞成分等GO分类。郑单309高温胁迫7 d与正常生长条件材料对比组、高温胁迫14 d与正常生长条件材料对比组、高温胁迫7 d与14 d对比组中差异表达基因分别主要分布于5、7、15个KOG/COG分类,主要注释到6、7、20个KEGG代谢途经。代谢组学分析共检测到654个代谢物,郑单309高温胁迫7 d与正常生长条件材料对比组中检测到40个差异表达代谢物,其中8个上调表达,32个下调表达;郑单309高温胁迫14 d与正常生长条件材料对比组中检测到40个差异表达代谢物,其中4个上调表达,36个下调表达;郑单309高温胁迫7 d与14 d对比组中检测到46个差异表达代谢物,其中17个上调表达,29个下调表达。郑单309高温胁迫7 d与正常生长条件材料对比组中的40个差异表达代谢物主要富集于次生代谢产物生物合成、精氨酸及脯氨酸代谢等KEGG通路。郑单309高温胁迫14 d与正常生长条件材料对比组中的40个差异表达代谢物主要富集于次生代谢产物生物合成、类黄酮生物合成等KEGG通路。郑单309高温胁迫7 d与14 d对比组中的46个差异表达代谢物主要富集于氨酰tRNA生物合成,丙氨酸、天冬氨酸和谷氨酸代谢等KEGG通路。 展开更多
关键词 玉米 高温胁迫 花粒期 高通量转录 代谢学分析 差异表达基因
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转录组解析外源ABA对玉米脱水速率的影响 被引量:3
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作者 李川 黄璐 +4 位作者 张美微 张盼盼 刘京宝 牛军 乔江方 《华北农学报》 CSCD 北大核心 2020年第4期15-26,共12页
为了探明迪卡517、郑单1002喷施外源ABA后脱水速率变化的分子机制,发掘影响脱水速率的关键差异表达基因及代谢通路,利用Illumina HiSeqTM2500测序仪分别对喷施ABA前后迪卡517(脱水速率较快)和郑单1002(脱水速率较慢)的穗位叶进行高通量... 为了探明迪卡517、郑单1002喷施外源ABA后脱水速率变化的分子机制,发掘影响脱水速率的关键差异表达基因及代谢通路,利用Illumina HiSeqTM2500测序仪分别对喷施ABA前后迪卡517(脱水速率较快)和郑单1002(脱水速率较慢)的穗位叶进行高通量转录组测序。原始序列经过质量控制、基因组比对、测序饱和度、基因覆盖度及冗余序列分析后进行基因功能注释。结果显示,迪卡517外源ABA处理与正常生长条件对比组检测到1732个差异表达基因,其中1251个为上调表达基因,481个为下调表达基因;郑单1002外源ABA处理与正常生长条件对比组检测到52个差异表达基因,其中24个为上调表达基因;迪卡517外源ABA处理与郑单1002外源ABA处理对比组检测到3867个差异表达基因,其中1946个为上调表达基因。不同对比组中筛选到差异表达基因GO分类情况、COG基因产物分类、KEGG代谢通路分析不同。转录因子分析共获得多个重要的转录因子家族,主要有AGC蛋白激酶家族、AP2/ERF转录因子家族、ARID转录因子、AUX/IAA转录因子家族、Alfin-like转录因子、Aur转录因子家族、B3转录因子家族、BBR-BPC转录因子家族、BES1转录因子、BUB转录因子、C2C2-CO-like转录因子等。Zm00001d035000、Zm00001d042063、Zm00001d045314等共同差异表达基因均在迪卡517和郑单1002中表达。对所有检测到的差异表达基因GO分类分析获得73个差异表达基因与水分代谢相关,推测这些基因作为外源ABA调控的下游基因起作用。 展开更多
关键词 玉米 穗位叶 外源ABA 高通量转录 差异表达基因 脱水速率
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丹酚酸B介导Elovl6/Echs1/Acot1通路调节脂肪酸代谢减轻H9c2细胞OGD/R损伤
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作者 曹策 宋鉴书 +5 位作者 杨丽丽 李浩然 刘子馨 李磊 付建华 刘建勋 《中国药理学通报》 北大核心 2025年第3期482-490,共9页
目的观察丹酚酸B(salvianolic acid B,SalB)抗H9c2细胞氧糖剥夺/再复(oxygen glucose deprivation/re-oxygenation,OGD/R)损伤机制。方法CCK-8筛选SalB对OGD/R损伤H9c2细胞保护浓度;试剂盒检测SalB对乳酸脱氢酶(lactate dehydrogenase,L... 目的观察丹酚酸B(salvianolic acid B,SalB)抗H9c2细胞氧糖剥夺/再复(oxygen glucose deprivation/re-oxygenation,OGD/R)损伤机制。方法CCK-8筛选SalB对OGD/R损伤H9c2细胞保护浓度;试剂盒检测SalB对乳酸脱氢酶(lactate dehydrogenase,LDH)、天冬氨酸转氨酶(aspartate transaminase,AST)、肌酸激酶(creatine kinase,CK)的影响;转录组测序探索SalB对OGD/R损伤H9c2作用机制;分子对接检测SalB和差异蛋白结合情况;ELISA法检测脂肪酸含量;RT-qPCR和Western blot验证差异基因表达水平;孟德尔随机化验证SalB作用靶点与HF因果关系。结果与模型组相比,SalB可保护OGD/R损伤后H9c2细胞,且明显降低CK、LDH和AST含量;转录组筛选差异基因100个,涉及脂肪酸延长、癌症中心碳代谢、色氨酸代谢通路;分子对接显示SalB与差异蛋白具有良好结合能;核心基因Elovl6、Echs1、Acot1 mRNA和蛋白表达与转录组一致;SalB可降低OGD/R损伤后脂肪酸含量;孟德尔随机化表明SalB可调节脂肪酸代谢,降低HF风险。 结论 SalB下调Elovl6、Echs1、Acot1表达水平,通过脂肪酸代谢通路保护OGD/R损伤后H9c2细胞。 展开更多
关键词 丹酚酸B 转录组高通量测序 H9C2心肌细胞 OGD/R 缺血/再灌注损伤 脂肪酸代谢
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铁过载对斑马鱼成骨影响的机制 被引量:5
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作者 姜宇 阎一林 +1 位作者 朱国兴 徐又佳 《中国骨质疏松杂志》 CAS CSCD 北大核心 2016年第6期713-717,共5页
目的通过高通量转录组的方法测序高铁环境生存的斑马鱼与和野生型的斑马鱼,通过比较筛选出铁过载对于成骨影响的通道,通过在体以及离体的一系列实验证实铁过载对这些通道的作用。方法通过在斑马鱼高铁环境下生存,造成斑马鱼铁过载,在4... 目的通过高通量转录组的方法测序高铁环境生存的斑马鱼与和野生型的斑马鱼,通过比较筛选出铁过载对于成骨影响的通道,通过在体以及离体的一系列实验证实铁过载对这些通道的作用。方法通过在斑马鱼高铁环境下生存,造成斑马鱼铁过载,在4天后提取其RNA和野生型斑马鱼提取的RNA进行高通量转录组测序比较,筛选出成骨Bmp2通道,并用定量QPCR验证。在体实验中将Runx2a标记的转基因斑马鱼在高铁环境下与正常环境在第九天进行比较,观察其荧光的变化;离体实验中,用Bmp2a带标签的c DNA和Runx2a带标签的c DNA的细胞进行转染,进行荧光素酶报告基因实验,然后用铁干预,观察其变化。结果通过高通量转录组测序发现高铁对于Bmp2抑制,并用定量验证发现铁过载后Runx2a,Runx2b,sp7等成骨基因均下调,观察发现Runx2a标记的转基因斑马鱼高铁环境下与正常环境相比基因表达明显下调,在细胞转染实验中,荧光素酶报告基因Runx2a在Bmp2a转染下大幅升高,转染铁后Runx2a下降。结论通过高通量转录组测序,我们发现铁过载对于BMP2的抑制影响,运用在体以及离体的一系列实验证实铁过载对Bmp2的抑制作用从而导致成骨代谢的异常。 展开更多
关键词 高通量转录 成骨基因 转基因鱼 骨形态发生蛋白2通道
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不同氮效率玉米品种响应氮肥减施的差异表达基因分析 被引量:1
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作者 李川 张盼盼 +4 位作者 张美微 牛军 赵霞 何冠华 乔江方 《河南农业科学》 北大核心 2022年第9期10-24,共15页
为了研究不同氮效率玉米品种伟科518(氮高效品种,WK518)、农大108(氮低效品种,ND108)在氮减施条件下的差异表达基因(Differently expressed genes,DEG)及其功能,在不同氮条件下[正常氮(225 kg/hm^(2),HN)、低氮(0 kg/hm^(2),LN)],对灌... 为了研究不同氮效率玉米品种伟科518(氮高效品种,WK518)、农大108(氮低效品种,ND108)在氮减施条件下的差异表达基因(Differently expressed genes,DEG)及其功能,在不同氮条件下[正常氮(225 kg/hm^(2),HN)、低氮(0 kg/hm^(2),LN)],对灌浆中期WK518和ND108穗位叶进行高通量转录组测序,筛选DEG,进行GO和KEGG富集分析,并对差异表达的转录因子进行分析。结果表明,低氮条件下,在WK518与ND108对比组中共检测到2065个上调表达基因、2319个下调表达基因。正常氮条件下,在WK518与ND108对比组中共检测到2368个上调表达基因、3780个下调表达基因。WK518在不同氮条件下共检测到1009个上调表达基因、2268个下调表达基因。ND108在不同氮条件下共检测到364个上调表达基因、510个下调表达基因。低氮条件下,WK518与ND108中的DEG主要富集于尿卟啉-ⅢC-甲基转移酶活性、甘露糖-6-磷酸异构酶活性、氧化-还原过程、线粒体组织、核染色质等GO条目,氨基糖及核苷酸糖新陈代谢,苯丙氨酸新陈代谢,类单萜生物合成,甘氨酸、丝氨酸及苏氨酸新陈代谢、碱基剪切修复等KEGG代谢通路。正常氮条件下,WK518与ND108中的DEG主要富集于气孔关闭、跨膜受体丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶活性、叶绿体基质、类囊体、叶绿体被膜等GO条目,光合作用生物体中碳固定、氨基糖及核苷酸糖新陈代谢、糖酵解/糖异生、丙氨酸新陈代谢、光合作用-天线蛋白等KEGG代谢通路。WK518在不同氮条件下的DEG主要富集于几丁质反应、蛋白质磷酸化、生物膜、吲哚硫代葡萄糖苷代谢过程、肌醇半乳糖苷-蔗糖半乳糖基转移酶等GO条目,光合作用生物体中碳固定、植物激素信号传导、内质网内蛋白质加工过程、植物-病原体相互作用、植物MAPK信号通路等KEGG代谢通路。ND108在不同氮条件下的DEG主要富集于干旱胁迫响应、毒素分解代谢过程、几丁质酶活性、海藻糖生物合成过程、海藻糖-磷酸酶活性等GO条目,乙醛酸及二羧酸盐新陈代谢、植物MAPK信号通路、灵菌素生物合成、玉米素生物合成、生物素新陈代谢等KEGG代谢通路。不同氮条件下,在WK518和ND108中共检测出58个差异表达转录因子家族,包括GRAS、bHLH、MYB相关、NAC、C_(3)H、ERF、C_(2)H_(2)、WRKY、FAR1等植物中重要的调控生长发育、生物及非生物胁迫响应的转录因子家族。 展开更多
关键词 玉米 氮肥减施 氮效率 高通量转录 差异表达基因
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