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宏转录组测序技术在一起仔猪病毒性腹泻疾病诊断中的运用及分析 被引量:1
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作者 李跃 张长春 +11 位作者 刘光裕 高梦源 符超俊 邢家宝 徐思佳 邝麒元 刘静 高校鹏 王衡 龚浪 张桂红 孙彦阔 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第8期3579-3589,共11页
为了确定2023年春季广西贺州地区猪场仔猪腹泻病原,采用宏转录组测序技术筛查该地区猪群发病和感染情况,为当地仔猪腹泻疾病的防控提供依据。采集2023年3月广西贺州地区10 km范围内6个相邻并同时暴发腹泻的猪场仔猪的肛拭子和粪便,运用M... 为了确定2023年春季广西贺州地区猪场仔猪腹泻病原,采用宏转录组测序技术筛查该地区猪群发病和感染情况,为当地仔猪腹泻疾病的防控提供依据。采集2023年3月广西贺州地区10 km范围内6个相邻并同时暴发腹泻的猪场仔猪的肛拭子和粪便,运用MGISEQ 200测序平台进行宏转录组测序开展猪病原感染组学研究,系统性地筛查该区域仔猪腹泻的病原谱,使用实时荧光定量RT-PCR对最主要病毒进行确认,定量分析各病原的丰度并选取鉴定到的病毒基因序列进行系统发育分析,Pearson分析解析病原混合感染的相关性。结果显示:通过宏转录组测序技术在这些样品中共检测到17种致病性细菌、12种病毒和3种寄生虫。病毒以猪流行性腹泻病毒(porcine epidemic diarrhea virus, PEDV)代表的腹泻相关病毒为主,包括猪札幌病毒(porcine sapovirus, SaV)、猪嵴病毒(porcine kobuvirus, PKV)、猪星状病毒(porcine astrovirus, PAstV)、猪猴禽猪肠病毒(porcine sapelovirus, PSV)、轮状病毒A(rotavirus, RVA)等;细菌主要包括3种肠杆菌科(Enterobacteriaceae)、3种乳杆菌科(Lactobacillaceae)、2种芽胞杆菌科(Bacillaceae)等;寄生虫包括两种滴虫和碘阿米巴原虫。来自5个场区的PEDV刺突基因(spike gene,S基因)系统发育分析显示,毒株均属于G2c簇群,毒株之间核苷酸相似性为99.99%,毒株S基因存在重组情况;其中,一发病猪场还检测到P[6]基因型的rotavirus A部分VP4序列,与人源轮状病毒的核苷酸相似性最高。此外,在4个猪场检测到2种以上的仔猪腹泻相关病毒,系统发育分析结果提示,此区域存在腹泻病原多谱系共同流行的情况。病原相关性分析显示,PEDV/PSV(P<0.001)、PEDV/猪环曲病毒(porcine torovirus, PToV)(P<0.001)和PEDV/PAstV(P<0.05)有显著的负相关,而PEDV/PKV(P<0.05)有显著的正相关。以上结果提示,在该地区相邻养殖区域中,仔猪腹泻的病原谱具有多样性,其中,直接致病病原是PEDV,同时,PEDV与样品中其他腹泻相关病毒之间存在关联。本研究较为全面地展示该地区仔猪腹泻病原的感染谱,并鉴定出导致腹泻发生最直接的病原体;同时也能分析小范围养殖区域内腹泻相关病原的相关性,为该区域仔猪腹泻疾病防控提供更加精准的参考和指导。 展开更多
关键词 转录组测序技术 仔猪腹泻疾病 病原识别 PEDV 遗传进化分析 相关性分析
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单细胞转录组测序技术在水产养殖领域的应用
2
作者 张志强 简纪常 《广东海洋大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第2期130-138,共9页
单细胞转录组测序技术可揭示不同组织细胞间和同一组织不同细胞间的异质性,已大量用于模式物种研究,但在水产养殖物种中的应用则处于起步阶段。综述单细胞转录组测序技术在水产养殖物种的人工繁殖、良种选育和病害防控相关研究中的应用... 单细胞转录组测序技术可揭示不同组织细胞间和同一组织不同细胞间的异质性,已大量用于模式物种研究,但在水产养殖物种中的应用则处于起步阶段。综述单细胞转录组测序技术在水产养殖物种的人工繁殖、良种选育和病害防控相关研究中的应用,指出其在应用过程中存在样本采集、单细胞分离、数据分析方面的困难,并提出相应的解决举措,展望其在水产养殖领域内应用的发展前景,为促进单细胞转录组测序技术在水产养殖领域的广泛应用提供参考。 展开更多
关键词 单细胞转录组测序技术 水产养殖 应用 进展
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单细胞转录组测序技术在脊髓损伤免疫微环境研究中的应用进展
3
作者 张楠 闫华筝 +5 位作者 高建雄 张霖 赵成辰 包芊慧 胡建国 吕合作 《细胞与分子免疫学杂志》 CSCD 北大核心 2024年第12期1133-1137,共5页
脊髓损伤(SCI)是一个涉及多种细胞相互作用的复杂病理生理过程,传统的测序方法只能检测受损局部细胞群体的平均基因表达水平,难以体现其异质性,因此需要新技术揭示细胞间的异质性和复杂的细胞间相互作用。单细胞转录组测序(scRNA-seq)... 脊髓损伤(SCI)是一个涉及多种细胞相互作用的复杂病理生理过程,传统的测序方法只能检测受损局部细胞群体的平均基因表达水平,难以体现其异质性,因此需要新技术揭示细胞间的异质性和复杂的细胞间相互作用。单细胞转录组测序(scRNA-seq)技术通过一系列测序技术实现高分辨检测单个细胞水平表达谱,以提供有关细胞异质性和功能、潜在分子机制、细胞命运转变和参与疾病发展的细胞间相互作用的信息,为基础和转化研究提供有价值的基因表达数据,有利于从中找出针对性治疗的干预靶点。本综述讨论了有关scRNA-seq技术及其在SCI后损伤局部免疫微环境中的多方面应用,将有助于更全面了解SCI免疫微环境的病理生理过程。 展开更多
关键词 单细胞转录组测序技术(scRNA-seq) 脊髓损伤免疫微环境 中性粒细胞 小胶质细胞 单核/巨噬细胞 星形胶质细胞 细胞间相互作用 综述
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基于高通量转录组测序技术筛选吉林黑鸡与卵泡发育相关基因及验证
4
作者 陈晓霞 杨辉 +1 位作者 张连江 周会敏 《饲料研究》 北大核心 2024年第24期80-88,共9页
试验旨在筛选吉林黑鸡3个不同发育阶段的卵泡组织大白泡(LWF)、小黄泡(SYF)、大黄泡(LYF)与卵泡发育相关的差异表达基因(DEGs)。试验选取健康、体重和饲养管理环境一致的21周龄的吉林黑鸡3只,采用高通量转录组测序技术对吉林黑鸡不同发... 试验旨在筛选吉林黑鸡3个不同发育阶段的卵泡组织大白泡(LWF)、小黄泡(SYF)、大黄泡(LYF)与卵泡发育相关的差异表达基因(DEGs)。试验选取健康、体重和饲养管理环境一致的21周龄的吉林黑鸡3只,采用高通量转录组测序技术对吉林黑鸡不同发育阶段的卵泡组织的mRNA差异表达基因进行筛选和分析,构建了9个cDNA文库。从中选取13个共表达的差异表达基因:黄嘌呤脱氢酶(XDH)、同源域蛋白同源盒(HOPX)、溶质载体家族26成员1(SLC26A1)、CUB和SUSHI多域1(CSMD1)、脂肪酸结合蛋白3(FABP3)、嘌呤能受体(P2RX7)、主要组织相容性复合体B(BF2)、催乳素受体(PRLR)、17β-羟类固醇脱氢酶2(HSD17B2)、细胞色素P450家族19亚家族A成员1(CYP19A1)、谷氨酸离子型受体AMPA型亚基2(GRIA2)、神经肽Y受体Y4(NPY4R)、血管活性肠肽受体2(VIPR2)进行实时荧光定量PCR(RT-qPCR)验证。结果显示,高通量转录组测序结果准确。京都基因与基因组百科全书(KEGG)分析结果表明,核因子κB(NF-κB)信号通路、细胞黏附分子(CAMs)、类固醇激素生物合成、过氧化物酶体增殖物激活受体(PPAR)信号通路、神经活性配体-受体相互作用、环磷腺苷酸(CAMP)信号通路、JAK-STAT信号通路与卵泡发育调控有关。研究表明,试验结果可为进一步研究产蛋性状形成的分子机制奠定基础。 展开更多
关键词 高通量转录组测序技术 吉林黑鸡 卵泡发育
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基于转录组测序技术探讨活血降糖饮干预糖尿病肾病的机制 被引量:5
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作者 刘雪梅 刘德亮 +3 位作者 曾霖 李惠林 赵恒侠 张学文 《世界中医药》 CAS 2021年第14期2120-2128,共9页
目的:探讨活血降糖饮治疗糖尿病肾病的分子机制。方法:通过高脂饲料喂养加尾静脉注射链脉佐菌素(STZ)等建立糖尿病肾病大鼠模型,并将模型大鼠随机分为糖尿病肾病(DN)组、模型+双胍+中药组(DN+Met+ZY)、模型+双胍+卡托普利组(DN+Met+CP)... 目的:探讨活血降糖饮治疗糖尿病肾病的分子机制。方法:通过高脂饲料喂养加尾静脉注射链脉佐菌素(STZ)等建立糖尿病肾病大鼠模型,并将模型大鼠随机分为糖尿病肾病(DN)组、模型+双胍+中药组(DN+Met+ZY)、模型+双胍+卡托普利组(DN+Met+CP),给予相应药物进行灌胃治疗,并另设正常对照组,每组10只,干预16周后,观察各组大鼠空腹血糖(FBG)、血脂、血清尿素氮(BUN)、血肌酐(Scr)、24 h尿总蛋白(24 h UTP)及尿微量清蛋白(24 h mALB)的变化。观察肾组织病理改变,并对各组肾组织进行RNA-seq测序。结果:与模型组比较,中药组和卡托普利组可以显著下调糖尿病肾病大鼠FBG、TC、TG、LDL-C、Scr、BUN、24 h UTP、24 h mALB等水平,而HDL-C无明显变化;与卡托普利组之间比较,中药组FBG、TC、TG、LDL-C明显下降,HDL-c、Scr、BUN、24 h UTP、24 h mALB均无明显差别。与模型组比较,中药组和卡托普利组均可以显著改善糖尿病肾病大鼠的肾脏病理学变化。转录组测序结果显示模型组对比正常组与中药组对比模型组转录本中基因总量接近,其中表达差异最明显的双向调控基因共筛选出10个;京都基因与基因组百科全书(KEGG)前20条显著富集通路分析显示模型组对比正常组与中药组对比模型组共同作用的信号通路有代谢相关通路及cAMP信号通路。结论:活血降糖饮联合二甲双胍能改善糖尿病肾病大鼠的糖脂代谢紊乱,减少尿白蛋白的排泄,改善肾功能和肾脏病理改变,延缓糖尿病肾病病情进展,其作用机制可能是通过Cftr、Pdk4、Angptl4、Hmgcs2等多靶点介导多通路实现的。 展开更多
关键词 活血降糖饮 糖尿病肾病 转录组测序技术 二甲双胍 糖尿病 链脲佐菌素 卡托普利
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基于转录组测序技术筛选NSUN2在卵巢癌细胞的基因差异表达 被引量:2
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作者 何婉珊 洪小山 +5 位作者 陈冠桥 陈斌 文斌 林育 韦之富 罗喜平 《实用医学杂志》 CAS 北大核心 2023年第9期1079-1085,共7页
目的应用RNA⁃seq技术研究NSUN2对卵巢癌细胞株A2780基因表达的影响,为阐明NSUN2在卵巢癌症发生发展中的作用提供理论依据。方法慢病毒介导的RNA干扰技术抑制A2780细胞中NSUN2的表达。以转染空载体的细胞为对照,使用RNA⁃seq技术对干扰细... 目的应用RNA⁃seq技术研究NSUN2对卵巢癌细胞株A2780基因表达的影响,为阐明NSUN2在卵巢癌症发生发展中的作用提供理论依据。方法慢病毒介导的RNA干扰技术抑制A2780细胞中NSUN2的表达。以转染空载体的细胞为对照,使用RNA⁃seq技术对干扰细胞株进行基因谱高通量测序分析,筛选出差异表达的基因。并通过KEGG Pathway、GO分析和GSEA富集分析,探索NSUN2调控的差异基因主要参与的相关信号通路和生物学过程。结果与对照组细胞相比,NSUN2敲低的A2780细胞株有1642个差异表达的基因,其中上调基因有1020个,下调基因有622个;通过GO分析、KEGG Pathway和GSEA富集分析发现差异表达基因主要富集在hedgehog信号通路、P53等信号通路上,参与了病毒转录、翻译起始和调节等生物过程;通过对P53信号通路的相关基因进一步分析,筛选出与改通路相关的3个关键基因(ZMAT3、EI24和CCND2),RT⁃qPCR验证其表达结果与测序结果相符。结论A2780 sh⁃NSUN2组与A2780 sh⁃NC组的基因表达谱间存在明显的差异,其差异基因主要富集于P53信号通路。在卵巢癌中NSUN2可能通过调控P53信号通路相关因子的表达,从而调控了卵巢癌的发生发展。 展开更多
关键词 NSUN2 卵巢癌 转录组测序技术 P53信号通路
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RNA测序技术应用于肝癌的文献计量学分析 被引量:1
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作者 戈琼 胡佳康 +3 位作者 俞玉琪 赖文文 罗时文 卢曲琴 《中国全科医学》 北大核心 2025年第12期1473-1478,1493,共7页
背景近年来,转录组测序技术(RNA-seq)在肝癌领域的大量应用为肝癌的基因组学和生物学研究提供了帮助,对近二十年RNA-seq应用于肝癌研究的文献进行总结分析,有助于研究者全面了解该领域的研究热点与最新进展,为后续研究提供参考。目的通... 背景近年来,转录组测序技术(RNA-seq)在肝癌领域的大量应用为肝癌的基因组学和生物学研究提供了帮助,对近二十年RNA-seq应用于肝癌研究的文献进行总结分析,有助于研究者全面了解该领域的研究热点与最新进展,为后续研究提供参考。目的通过文献计量学分析对RNA-seq在肝癌治疗、诊断、发生机制等各方面研究的应用情况进行整体评价,以揭示全球RNA-seq应用于肝癌领域研究热点的分布情况,进而推测未来该领域的发展趋势。方法检索2001—2022年Web of Science数据库收录的RNA-seq应用于肝癌研究领域的英文文献,运用Microsoft Excel 2016软件对文献进行发文量分析,运用CiteSpace软件进行作者、国家、机构、关键词的可视化分析,使用发文量、中心性、聚类模块值和平均轮廓值等指标对可视化结果进行评价。结果在数据库中检索到RNA-seq应用于肝癌研究领域的文献共1397篇,分析结果显示,该领域的核心作者群已经形成;中国发文量最多,但研究深度略有欠缺,美国发文量仅次于中国,但中心性最高,为0.44;高发文量的机构大多分布在中国,影响力较大的机构大多分布在美国;关键词分析显示领域的研究热点为肝癌发生、发展相关的分子机制、基因表达及其分子标志物。结论肝癌发生发展的分子机制、疾病的生物标志物和治疗靶点是该领域目前的研究热点,临床精准医疗可能成为未来的重点研究方向。 展开更多
关键词 肝癌 转录组测序技术 研究热点 研究趋势 CITESPACE 文献计量分析 可视化
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基于转录组测序与定量PCR技术挖掘北沙柳株型相关候选基因
8
作者 贺嵘 赵恺 +6 位作者 贺玉娇 阿拉腾苏和 王爱君 宁静 韩若霜 孙贵荣 张国盛 《浙江农业学报》 CSCD 北大核心 2023年第10期2332-2345,共14页
为构建北沙柳株型分子辅助育种体系实现高效定向育种,采用水培群体转录组测序与野外训练群体定量PCR分析相结合的方法,以RNA-Seq分析中的基因表达量(FPKM值)与冠高比(株型特征值)的相关系数作为预测值,探讨北沙柳株型相关候选基因挖掘... 为构建北沙柳株型分子辅助育种体系实现高效定向育种,采用水培群体转录组测序与野外训练群体定量PCR分析相结合的方法,以RNA-Seq分析中的基因表达量(FPKM值)与冠高比(株型特征值)的相关系数作为预测值,探讨北沙柳株型相关候选基因挖掘技术。结果表明,北沙柳冠高比与FPKM值间存在相关性,在水培预测群体和野外训练群体中保持基本一致的趋势。文献中已报道的株型(或者分枝)相关基因(TAC 2、LAZY 1b、ZFP 4、TB 1、SPA 2、ABF 2和PYL 1)的预测值在0~0.6,ATX 1、RFK 1和FHY 1基因(未报道与株型相关)的预测值较高(0.6~1.0),按照“基因个数最少,相关系数最高”的原则,选择双基因组合ATX1+FHY 1作为鉴别北沙柳株形的基因。将形态学、转录组学作为一个整体来挖掘株型性状相关基因是本研究特色,研究结果也可为其他植物、其他性状的分子辅助育种提供理论基础。 展开更多
关键词 冠高比 相关系数 转录组测序技术 定量PCR技术 基因挖掘 北沙柳
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一例AML-M2患者初发和缓解期转录组测序SNV结果比较分析 被引量:2
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作者 高攀科 曹祥山 刘琰 《中国实验血液学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2014年第3期666-670,共5页
本研究旨在进一步阐明急性髓系白血病的发病机制,筛选新的肿瘤特异性突变。利用高通量测序的方法对1例初诊的部分分化型急性髓系白血病(AML-M2)患者发病期及缓解期外周血样本进行转录组测序,通过对初诊时和缓解后表达基因的比较,筛选可... 本研究旨在进一步阐明急性髓系白血病的发病机制,筛选新的肿瘤特异性突变。利用高通量测序的方法对1例初诊的部分分化型急性髓系白血病(AML-M2)患者发病期及缓解期外周血样本进行转录组测序,通过对初诊时和缓解后表达基因的比较,筛选可能与白血病发生相关的单核苷酸变异(SNV)。结果表明:Reads在基因上分布均匀,覆盖完整,检测到大部分基因的表达。通过对SNV的筛选,共检测到29881个基因突变,包括28113个种系突变和752个体突变,其中编码区获得性突变11个(P<0.05),包括ZRSR1、MLXIP、TLN1、LAP3、HK3。结论:高通量测序作为一种无偏的检测基因突变的新方法,可以发现肿瘤相关新突变。MLXIP可能是AML M2新的分子标志物。 展开更多
关键词 高通量 单核苷酸变异 急性髓系白血病 AML—M2 转录组测序技术
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基于转录组学探讨当归鸡血藤汤不同极性部位对化疗后骨髓抑制大鼠的影响
10
作者 蒋璐瑶 唐志安 +2 位作者 房文通 胡志强 郭明鑫 《中成药》 北大核心 2025年第6期2033-2037,共5页
目的 研究当归鸡血藤汤不同极性部位对化疗后骨髓抑制(MAC)大鼠的作用机制。方法 利用不同极性溶剂萃取当归鸡血藤汤浸膏,制备其不同极性部位冻干粉。将SD大鼠随机分为空白组、模型组、当归鸡血藤汤组(6.21 g/kg,按生药量计)、石油醚组(... 目的 研究当归鸡血藤汤不同极性部位对化疗后骨髓抑制(MAC)大鼠的作用机制。方法 利用不同极性溶剂萃取当归鸡血藤汤浸膏,制备其不同极性部位冻干粉。将SD大鼠随机分为空白组、模型组、当归鸡血藤汤组(6.21 g/kg,按生药量计)、石油醚组(0.8 g/kg,按冻干粉计)、乙酸乙酯组(0.8 g/kg,按冻干粉计)和正丁醇组(0.8 g/kg,按冻干粉计)。通过连续5 d腹腔注射50 mg/kg环磷酰胺(CTX)制备MAC大鼠模型,造模同时给药,空白组和模型组均灌胃给予0.9%NaCl溶液,各给药组按相应剂量灌胃给药,每天1次,连续15 d。给药结束后,观察各组大鼠生存状态,测定血常规及血清中造血因子水平;HE染色观察大鼠骨髓组织病理学变化。RNA-Seq法检测大鼠骨髓细胞差异表达基因,对差异基因进行GO功能和KEGG通路富集分析,筛选当归鸡血藤汤防治MAC可能的信号通路,并对其中的核心富集基因进实验验证。结果 与正常组比较,模型组和石油醚组大鼠精神状态较差,体质量下降;与模型组比较,当归鸡血藤汤组、乙酸乙酯组、正丁醇组大鼠精神状态改善,体质量逐渐增加,造血调节因子释放增加,骨髓损伤明显改善;不同极性部位药效排序依次为正丁醇部位>乙酸乙酯部位>石油醚部位。RNA-Seq结果显示,模型组相较于对照组上调的基因有3 286个,下调3 470个;当归鸡血藤汤组相较于模型组上调基因有501个,下调1 900个;与空白组比较,模型组中的727个差异基因经当归鸡血藤汤干预后表达趋势被逆转。差异基因富集分析发现,CTX损伤骨髓造血可能与PI3K/Akt信号通路、黏着斑、MAPK信号通路及钙信号通路有关。当归鸡血藤汤防治MAC的差异基因主要富集于PI3K/Akt、FoxO和钙信号通路;干预PI3K/Akt信号通路可能是当归鸡血藤汤防治MAC的重要机制之一,Western blot实验也验证了这点。结论 当归鸡血藤汤中极性较强的成分可能是其治疗MAC的药效物质,当归鸡血藤汤预防和治疗MAC的机制可能与调控PI3K/Akt信号通路有关。 展开更多
关键词 当归鸡血藤汤 化疗后骨髓抑制 不同极性部位 转录组测序技术 造血微环境 PI3K/AKT信号通路
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基于转录组测序探索腺苷脱氨酶1对宫颈癌细胞的调控机制
11
作者 张华明 何婉珊 +5 位作者 韩芸 陈冠桥 陈斌 韦之富 伍恒英 文斌 《实用医学杂志》 CAS 北大核心 2023年第24期3169-3174,共6页
目的使用RNA-seq技术分析腺苷脱氨酶1(ADAR1)在宫颈癌Hela细胞株中对基因表达的调控情况,并为揭示ADAR1在宫颈癌发生和进展中的作用提供理论依据。方法对正常和ADAR1敲低的Hela细胞株进行RNA-seq测序,筛选出差异表达基因。通过KEGG Path... 目的使用RNA-seq技术分析腺苷脱氨酶1(ADAR1)在宫颈癌Hela细胞株中对基因表达的调控情况,并为揭示ADAR1在宫颈癌发生和进展中的作用提供理论依据。方法对正常和ADAR1敲低的Hela细胞株进行RNA-seq测序,筛选出差异表达基因。通过KEGG Pathway、GO cellular和GSEA富集分析,分析ADAR1在Hela细胞株中参与的相关信号通路和生物学过程。结果差异表达基因主要富集在免疫和炎症相关信号通路(如TNF-α/NF-κB、NIK/NF-κB、Jak/Stat-IL-6)、Hippo信号通路、TGF-β等信号通路上,参与了干扰素应答、细胞氨基酸代谢调控、蛋白质泛素化/去泛素化、病毒转录等生物过程;对NF-κB信号通路的相关基因进行深入分析后发现,ADAR1敲低后,NF-κB1和TRAF5的mRNA表达水平明显升高(P<0.05)。结论ADAR1可能通过调控NF-κB信号通路相关因子的表达,进而调控宫颈癌的发生和发展。 展开更多
关键词 腺苷脱氨酶1 宫颈癌 转录组测序技术 NF-ΚB信号通路
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双孢蘑菇转录组测序及褐变相关基因的挖掘 被引量:13
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作者 彭博 李炳娟 +1 位作者 关文强 林琼 《食品科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2019年第2期126-132,共7页
为从分子水平研究双孢蘑菇多酚氧化酶调控褐变的机理,以采后贮藏第1、7、14天的双孢蘑菇菌盖为材料,应用转录组测序技术对双孢蘑菇菌盖RNA进行测序分析。共获得168 607 212个高质量的clean reads;贮藏第7天和第1天相比筛选出727个差异... 为从分子水平研究双孢蘑菇多酚氧化酶调控褐变的机理,以采后贮藏第1、7、14天的双孢蘑菇菌盖为材料,应用转录组测序技术对双孢蘑菇菌盖RNA进行测序分析。共获得168 607 212个高质量的clean reads;贮藏第7天和第1天相比筛选出727个差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs),贮藏第14天和第1天相比筛选出1 524个DEGs;Gene Ontology(GO)功能富集和Pathway富集分析将这些差异表达基因归类于180个代谢途径;从已获得的差异表达基因中筛选得到PPO1、PPO3、PPO5、LAC1和LAC4五个多酚氧化酶相关基因。研究结果为双孢蘑菇功能相关基因挖掘和品质改良提供理论数据支撑。 展开更多
关键词 双孢蘑菇 褐变 转录组测序技术 差异表达基因 多酚氧化酶
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转录组学主要研究技术及其应用概述 被引量:31
13
作者 刘伟 郭光艳 秘彩莉 《生物学教学》 北大核心 2019年第10期2-5,共4页
转录组学从整体水平上研究基因功能以及基因结构,揭示特定生物学过程以及疾病发生过程中的分子机理。本文介绍转录组学主要研究技术的原理、技术特点及其应用进展。
关键词 转录 微阵列技术 转录组测序技术 应用
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高通量测序技术在传统发酵食品微生物群落中的应用研究 被引量:26
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作者 夏梦雷 杨帆 +3 位作者 陆锴 王頔 郑宇 王敏 《中国酿造》 CAS 北大核心 2021年第5期1-7,共7页
传统发酵食品风味独特,营养丰富,历史悠久,生产方式多采用自然接种,部分食品的生产工艺已有数千年的历史,其最终质量与发酵过程中存在的多种微生物密切相关。研究表明,运用现代分子生物学技术,可从基因水平上揭示微生物的多样性和群落... 传统发酵食品风味独特,营养丰富,历史悠久,生产方式多采用自然接种,部分食品的生产工艺已有数千年的历史,其最终质量与发酵过程中存在的多种微生物密切相关。研究表明,运用现代分子生物学技术,可从基因水平上揭示微生物的多样性和群落结构的动态变化,系统阐明其发酵机理。该文综述高通量测序技术在传统发酵食品微生物群落中的应用研究,对聚合酶链式反应-变性梯度凝胶电泳(PCR-DGGE)、实时荧光定量聚合酶链式反应(RT-FQPCR)、宏基因组、宏转录组测序等研究方法的原理、操作方法及其研究成果进行了总结,并对各分析技术优缺点进行了比较,旨在为传统发酵食品的微生物群落研究提供参考。 展开更多
关键词 高通量技术 传统发酵食品 微生物群落 聚合酶链式反应-变性梯度凝胶电泳 实时荧光定量聚合酶链式反应 宏基因技术 转录组测序技术
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猪圆环病毒2型感染人源细胞的转录组分析 被引量:1
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作者 刘小花 徐鹏 +4 位作者 张昕薇 欧阳婷 吉卫龙 刘晓慧 任林柱 《中国比较医学杂志》 CAS 北大核心 2020年第6期17-24,共8页
目的圆环病毒2型(porcine circovirus type 2,PCV2)能否感染人类细胞一直都是一个争论的话题。本研究通过转录组测序(RNA sequencing,RNA-seq)技术分析PCV2感染人源细胞后的差异表达基因及其相关的信号通路、生物学功能,以期为人源细胞... 目的圆环病毒2型(porcine circovirus type 2,PCV2)能否感染人类细胞一直都是一个争论的话题。本研究通过转录组测序(RNA sequencing,RNA-seq)技术分析PCV2感染人源细胞后的差异表达基因及其相关的信号通路、生物学功能,以期为人源细胞对PCV2及其他病毒产生抗病毒效应的研究提供参考。方法用PCV2感染He La细胞,然后进行RNA-seq技术分析,筛选与抗病毒反应相关的差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs),并通过实时定量PCR进一步验证。结果在感染PCV2的He La细胞中共注释到15402个Uni Genes,其中有387个DEGs(包括267个上调基因和120个下调基因)。对生物过程类DEGs进行GO富集和KEGG通路分析,发现富集基因要参与应激反应(97/291 DEGs)和免疫系统过程(80/291 DEGs),其中最显著两条途径的基因是NOD样受体信号途径(21/170 DEGs)和单纯疱疹病毒感染途径(22/170 DEGs)相关差异表达基因。结论 PCV2感染He La细胞之后,改变了细胞的表达谱,获得的DEGs及其功能注释信息有助于理解其抗病毒机制,对于了解PCV2感染人源细胞所产生的免疫反应及抗病毒效力提供依据。 展开更多
关键词 猪圆环病毒2型 转录组测序技术 抗病毒 实时定量 基因表达
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细菌对霉菌毒素反应的认识: 转录组分析由脱氧雪腐镰刀菌烯醇诱导的变形戴沃斯菌17-2-E-8的变化
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作者 夏戴阳(译) 王文策(校) 《广东饲料》 2020年第5期52-52,共1页
脱氧雪腐镰刀菌烯醇(DON)是一种主要由镰刀菌产生,广泛分布在谷物中的毒素。无意接触这种真菌次级代谢产物后,会导致食欲不振、呕吐和免疫系统抑制等不良影响,损害健康。虽然在过去的40年中,这种真菌毒素主要在对真核生物的毒性(更准确... 脱氧雪腐镰刀菌烯醇(DON)是一种主要由镰刀菌产生,广泛分布在谷物中的毒素。无意接触这种真菌次级代谢产物后,会导致食欲不振、呕吐和免疫系统抑制等不良影响,损害健康。虽然在过去的40年中,这种真菌毒素主要在对真核生物的毒性(更准确地说是单胃动物和植物)方面受到的关注,但最近的研究揭示了它对原核生物的负面影响。有证据表明,DON能够对许多种类的细菌产生负面影响,这一发现提高了除其他环境因子外DON能够引起人类和动物肠道微生物失调的可能性。这引起了人们的兴趣,去研究细菌对DON的反应,以及其中涉及的机制和代谢通路,以便对DON引起的原核生物和真核生物的变化建立更全面的了解。这项研究在变形戴沃斯菌17-2-E-8菌株生长的培养基中加入DON,进行转录组分析。结果阐明了变形戴沃斯菌17-2-E-8在霉菌毒素作用下的三种自适应机制,其中包括:(a)激活5'-三磷酸腺苷结合盒转运蛋白;(b)影响依赖于吡咯喹啉醌的特定解毒通路;(c)上调孔蛋白、谷胱甘肽s转移酶和磷酸转移酶等辅助蛋白的表达。这其中的一些识别机制是与其他细菌种属共同适用的,在自然界中普遍存在。 展开更多
关键词 脱氧雪腐镰刀菌烯醇 戴沃斯菌属 转录组测序技术 原核生物 解毒作用
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基于整合转录组学分析丝氨酸蛋白酶抑制剂Hespintor抑制肝癌裸鼠移植瘤生长的潜在机制 被引量:4
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作者 伦永志 孙杰 +3 位作者 魏玲 刘奔 董雯 潘凌鸿 《西安交通大学学报(医学版)》 CAS CSCD 北大核心 2022年第2期202-212,共11页
目的利用转录物组测序技术探寻差异表达长链非编码RNA(Long non-coding RNA,lncRNA)、mRNA与Hespintor抗肿瘤潜在机制的关联性。方法首先建立人肝癌裸鼠移植瘤模型,分组给药4周后取瘤体,分别构建Hespintor治疗组、溶剂对照组瘤组织cDNA... 目的利用转录物组测序技术探寻差异表达长链非编码RNA(Long non-coding RNA,lncRNA)、mRNA与Hespintor抗肿瘤潜在机制的关联性。方法首先建立人肝癌裸鼠移植瘤模型,分组给药4周后取瘤体,分别构建Hespintor治疗组、溶剂对照组瘤组织cDNA文库并进行转录物组测序,基于RNA-seq数据筛选差异表达lncRNA、mRNA基因集,继而进行功能富集及相互作用分析,再利用网络模块划分方法寻找Hespintor作用靶点基因并构建调控网络。结果筛选获得Hespintor治疗组高可信度的差异表达基因集lncRNA(DEGs lncRNA)2003个和mRNA(DEGs mRNA)1038个,DEGs lncRNA调控靶mRNA主要富集于PIP3激活Akt信号、p53信号通路、FOXO介导的转录和细胞周期等功能,DEGs mRNA主要富集于趋化因子信号通路、细胞外基质受体相互作用、补体和凝血级联等功能,两者关联性侧重体现在细胞行为、转录调控和细胞周期等三方面。结论PI3K/Akt信号通路可能在Hespintor抑制肿瘤效应中发挥主导作用,诱导细胞周期阻滞于G1/S期并引起细胞凋亡。 展开更多
关键词 Hespintor 晚期肝细胞癌 转录技术 长链非编码RNA 差异表达基因集
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4种柳属植物叶片差异表达基因分析
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作者 杜少波 姜迪 +1 位作者 鄂崇毅 谢惠春 《高原科学研究》 2025年第1期30-42,共13页
为探究腹毛柳(Salix delavayana)、坡柳(Salix myrtillacea)、康定柳(Salix paraplesia)和乌柳(Salix cheilophila)叶片的关键代谢途径和差异表达基因。该研究提取了以上4种柳属植物叶片总RNA后构建cD-NA文库,采用转录组测序技术进行测... 为探究腹毛柳(Salix delavayana)、坡柳(Salix myrtillacea)、康定柳(Salix paraplesia)和乌柳(Salix cheilophila)叶片的关键代谢途径和差异表达基因。该研究提取了以上4种柳属植物叶片总RNA后构建cD-NA文库,采用转录组测序技术进行测序,基于NR、GO和KEGG等数据库进行注释和功能富集分析,并探讨4种柳属植物间的差异表达基因和主要代谢途径。结果发现,在4种柳属植物种共检测到245994个Unigene,NR数据库注释结果表明,与小垫柳(Salix brachista)的同源性最高;GO和KEGG数据库注释结果发现,4种柳属植物主要参与细胞过程、代谢过程、细胞结构体、结合以及与信号转导功能和与代谢相关的功能;腹毛柳与坡柳、康定柳和乌柳的差异基因数量分别为34436条、49756条、87442条,坡柳与康定柳和乌柳的差异基因数量分别为51686条和89806条,康定柳和乌柳的差异基因数量为100423条;差异基因显著富集于植物病原体相互作用、植物昼夜节律、光合作用、蛋白水解、ABC转运蛋白和植物激素信号转导等二级代谢途径。研究结果可为进一步探究柳属植物的适应性机制提供理论参考。 展开更多
关键词 转录组测序技术 柳属植物 差异表达基因 代谢途径
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RNA-Seq技术在珍稀濒危植物研究中的应用进展 被引量:3
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作者 倪馨宇 贺俊英 +1 位作者 燕孟娇 杜超 《植物研究》 CAS CSCD 北大核心 2023年第4期481-492,共12页
珍稀濒危植物是自然界当中的重要植物资源,对研究植物系统进化、生态环境恢复、植物抗逆生理、挖掘优异抗逆基因等方面具有重要意义,但大部分珍稀濒危植物的遗传信息缺乏,严重制约了其保护和利用工作的开展。珍稀濒危植物的基因组较大... 珍稀濒危植物是自然界当中的重要植物资源,对研究植物系统进化、生态环境恢复、植物抗逆生理、挖掘优异抗逆基因等方面具有重要意义,但大部分珍稀濒危植物的遗传信息缺乏,严重制约了其保护和利用工作的开展。珍稀濒危植物的基因组较大、基因信息复杂、遗传背景不清晰,因此对其进行基因组测序相对困难,而RNA-Seq技术拥有可以对无参基因组物种直接进行测序的优势,近年来在珍稀濒危植物的研究中得到青睐。文章简介了RNA-Seq技术,综合近年研究总结了RNA-Seq技术在珍稀濒危植物抗逆机制、次生代谢、生长发育调控及分子标记开发4个主要应用方向的研究进展。此外,还对RNA-Seq技术在珍稀濒危植物研究中的应用前景进行了展望,同时在此基础上提出珍稀濒危植物转录组新研究思路的可能性。 展开更多
关键词 转录组测序技术 珍稀濒危植物 抗逆机制 次生代谢
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转录调节因子DeoT对大肠埃希氏菌多重耐药性的影响 被引量:1
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作者 刘洪蕾 甄思慧 +3 位作者 王家伟 程如楠 岳亮 王真 《动物医学进展》 北大核心 2021年第12期38-43,共6页
为全面鉴定大肠埃希氏菌转录调控因子DeoT调控的靶基因,阐明DeoT在多重耐药中的作用,以1株临床分离的大肠埃希氏菌E8菌株为亲本菌株,利用Red重组系统构建了deoT基因缺失株。E8ΔdeoT基因缺失株对6种常用抗菌药物的最小抑菌浓度(MIC)均... 为全面鉴定大肠埃希氏菌转录调控因子DeoT调控的靶基因,阐明DeoT在多重耐药中的作用,以1株临床分离的大肠埃希氏菌E8菌株为亲本菌株,利用Red重组系统构建了deoT基因缺失株。E8ΔdeoT基因缺失株对6种常用抗菌药物的最小抑菌浓度(MIC)均低于亲本株E8。利用转录组测序技术分析了E8和deoT突变体的差异表达基因,结果显示E8ΔdeoT中118个基因出现差异表达,包括76个下调基因和42个上调基因。多数差异基因与细菌新陈代谢、ABC转运蛋白和转运蛋白/膜蛋白有关。其中由exbB编码的生物聚合物转运蛋白ExbB作为关键药物靶点,可能与E8ΔdeoT药物敏感性的增加相关。结果表明,DeoT直接或间接调控多个基因的表达,并在大肠埃希氏菌的多重耐药中起了重要作用。 展开更多
关键词 大肠埃希氏菌 转录调控因子DeoT 最小抑菌浓度 转录组测序技术 多重耐药性
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