宏转录组测序技术在一起仔猪病毒性腹泻疾病诊断中的运用及分析

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作者 李跃 张长春 +11 位作者 刘光裕 高梦源 符超俊 邢家宝 徐思佳 邝麒元 刘静 高校鹏 王衡 龚浪 张桂红 孙彦阔 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第8期3579-3589,共11页

为了确定2023年春季广西贺州地区猪场仔猪腹泻病原,采用宏转录组测序技术筛查该地区猪群发病和感染情况,为当地仔猪腹泻疾病的防控提供依据。采集2023年3月广西贺州地区10 km范围内6个相邻并同时暴发腹泻的猪场仔猪的肛拭子和粪便,运用M... 为了确定2023年春季广西贺州地区猪场仔猪腹泻病原,采用宏转录组测序技术筛查该地区猪群发病和感染情况,为当地仔猪腹泻疾病的防控提供依据。采集2023年3月广西贺州地区10 km范围内6个相邻并同时暴发腹泻的猪场仔猪的肛拭子和粪便,运用MGISEQ 200测序平台进行宏转录组测序开展猪病原感染组学研究,系统性地筛查该区域仔猪腹泻的病原谱,使用实时荧光定量RT-PCR对最主要病毒进行确认,定量分析各病原的丰度并选取鉴定到的病毒基因序列进行系统发育分析,Pearson分析解析病原混合感染的相关性。结果显示:通过宏转录组测序技术在这些样品中共检测到17种致病性细菌、12种病毒和3种寄生虫。病毒以猪流行性腹泻病毒(porcine epidemic diarrhea virus, PEDV)代表的腹泻相关病毒为主,包括猪札幌病毒(porcine sapovirus, SaV)、猪嵴病毒(porcine kobuvirus, PKV)、猪星状病毒(porcine astrovirus, PAstV)、猪猴禽猪肠病毒(porcine sapelovirus, PSV)、轮状病毒A(rotavirus, RVA)等;细菌主要包括3种肠杆菌科(Enterobacteriaceae)、3种乳杆菌科(Lactobacillaceae)、2种芽胞杆菌科(Bacillaceae)等;寄生虫包括两种滴虫和碘阿米巴原虫。来自5个场区的PEDV刺突基因(spike gene,S基因)系统发育分析显示,毒株均属于G2c簇群,毒株之间核苷酸相似性为99.99%,毒株S基因存在重组情况;其中,一发病猪场还检测到P[6]基因型的rotavirus A部分VP4序列,与人源轮状病毒的核苷酸相似性最高。此外,在4个猪场检测到2种以上的仔猪腹泻相关病毒,系统发育分析结果提示,此区域存在腹泻病原多谱系共同流行的情况。病原相关性分析显示,PEDV/PSV(P<0.001)、PEDV/猪环曲病毒(porcine torovirus, PToV)(P<0.001)和PEDV/PAstV(P<0.05)有显著的负相关,而PEDV/PKV(P<0.05)有显著的正相关。以上结果提示,在该地区相邻养殖区域中,仔猪腹泻的病原谱具有多样性,其中,直接致病病原是PEDV,同时,PEDV与样品中其他腹泻相关病毒之间存在关联。本研究较为全面地展示该地区仔猪腹泻病原的感染谱,并鉴定出导致腹泻发生最直接的病原体;同时也能分析小范围养殖区域内腹泻相关病原的相关性,为该区域仔猪腹泻疾病防控提供更加精准的参考和指导。 展开更多

关键词 宏转录组测序技术 仔猪腹泻疾病 病原识别 PEDV 遗传进化分析 相关性分析

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转录组测序技术识别腹膜后脂肪肉瘤预后相关基因

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作者 叶长春 迟苗苗 +3 位作者 胡延昇 李鸽 孙学军 孙祺 《中国现代普通外科进展》 CAS 2024年第4期292-297,共6页

目的:通过转录组测序技术(RNA-Seq)比较腹膜后脂肪肉瘤(RPL)组织与正常脂肪组织基因表达谱的差异,识别预后相关的关键基因并探究其潜在机制。方法:收集RPL患者肿瘤组织与瘤旁正常脂肪组织进行RNA-Seq并对差异表达基因进行GO和KEGG富集分... 目的:通过转录组测序技术(RNA-Seq)比较腹膜后脂肪肉瘤(RPL)组织与正常脂肪组织基因表达谱的差异,识别预后相关的关键基因并探究其潜在机制。方法:收集RPL患者肿瘤组织与瘤旁正常脂肪组织进行RNA-Seq并对差异表达基因进行GO和KEGG富集分析;基于TCGA数据库筛选预后相关的高风险基因并使用Kaplan-Meier曲线和受试者操作特征(ROC)曲线进行验证。结果:与正常脂肪组织相比,RPL组织中同时上调的基因共279个,主要富集在免疫反应过程和PPAR信号通路;结合TCGA数据集共鉴别出稳定的预后高风险基因7个,高风险组患者总生存率显著低于低风险组(P<0.05)。结论:KCNQ5、RBPJ等基因可能与RPL患者的不良预后相关,解析这些基因在RPL中的作用及机制有望为RPL患者诊疗策略的制定提供有力证据。 展开更多

关键词 腹膜后肿瘤 转录组测序技术 差异表达基因 预后

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基于全转录组测序技术的转录组学在中医药领域的应用前景分析 被引量：12

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作者 陈惠 辛丽丽 龚婕宁 《环球中医药》 CAS 2013年第10期759-763,共5页

转录组学以其在全基因组转录水平上整体性、系统性的研究特点在中医药研究中发挥了重要作用,近年来兴起的全转录组测序(RNA Sequencing,RNA-Seq)技术使转录组学研究进入了数字化、信息化的时代。本文总结归纳了RNA-seq技术在转录组学中... 转录组学以其在全基因组转录水平上整体性、系统性的研究特点在中医药研究中发挥了重要作用,近年来兴起的全转录组测序(RNA Sequencing,RNA-Seq)技术使转录组学研究进入了数字化、信息化的时代。本文总结归纳了RNA-seq技术在转录组学中的优势,其整体性、系统性、个体组织差异性、时间独立性等优势改善了以往单基因研究不能切合中医学整体观念的不足;着重探讨了基于RNA-seq技术的转录组学在中医学理论及方药研究等方面的应用现状及前景,对其在中医辨治理论实质研究、方药有效成分的筛选和作用机制研究及临床用药安全评定体系等方面的应用策略进行了分析,并提出了初步的实验方案。 展开更多

关键词 中医药研究 分子生物学 转录组学 全转录组测序技术

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高通量转录组测序技术在克罗诺杆菌毒力基因研究中的应用进展 被引量：1

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作者 李逍凡 陈沁 +1 位作者 钮冰 杨捷琳 《食品安全质量检测学报》 CAS 北大核心 2022年第21期6882-6888,共7页

克罗诺杆菌(Cronobacter)是一种兼性厌氧的革兰氏阴性菌,会引起婴幼儿脑膜炎等多种疾病,严重危害人类健康。高通量转录组测序技术是一种具体测定各基因表达量的测序方法,不仅可以全面研究全新的转录本,还能获得更准确、详细的研究结果... 克罗诺杆菌(Cronobacter)是一种兼性厌氧的革兰氏阴性菌,会引起婴幼儿脑膜炎等多种疾病,严重危害人类健康。高通量转录组测序技术是一种具体测定各基因表达量的测序方法,不仅可以全面研究全新的转录本,还能获得更准确、详细的研究结果。本文综述了近年来高通量转录组测序技术在克罗诺杆菌新毒力因子相关基因的发现、毒力基因表达量与菌株毒力间的变化关系,以及不同时间段上毒力基因表达量的差异方面的研究成果,并展望该技术在克罗诺杆菌毒力研究中的应用前景,以期为克罗诺杆菌的研究方法、防控防治提供意见和建议。 展开更多

关键词 高通量转录组测序技术 克罗诺杆菌 毒力因子 毒力基因

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基于转录组测序技术初步筛选内蒙古特禀体质人群的差异表达基因 被引量：1

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作者 薛滋平 康陆佼 张亚军 《中国医药导报》 CAS 2018年第35期8-11,16,182,183,共7页

目的运用转录组测序技术研究内蒙古地区特禀体质与平和体质人群差异基因的表达,以期从分子水平探讨中医特禀体质的成因、特征及相关过敏性疾病的发生机制。方法对2015年9月～2016年9月内蒙古医科大学第一附属医院、通辽市医院以及巴彦... 目的运用转录组测序技术研究内蒙古地区特禀体质与平和体质人群差异基因的表达,以期从分子水平探讨中医特禀体质的成因、特征及相关过敏性疾病的发生机制。方法对2015年9月～2016年9月内蒙古医科大学第一附属医院、通辽市医院以及巴彦淖尔市医院体检中心的受检者进行流行病学调查,筛选祖辈三代均生活在内蒙古地区的特禀体质和平和体质人群为研究对象,各取10例受试者外周血进行转录组测序,对所得高表达基因进行qPCR验证来反映部分差异表达基因及其相关通路与特禀体质的相关性。结果与平和体质比较,特禀体质的所有下调基因中,HLA-DRB1、HLA-DRB5和HLA-DQA2均富集在哮喘通路上;Toll样受体2(TLR2)差异表达基因富集在与特禀体质关系密切的TLR信号通路上。qPCR验证发现特禀体质CPNE3基因相对表达量明显高于平和体质,差异有统计学意义(P <0.05)。结论 HLAⅡ类基因与特禀体质密切相关且在特禀体质中差异表达;基因TLR2参与的TLR信号通路体现了过敏性疾病的信号传导机制可能与特禀体质密切相关;CPNE3基因表达在特禀体质和平和体质中存在差异,提示两种体质间基因表达可能存在一定差异,但仍需进一步研究。 展开更多

关键词 转录组测序技术 特禀体质 表达基因

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基于转录组测序与定量PCR技术挖掘北沙柳株型相关候选基因

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作者 贺嵘 赵恺 +6 位作者 贺玉娇 阿拉腾苏和 王爱君 宁静 韩若霜 孙贵荣 张国盛 《浙江农业学报》 CSCD 北大核心 2023年第10期2332-2345,共14页

为构建北沙柳株型分子辅助育种体系实现高效定向育种,采用水培群体转录组测序与野外训练群体定量PCR分析相结合的方法,以RNA-Seq分析中的基因表达量(FPKM值)与冠高比(株型特征值)的相关系数作为预测值,探讨北沙柳株型相关候选基因挖掘... 为构建北沙柳株型分子辅助育种体系实现高效定向育种,采用水培群体转录组测序与野外训练群体定量PCR分析相结合的方法,以RNA-Seq分析中的基因表达量(FPKM值)与冠高比(株型特征值)的相关系数作为预测值,探讨北沙柳株型相关候选基因挖掘技术。结果表明,北沙柳冠高比与FPKM值间存在相关性,在水培预测群体和野外训练群体中保持基本一致的趋势。文献中已报道的株型(或者分枝)相关基因(TAC 2、LAZY 1b、ZFP 4、TB 1、SPA 2、ABF 2和PYL 1)的预测值在0~0.6,ATX 1、RFK 1和FHY 1基因(未报道与株型相关)的预测值较高(0.6~1.0),按照“基因个数最少,相关系数最高”的原则,选择双基因组合ATX1+FHY 1作为鉴别北沙柳株形的基因。将形态学、转录组学作为一个整体来挖掘株型性状相关基因是本研究特色,研究结果也可为其他植物、其他性状的分子辅助育种提供理论基础。 展开更多

关键词 冠高比 相关系数 转录组测序技术 定量PCR技术 基因挖掘 北沙柳

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双孢蘑菇转录组测序及褐变相关基因的挖掘 被引量：13

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作者 彭博 李炳娟 +1 位作者 关文强 林琼 《食品科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2019年第2期126-132,共7页

为从分子水平研究双孢蘑菇多酚氧化酶调控褐变的机理,以采后贮藏第1、7、14天的双孢蘑菇菌盖为材料,应用转录组测序技术对双孢蘑菇菌盖RNA进行测序分析。共获得168 607 212个高质量的clean reads;贮藏第7天和第1天相比筛选出727个差异... 为从分子水平研究双孢蘑菇多酚氧化酶调控褐变的机理,以采后贮藏第1、7、14天的双孢蘑菇菌盖为材料,应用转录组测序技术对双孢蘑菇菌盖RNA进行测序分析。共获得168 607 212个高质量的clean reads;贮藏第7天和第1天相比筛选出727个差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs),贮藏第14天和第1天相比筛选出1 524个DEGs;Gene Ontology(GO)功能富集和Pathway富集分析将这些差异表达基因归类于180个代谢途径;从已获得的差异表达基因中筛选得到PPO1、PPO3、PPO5、LAC1和LAC4五个多酚氧化酶相关基因。研究结果为双孢蘑菇功能相关基因挖掘和品质改良提供理论数据支撑。 展开更多

关键词 双孢蘑菇 褐变 转录组测序技术 差异表达基因 多酚氧化酶

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高通量测序技术在传统发酵食品微生物群落中的应用研究 被引量：24

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作者 夏梦雷 杨帆 +3 位作者 陆锴 王頔 郑宇 王敏 《中国酿造》 CAS 北大核心 2021年第5期1-7,共7页

传统发酵食品风味独特,营养丰富,历史悠久,生产方式多采用自然接种,部分食品的生产工艺已有数千年的历史,其最终质量与发酵过程中存在的多种微生物密切相关。研究表明,运用现代分子生物学技术,可从基因水平上揭示微生物的多样性和群落... 传统发酵食品风味独特,营养丰富,历史悠久,生产方式多采用自然接种,部分食品的生产工艺已有数千年的历史,其最终质量与发酵过程中存在的多种微生物密切相关。研究表明,运用现代分子生物学技术,可从基因水平上揭示微生物的多样性和群落结构的动态变化,系统阐明其发酵机理。该文综述高通量测序技术在传统发酵食品微生物群落中的应用研究,对聚合酶链式反应-变性梯度凝胶电泳(PCR-DGGE)、实时荧光定量聚合酶链式反应(RT-FQPCR)、宏基因组、宏转录组测序等研究方法的原理、操作方法及其研究成果进行了总结,并对各分析技术优缺点进行了比较,旨在为传统发酵食品的微生物群落研究提供参考。 展开更多

关键词 高通量测序技术 传统发酵食品 微生物群落 聚合酶链式反应-变性梯度凝胶电泳 实时荧光定量聚合酶链式反应 宏基因组测序技术 宏转录组测序技术

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基于整合转录组学分析丝氨酸蛋白酶抑制剂Hespintor抑制肝癌裸鼠移植瘤生长的潜在机制 被引量：3

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作者 伦永志 孙杰 +3 位作者 魏玲 刘奔 董雯 潘凌鸿 《西安交通大学学报（医学版）》 CAS CSCD 北大核心 2022年第2期202-212,共11页

目的利用转录物组测序技术探寻差异表达长链非编码RNA(Long non-coding RNA,lncRNA)、mRNA与Hespintor抗肿瘤潜在机制的关联性。方法首先建立人肝癌裸鼠移植瘤模型,分组给药4周后取瘤体,分别构建Hespintor治疗组、溶剂对照组瘤组织cDNA... 目的利用转录物组测序技术探寻差异表达长链非编码RNA(Long non-coding RNA,lncRNA)、mRNA与Hespintor抗肿瘤潜在机制的关联性。方法首先建立人肝癌裸鼠移植瘤模型,分组给药4周后取瘤体,分别构建Hespintor治疗组、溶剂对照组瘤组织cDNA文库并进行转录物组测序,基于RNA-seq数据筛选差异表达lncRNA、mRNA基因集,继而进行功能富集及相互作用分析,再利用网络模块划分方法寻找Hespintor作用靶点基因并构建调控网络。结果筛选获得Hespintor治疗组高可信度的差异表达基因集lncRNA(DEGs lncRNA)2003个和mRNA(DEGs mRNA)1038个,DEGs lncRNA调控靶mRNA主要富集于PIP3激活Akt信号、p53信号通路、FOXO介导的转录和细胞周期等功能,DEGs mRNA主要富集于趋化因子信号通路、细胞外基质受体相互作用、补体和凝血级联等功能,两者关联性侧重体现在细胞行为、转录调控和细胞周期等三方面。结论PI3K/Akt信号通路可能在Hespintor抑制肿瘤效应中发挥主导作用,诱导细胞周期阻滞于G1/S期并引起细胞凋亡。 展开更多

关键词 Hespintor 晚期肝细胞癌 转录物组测序技术 长链非编码RNA 差异表达基因集

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转录调节因子DeoT对大肠埃希氏菌多重耐药性的影响 被引量：1

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作者 刘洪蕾 甄思慧 +3 位作者 王家伟 程如楠 岳亮 王真 《动物医学进展》 北大核心 2021年第12期38-43,共6页

为全面鉴定大肠埃希氏菌转录调控因子DeoT调控的靶基因,阐明DeoT在多重耐药中的作用,以1株临床分离的大肠埃希氏菌E8菌株为亲本菌株,利用Red重组系统构建了deoT基因缺失株。E8ΔdeoT基因缺失株对6种常用抗菌药物的最小抑菌浓度(MIC)均... 为全面鉴定大肠埃希氏菌转录调控因子DeoT调控的靶基因,阐明DeoT在多重耐药中的作用,以1株临床分离的大肠埃希氏菌E8菌株为亲本菌株,利用Red重组系统构建了deoT基因缺失株。E8ΔdeoT基因缺失株对6种常用抗菌药物的最小抑菌浓度(MIC)均低于亲本株E8。利用转录组测序技术分析了E8和deoT突变体的差异表达基因,结果显示E8ΔdeoT中118个基因出现差异表达,包括76个下调基因和42个上调基因。多数差异基因与细菌新陈代谢、ABC转运蛋白和转运蛋白/膜蛋白有关。其中由exbB编码的生物聚合物转运蛋白ExbB作为关键药物靶点,可能与E8ΔdeoT药物敏感性的增加相关。结果表明,DeoT直接或间接调控多个基因的表达,并在大肠埃希氏菌的多重耐药中起了重要作用。 展开更多

关键词 大肠埃希氏菌 转录调控因子DeoT 最小抑菌浓度 转录组测序技术 多重耐药性

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草黄口蘑多糖对S180荷瘤小鼠抗肿瘤活性分子机制研究

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作者 赵倪慧 蒋琳 +3 位作者 张丁 段江波 丁祥 侯怡铃 《食品与发酵工业》 CAS CSCD 北大核心 2024年第11期27-37,共11页

多糖作为口蘑属真菌的主要功能成分之一,具有免疫调节、抗氧化及抗肿瘤等活性。为明确草黄口蘑多糖的结构特征及其对S180荷瘤小鼠抗肿瘤活性相关分子机制,该研究以草黄口蘑子实体经热水浸提法提取的草黄口蘑多糖[Tricholoma lascivum (F... 多糖作为口蘑属真菌的主要功能成分之一,具有免疫调节、抗氧化及抗肿瘤等活性。为明确草黄口蘑多糖的结构特征及其对S180荷瘤小鼠抗肿瘤活性相关分子机制,该研究以草黄口蘑子实体经热水浸提法提取的草黄口蘑多糖[Tricholoma lascivum (Fr.)Gillet polysaccharide,TLG-1]为实验材料,初步解析TLG-1结构,以S180荷瘤小鼠为模型检测体内抗肿瘤活性,并采用转录组测序技术对S180肿瘤组织总RNA进行测序分析。结果表明,TLG-1重均分子质量为13 442 Da,由木糖、甘露糖、葡萄糖和半乳糖4种单糖组成,其比例为1.57∶1.45∶2.84∶4.14。TLG-1可显著抑制荷瘤小鼠S180肿瘤的生长(P<0.01),抑瘤率为53.8%。转录组测序分析显示,TLG-1能显著上调mt-Co1、Prlr、Foxa1以及下调Pitx2、Rplp1、Eef1a1及Lgals1等基因,影响S180肿瘤细胞的代谢途径,调控细胞周期并抑制上皮间质转化过程。基因本体富集分析表明,TLG-1可激活细胞因子介导的信号通路,引发细胞免疫。京都基因与基因组百科全书富集分析显示,在Jak-STAT信号通路中的Il21、Il12rb2、Il12b、Il2ra、Il2rb、Il2rg、Il15ra和Ifng等基因显著上调,通过转换肿瘤相关巨噬细胞表型及分泌干扰素-γ等,增强小鼠抗肿瘤免疫应答。该研究结果为草黄口蘑多糖的开发和利用提供了一定的理论基础。 展开更多

关键词 草黄口蘑多糖TLG-1 抗肿瘤 S180 转录组测序技术 JAK-STAT信号通路

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菠萝洁粉蚧响应杀扑磷基因差异表达分析 被引量：1

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作者 何衍彪 吴婧波 赵艳龙 《热带农业科学》 2020年第9期57-63,共7页

为了研究菠萝洁粉蚧对有机磷杀虫剂在分子水平上的应激反应,采用RNA-seq高通量测序的方法分别对清水处理和杀扑磷药液处理的菠萝洁粉蚧的转录组进行了测序,组装后获得52806个Unigenes,其中15890个Unigene在Nr、SwissProt、KOG和KO四个... 为了研究菠萝洁粉蚧对有机磷杀虫剂在分子水平上的应激反应,采用RNA-seq高通量测序的方法分别对清水处理和杀扑磷药液处理的菠萝洁粉蚧的转录组进行了测序,组装后获得52806个Unigenes,其中15890个Unigene在Nr、SwissProt、KOG和KO四个数据库中有注释。与清水处理的对照组相比,杀扑磷药液处理组中共发现8389个差异表达基因,其中表达量上调的有3068个,下调的有5321个。乙酰胆碱酯酶(AchE)、细胞色素P450酶系(P450s)、羧酸酯酶(CarEs)、谷胱甘肽S-转移酶(GSTs)等相关抗逆、解毒基因表达量以下调为主,这可能与以致死中浓度(LC50)杀扑磷药液浸泡30 s的处理方式有关,即杀扑磷对菠萝洁粉蚧处理剂量相对较高。参与分子功能的基因大多体现在结合和催化活性方面,在脂肪酸代谢、淀粉与蔗糖的代谢、溶酶体、甘油酯代谢、神经活性配体受体相互作用和类固醇生物合成等代谢通路显著富集。 展开更多

关键词 菠萝洁粉蚧 杀扑磷 转录组测序技术 差异表达基因

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基于RNA-seq分析酒酒球菌SD-2a酸胁迫应答机制 被引量：4

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作者 刘龙祥 彭帅 +3 位作者 赵红玉 袁林 李华 王华 《食品科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2022年第12期153-162,共10页

通过RNA-seq检测酒酒球菌SD-2a对短期酸胁迫(3 h)的反应,利用基因本体论和京都基因与基因组百科全书数据库分析不同处理间的转录组数据。此外,还测定了一些与应激反应相关的生理指标。在此基础上,绘制胁迫响应机理示意图。在酸性胁迫条... 通过RNA-seq检测酒酒球菌SD-2a对短期酸胁迫(3 h)的反应,利用基因本体论和京都基因与基因组百科全书数据库分析不同处理间的转录组数据。此外,还测定了一些与应激反应相关的生理指标。在此基础上,绘制胁迫响应机理示意图。在酸性胁迫条件下,菌株合成更多的ATP,将H^(+)泵出细胞,SD-2a的ATPase活性显著升高,适宜pH值可以维持适宜的酶反应环境进行生命活动。通过调节总不饱和脂肪酸和总环脂肪酸的含量,降低细胞膜的流动性。综上所述,胞内能量生产显著增加,一些有利于抗酸胁迫的耗能反应显著增加,而一些不相关的耗能反应受到抑制。此外,为了应对酸胁迫造成的损伤,DNA修复基因和伴侣蛋白基因的表达水平大大提高。本研究结果为酒酒球菌中与酸应激反应相关的调控网络提供了一定参考。 展开更多

关键词 酒酒球菌 转录组学 转录组测序技术 酸胁迫 苹果酸乳酸发酵

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观赏海棠‘火焰’果皮中可变剪接基因分析

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作者 段诗瑶 田佶 张杰 《北京农学院学报》 2021年第1期8-14,共7页

【目的】研究观赏海棠‘火焰’果皮中可变剪接基因。【方法】利用已有苹果属观赏海棠品种‘火焰’果皮转录组测序数据,分析可变剪接类型和数量,并对发生可变剪接的基因进行KEGG分析,研究观赏海棠可变剪接基因与其发育过程的关系。【结... 【目的】研究观赏海棠‘火焰’果皮中可变剪接基因。【方法】利用已有苹果属观赏海棠品种‘火焰’果皮转录组测序数据,分析可变剪接类型和数量,并对发生可变剪接的基因进行KEGG分析,研究观赏海棠可变剪接基因与其发育过程的关系。【结果】在观赏海棠果皮发育过程中,主要发生的可变剪接是第一个外显子可变剪接和最后一个外显子可变剪接两种类型。可变剪接在果皮发育前期发生较多,同时KEGG通路分析表明可变剪接主要发生在嘌呤代谢、氧化磷酸化、糖酵解/糖异生等通路过程中。【结论】可变剪接在观赏海棠果皮的整个发育过程中普遍存在。观赏海棠果皮发育过程中共有的可变剪接基因主要与磷酸化和糖代谢有关。 展开更多

关键词 苹果 可变剪接 转录组测序技术

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