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化学诱导后白木香转录组文库的构建与测序被引量：11: 1; 作者吴宏清王磊 +3 位作者陶美华高晓霞白玲章卫民《生物技术通报》 CAS CSCD 北大核心 2013年第8期63-67,共5页; 采用改良异硫氰酸胍-CTAB法对5年生白木香树干经化学诱导后1年的各部分组织进行总RNA提取,提取到的总RNA经富集mRNA、打断、构建测序用cDNA文库后用于转录组测序,测序质量较高,Q20高达97.45%,共获得54 685 634条Clean reads,总测序长度... 展开更多; 关键词白木香化学诱导转录组文库测序组装 Unigenes; 在线阅读下载PDF 职称材料

不同病原菌胁迫下青蛤血淋巴转录组中免疫相关基因的比较被引量：1: 2; 作者赵婷潘宝平《安徽农业科学》 CAS 2018年第27期84-87,共4页; 利用病原微生物革兰氏阳性藤黄微球菌(Micrococcus luteus)和革兰氏阴性鳗弧菌(Vibrio anguillarum)分别侵染活体青蛤,采用第二代测序Mi Seq技术测序,构建了青蛤血淋巴中应答2种病原物的转录组文库。根据KEGG等数据库注释信息对Unigene... 展开更多; 关键词青蛤转录组文库鳗弧菌藤黄微球菌免疫相关基因; 在线阅读下载PDF 职称材料

青蛤(Cyclina sinensis)IRAK-4基因的克隆及其组织间的表达分析被引量：6: 3; 作者杨莹高珊 +2 位作者潘宝平郑津辉高虹《安徽农业科学》 CAS 2015年第27期33-36,共4页; 利用转录组测序获得了青蛤(Cyclina sinensis)白介素-1受体相关激酶-4(Interleukin-1 receptor-associated kinase 4,IRAK-4)基因的序列信息,利用巢式及荧光定量PCR克隆并分析了Cs IRAK-4基因在青蛤各组织中的表达情况,进一步在鳗弧菌... 展开更多; 关键词青蛤转录组文库荧光定量PCR CsIRAK-4; 在线阅读下载PDF 职称材料

青蛤(Cyclina sinensis)TLR2基因的克隆与表达分析被引量：7: 4; 作者任毅鹏高晶 +2 位作者潘宝平高虹闫春财《海洋与湖沼》 CAS CSCD 北大核心 2014年第5期1037-1043,共7页; 利用转录组文库分析得到青蛤(Cyclina sinensis)的Toll样受体2(Toll-like receptor 2,TLR2)基因序列,采用荧光定量PCR法分析该基因的表达过程。结果显示,青蛤TLR2基因的cDNA开放阅读框为2082bp,编码693个氨基酸,具典型的LRRs、单次跨膜... 展开更多; 关键词青蛤转录组文库 TOLL样受体2 荧光定量PCR; 在线阅读下载PDF 职称材料

鳗弧菌(Vibrio anguillarum)侵染对青蛤(Cyclina sinensis)髓样分化因子88基因表达的影响被引量：3: 5; 作者高晶任毅鹏 +1 位作者潘宝平闫春财《海洋与湖沼》 CAS CSCD 北大核心 2015年第2期440-445,共6页; 经转录组测序后筛选并克隆得到青蛤(Cyclina sinensis)髓样分化因子88(myeloid differenttiation factor 88,My D88)的c DNA序列。在鳗弧菌(Vibrio anguillarum)胁迫下,采用荧光定量PCR法分析了My D88基因在青蛤体内的表达过程。结果显... 展开更多; 关键词青蛤鳗弧菌转录组文库 MYD88 荧光定量PCR; 在线阅读下载PDF 职称材料

NaHCO3胁迫下吉尔吉斯白桦MADS基因家族生物信息学及表达分析: 6; 作者刘伟莹张雨晴 +2 位作者王丹玉李佳妮杨成君《江苏农业科学》 2020年第10期85-93,共9页; 为了探索MADS基因家族的耐盐胁迫功能,从以吉尔吉斯白桦(Betula kirghisorum)23号为试验材料测得的转录组文库中筛选出28个吉尔吉斯白桦的MADS-box基因序列对其编码蛋白的基本理化性质、亚细胞定位、二级结构、跨膜结构和信号肽、基因... 展开更多; 关键词吉尔吉斯白桦 MADS基因家族 MADS-box转录因子转录组文库非分泌性蛋白生物信息学 NaHNO3胁迫基因表达; 在线阅读下载PDF 职称材料

题名化学诱导后白木香转录组文库的构建与测序被引量：11: 1; 作者吴宏清王磊陶美华高晓霞白玲章卫民; 机构广东省微生物研究所广东省菌种保藏与应用重点实验室广东省微生物应用新技术公共实验室广东省华南应用微生物重点实验室-省部共建国家重点实验室培育基地江西农业大学理学院广东药学院; 出处《生物技术通报》 CAS CSCD 北大核心 2013年第8期63-67,共5页; 基金国家自然科学基金项目(31100496,81102418,81203006) 广东省中国科学院全面战略合作项目(2011B090300078) 广东省科技计划项目(2012A030100014); 文摘采用改良异硫氰酸胍-CTAB法对5年生白木香树干经化学诱导后1年的各部分组织进行总RNA提取,提取到的总RNA经富集mRNA、打断、构建测序用cDNA文库后用于转录组测序,测序质量较高,Q20高达97.45%,共获得54 685 634条Clean reads,总测序长度达4 921 707 060 nt,经初步组装,获得190 109条Contigs序列,进一步组装,获得83 467条Unigenes序列,总长度为58 569 625 nt,平均长度为702 nt,N50值高达1 120,大于等于3 000 nt的Unigenes有1 691条,占总Unigenes的2.03%,组装质量较高,使白木香的转录组信息得到较好的保存,为进行白木香结香相关的表达谱分析奠定基础。; 关键词白木香化学诱导转录组文库测序组装 Unigenes; Keywords Aquilaria sinensis Chemical induction Transcriptome library Sequencing Assembly Unigenes; 分类号 S567.19 [农业科学—中草药栽培]; 在线阅读下载PDF 职称材料

题名不同病原菌胁迫下青蛤血淋巴转录组中免疫相关基因的比较被引量：1: 2; 作者赵婷潘宝平; 机构天津医学高等专科学校天津师范大学生命科学学院; 出处《安徽农业科学》 CAS 2018年第27期84-87,共4页; 基金天津市科委应用基础与前沿技术重点项目(12JCZDJC22800); 文摘利用病原微生物革兰氏阳性藤黄微球菌(Micrococcus luteus)和革兰氏阴性鳗弧菌(Vibrio anguillarum)分别侵染活体青蛤,采用第二代测序Mi Seq技术测序,构建了青蛤血淋巴中应答2种病原物的转录组文库。根据KEGG等数据库注释信息对Unigene进行生物学通路注释,预测出青蛤免疫信号通路的差异性表达基因及相关注释信息。结果发现,共注释并筛选出2 605个差异表达基因,其中893个基因注释到15个免疫相关的通路中。该研究可为探索青蛤的免疫识别方式和信号传导路径提供依据。; 关键词青蛤转录组文库鳗弧菌藤黄微球菌免疫相关基因; Keywords Cyclina sinensis Transcriptome library Vibrio anguillarum Micrococcus luteus Immune-related genes; 分类号 S917.4 [农业科学—水产科学]; 在线阅读下载PDF 职称材料

题名青蛤(Cyclina sinensis)IRAK-4基因的克隆及其组织间的表达分析被引量：6: 3; 作者杨莹高珊潘宝平郑津辉高虹; 机构天津师范大学生命科学学院天津市动植物抗性重点实验室; 出处《安徽农业科学》 CAS 2015年第27期33-36,共4页; 基金天津市科委应用基础与前沿技术重点项目(12JCZDJC22800 14JCZDJC34200); 文摘利用转录组测序获得了青蛤(Cyclina sinensis)白介素-1受体相关激酶-4(Interleukin-1 receptor-associated kinase 4,IRAK-4)基因的序列信息,利用巢式及荧光定量PCR克隆并分析了Cs IRAK-4基因在青蛤各组织中的表达情况,进一步在鳗弧菌的胁迫下检测了Cs IRAK-4基因在青蛤血淋巴中的时序表达情况。结果显示,Cs IRAK-4基因的序列全长共2 687 bp,其开放阅读框长1 926 bp,共编码641个氨基酸,Cs IRAK-4基因在青蛤的血淋巴、肝脏、外套膜、闭壳肌、性腺和鳃中均表达,其中在血淋巴中表达量最高,肝脏中表达量最低。青蛤在鳗弧菌胁迫下该基因的表达量在3 h即达到最大值,与对照组差异极显著(P<0.01),证明该基因所表达的产物是青蛤重要的免疫信号通路蛋白。; 关键词青蛤转录组文库荧光定量PCR CsIRAK-4; Keywords Cyclina sinensis Transeriptome library Real-time quantitative PCR CslRAK-4; 分类号 S917 [农业科学—水产科学]; 在线阅读下载PDF 职称材料

题名青蛤(Cyclina sinensis)TLR2基因的克隆与表达分析被引量：7: 4; 作者任毅鹏高晶潘宝平高虹闫春财; 机构天津师范大学生命科学学院天津市动植物抗性重点实验室; 出处《海洋与湖沼》 CAS CSCD 北大核心 2014年第5期1037-1043,共7页; 基金天津市科委应用基础与前沿技术重点项目资助 12JCZDJC22800号 09JCZDJC19300号; 文摘利用转录组文库分析得到青蛤(Cyclina sinensis)的Toll样受体2(Toll-like receptor 2,TLR2)基因序列,采用荧光定量PCR法分析该基因的表达过程。结果显示,青蛤TLR2基因的cDNA开放阅读框为2082bp,编码693个氨基酸,具典型的LRRs、单次跨膜区和TIR结构域。该基因在血淋巴中的表达量最高,与肝脏、鳃、外套膜、闭壳肌和性腺有显著性差异(P<0.05)。在鳗弧菌和Poly I:C刺激下,青蛤血淋巴中TLR2基因3h开始升高,48h达到最大值,与对照组和空白组有极显著性差异(P<0.01);藤黄微球菌刺激下,血淋巴中CsTLR2基因3h开始升高,48h亦达到最大值,实验组与对照组有显著性差异(P<0.05)。; 关键词青蛤转录组文库 TOLL样受体2 荧光定量PCR; Keywords Cyclina sinensis transcriptome library Toll-like receptor 2 real-time PCR; 分类号 Q789 [生物学—分子生物学]; 在线阅读下载PDF 职称材料

题名鳗弧菌(Vibrio anguillarum)侵染对青蛤(Cyclina sinensis)髓样分化因子88基因表达的影响被引量：3: 5; 作者高晶任毅鹏潘宝平闫春财; 机构天津师范大学生命科学学院天津市动植物抗性重点实验室; 出处《海洋与湖沼》 CAS CSCD 北大核心 2015年第2期440-445,共6页; 基金天津市科委应用基础与前沿技术重点项目资助 12JCZDJC22800号; 文摘经转录组测序后筛选并克隆得到青蛤(Cyclina sinensis)髓样分化因子88(myeloid differenttiation factor 88,My D88)的c DNA序列。在鳗弧菌(Vibrio anguillarum)胁迫下,采用荧光定量PCR法分析了My D88基因在青蛤体内的表达过程。结果显示,青蛤My D88基因的开放阅读框为1521bp,编码506个氨基酸,分子量约为57.14k Da,氨基酸N段存在DEATH结构域,C段存在TIR结构域(Toll/Interleukin-1 receptor domain)。My D88基因在青蛤血淋巴、肝脏、外套膜、鳃和闭壳肌等组织中普遍表达,但在血淋巴中表达量最高,与其它组织出现显著性差异(P<0.05)。通过检测鳗弧菌刺激下My D88基因在青蛤血淋巴中的表达值,发现My D88基因在24h开始升高,48h达到最大值,约为对照组的10倍,实验组与对照组及空白组均出现了极显著性差异(P<0.01);研究结果表明,该基因在软体动物的免疫应答反应中对革兰氏阴性菌有识别作用。; 关键词青蛤鳗弧菌转录组文库 MYD88 荧光定量PCR; Keywords Cyclina sinensis Vibrio anguillarum transcriptome library myeloid differentiation factor 88 real-time PCR; 分类号 S944.4 [农业科学—水产养殖]; 在线阅读下载PDF 职称材料

题名NaHCO3胁迫下吉尔吉斯白桦MADS基因家族生物信息学及表达分析: 6; 作者刘伟莹张雨晴王丹玉李佳妮杨成君; 机构东北林业大学林学院; 出处《江苏农业科学》 2020年第10期85-93,共9页; 基金东北林业大学大学生创新训练项目(编号:201810225478)。; 文摘为了探索MADS基因家族的耐盐胁迫功能,从以吉尔吉斯白桦(Betula kirghisorum)23号为试验材料测得的转录组文库中筛选出28个吉尔吉斯白桦的MADS-box基因序列对其编码蛋白的基本理化性质、亚细胞定位、二级结构、跨膜结构和信号肽、基因结构、保守基序、蛋白系统进化等方面进行初步生物信息学分析,并在NaHCO3胁迫下对其表达情况进行分析。结果显示,除蛋白BkMADS1和BkMADS20外,其余均为亲水性蛋白;在28个吉尔吉斯白桦MADS蛋白中有19个定位在细胞核中;蛋白BkMADS7和BkMADS12的二级结构组成以无规则卷曲为主,其余蛋白则以α-螺旋为主;所有蛋白均没有信号肽,即全为非分泌性蛋白。此外,进化分析结果表明,MADS盒为MADS-box转录因子高度保守的结构域,大多数吉尔吉斯白桦MADS蛋白为Ⅱ型。在0.6%NaHCO3胁迫下,15个BkMADS基因上调表达,13个BkMADS个基因下调表达。; 关键词吉尔吉斯白桦 MADS基因家族 MADS-box转录因子转录组文库非分泌性蛋白生物信息学 NaHNO3胁迫基因表达; 分类号 Q943.2 [生物学—植物学] R857.3 [医药卫生—航空、航天与航海医学]; 在线阅读下载PDF 职称材料

	题名	作者	出处	发文年	被引量	操作
1	化学诱导后白木香转录组文库的构建与测序	吴宏清王磊陶美华高晓霞白玲章卫民	《生物技术通报》 CAS CSCD 北大核心	2013	11	在线阅读下载PDF 职称材料
2	不同病原菌胁迫下青蛤血淋巴转录组中免疫相关基因的比较	赵婷潘宝平	《安徽农业科学》 CAS	2018	1	在线阅读下载PDF 职称材料
3	青蛤(Cyclina sinensis)IRAK-4基因的克隆及其组织间的表达分析	杨莹高珊潘宝平郑津辉高虹	《安徽农业科学》 CAS	2015	6	在线阅读下载PDF 职称材料
4	青蛤(Cyclina sinensis)TLR2基因的克隆与表达分析	任毅鹏高晶潘宝平高虹闫春财	《海洋与湖沼》 CAS CSCD 北大核心	2014	7	在线阅读下载PDF 职称材料
5	鳗弧菌(Vibrio anguillarum)侵染对青蛤(Cyclina sinensis)髓样分化因子88基因表达的影响	高晶任毅鹏潘宝平闫春财	《海洋与湖沼》 CAS CSCD 北大核心	2015	3	在线阅读下载PDF 职称材料
6	NaHCO3胁迫下吉尔吉斯白桦MADS基因家族生物信息学及表达分析	刘伟莹张雨晴王丹玉李佳妮杨成君	《江苏农业科学》	2020	0	在线阅读下载PDF 职称材料