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甜菜M14品系盐胁迫转录组数据库的转录因子分析
被引量：
8
1
作者
端木慧子
陶鑫
+3 位作者
王建慧
韦恒
李海英
马春泉
《黑龙江大学工程学报》
2017年第4期48-54,共7页
土壤盐渍化是影响我国农业生产的重要因素之一。甜菜M14品系具有耐盐、抗旱等优良特性,是挖掘抗逆基因的良好材料。对课题组前期构建的甜菜M14品系盐胁迫下转录组数据库进行系统的分析,基于文献、植物转录因子数据库等信息对其中的转录...
土壤盐渍化是影响我国农业生产的重要因素之一。甜菜M14品系具有耐盐、抗旱等优良特性,是挖掘抗逆基因的良好材料。对课题组前期构建的甜菜M14品系盐胁迫下转录组数据库进行系统的分析,基于文献、植物转录因子数据库等信息对其中的转录因子进行筛选与鉴定,从而获得非生物胁迫应答相关的转录因子。进一步对筛选出的转录因子WRKY家族进行进化分析并构建其蛋白互作网络,采用实时荧光定量PCR技术进行盐胁迫下WRKY家族基因表达量的测定,分析WRKY家族转录因子盐胁迫的表达模式。结果证实,甜菜M14品系WRKY家族转录因子参与盐胁迫应答。该研究将为甜菜盐胁迫响应研究提供理论基础,为甜菜中转录因子研究提供数据支持,并为WRKY家族转录因子功能的进一步研究奠定基础。
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关键词
甜菜M14品系
转录组数据库
转录
因子
WRKY家族
实时荧光定量PCR
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职称材料
基于转录组数据库的高羊茅HD-Zip Ⅰ转录因子的鉴定及表达模式解析
被引量：
4
2
作者
庄黎丽
王剑
杨志民
《草业学报》
CSCD
北大核心
2018年第3期67-77,共11页
高等植物特有的同源异型-亮氨酸拉链蛋白(HD-Zip)家族转录因子在调控植物发育与逆境响应中起着重要作用。以生产中广泛应用的冷季型草高羊茅为研究材料,利用其目前已有的转录组序列,在Bioedit软件构建本地数据库。以水稻14个HD-ZIP Ⅰ...
高等植物特有的同源异型-亮氨酸拉链蛋白(HD-Zip)家族转录因子在调控植物发育与逆境响应中起着重要作用。以生产中广泛应用的冷季型草高羊茅为研究材料,利用其目前已有的转录组序列,在Bioedit软件构建本地数据库。以水稻14个HD-ZIP Ⅰ蛋白序列作为搜索请求,搜索本地数据库获得高羊茅中对应序列。结合序列分析及PCR克隆技术得到高羊茅13个HD-Zip Ⅰ类成员的全长序列。系统进化树及MEME结构域分析发现,高羊茅13个HD-Zip Ⅰ成员与水稻HD-Zip Ⅰ家族成员进化关系接近,蛋白结构域的数目及排布方式也基本一致。采用荧光定量PCR技术分析短期及长期聚乙二醇6000模拟的干旱处理下11个FaHD-Zip Ⅰ基因在高羊茅根颈中的mRNA相对表达水平。结果表明,短期干旱胁迫下,除FaHOX4和FaHOX6外,其余基因相对表达水平均发生一定程度的上调或者下调,且FaHOX22的响应程度最大;长期干旱胁迫下,所有基因的表达水平均在7或者14 d上调,FaHOX22在14 d时的表达水平比对照上调76.3倍。为基因组序列缺乏的非模式植物快速有效地进行基于转录组数据库的基因家族克隆及其功能研究提供了一种很好的方法。
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关键词
高羊茅
Ⅰ类同源异型一亮氨酸拉链蛋白
转录组数据库
干旱胁迫
实时荧光定量聚合酶链式反应
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职称材料
题名
甜菜M14品系盐胁迫转录组数据库的转录因子分析
被引量：
8
1
作者
端木慧子
陶鑫
王建慧
韦恒
李海英
马春泉
机构
黑龙江大学生命科学学院
黑龙江大学黑龙江省普通高等学校分子生物学重点实验室
出处
《黑龙江大学工程学报》
2017年第4期48-54,共7页
基金
黑龙江省高校基本科研业务费黑龙江大学专项资金项目(HDJCCX-201609)
国家自然科学基金资助项目(31401441
+3 种基金
31471552
31501359
31671751)
黑龙江省自然科学基金资助项目(C2015026)
文摘
土壤盐渍化是影响我国农业生产的重要因素之一。甜菜M14品系具有耐盐、抗旱等优良特性,是挖掘抗逆基因的良好材料。对课题组前期构建的甜菜M14品系盐胁迫下转录组数据库进行系统的分析,基于文献、植物转录因子数据库等信息对其中的转录因子进行筛选与鉴定,从而获得非生物胁迫应答相关的转录因子。进一步对筛选出的转录因子WRKY家族进行进化分析并构建其蛋白互作网络,采用实时荧光定量PCR技术进行盐胁迫下WRKY家族基因表达量的测定,分析WRKY家族转录因子盐胁迫的表达模式。结果证实,甜菜M14品系WRKY家族转录因子参与盐胁迫应答。该研究将为甜菜盐胁迫响应研究提供理论基础,为甜菜中转录因子研究提供数据支持,并为WRKY家族转录因子功能的进一步研究奠定基础。
关键词
甜菜M14品系
转录组数据库
转录
因子
WRKY家族
实时荧光定量PCR
Keywords
Beta vulgaris M14 line
transcriptome database
transcription factors
WRKY family
quantitative real-time PCR
分类号
Q943.2 [生物学—植物学]
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职称材料
题名
基于转录组数据库的高羊茅HD-Zip Ⅰ转录因子的鉴定及表达模式解析
被引量：
4
2
作者
庄黎丽
王剑
杨志民
机构
南京农业大学草业学院
出处
《草业学报》
CSCD
北大核心
2018年第3期67-77,共11页
基金
国家自然科学基金面上项目"Fa MAX2介导干旱抑制苇状羊茅分蘖发育的分子机制"(31672480)
国家自然科学基金青年基金"干旱胁迫下高羊茅分蘖发育调控的分子机理研究"(31401912)资助
中央高校基本科研业务费青年项目"干旱胁迫下高羊茅分蘖发育调控的分子机理研究"(Y0201500057)
文摘
高等植物特有的同源异型-亮氨酸拉链蛋白(HD-Zip)家族转录因子在调控植物发育与逆境响应中起着重要作用。以生产中广泛应用的冷季型草高羊茅为研究材料,利用其目前已有的转录组序列,在Bioedit软件构建本地数据库。以水稻14个HD-ZIP Ⅰ蛋白序列作为搜索请求,搜索本地数据库获得高羊茅中对应序列。结合序列分析及PCR克隆技术得到高羊茅13个HD-Zip Ⅰ类成员的全长序列。系统进化树及MEME结构域分析发现,高羊茅13个HD-Zip Ⅰ成员与水稻HD-Zip Ⅰ家族成员进化关系接近,蛋白结构域的数目及排布方式也基本一致。采用荧光定量PCR技术分析短期及长期聚乙二醇6000模拟的干旱处理下11个FaHD-Zip Ⅰ基因在高羊茅根颈中的mRNA相对表达水平。结果表明,短期干旱胁迫下,除FaHOX4和FaHOX6外,其余基因相对表达水平均发生一定程度的上调或者下调,且FaHOX22的响应程度最大;长期干旱胁迫下,所有基因的表达水平均在7或者14 d上调,FaHOX22在14 d时的表达水平比对照上调76.3倍。为基因组序列缺乏的非模式植物快速有效地进行基于转录组数据库的基因家族克隆及其功能研究提供了一种很好的方法。
关键词
高羊茅
Ⅰ类同源异型一亮氨酸拉链蛋白
转录组数据库
干旱胁迫
实时荧光定量聚合酶链式反应
Keywords
tall fescue
class Ⅰhomeodomain-leucine zipper
transcriptome database
drought stress
real-time
分类号
S688.4 [农业科学—观赏园艺]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
甜菜M14品系盐胁迫转录组数据库的转录因子分析
端木慧子
陶鑫
王建慧
韦恒
李海英
马春泉
《黑龙江大学工程学报》
2017
8
在线阅读
下载PDF
职称材料
2
基于转录组数据库的高羊茅HD-Zip Ⅰ转录因子的鉴定及表达模式解析
庄黎丽
王剑
杨志民
《草业学报》
CSCD
北大核心
2018
4
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职称材料
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