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盐敏感型与耐盐型高粱对盐胁迫反应的转录组差异分析
被引量：
1
1
作者
范娜
彭之东
白文斌
《植物营养与肥料学报》
CAS
CSCD
北大核心
2022年第11期2130-2142,共13页
【目的】研究高粱盐胁迫的生理学差异及其分子机制,发掘高粱在盐胁迫过程中的关键调控基因,筛选高粱耐盐和盐敏感材料,探讨高粱耐盐胁迫的机制。【方法】本试验以耐盐材料“67B”及盐敏感材料“3560R”为研究对象,加入150 mmol/L NaCl...
【目的】研究高粱盐胁迫的生理学差异及其分子机制,发掘高粱在盐胁迫过程中的关键调控基因,筛选高粱耐盐和盐敏感材料,探讨高粱耐盐胁迫的机制。【方法】本试验以耐盐材料“67B”及盐敏感材料“3560R”为研究对象,加入150 mmol/L NaCl溶液进行盐胁迫,测定叶片生长指标、进行转录组测序和生物信息学分析。【结果】盐分胁迫下,耐盐材料生长速率快,表现出较强的耐盐性,耐盐材料可以提高Na^(+)的选择吸收及其在植株体内的积累与分配。盐胁迫下耐盐材料可以维持较高的过氧化氢酶活性,受到盐胁迫后该酶活性升高幅度相对较大,进而保持了较强的过氧化氢清除能力,能够及时清除过量积累的活性氧。盐胁迫下两个品系共有5040个差异表达基因。盐敏感材料和耐盐材料对盐胁迫的响应途径是相同的,两者差异表达基因在KEGG各pathway中的分布趋势差别很大,排名前五的基因数条目有3条相同,分别为苯丙烷类合成、植物激素信号转导和碳代谢通路,盐敏感材料中另外两条不同的条目为淀粉与蔗糖代谢及氨基酸生物合成通路,与基础代谢有关,盐敏感材料中差异基因主要集中在基础代谢和次生物质合成途径,是造成两个材料耐盐性差异的重要原因。【结论】高粱的耐盐机制调控是一个复杂的过程,是由不同通路一系列基因表达共同作用的结果,依赖于多个基因在复杂网络中的平衡表达。
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关键词
高粱
盐胁迫
转录组差异
分析
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职称材料
伪狂犬病病毒感染猪脾淋巴细胞的转录组学分析
2
作者
陈家骥
赵怡
+1 位作者
周家芳
胡庭俊
《动物医学进展》
北大核心
2024年第6期26-33,共8页
旨在探究伪狂犬病病毒(PRV)体外感染猪脾淋巴细胞基因组转录水平的变化,通过检测PRV感染猪脾淋巴细胞组蛋白乙酰化酶(HATs)、组蛋白去乙酰化酶(HDACs)的基因表达水平,筛选感染关键时间点进行PRV感染细胞的高通量测序,分析PRV感染后基因...
旨在探究伪狂犬病病毒(PRV)体外感染猪脾淋巴细胞基因组转录水平的变化,通过检测PRV感染猪脾淋巴细胞组蛋白乙酰化酶(HATs)、组蛋白去乙酰化酶(HDACs)的基因表达水平,筛选感染关键时间点进行PRV感染细胞的高通量测序,分析PRV感染后基因表达层面的变化。结果表明,PRV感染后共筛选出2293个差异基因(DEGs),其中有726个基因表达上调,1567个基因表达下调。GO富集分析显示DEGs广泛分布于细胞膜、细胞核和细胞质中,参与调节细胞膜受体活性、信号转导和免疫等生物学进程。KEGG分析发现差异基因主要富集到免疫相关信号通路,如Toll样受体信号通路、NOD样受体信号通路等,提示PRV致病机制可能与炎症反应和细胞凋亡有关,研究结果可为进一步了解PRV感染猪免疫系统的分子机制提供重要参考。
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关键词
伪狂犬病毒
乙酰化
去乙酰化
差异
转录
组
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职称材料
滇杨侧芽萌动时表达基因多样性的cDNA-AFLP分析
3
作者
李里
江涛
+4 位作者
吴海
周安佩
王滨蔚
刘东玉
何承忠
《中南林业科技大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2013年第9期32-37,共6页
为探讨滇杨分枝特性差异的分子机理,以采集于四川省和云南省的59个滇杨优树无性系3a苗木为研究对象,采用cDNA-AFLP技术,分析苗木侧芽萌动时表达基因的多样性。研究结果显示,筛选出的7对引物组合共扩增出了577条带,其中差异性条带数为318...
为探讨滇杨分枝特性差异的分子机理,以采集于四川省和云南省的59个滇杨优树无性系3a苗木为研究对象,采用cDNA-AFLP技术,分析苗木侧芽萌动时表达基因的多样性。研究结果显示,筛选出的7对引物组合共扩增出了577条带,其中差异性条带数为318条,差异性条带比率为55.11%,Nei’s基因多样性指数为0.097 8,Shannon信息指数为0.172 1,基因分化系数为0.016 7,居群间的基因流为29.42,表明居群间的遗传分化程度较低。AMOVA分析显示,居群间的差异占2.13%,居群内差异占97.87%,且居群间和居群内均差异极显著。表明滇杨侧芽萌动时基因表达较复杂,使进一步开展分枝相关基因的研究工作难度较大。聚类分析结果显示,在亚分枝单元或最小分枝单元,无性系能够以分枝性状相聚,说明应用cDNA-AFLP技术进行滇杨分枝性状相关基因的定位、分离及鉴定是可行的。
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关键词
滇杨侧芽
萌动期
表达基因的多样性
转录组差异
cDNA—AFLP分析
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职称材料
题名
盐敏感型与耐盐型高粱对盐胁迫反应的转录组差异分析
被引量：
1
1
作者
范娜
彭之东
白文斌
机构
山西农业大学高粱研究所/高粱遗传与种质创新山西省重点实验室
出处
《植物营养与肥料学报》
CAS
CSCD
北大核心
2022年第11期2130-2142,共13页
基金
山西省农业科学院科技创新研究课题优秀青年基金项目(YCX2020YQ43,YCX2020YQ18)
山西省专利转化专项计划项目(202202061-1)
“科技助力经济2020”重点专项(SQ2020YFF0419231)。
文摘
【目的】研究高粱盐胁迫的生理学差异及其分子机制,发掘高粱在盐胁迫过程中的关键调控基因,筛选高粱耐盐和盐敏感材料,探讨高粱耐盐胁迫的机制。【方法】本试验以耐盐材料“67B”及盐敏感材料“3560R”为研究对象,加入150 mmol/L NaCl溶液进行盐胁迫,测定叶片生长指标、进行转录组测序和生物信息学分析。【结果】盐分胁迫下,耐盐材料生长速率快,表现出较强的耐盐性,耐盐材料可以提高Na^(+)的选择吸收及其在植株体内的积累与分配。盐胁迫下耐盐材料可以维持较高的过氧化氢酶活性,受到盐胁迫后该酶活性升高幅度相对较大,进而保持了较强的过氧化氢清除能力,能够及时清除过量积累的活性氧。盐胁迫下两个品系共有5040个差异表达基因。盐敏感材料和耐盐材料对盐胁迫的响应途径是相同的,两者差异表达基因在KEGG各pathway中的分布趋势差别很大,排名前五的基因数条目有3条相同,分别为苯丙烷类合成、植物激素信号转导和碳代谢通路,盐敏感材料中另外两条不同的条目为淀粉与蔗糖代谢及氨基酸生物合成通路,与基础代谢有关,盐敏感材料中差异基因主要集中在基础代谢和次生物质合成途径,是造成两个材料耐盐性差异的重要原因。【结论】高粱的耐盐机制调控是一个复杂的过程,是由不同通路一系列基因表达共同作用的结果,依赖于多个基因在复杂网络中的平衡表达。
关键词
高粱
盐胁迫
转录组差异
分析
Keywords
sorghum
salt stress
analysis of transcriptome differences
分类号
S514 [农业科学—作物学]
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职称材料
题名
伪狂犬病病毒感染猪脾淋巴细胞的转录组学分析
2
作者
陈家骥
赵怡
周家芳
胡庭俊
机构
广西大学动物科学技术学院
广西壮族自治区兽用生物制品工程研究中心
广西畜禽繁育与疾病防控重点实验室
出处
《动物医学进展》
北大核心
2024年第6期26-33,共8页
基金
国家自然科学基金项目(32072907,31960715,32360894)。
文摘
旨在探究伪狂犬病病毒(PRV)体外感染猪脾淋巴细胞基因组转录水平的变化,通过检测PRV感染猪脾淋巴细胞组蛋白乙酰化酶(HATs)、组蛋白去乙酰化酶(HDACs)的基因表达水平,筛选感染关键时间点进行PRV感染细胞的高通量测序,分析PRV感染后基因表达层面的变化。结果表明,PRV感染后共筛选出2293个差异基因(DEGs),其中有726个基因表达上调,1567个基因表达下调。GO富集分析显示DEGs广泛分布于细胞膜、细胞核和细胞质中,参与调节细胞膜受体活性、信号转导和免疫等生物学进程。KEGG分析发现差异基因主要富集到免疫相关信号通路,如Toll样受体信号通路、NOD样受体信号通路等,提示PRV致病机制可能与炎症反应和细胞凋亡有关,研究结果可为进一步了解PRV感染猪免疫系统的分子机制提供重要参考。
关键词
伪狂犬病毒
乙酰化
去乙酰化
差异
转录
组
Keywords
Pseudorabies virus
acetylation
deacetylation
differentially expressed transcriptome
分类号
S852.659.1 [农业科学—基础兽医学]
Q789 [生物学—分子生物学]
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职称材料
题名
滇杨侧芽萌动时表达基因多样性的cDNA-AFLP分析
3
作者
李里
江涛
吴海
周安佩
王滨蔚
刘东玉
何承忠
机构
西南林业大学西南山地森林资源保育与利用省部共建教育部重点实验室
西南林业大学西南地区生物多样性保育国家林业局重点实验室
出处
《中南林业科技大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2013年第9期32-37,共6页
基金
国家自然科学基金项目(30960320)
国家林业公益性行业专项基金项目(201104076)
云南省中青年学术与技术带头人后备人才培养基金项目(2012HB021)
文摘
为探讨滇杨分枝特性差异的分子机理,以采集于四川省和云南省的59个滇杨优树无性系3a苗木为研究对象,采用cDNA-AFLP技术,分析苗木侧芽萌动时表达基因的多样性。研究结果显示,筛选出的7对引物组合共扩增出了577条带,其中差异性条带数为318条,差异性条带比率为55.11%,Nei’s基因多样性指数为0.097 8,Shannon信息指数为0.172 1,基因分化系数为0.016 7,居群间的基因流为29.42,表明居群间的遗传分化程度较低。AMOVA分析显示,居群间的差异占2.13%,居群内差异占97.87%,且居群间和居群内均差异极显著。表明滇杨侧芽萌动时基因表达较复杂,使进一步开展分枝相关基因的研究工作难度较大。聚类分析结果显示,在亚分枝单元或最小分枝单元,无性系能够以分枝性状相聚,说明应用cDNA-AFLP技术进行滇杨分枝性状相关基因的定位、分离及鉴定是可行的。
关键词
滇杨侧芽
萌动期
表达基因的多样性
转录组差异
cDNA—AFLP分析
Keywords
lateral buds ofPopulus yunnanensis
sprouting stage
diversity of expressing genes
transcription differences
cDNA-AFLP
分类号
S792.11 [农业科学—林木遗传育种]
S718.46 [农业科学—林学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
盐敏感型与耐盐型高粱对盐胁迫反应的转录组差异分析
范娜
彭之东
白文斌
《植物营养与肥料学报》
CAS
CSCD
北大核心
2022
1
在线阅读
下载PDF
职称材料
2
伪狂犬病病毒感染猪脾淋巴细胞的转录组学分析
陈家骥
赵怡
周家芳
胡庭俊
《动物医学进展》
北大核心
2024
0
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下载PDF
职称材料
3
滇杨侧芽萌动时表达基因多样性的cDNA-AFLP分析
李里
江涛
吴海
周安佩
王滨蔚
刘东玉
何承忠
《中南林业科技大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2013
0
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职称材料
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