期刊文献+
共找到7篇文章
< 1 >
每页显示 20 50 100
转录物组学研究揭示miR⁃3910促进神经母细胞瘤进展
1
作者 李佳佳 贾艳梅 +3 位作者 刘玉玲 刘菲 王惠茹 陈利荣 《中国生物化学与分子生物学报》 北大核心 2025年第7期1019-1030,共12页
神经母细胞瘤(neuroblastoma,NB)作为儿童最常见的颅外实体肿瘤,其高度恶性特征和不良预后亟待深入研究。近年来,微小RNA(miRNA)作为重要的转录后调控分子,在肿瘤发生发展中发挥关键作用。基于上述背景,本研究将重点关注miR-3910,探讨其... 神经母细胞瘤(neuroblastoma,NB)作为儿童最常见的颅外实体肿瘤,其高度恶性特征和不良预后亟待深入研究。近年来,微小RNA(miRNA)作为重要的转录后调控分子,在肿瘤发生发展中发挥关键作用。基于上述背景,本研究将重点关注miR-3910,探讨其在NB细胞系SH-SY5Y中的生物学功能以及其分子调控机制。通过生物信息学分析和转录物组测序技术,我们发现了miR-3910的潜在关键靶分子,从而为NB的精准诊断和有效治疗提供基因靶点。在本研究中,运用qRT-PCR检测转染mimic nc与miR-3910 mimic后的SH-SY5Y细胞中miR-3910表达水平,与nc组相比,mimic组的SH-SY5Y细胞中miR-3910表达显著上调(P<0.01);采用CCK-8法和细胞划痕试验定量分析miR-3910对细胞增殖与迁移能力的影响,细胞增殖能力在48 h显著提高(P<0.05),迁移能力在48 h明显增强(P<0.01);借助流式细胞术测定miR-3910对细胞周期进程的作用,细胞周期进展加速,G_(0)/G_(1)期细胞百分数减少(P<0.01),S期细胞显著增加(P<0.05)。综合生物信息学分析及高通量转录物组测序技术预测miR-3910过表达后SH-SY5Y细胞中的关键分子变化。经转录物组测序及生物信息学分析,筛选出EIF3CL(EIF3C)、RNF103-CHMP 3(VPS24)、SULT1A 4(SULT1A4)、CORO7-PAM 16(CORO7)、H4C 12(Histone H4)、TBC1D 3(TBC1D3A/B/C)等6个(别名来自GeneCards数据库)与NB相关基因,且qRT-PCR和Western印迹验证结果与测序结果一致(P<0.01)。综上所述,miR-3910过表达显著促进SH-SY5Y细胞的增殖、迁移及周期进展,并揭示了一系列潜在的靶向关键分子,为深入理解NB发病机制提供了新视角,为NB的分子靶向治疗提供理论依据和潜在干预靶点。 展开更多
关键词 神经母细胞瘤 微RNA-3910 SH-SY5Y 转录物组测序 信息学分析
在线阅读 下载PDF
低叶酸和维甲酸诱导神经管畸形小鼠模型胎脑的转录物组学分析 被引量:1
2
作者 曹志华 谷小龙 +3 位作者 解琪 李建婷 方爱莉 刘志贞 《中国生物化学与分子生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第5期638-646,共9页
神经管畸形(neural tube defects,NTDs)是一类中枢神经系统相关的重大出生缺陷型疾病。随着孕龄期妇女叶酸增补政策的推广,其发病率逐年下降致临床标本不易获取,因此,建立可靠的动物模型来研究NTDs的致病机制尤为重要。本研究分别通过... 神经管畸形(neural tube defects,NTDs)是一类中枢神经系统相关的重大出生缺陷型疾病。随着孕龄期妇女叶酸增补政策的推广,其发病率逐年下降致临床标本不易获取,因此,建立可靠的动物模型来研究NTDs的致病机制尤为重要。本研究分别通过低叶酸联合甲氨蝶呤(methotrexate,MTX)建立的诱导NTDs小鼠模型和维甲酸(retinoic acid,RA)诱导建立的NTDs小鼠模型,对NTDs胎鼠脑组织进行转录物组测序(transcriptome sequencing,RNA-seq)并分析差异表达谱,最后,通过实时荧光定量PCR(real-time quantitative polymerase chain reaction,RT-qPCR)进行结果验证。结果显示,低叶酸联合MTX诱导的胎鼠NTDs发生率为21.7%;RA诱导的胎鼠出现了强烈的致畸现象,畸形率为73.2%。相比正常胎鼠,低叶酸联合MTX诱导的NTDs小鼠组筛选出1443个差异表达基因(differentially expression genes,DEGs);RA诱导NTDs小鼠组筛选出3070个DEGs。对DEGs进行生物信息学分析,GO富集显示,上调基因主要参与前后轴发育、区域化和模式分化过程等生物学过程;KEGG富集显示,上调基因与心肌收缩、心肌病、神经活性配体-受体相互作用等信号通路相关。对2种模型鼠的DEGs进行Veen交集分析,结果显示,共有132个DEGs在2组模型中显著上调,其中包括Hox基因家族。通过RT-qPCR进行验证,发现与RNA-seq的结果一致。本研究对2种NTDs小鼠胎脑进行RNA-seq和差异表达谱分析,发现Hox的异常表达可能导致了NTDs的发生,为后续发病机制的研究提供了探索与思考。 展开更多
关键词 神经管畸形 转录物组测序 叶酸 维甲酸 同源盒基因
在线阅读 下载PDF
基于整合转录组学分析丝氨酸蛋白酶抑制剂Hespintor抑制肝癌裸鼠移植瘤生长的潜在机制 被引量:3
3
作者 伦永志 孙杰 +3 位作者 魏玲 刘奔 董雯 潘凌鸿 《西安交通大学学报(医学版)》 CAS CSCD 北大核心 2022年第2期202-212,共11页
目的利用转录物组测序技术探寻差异表达长链非编码RNA(Long non-coding RNA,lncRNA)、mRNA与Hespintor抗肿瘤潜在机制的关联性。方法首先建立人肝癌裸鼠移植瘤模型,分组给药4周后取瘤体,分别构建Hespintor治疗组、溶剂对照组瘤组织cDNA... 目的利用转录物组测序技术探寻差异表达长链非编码RNA(Long non-coding RNA,lncRNA)、mRNA与Hespintor抗肿瘤潜在机制的关联性。方法首先建立人肝癌裸鼠移植瘤模型,分组给药4周后取瘤体,分别构建Hespintor治疗组、溶剂对照组瘤组织cDNA文库并进行转录物组测序,基于RNA-seq数据筛选差异表达lncRNA、mRNA基因集,继而进行功能富集及相互作用分析,再利用网络模块划分方法寻找Hespintor作用靶点基因并构建调控网络。结果筛选获得Hespintor治疗组高可信度的差异表达基因集lncRNA(DEGs lncRNA)2003个和mRNA(DEGs mRNA)1038个,DEGs lncRNA调控靶mRNA主要富集于PIP3激活Akt信号、p53信号通路、FOXO介导的转录和细胞周期等功能,DEGs mRNA主要富集于趋化因子信号通路、细胞外基质受体相互作用、补体和凝血级联等功能,两者关联性侧重体现在细胞行为、转录调控和细胞周期等三方面。结论PI3K/Akt信号通路可能在Hespintor抑制肿瘤效应中发挥主导作用,诱导细胞周期阻滞于G1/S期并引起细胞凋亡。 展开更多
关键词 Hespintor 晚期肝细胞癌 转录物组测序技术 长链非编码RNA 差异表达基因集
在线阅读 下载PDF
盐池滩羊背最长肌中与肌肉发育和肉质形成相关lncRNA的筛选与功能分析 被引量:1
4
作者 刘依兰 胡亚美 +2 位作者 李惠侠 卢佳伟 刘媛 《中国生物化学与分子生物学报》 北大核心 2025年第2期284-295,共12页
盐池滩羊是我国宁夏特产,凭借极佳肉质驰名中外,但目前仍不清楚其肌肉发育和肉质形成的详细机制。为初步探究滩羊肌肉发育中独有的分子机制,本研究以6月龄和12月龄雌性滩羊为研究对象,采集其背最长肌(longissimus dorsi muscle,LDM)样品... 盐池滩羊是我国宁夏特产,凭借极佳肉质驰名中外,但目前仍不清楚其肌肉发育和肉质形成的详细机制。为初步探究滩羊肌肉发育中独有的分子机制,本研究以6月龄和12月龄雌性滩羊为研究对象,采集其背最长肌(longissimus dorsi muscle,LDM)样品,通过转录物组测序(transcriptome sequencing,RNA-seq)筛选出可能在调控滩羊肌肉发育和肉质形成方面发挥重要作用的基因和长非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA)。结果表明,两组LDM间共有504条mRNA和1483条lncRNA差异显著(P<0.05),还预测到了103个差异显著的潜在lncRNA-mRNA顺式调控关系对(P<0.05)。随后根据差异表达mRNA功能分析筛选出MSTN、CDKN1A、FHL 1等骨骼肌发育相关基因和LPL、SCD等骨骼肌代谢相关基因,根据差异表达lncRNA靶基因功能分析筛选出13个可能与肌肉发育相关(ADDIN CNKISM.UserStyleLNC.17926.1、LNC.981.1、LNC.16284.1等)和8个可能与骨骼肌代谢相关(LNC.15496.1、LNC.18149.1等)的lncRNA。随机选取2组均表达的5个lncRNA和4个mRNA进行qPCR验证,结果与RNA-seq一致,佐证了测序结果的可靠性。本研究为今后探究滩羊肌肉发育、肉质形成机制和开展分子育种打下了坚实基础,为改良国内其他绵羊品种的产肉性能提供了科学依据。 展开更多
关键词 滩羊 肌肉发育 肉质 长非编码RNA 转录物组测序
在线阅读 下载PDF
制刺猬皮水提取物对DSS诱导小鼠溃疡性结肠炎的保护作用 被引量:2
5
作者 夏侯志楷 韩君 《中国生物化学与分子生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第11期1638-1649,共12页
溃疡性结肠炎(ulcerative colitis,UC)是一种以肠道黏膜慢性炎症为特征的疾病,其具体发病机制尚未完全明确。制刺猬皮作为中药,在治疗便血和痔疮方面已展现出良好的抗炎效果。然而,其对溃疡性结肠炎的治疗作用尚待深入研究。本研究旨在... 溃疡性结肠炎(ulcerative colitis,UC)是一种以肠道黏膜慢性炎症为特征的疾病,其具体发病机制尚未完全明确。制刺猬皮作为中药,在治疗便血和痔疮方面已展现出良好的抗炎效果。然而,其对溃疡性结肠炎的治疗作用尚待深入研究。本研究旨在探索制刺猬皮水提取物对葡聚糖硫酸钠盐(dextran sulfate sodium salt,DSS)诱导的小鼠溃疡性结肠炎的保护效果及其可能的作用机制。通过给小鼠提供含3%DSS的饮用水,成功模拟出溃疡性结肠炎的病理变化。HE染色结果揭示,制刺猬皮水提取物可以显著减轻DSS引起的结肠损伤。转录物组测序结果鉴别出10个关键的炎症相关基因(IL-6、CSF2、TNF、IL10、IFN-γ、CXCL1、CXCL2、CXCL5、CXCL9、CXCL10),通过qRT-PCR和Western印迹检测验证,这些基因在制刺猬皮水提取物作用下均显著下调(P<0.05)。IF结果进一步表明,制刺猬皮水提取物能够降低DSS诱导的结肠中M1型巨噬细胞比例的增加。利用单细胞测序,深入挖掘了不同细胞类型之间的通讯关系,尤其揭示了M1型巨噬细胞和成纤维细胞间的交流特别强烈。随后的qRT-PCR和Western印迹检测结果显示,制刺猬皮水提取物能够显著降低DSS引发的结肠组织纤维化相关基因的表达(P<0.05)。本研究结果表明,制刺猬皮水提取物通过抑制M1型巨噬细胞极化,降低炎性因子的表达,以及阻止M1型巨噬细胞与成纤维细胞的强烈交流,从而对DSS诱导的溃疡性结肠炎产生保护效果。这些发现不仅揭示了制刺猬皮水提取物对结肠炎的治疗机制,也为其在临床中的应用提供了新的理论基础。 展开更多
关键词 制刺猬皮 转录物组测序 单细胞 结肠炎性因子 结肠M1型巨噬细胞
在线阅读 下载PDF
多聚嘧啶区结合蛋白1通过调控基因的可变剪接促进胆管癌细胞的生长、迁移及侵袭能力 被引量:2
6
作者 张静 程敏 +2 位作者 金倩 曹鹏博 周钢桥 《中国生物化学与分子生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2022年第7期899-910,共12页
胆管癌是一种起病隐匿、侵袭性强、致死率高的原发性恶性肿瘤。多聚嘧啶区结合蛋白1(polypyrimidine tract-binding protein 1,PTBP1)已被报道,在多种类型肿瘤组织中异常高表达并参与癌症进展,但其在胆管癌中的作用仍未见报道。该研究... 胆管癌是一种起病隐匿、侵袭性强、致死率高的原发性恶性肿瘤。多聚嘧啶区结合蛋白1(polypyrimidine tract-binding protein 1,PTBP1)已被报道,在多种类型肿瘤组织中异常高表达并参与癌症进展,但其在胆管癌中的作用仍未见报道。该研究旨在探讨PTBP1在胆管癌中的生物学功能,并初步解析其分子机制。本文利用公开的癌症基因组图谱(the cancer genome atlas,TCGA)数据,分析了胆管癌及癌旁组织中的PTBP1 mRNA表达水平。结果显示,PTBP1在胆管癌组织中的表达水平显著高于癌旁组织(P<0.05)。随后,在胆管癌细胞系RBE和HuH28中,通过CCK-8和细胞平板克隆实验,评价了PTBP1对胆管癌细胞生长能力的影响。结果显示,过表达PTBP1可显著促进胆管癌细胞的生长(P<0.01),而敲低PTBP1显著抑制胆管癌细胞的生长(P<0.001)。Transwell和Invasion实验结果显示,过表达PTBP1可显著促进胆管癌细胞的迁移和侵袭(P<0.001),而敲低PTBP1显著抑制胆管癌细胞的迁移和侵袭(P<0.001)。转录物组测序和通路富集分析结果显示,在胆管癌细胞中,敲低PTBP1后上调表达的基因显著富集于p53信号通路;而下调表达的基因显著富集于胆固醇代谢、Rho GTPase和TGF-β等信号通路。基于上述转录物组测序数据,本文还分析发现,敲低PTBP1可导致一系列基因发生异常的mRNA可变剪接事件,例如参与TGF-β调控的TGIF1及与p53活性相关的GNAS基因等。综上所述,PTBP1可能通过调控一系列基因的可变剪接而影响多个癌症相关的信号通路,从而促进胆管癌的进展。 展开更多
关键词 胆管癌 多聚嘧啶区结合蛋白1 转录物组测序 可变剪接 TGIF1 GNAS
在线阅读 下载PDF
干扰NSUN2通过调控细胞周期蛋白表达抑制黑素瘤细胞增殖 被引量:2
7
作者 李国锦 王金萍 +4 位作者 张强 见玉文 王珊珊 张涛 王令 《中国生物化学与分子生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2022年第9期1242-1251,共10页
为探讨太阳结构域家族蛋白酶2(NOP2/Sun RNA methyltransferase 2,Nsun2)RNA甲基化酶在黑素瘤细胞中的生物学功能,本研究以小鼠黑素瘤B16细胞为对象,构建靶向干扰Nsun2基因的shRNA慢病毒干扰载体,包装病毒后感染B16细胞。与对照组相比,... 为探讨太阳结构域家族蛋白酶2(NOP2/Sun RNA methyltransferase 2,Nsun2)RNA甲基化酶在黑素瘤细胞中的生物学功能,本研究以小鼠黑素瘤B16细胞为对象,构建靶向干扰Nsun2基因的shRNA慢病毒干扰载体,包装病毒后感染B16细胞。与对照组相比,干扰组细胞中Nsun2的敲低效率达到80%。EdU染色结果表明,干扰Nsun2显著抑制B16细胞DNA合成能力。转录物组测序技术系统分析干扰组与对照组细胞基因表达水平,共筛选获得1062个差异表达基因(DEGs),其中678个表达上调,384个表达下调。DEGs主要富集在染色体、着丝粒区、蛋白质结合等GO条目。KEGG分析表明,DEGs显著富集在细胞周期、DNA复制、细胞衰老等通路。荧光定量PCR和转录物组测序结果均发现,Cdk2、Ccna2、Cdc25b等促进细胞分裂的相关基因显著下调,而Gadd45g和Gadd45a等阻滞细胞增殖的基因显著上调。本研究表明,NSUN2通过调控细胞周期和DNA复制等生物学过程,影响黑素瘤细胞增殖,为黑素瘤发生和发展的分子机制研究提供参考。 展开更多
关键词 黑素瘤细胞 太阳结构域家族蛋白成员2 基因敲低 转录物组测序
在线阅读 下载PDF
上一页 1 下一页 到第
使用帮助 返回顶部