本研究探索了雷公藤甲素(triptolide,TP)治疗类风湿关节炎(rheumatoid arthritis,RA)的分子机制,并揭示了其治疗作用与毒副作用的辨证统一性。通过转录组测序(transcriptome sequencing,RNA-seq)、网络药理学和毒理学分析,我们揭示了TP...本研究探索了雷公藤甲素(triptolide,TP)治疗类风湿关节炎(rheumatoid arthritis,RA)的分子机制,并揭示了其治疗作用与毒副作用的辨证统一性。通过转录组测序(transcriptome sequencing,RNA-seq)、网络药理学和毒理学分析,我们揭示了TP对RA的治疗机制及其伴随的毒性反应。首先,通过RNA-seq筛选出TP处理后成纤维样滑膜细胞(fibroblast-like synoviocytes,FLS)的差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs),并结合GeneCards、OMIM和CTD数据库识别与RA及肝毒性、肾毒性和生殖毒性相关的靶点。随后,构建蛋白质互作(protein-protein interaction,PPI),网络筛选出TP关键作用靶点,接着进行基因本体论(gene ontology,GO)和京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)通路富集分析,并通过分子对接验证。研究发现,TP治疗RA及其毒性反应的关键靶点包括肿瘤蛋白p53(tumor protein p53,TP53)、肿瘤坏死因子(tumor necrosis factor,TNF)和白细胞介素-1β(interleukin-1β,IL-1β),涉及的信号通路有TNF、核因子κB(nuclear factor-κB,NF-κB)、janus激酶信号转导和转录激活因子(janus kinase-signal transducer and activator of transcription,JAK-STAT)、丝裂原激活蛋白激酶(mitogen-activated protein kinase,MAPK)和网络叉头转录因子(forkhead box O,FoxO)等。RNA-seq结果显示,TP显著调控了TP53、TNF和IL-1β等靶基因的表达,差异具有统计学意义。综上所述,TP在治疗RA的同时伴随毒性反应,其机制相互关联,体现了疗效与毒性并存的辨证统一。展开更多
为探究钙调控因子在硬骨鱼类钙代谢过程中发挥的作用,本研究选取细胞内Ca^(2+)信号传导的关键调控因子-钙调素(Calmodulin,CaM)为研究对象,通过对虹鳟(Oncorhynchus mykiss)幼鱼腹腔注射氯化卡咪唑铵(Calmidazolium chloride,CMZ)抑制Ca...为探究钙调控因子在硬骨鱼类钙代谢过程中发挥的作用,本研究选取细胞内Ca^(2+)信号传导的关键调控因子-钙调素(Calmodulin,CaM)为研究对象,通过对虹鳟(Oncorhynchus mykiss)幼鱼腹腔注射氯化卡咪唑铵(Calmidazolium chloride,CMZ)抑制CaM活性,并在注射后6 h采集实验组及对照组(腹腔注射同体积生理盐水)虹鳟鳞片组织,利用转录组测序技术分析实验组mRNA的表达变化。结果显示:转录组测序共获得376.31 M Raw reads,Q30碱基百分比均在93.26%以上;实验组鳞片组织中共筛选出3730个差异表达基因(DEGs),其中1227个基因表达上调,2503个基因表达下调。GO注释结果显示,上述DEGs主要富集到细胞过程、生物调控、细胞器、结合和生物过程调控等功能;KEGG通路富集分析结果显示,DEGs显著富集的前3条通路依次为核糖体通路、Rap1信号通路和轴突导向通路,此外,DEGs还显著富集于破骨细胞分化、TGF-beta等与骨骼发育、钙代谢等密切相关的信号通路。本研究所获得的差异表达基因信息及其功能注释和通路富集结果可为阐明鱼类钙代谢的调控机理提供新素材。展开更多
文摘本研究探索了雷公藤甲素(triptolide,TP)治疗类风湿关节炎(rheumatoid arthritis,RA)的分子机制,并揭示了其治疗作用与毒副作用的辨证统一性。通过转录组测序(transcriptome sequencing,RNA-seq)、网络药理学和毒理学分析,我们揭示了TP对RA的治疗机制及其伴随的毒性反应。首先,通过RNA-seq筛选出TP处理后成纤维样滑膜细胞(fibroblast-like synoviocytes,FLS)的差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs),并结合GeneCards、OMIM和CTD数据库识别与RA及肝毒性、肾毒性和生殖毒性相关的靶点。随后,构建蛋白质互作(protein-protein interaction,PPI),网络筛选出TP关键作用靶点,接着进行基因本体论(gene ontology,GO)和京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)通路富集分析,并通过分子对接验证。研究发现,TP治疗RA及其毒性反应的关键靶点包括肿瘤蛋白p53(tumor protein p53,TP53)、肿瘤坏死因子(tumor necrosis factor,TNF)和白细胞介素-1β(interleukin-1β,IL-1β),涉及的信号通路有TNF、核因子κB(nuclear factor-κB,NF-κB)、janus激酶信号转导和转录激活因子(janus kinase-signal transducer and activator of transcription,JAK-STAT)、丝裂原激活蛋白激酶(mitogen-activated protein kinase,MAPK)和网络叉头转录因子(forkhead box O,FoxO)等。RNA-seq结果显示,TP显著调控了TP53、TNF和IL-1β等靶基因的表达,差异具有统计学意义。综上所述,TP在治疗RA的同时伴随毒性反应,其机制相互关联,体现了疗效与毒性并存的辨证统一。
文摘为探究钙调控因子在硬骨鱼类钙代谢过程中发挥的作用,本研究选取细胞内Ca^(2+)信号传导的关键调控因子-钙调素(Calmodulin,CaM)为研究对象,通过对虹鳟(Oncorhynchus mykiss)幼鱼腹腔注射氯化卡咪唑铵(Calmidazolium chloride,CMZ)抑制CaM活性,并在注射后6 h采集实验组及对照组(腹腔注射同体积生理盐水)虹鳟鳞片组织,利用转录组测序技术分析实验组mRNA的表达变化。结果显示:转录组测序共获得376.31 M Raw reads,Q30碱基百分比均在93.26%以上;实验组鳞片组织中共筛选出3730个差异表达基因(DEGs),其中1227个基因表达上调,2503个基因表达下调。GO注释结果显示,上述DEGs主要富集到细胞过程、生物调控、细胞器、结合和生物过程调控等功能;KEGG通路富集分析结果显示,DEGs显著富集的前3条通路依次为核糖体通路、Rap1信号通路和轴突导向通路,此外,DEGs还显著富集于破骨细胞分化、TGF-beta等与骨骼发育、钙代谢等密切相关的信号通路。本研究所获得的差异表达基因信息及其功能注释和通路富集结果可为阐明鱼类钙代谢的调控机理提供新素材。
