转录因子结合位点生物信息学研究进展 被引量：29

1

作者 侯琳 钱敏平 +1 位作者 朱云平 邓明华 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2009年第4期365-373,共9页

转录因子结合位点(Transcription factor binding site,TFBS)是与转录因子结合的DNA序列,它们与转录因子相互作用调控基因的转录过程。确定TFBS是理解转录调控机制,建立转录调控网络的关键问题。随着高通量实验技术的发展,结合ChIP-chi... 转录因子结合位点(Transcription factor binding site,TFBS)是与转录因子结合的DNA序列,它们与转录因子相互作用调控基因的转录过程。确定TFBS是理解转录调控机制,建立转录调控网络的关键问题。随着高通量实验技术的发展,结合ChIP-chip实验以及多个基因组的序列信息来预测TFBS已成为新的研究热点。本文简要概述了用于TFBS定位的实验技术,TFBS信息相关的数据库,重点评述了描述TFBS的模型以及预测TFBS的多种软件。TFBS的生物信息学研究的发展,将与相关领域相互促进,有助于进一步揭示转录调控机制。 展开更多

关键词 转录因子结合位点 生物信息学 ChIP—chip 位置权重矩阵 系统发育足迹分析法

在线阅读 下载PDF 职称材料

关岭牛MyoDI基因启动子上转录因子结合位点的筛选 被引量：4

2

作者 张雯 许厚强 +4 位作者 陈伟 陈祥 桓聪聪 夏丹 周迪 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2015年第7期1259-1267,共9页

本研究旨在筛选出关岭牛MyoDI基因启动子上的转录因子结合位点。根据GenBank已公布的牛MyoDI基因的启动子序列,设计特异性PCR引物,扩增贵州关岭牛MyoDI基因的启动子区,构建重组克隆载体pUCM-TMyoDI-pro,并对阳性质粒进行测序鉴定。再利... 本研究旨在筛选出关岭牛MyoDI基因启动子上的转录因子结合位点。根据GenBank已公布的牛MyoDI基因的启动子序列,设计特异性PCR引物,扩增贵州关岭牛MyoDI基因的启动子区,构建重组克隆载体pUCM-TMyoDI-pro,并对阳性质粒进行测序鉴定。再利用筛选试验和生物信息学分析筛选出关岭牛MyoDI基因启动子上的转录因子结合位点。结果,筛选出关岭牛MyoDI基因启动子上含有的转录因子结合位点有SATB1、Xbp、MEF2、Pax-3、Pbx1、PPAR、TFⅡD、COUP-TF、Gfi-1、HNF-1、HOX4C、NRF2(ARE)、MEF1、RXR、SMUC、Snail、MyoD、VDR。结合在线软件分析和文献,最终筛选出关岭牛MyoDI基因启动子上含有MyoD、TFIID、Pax3、MEF1、VDR和MEF2转录因子结合位点,这些转录因子对启动子活性起着重要的调控作用。结果显示,关岭牛MyoDI基因启动子上含有MyoD、TFIID、Pax3、MEF1、VDR和MEF2转录因子结合位点。 展开更多

关键词 MyoDI基因 转录因子结合位点 启动子 细胞核提取物 生物信息学分析

在线阅读 下载PDF 职称材料

用于转录因子结合位点识别的定位投影求精算法 被引量：2

3

作者 张懿璞 霍红卫 +1 位作者 于强 郭鸿志 《计算机学报》 EI CSCD 北大核心 2013年第12期2545-2559,共15页

定位转录因子结合位点,也称模体发现问题,对于理解基因调控关系非常重要.文中提出了一种新的定位投影求精算法(Fixed-Position Projection Refinement algorithm,FPPR)用于DNA序列中的转录因子结合位点识别.通过一个基于数据集对应位置... 定位转录因子结合位点,也称模体发现问题,对于理解基因调控关系非常重要.文中提出了一种新的定位投影求精算法(Fixed-Position Projection Refinement algorithm,FPPR)用于DNA序列中的转录因子结合位点识别.通过一个基于数据集对应位置频率矩阵的投影过程,将DNA数据聚类为不同的子集,过滤选出其中具有一定信息量和复杂度的子集,作为初始状态,进而使用期望最大化算法进行求精.FPPR通过对定位投影过程中阈值的设定,实现了对OOPS、ZOOPS、TCM这3种模型中不同模体实例分布的处理.同时,结合高阶马尔可夫背景设计目标函数,使得算法的概率模型更加符合真实生物数据.此外,通过相似函数WIC评估,FPPR可拓展为解决多模体识别问题.真实数据测试表明,FPPR可以在合理的时间内准确找寻模体,与MEME、GAME、Motif Sampler和GALP-F等算法相比有更好的性能,并且可以有效地解决多模体识别问题. 展开更多

关键词 转录因子结合位点 模体 定位投影 求精

在线阅读 下载PDF 职称材料

利用转录因子结合位点识别人类肿瘤特异性启动子研究 被引量：1

4

作者 王琦 李伟鹏 +1 位作者 黄仲曦 杨琳 《第一军医大学学报》 CSCD 北大核心 2004年第11期1323-1325,共3页

目的研究应用计算机技术对人类肿瘤特异性启动子进行识别、预测。方法通过收集肿瘤特异性启动子序列、转录因子结合位点序列、非肿瘤启动子序列3种数据集合,利用转录因子结合位点在不同序列集合中的密度求出各位点的对应密度比,确定识... 目的研究应用计算机技术对人类肿瘤特异性启动子进行识别、预测。方法通过收集肿瘤特异性启动子序列、转录因子结合位点序列、非肿瘤启动子序列3种数据集合,利用转录因子结合位点在不同序列集合中的密度求出各位点的对应密度比,确定识别特征,进行肿瘤特异性启动子的识别。结论该方法具有较高的准确性,在保证对训练集合90%以上的识别率的情况下,对测试集合的识别率达到80%以上。 展开更多

关键词 转录因子结合位点 肿瘤 特异性启动子 真核基因

在线阅读 下载PDF 职称材料

转录因子结合位点识别算法的研究 被引量：1

5

作者 王峻 郭茂祖 《电子学报》 EI CAS CSCD 北大核心 2007年第B12期83-89,共7页

转录因子结合位点的识别是生物信息学中的一个重要领域．本文从计算机等信息科学的角度，对转录因子结合位点的识别方法进行了综合分析，包括该问题的生物学意义、主要算法思想以及每种算法的优缺点．使用TRANSFAC数据库中几组样例对具... 转录因子结合位点的识别是生物信息学中的一个重要领域．本文从计算机等信息科学的角度，对转录因子结合位点的识别方法进行了综合分析，包括该问题的生物学意义、主要算法思想以及每种算法的优缺点．使用TRANSFAC数据库中几组样例对具有代表性的6种主要软件进行测试，对其结果进行了详细地比较分析．最后，在总结分析现有算法的基础上探讨了该领域进一步的研究方向． 展开更多

关键词 转录因子结合位点 模体 基于字串 期望最大化(EM)算法 吉布斯采样

在线阅读 下载PDF 职称材料

基于多数据域描述的转录因子结合位点识别 被引量：1

6

作者 陈鸣 薛慧君 +1 位作者 熊赟 朱扬勇 《计算机应用与软件》 CSCD 2011年第6期1-4,42,共5页

转录因子结合位点的识别对于理解转录调控机制起着重要作用,也是后基因组时代面临的巨大挑战之一。提出一个基于多任务学习的转录因子位点的识别方法。首先建立一个基于多任务学习理论的多数据域描述模型,然后结合核方法设计转录因子结... 转录因子结合位点的识别对于理解转录调控机制起着重要作用,也是后基因组时代面临的巨大挑战之一。提出一个基于多任务学习的转录因子位点的识别方法。首先建立一个基于多任务学习理论的多数据域描述模型,然后结合核方法设计转录因子结合位点多分类识别算法。最后对取自于TRANSFAC数据库的真实数据进行交叉验证测试。实验结果表明该方法能充分地利用稀缺的训练样本,有效地捕获不同类别间的联系,从而获得了较高的预测准确率。 展开更多

关键词 多任务学习 转录因子结合位点 多数据域描述 核方法

在线阅读 下载PDF 职称材料

基于MCSP和Swin Transformer的转录因子结合位点预测模型

7

作者 李雪 石晋雪 +2 位作者 王会青 闫奥煜 王森 《华东理工大学学报(自然科学版)》 2025年第4期552-563,共12页

预测转录因子结合位点(Transcription Factor Binding Sites,TFBS)可以帮助识别特定细胞和组织的特异性调控机制,对于理解基因表达调控机制至关重要。现有方法结合DNA的序列和形状信息进行TFBS的预测,生成的形状信息未考虑长侧翼核苷酸... 预测转录因子结合位点(Transcription Factor Binding Sites,TFBS)可以帮助识别特定细胞和组织的特异性调控机制,对于理解基因表达调控机制至关重要。现有方法结合DNA的序列和形状信息进行TFBS的预测,生成的形状信息未考虑长侧翼核苷酸的影响,在对序列信息进行特征提取时忽略了不同通道间特征的互补性,模型的预测能力有待提高。本文提出了TFBS预测模型MSSW,考虑长侧翼核苷酸来生成形状信息;利用Swin Transformer提取形状信息中长程依赖和局部关联相结合的特性,将分裂注意力融入多尺度卷积神经网络(Multiscale Convolution and Split attention,MCSP)来捕获序列中不同通道间特征的互补性,获得跨通道的多尺度序列特征;结合提取的高级序列和形状特征进行TFBS的预测。结果表明,MSSW模型优于现有TFBS预测模型,可有效预测TFBS。 展开更多

关键词 转录因子结合位点 多尺度卷积 分裂注意力 Swin Transformer Deep DNAshape

在线阅读 下载PDF 职称材料

羊驼皮肤基因转录因子及其结合位点分析 被引量：1

8

作者 张俊珍 范瑞文 +1 位作者 白俊明 董常生 《中国兽医杂志》 CAS 北大核心 2013年第6期7-9,13,共4页

哺乳动物皮肤具有多种功能,这些功能是由基因决定的,而基因的表达要受到转录因子的调节。本研究通过参照人皮肤基因的转录因子分析羊驼皮肤的EST库,发现了8个转录因子和6个转录因子结合位点,它们调控着羊驼生活适应性、皮肤生理特征以... 哺乳动物皮肤具有多种功能,这些功能是由基因决定的,而基因的表达要受到转录因子的调节。本研究通过参照人皮肤基因的转录因子分析羊驼皮肤的EST库,发现了8个转录因子和6个转录因子结合位点,它们调控着羊驼生活适应性、皮肤生理特征以及皮肤衍生物的生理特性等,其中重要的有调控羊驼黑色素细胞内决定其毛色的转录因子microphthal-mia-associated transcription factor(MITF)及其结合位点cyclic adenosine monophosphate response element-binding 1(CREB-1),用实时荧光定量PCR法检测发现二者在不同羊驼毛色皮肤中的表达在转录水平存在显著差异,它们的生物学特点对研究羊驼皮肤中决定羊驼皮肤生理功能和羊驼毛色的分子机理提供了重要的理论基础。 展开更多

关键词 羊驼皮肤 毛色 转录因子 转录因子结合位点

在线阅读 下载PDF 职称材料

肝组织选择性细胞通讯类基因转录调控网络的构建 被引量：5

9

作者 廖之君 马文丽 +3 位作者 梁爽 孟伟 商涛 郑文岭 《南方医科大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2008年第9期1582-1585,共4页

目的探讨肝脏组织选择性基因表达的转录调控机制。方法按照基因功能的差异对组织选择性Affymetrix探针集(共3919条探针)进行聚类,挑选肝组织选择性细胞通讯类(LSCC)基因进行研究。收集各基因上游的500个碱基序列,用3种软件分别预测这些... 目的探讨肝脏组织选择性基因表达的转录调控机制。方法按照基因功能的差异对组织选择性Affymetrix探针集(共3919条探针)进行聚类,挑选肝组织选择性细胞通讯类(LSCC)基因进行研究。收集各基因上游的500个碱基序列,用3种软件分别预测这些基因的转录因子(TFs)以及转录因子结合位点(TFBS),并进行文献挖掘,最后构建基因转录调控网络。结果获得含23个基因的肝组织选择性细胞通讯类探针集,两种软件预测分别得到50和72个TFs,两者交集有18个相同TFs,得分最高前10条TFBS序列基本上与预测的TFs相对应,文献挖掘结果提示LSCC基因和TFs除具有肝组织的选择性、转录因子的一般性词汇外,还与白蛋白、糖尿病、葡萄糖、脂类、代谢、JNK等显著相关。调控网络显示LSCC基因和TFs具有参与糖、脂代谢调节,结合、转运功能,凝血信号转导,炎症应答等功能,未进入网络的PPP2R1B基因与网络中DUSP10基因部分功能相似。结论LSCC基因和预测的TFs参与肝脏多种重要功能的调控,这些功能整合在复杂的转录调控网络中,转录因子JUN可能是发挥调控作用的重要靶点,推测PPP2R1B也可能参与JUN的调控。 展开更多

关键词 组织选择性 肝 转录因子 转录因子结合位点 转录调控网络

在线阅读 下载PDF 职称材料

核小体定位模式及其与DNA甲基化位点分布的关系 被引量：5

10

作者 刘宏德 孙啸 《中国生物化学与分子生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2011年第3期248-253,共6页

核小体定位是指DNA双螺旋相对于组蛋白八联体的位置.核小体定位通过限制蛋白结合位点参与基因转录调控.本文利用实验检测的人类CD4+T细胞核小体定位数据,研究了核小体定位在转录因子结合位点(TFBS)和转录起始位点(TSS)附近的分布模式,... 核小体定位是指DNA双螺旋相对于组蛋白八联体的位置.核小体定位通过限制蛋白结合位点参与基因转录调控.本文利用实验检测的人类CD4+T细胞核小体定位数据,研究了核小体定位在转录因子结合位点(TFBS)和转录起始位点(TSS)附近的分布模式,并分析了在TFBS和TSS周围,核小体定位与DNA甲基化之间的关系.结果表明,在休眠和激活的人类CD4+T细胞中,部分TFBS和TSS周围的核小体定位在动态改变,即在定位和缺失两种状态之间切换.在TFBS周围,核小体定位和DNA甲基化存在一种互补模式,核小体定位与DNA低甲基化相联系;而在TSS周围,两者呈现同步模式,DNA高甲基化伴随高核小体水平.而且,在TFBS和TSS周围,DNA甲基化位点的分布呈周期模式.CD4+T细胞被激活时,较少的转录因子启动了较多的基因. 展开更多

关键词 核小体定位 DNA甲基化 转录因子结合位点 转录起始位点

在线阅读 下载PDF 职称材料

鸡NLRC5启动子区转录调控序列的初步研究

11

作者 张莘 郭晓敏 +6 位作者 常国斌 朱鹏飞 徐璐 仇玲玲 张扬 徐琪 陈国宏 《浙江农业学报》 CSCD 北大核心 2017年第3期395-400,共6页

为了探讨NLRC5启动子的潜在调控机制,将NLRC5基因启动子系列缺失片段插入到pGL3-basic载体,构建重组质粒,并转染DF1细胞系。通过双荧光素酶实验寻找核心调控区,然后用目标捕获测序检测27个鸡品种的NLRC5核心启动子区的SNPs,并利用TRANSF... 为了探讨NLRC5启动子的潜在调控机制,将NLRC5基因启动子系列缺失片段插入到pGL3-basic载体,构建重组质粒,并转染DF1细胞系。通过双荧光素酶实验寻找核心调控区,然后用目标捕获测序检测27个鸡品种的NLRC5核心启动子区的SNPs,并利用TRANSFAC,JASPAR和Meth Primer预测该区域的转录因子结合位点和CpG岛。结果显示,NLRC5启动子有2个核心区域,分别是1—617和1448—2108。第一个核心区域内存在3个SNPs,其中SNP1影响转录因子Hic1的结合序列,但SNPs对CpG岛不产生影响,表明NLRC5基因的启动子区的调控可能受不同因素的影响,但SNPs并不在甲基化的水平上影响启动子的活性。 展开更多

关键词 鸡 NLRC5启动子 SNPS 转录因子结合位点 CPG岛

在线阅读 下载PDF 职称材料

拟南芥基因转录调控关系识别研究进展

12

作者 秦玉芳 郑小琪 《广东农业科学》 CAS CSCD 北大核心 2013年第21期141-144,共4页

系统研究基因组水平上的转录调控关系是功能基因组学研究中的一个重要方向,通过识别转录调控关系可以从分子水平认识细胞内的生理活动和功能,进而在系统尺度上理解其生物学进程。对拟南芥基因转录调控关系识别的生物信息学方法进行了综... 系统研究基因组水平上的转录调控关系是功能基因组学研究中的一个重要方向,通过识别转录调控关系可以从分子水平认识细胞内的生理活动和功能,进而在系统尺度上理解其生物学进程。对拟南芥基因转录调控关系识别的生物信息学方法进行了综述,详细介绍了基于转录因子结合位点和基于机器学习的两类预测方法,指出了各自的优缺点,并探讨了可能的改进方向。 展开更多

关键词 转录调控 转录因子结合位点 模式识别 机器学习

在线阅读 下载PDF 职称材料

原核生物转录调控研究技术及进展 被引量：1

13

作者 陈臣 黄芝阳 +2 位作者 于海燕 袁海彬 田怀香 《生物技术通报》 CAS CSCD 北大核心 2022年第10期54-65,共12页

原核生物基因表达调控主要发生在转录水平,研究原核生物的转录调控有利于了解其基因表达调节机制。近年来,随着分子生物学及相关技术的突破,转录调控研究技术也不断发展,因此主要综述了原核生物转录调控的技术方法及其新进展,包括凝胶... 原核生物基因表达调控主要发生在转录水平,研究原核生物的转录调控有利于了解其基因表达调节机制。近年来,随着分子生物学及相关技术的突破,转录调控研究技术也不断发展,因此主要综述了原核生物转录调控的技术方法及其新进展,包括凝胶电泳迁移率实验、DNase I足迹技术、染色质免疫共沉淀技术、微量热泳动技术、等温滴定量热法及细菌单杂交系统,以期系统地了解这些方法的优缺点和适用性,帮助研究者更好的利用原核生物转录调控为人类造福。 展开更多

关键词 转录调控 相互作用 启动子 转录因子 转录因子结合位点

在线阅读 下载PDF 职称材料

人SLC15A3基因及蛋白质的生物信息学分析

14

作者 钟璐璐 周峰 +2 位作者 彭佳欣 谭洋 裴刚 《中国免疫学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2024年第2期233-239,共7页

目的:研究SLC15A3调控和功能的完整机制。方法:通过生物信息学软件对人SLC15A3基因启动子元件和蛋白结构、理化和定位特性及其进化关系进行表征。结果:人SLC15A3基因受多种转录因子(YY1、AP-1、c-Fos、c-Jun、Sp1、NF-κB)调控。SLC15A... 目的:研究SLC15A3调控和功能的完整机制。方法:通过生物信息学软件对人SLC15A3基因启动子元件和蛋白结构、理化和定位特性及其进化关系进行表征。结果:人SLC15A3基因受多种转录因子(YY1、AP-1、c-Fos、c-Jun、Sp1、NF-κB)调控。SLC15A3蛋白是由581个氨基酸残基组成的疏水不稳定蛋白,在哺乳动物中氨基酸序列有高保守性,与CD6、TYROBP、CD5、NOD2等蛋白相互作用。结论:本研究生物信息学分析结果有助于深入研究SLC15A3在炎症反应发生发展中的作用机制。 展开更多

关键词 SLC15A3 启动子 蛋白 转录因子结合位点 生物信息学

在线阅读 下载PDF 职称材料

雨生红球藻β-胡萝卜素酮化酶(bkt)启动子功能分析(英文) 被引量：2

15

作者 魏炜 梁成伟 秦松 《水生生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2006年第6期747-751,共5页

单细胞绿藻———雨生红球藻在逆境条件下积累大量的虾青素。β-胡萝卜素酮化酶(bkt)催化在β-胡萝卜素和玉米黄素的β-紫罗酮环C-4位引入酮基的反应,是虾青素合成过程中的关键酶。我们利用凝胶阻滞的方法研究雨生红球藻中bkt基因309bp(... 单细胞绿藻———雨生红球藻在逆境条件下积累大量的虾青素。β-胡萝卜素酮化酶(bkt)催化在β-胡萝卜素和玉米黄素的β-紫罗酮环C-4位引入酮基的反应,是虾青素合成过程中的关键酶。我们利用凝胶阻滞的方法研究雨生红球藻中bkt基因309bp(-617/-309)启动子区域的转录因子结合位点并发现在-396/-338的59bp探针存在特异的核蛋白结合位点。通过序列分析,发现此59bp区域并不包含TATA或者CAAT-box,而是存在对光、缺氧、p-香豆酸及激素反应的G-box。 展开更多

关键词 凝胶阻滞 雨生红球藻 bkt 启动子 转录因子结合位点

在线阅读 下载PDF 职称材料

牛Gtl2基因cDNA序列分析及启动子预测 被引量：2

16

作者 苏红 侯晓慧 李世杰 《河北农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2011年第4期75-80,共6页

利用RT-PCR和RACE方法,克隆得到了牛Gtl2基因cDNA全序列,生物信息学分析表明:该序列有8个外显子,含有一个最长645 bp的开放读码框,但没有发现与Kozak规则相匹配的翻译起始序列。Gtl2基因在物种间具有保守性,尤其是第1个外显子表现出了... 利用RT-PCR和RACE方法,克隆得到了牛Gtl2基因cDNA全序列,生物信息学分析表明:该序列有8个外显子,含有一个最长645 bp的开放读码框,但没有发现与Kozak规则相匹配的翻译起始序列。Gtl2基因在物种间具有保守性,尤其是第1个外显子表现出了较强的保守性。基因进化树分析表明,牛Gtl2基因与绵羊Gtl2基因的亲缘关系最近。使用启动子预测,在线软件对牛Gtl2基因的5′侧翼序列进行分析,得出了潜在的启动子区域,这些区域含有TATA,CAAT框和GC框,并存在一些转录因子结合位点,而且在5′侧翼区域发现有3个CpG岛。转录因子结合位点和CpG岛可能与牛Gtl2基因的转录及其表达调控有关。 展开更多

关键词 牛Gtl2基因 生物信息学分析 启动子 转录因子结合位点

在线阅读 下载PDF 职称材料

非编码DNA序列的功能及其鉴定 被引量：5

17

作者 秦丹 徐存拴 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2013年第11期1253-1264,共12页

非编码DNA序列是指基因组中不编码蛋白质的DNA序列。这些序列可以结合调节因子、转录为功能性RNA、单独或协同地调节生理活动和病理过程。文章围绕基因表达调控作用,总结了近几年非编码DNA序列的研究成果,对其结构、功能和可能的作用机... 非编码DNA序列是指基因组中不编码蛋白质的DNA序列。这些序列可以结合调节因子、转录为功能性RNA、单独或协同地调节生理活动和病理过程。文章围绕基因表达调控作用,总结了近几年非编码DNA序列的研究成果,对其结构、功能和可能的作用机制进行了初步阐述,介绍了目前鉴定非编码DNA序列中功能元件的计算方法和实验技术,并对非编码DNA未来的研究进行了展望。 展开更多

关键词 非编码DNA序列 基因表达调控 功能元件 转录因子结合位点 非编码RNA 表观遗传学

在线阅读 下载PDF 职称材料

基于吉布斯采样的TFBS识别算法研究

18

作者 何彩升 戴宪华 +3 位作者 向倩 王江 邓泱泱 戴智明 《计算机科学》 CSCD 北大核心 2007年第2期178-180,共3页

计算机方法识别转录因子结合位点(TFBS,也称“模式”)是目前生物信息学的一个很有吸引性和挑战性的课题。吉布斯采样识别模式的算法本质上是一个启发式搜索方法,容易陷入非全局最优的局部最大值。为此,提出了一种改进的吉布斯采样策略YG... 计算机方法识别转录因子结合位点(TFBS,也称“模式”)是目前生物信息学的一个很有吸引性和挑战性的课题。吉布斯采样识别模式的算法本质上是一个启发式搜索方法,容易陷入非全局最优的局部最大值。为此,提出了一种改进的吉布斯采样策略YGMS(Yeast Gibbs Motif Sampler)来识别酿酒酵母共表达基因调控区域转录因子结合位点。在酵母的共调控基因序列的数据集测试中,YGMS比其他几个基于吉布斯采样算法更有效地识别出真实模式序列,在一定程度上提高了算法的性能。 展开更多

关键词 生物信息学 吉布斯采样 转录因子结合位点

在线阅读 下载PDF 职称材料

鸡Lpin1基因5'侧翼区微卫星变异的鉴定

19

作者 张建宏 张淑平 +2 位作者 陈文 康相涛 黄艳群 《河南农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2013年第1期61-67,共7页

为了掌握鸡Lpin1基因组内微卫星的分布特性,采用SSR hunter软件搜索位于鸡Lpin1基因组序列内的微卫星序列,并采用非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳结合克隆测序的方法对位于预测的启动子区域的复合微卫星进行了研究.结果表明,从鸡Lpin1基因组... 为了掌握鸡Lpin1基因组内微卫星的分布特性,采用SSR hunter软件搜索位于鸡Lpin1基因组序列内的微卫星序列,并采用非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳结合克隆测序的方法对位于预测的启动子区域的复合微卫星进行了研究.结果表明,从鸡Lpin1基因组内搜索到9个微卫星,其分布频率为每5.5 kb 1个微卫星;对位于鸡Lpin1基因的5'侧翼区(预测的启动子区域附近)的复合微卫星(命名为CLP532)进行多态性研究,共检测到7个等位基因,其序列长度变异在25 bp.从6个鸡品种(固始鸡、河南斗鸡、卢氏鸡、白洛克、来航鸡、丝毛乌骨鸡)中检测到CLP532微卫星的6种等位基因.TFSEARCH软件预测CLP532微卫星长度的变异可引起鸡Lpin1基因转录因子结合位点的改变.研究结果显示,鸡Lpin1基因组内存在丰富的微卫星,CLP532微卫星具有丰富的多态,CLP532微卫星长度变异对鸡Lpin1基因的表达调控具有潜在重要的作用. 展开更多

关键词 鸡 Lpin1基因 微卫星变异 转录因子结合位点

在线阅读 下载PDF 职称材料

鱼类基因启动子的研究进展 被引量：8

20

作者 杜小溪 高祥刚 +2 位作者 陈潘海 汪洋 赫崇波 《生物技术通报》 CAS CSCD 北大核心 2013年第8期12-16,共5页

启动子是基因的一个重要组成部分,控制基因的转录和表达。人们已经普遍认识到可以通过研究基因启动子来改变生物的特征,提高其优良性状。所以近年来,随着对启动子研究的不断深入,人们对鱼类基因启动子的分子结构、功能及其应用有了更多... 启动子是基因的一个重要组成部分,控制基因的转录和表达。人们已经普遍认识到可以通过研究基因启动子来改变生物的特征,提高其优良性状。所以近年来,随着对启动子研究的不断深入,人们对鱼类基因启动子的分子结构、功能及其应用有了更多地了解。重点介绍鱼类启动子的特点,阐述启动子在鱼类代谢,生长发育和免疫中的应用以及双向启动子在转基因鱼研究中的应用。 展开更多

关键词 鱼类 基因 启动子 转录因子结合位点 转录因子

在线阅读 下载PDF 职称材料