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兔痒螨和水牛痒螨第二转录间隔区(ITS-2)基因序列分析 被引量:8
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作者 贾小勇 杨光友 +1 位作者 古小彬 赖松家 《昆虫学报》 CAS CSCD 北大核心 2008年第5期545-550,共6页
为了探讨水牛痒螨株和兔痒螨株的分类地位,采用PCR技术扩增了四川水牛痒螨株和四川兔痒螨株的第二内部转录间隔区(ITS-2)基因,并与GenBank中注册的5个国外痒螨株的同源基因进行了比较。序列分析发现:兔痒螨株和水牛痒螨株的序列长度分别... 为了探讨水牛痒螨株和兔痒螨株的分类地位,采用PCR技术扩增了四川水牛痒螨株和四川兔痒螨株的第二内部转录间隔区(ITS-2)基因,并与GenBank中注册的5个国外痒螨株的同源基因进行了比较。序列分析发现:兔痒螨株和水牛痒螨株的序列长度分别为277bp和281bp,两序列间存在多处转换、颠换和缺失。四川水牛痒螨株同四川兔痒螨株间及国外痒螨分离株间的ITS-2基因同源性较低(87.1%~88.0%);而四川兔痒螨株与国外痒螨分离株的同源性较高(95.5%~100.0%)。用痒螨ITS-2基因构建的MP,NJ,ME及UPGM树中,兔痒螨株和水牛痒螨株在不同的系统树中其位置比较固定,且两者相距均较远。根据痒螨ITS-2基因同源性分析和系统树构建结果以及其他已报道的相关证据,作者认为:兔痒螨株和水牛痒螨株可能为痒螨属Psoroptes中两个不同的种,兔痒螨分离株为马痒螨P.equi;而水牛痒螨株与来自兔、山羊、绵羊和黄牛等痒螨株亲缘关系较远,可能为痒螨属中的另一个独立有效种。 展开更多
关键词 痒螨 痒螨株 分类地位 水牛 第二内部转录间隔(ITS-2) 系统发育
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斑玉蕈菌株的IGS2序列和RAPD分析 被引量:1
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作者 潘越 陈辉 +3 位作者 冯志勇 陈明杰 汪虹 张津京 《食品工业科技》 CAS CSCD 北大核心 2013年第22期165-168,173,共5页
采用转录单位间隔区2(IGS2)和随机扩增多态性DNA(RAPD)技术分析了斑玉蕈不同菌株的遗传差异。结果显示,20个不同斑玉蕈菌株的IGS2序列大小不一致,长度在1150—1203bp之间,序列相似度约在95%以上。在100个随机引物中筛选出11个... 采用转录单位间隔区2(IGS2)和随机扩增多态性DNA(RAPD)技术分析了斑玉蕈不同菌株的遗传差异。结果显示,20个不同斑玉蕈菌株的IGS2序列大小不一致,长度在1150—1203bp之间,序列相似度约在95%以上。在100个随机引物中筛选出11个能够扩增出稳定带型且菌株之间带型差异明显的RAPD引物,共扩增出142条条带,特异性条带134条,多态性比例较高,表明RAPD技术对斑玉蕈菌株的扩增具有丰富的多态性,能够在DNA水平上鉴别不同菌株是否存在差异。 展开更多
关键词 斑玉蕈 转录单位间隔2(igs2) 随机扩增多态性DNA(RAPD)
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基于ITS2序列的藁本与常见混伪品的分子鉴定 被引量:14
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作者 高婷 姚辉 陈士林 《世界科学技术-中医药现代化》 2011年第2期418-423,共6页
本文对药材藁本及其常见混伪品的rDNA ITS2进行了PCR扩增、测序,并运用MEGA软件对该区进行序列分析,比较了ITS2碱基序列的差异及其规律,同时为药材藁本及混伪品的指纹图谱鉴别提供分子标记。结果显示辽藁本的种内差异较小,而与其主... 本文对药材藁本及其常见混伪品的rDNA ITS2进行了PCR扩增、测序,并运用MEGA软件对该区进行序列分析,比较了ITS2碱基序列的差异及其规律,同时为药材藁本及混伪品的指纹图谱鉴别提供分子标记。结果显示辽藁本的种内差异较小,而与其主要混伪品间存在较大的变异,差异性范围为5.7%~35.3%。根据ITS2序列特征构建的系统树,药材藁本的样品紧密的聚在一起,和其混伪品可以明确区分,支持率为100%。此外,ITS2的二级结构可作为鉴定药材藁本及混伪品种的一个方法,具有一定的系统学及分类学意义。本研究表明rDNA ITS2序列分析可作为药材藁本与混伪品的一种有效的分子鉴定方法,具有重要的应用价值。 展开更多
关键词 藁本 混伪品 核糖体DNA第二内转录间隔(rDNA ITS2)
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蓝氏贾第鞭毛虫C2株rRNA基因ITS1-5.8SrDNA-ITS2序列测定与分析 被引量:2
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作者 温少芳 卢思奇 王凤云 《首都医科大学学报》 CAS 2005年第6期769-770,共2页
关键词 蓝氏贾第鞭毛虫 RRNA基因 ITS1-5.8SrDNA-ITS2 序列测定 转录间隔
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我国东南海域2个新记录拟菱形藻物种及其产毒特征
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作者 黄春秀 董焕嫦 李扬 《海洋与湖沼》 CAS CSCD 北大核心 2017年第4期767-776,共10页
为丰富我国拟菱形藻属的物种多样性,并澄清其产毒特征,本文从我国东南海域分离和建立了拟菱形藻的单克隆培养株系,结合光学显微镜下的群体特征和透射电镜下的超微形态特征,还有基于核糖体转录间隔区的分子系统学数据,以及基于ITS2转录RN... 为丰富我国拟菱形藻属的物种多样性,并澄清其产毒特征,本文从我国东南海域分离和建立了拟菱形藻的单克隆培养株系,结合光学显微镜下的群体特征和透射电镜下的超微形态特征,还有基于核糖体转录间隔区的分子系统学数据,以及基于ITS2转录RNA的二级结构分析,鉴定到我国拟菱形藻属的2个新记录种:镰刀拟菱形藻(P.sabit Teng,Lim,Lim&Leaw)和中鼓拟菱形藻(P.inflatula(Hasle)Hasle)。镰刀拟菱形藻的典型形态特征是壳面呈现镰刀状,点条纹由两排孔纹组成,与并基拟菱形藻(P.decipiens)的系统学关系最为接近,ITS2-RNA有2个补偿碱基差异。中鼓拟菱形藻主要形态特征是壳面呈直线形,点条纹由单排孔纹组成,孔纹内部以上下两分区为主,与格氏拟菱形藻(P.granii)和亚弧线拟菱形藻(P.subcurvata)的亲缘关系接近,ITS2-RNA二级结构分别有4个补偿碱基差异。另外,利用高效液相色谱-质谱联用法对培养藻株的产毒特征进行了分析,未检测到多莫酸。本文为我国拟菱形藻属的物种多样性做了必要的补充,还可为拟菱形藻的毒理研究提供基础数据。 展开更多
关键词 镰刀拟菱形藻 中鼓拟菱形藻 物种多样性 形态 核糖体转录间隔 ITS2-RNA二级结构 多莫酸
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用ITS2鉴定芥辣类调味品中山葵、辣根和芥末组分 被引量:1
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作者 陈雪贞 李兆雯 +1 位作者 吴新 芦春斌 《食品与生物技术学报》 CAS CSCD 北大核心 2021年第9期94-100,共7页
日式饮食中的芥辣类调味品主要以同属十字花科的山葵(Eutrema wasabi)、辣根(Armoracia rusticana)、芥末(mustard)做原料加工而成。利用核糖体DNA内部转录间隔区Ⅱ(Internal transcribed spacer 2,ITS2)技术快速、准确地鉴定出山葵、... 日式饮食中的芥辣类调味品主要以同属十字花科的山葵(Eutrema wasabi)、辣根(Armoracia rusticana)、芥末(mustard)做原料加工而成。利用核糖体DNA内部转录间隔区Ⅱ(Internal transcribed spacer 2,ITS2)技术快速、准确地鉴定出山葵、芥末和辣根,为该技术应用于芥辣类产品质量检测提供参考。以3种植物材料(山葵、辣根、白芥末)为实验材料,提取基因组DNA,通过引物ITS2S2进行PCR扩增得到ITS2片段,测序结果通过生物信息学分析进行物种鉴定。MEGA7.0(Molecular evolutionary genetics analysis)分析ITS2序列结果表明,山葵、白芥末和辣根K2P(Kimura 2-parameter)遗传距离在0.088~0.171,均大于0.01,种间变异位点有36个,初步推断利用ITS2序列能将山葵、白芥末和辣根3物种区分开来。另外,GenBank中获得山葵以及近亲西北山嵛菜、辣根、芥末的ITS2序列,MEGA7.0进行种间序列分析,计算K2P,并用邻接法(Neighbor-joining,NJ)构建进化树,山葵与近亲西北山嵛菜聚为一支,棕芥末与白芥末、黑芥末聚为一大支,而辣根单独为一支。通过分析ITS2序列,发现山葵与近亲西北山嵛菜、辣根、芥末的种间K2P遗传距离在0.030~0.105,均大于0.01。研究表明,利用ITS2技术可以鉴别山葵、辣根和芥末等近缘物种,此技术可以用于芥辣类调味品特定原料成分鉴定及定量,为食品质量控制和食品安全提供科学依据。 展开更多
关键词 山葵 辣根 芥末 内部转录间隔Ⅱ(ITS2) 物种鉴定
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ITS2序列作为青风藤DNA条形码的研究
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作者 周池 饶力群 杨华 《湖南农业科学》 2016年第5期1-4,共4页
采用DNA试剂盒法提取采自不同地区的青风藤及其类似植物的基因组DNA,设计通用ITS2引物进行PCR扩增和测序,运用生物信息学软件对序列进行分析,从而对青风藤及其类似植物进行分子鉴定。结果表明:产地为陕西、贵州、湖北的青风藤样品序列... 采用DNA试剂盒法提取采自不同地区的青风藤及其类似植物的基因组DNA,设计通用ITS2引物进行PCR扩增和测序,运用生物信息学软件对序列进行分析,从而对青风藤及其类似植物进行分子鉴定。结果表明:产地为陕西、贵州、湖北的青风藤样品序列长度分别为380~437、429~436、434~438 bp,GC含量在54.2%~55.7%,平均GC含量约为55%。青风藤及其类似植物的ITS2序列存在较大差异,且平均K2P遗传距离明显大于青风藤的种内平均K2P遗传距离。这说明内转录间隔区2(ITS2)作为DNA条形码可准确地鉴别青风藤与其他类似植物,为中药材的鉴别提供了新途径。 展开更多
关键词 青风藤 转录间隔2(ITS2) DNA条形码 中药材 鉴别
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福氏拟菱形藻(Pseudo-nitzschia fukuyoi)——中国产毒拟菱形藻的新记录 被引量:6
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作者 黄春秀 董焕嫦 +2 位作者 吴海燕 谭志军 李扬 《海洋与湖沼》 CAS CSCD 北大核心 2017年第5期1014-1021,共8页
为了提高对我国海域拟菱形藻属(Pseudo-nitzschia)物种多样性的认识,并明确其是否能够产生多莫酸(domoic acid,DA)。本文从中国沿海分离和建立了拟菱形藻的单克隆培养株系,结合光学显微镜下的群体特征、透射电镜下的超微形态学特征、基... 为了提高对我国海域拟菱形藻属(Pseudo-nitzschia)物种多样性的认识,并明确其是否能够产生多莫酸(domoic acid,DA)。本文从中国沿海分离和建立了拟菱形藻的单克隆培养株系,结合光学显微镜下的群体特征、透射电镜下的超微形态学特征、基于核糖体转录间隔区(internal transcribed spacer,ITS)的分子系统学数据,以及基于ITS2转录RNA的二级结构分析,鉴定到我国拟菱形藻属的1个新记录种:福氏拟菱形藻(P.fukuyoi Lim,Teng,Leaw&Lim)。本文对其形态学特征进行描述,与相似物种进行了对比分析;对其ITS2-RNA序列进行了分析;利用高效液相色谱-串联质谱联用法(liquid chromatography tandem mass spectrometry,LC-MS/MS)对培养藻株的产毒特征进行了分析,多个株系中均检测到DA,单细胞产毒水平为0.02—0.23pg,这是我国报道的第二种产毒拟菱形藻。利用卤虫(Artemia salina)和褶皱臂尾轮虫(Brachionus plicatilis)对福氏拟菱形藻的产毒水平进行了诱导,发现浮游动物能够提高福氏拟菱形藻的DA含量,增强幅度在4.7—28.5倍之间。本文提高了对我国拟菱形藻属物种多样性的认识,明确了福氏拟菱形藻的产毒特征和水平,为后续深入研究提供了基础数据。 展开更多
关键词 福氏拟菱形藻 物种多样性 形态学特征 核糖体转录间隔 ITS2-RNA二级结构 多莫酸
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大亚湾水域并基拟菱形藻的种类鉴定和产毒特征分析 被引量:4
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作者 黄春秀 徐国双 李扬 《水生生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2017年第5期1118-1125,共8页
为了丰富我国海域拟菱形藻(Pseudo-nitzschia Peragallo)的物种多样性,并澄清其产毒特征,研究从广东大亚湾海域分离并建立了一株拟菱形藻的单克隆培养株系MC298,通过光学显微镜下的群体特征和透射电镜下的超微形态特征观察,结合基于核... 为了丰富我国海域拟菱形藻(Pseudo-nitzschia Peragallo)的物种多样性,并澄清其产毒特征,研究从广东大亚湾海域分离并建立了一株拟菱形藻的单克隆培养株系MC298,通过光学显微镜下的群体特征和透射电镜下的超微形态特征观察,结合基于核糖体转录间隔区(Internal Transcribed Spacer,ITS)的分子系统学数据,以及基于ITS2转录RNA的二级结构分析,鉴定到我国拟菱形藻属的1个新记录种:并基拟菱形藻P.decipiens Lundholm&Moestrup。研究对其形态学特征进行了较为详细地描述,并与相似种进行了比较,还对其ITS2-RNA的特有标志结构进行了阐述。同时,利用高效液相色谱-质谱联用法(Liquid chromatography tandem mass spectrometry,LC-MS/MS)对该藻株的产毒特征进行了检测,结果未检测到DA的存在。研究不仅丰富了我国拟菱形藻属的物种多样性,也可为拟菱形藻的产毒特征研究提供基础数据。 展开更多
关键词 并基拟菱形藻 分类学 形态 核糖体转录间隔 ITS2-RNA二级结构 多莫酸
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根据DNA的序列资料探讨翅子树族的系统位置(英文) 被引量:1
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作者 解新明 张寿洲 +2 位作者 李勇 吴鸿 李秉滔 《西北植物学报》 CAS CSCD 北大核心 2005年第4期700-706,共7页
采用DNA分子测序技术对梧桐科5个族30个代表种的rbcL基因及核糖体DNA的内转录间隔区ITS序列包括ITS1、ITS2和5.8srRNA基因进行了序列分析.使用PAUP4.0b10软件对序列进行统计和分支分析,用启发式搜索方法寻找最简约树.从严格一致性树来看... 采用DNA分子测序技术对梧桐科5个族30个代表种的rbcL基因及核糖体DNA的内转录间隔区ITS序列包括ITS1、ITS2和5.8srRNA基因进行了序列分析.使用PAUP4.0b10软件对序列进行统计和分支分析,用启发式搜索方法寻找最简约树.从严格一致性树来看,梧桐科的全部代表类群主要被分为4支,一支仅为Sterculieae所构成;一支包括Helictereae的全部代表种;一支由Byttnerieae代表种所构成;最后一支由Dombeyeae和单属族翅子树族Pterospermeae所构成.rbcL和ITS系统树的不同仅表现在族内个别代表类群的位置和族的分支方式上.分析结果表明,与Helictereae相比,翅子树属Pterospermum与Dombeyeae有更近的亲缘关系.然而,在外部形态、内部解剖和胚胎学方面,二者之间又存在诸多差异,故支持将Pterospermum另立为Pterospermeae的观点. 展开更多
关键词 系统位置 树族 启发式搜索方法 转录间隔 核糖体DNA RBCL基因 rRNA基因 ITS序列 DNA分子 代表种 ITS1 测序技术 序列分析 ITS2 分支分析 分析结果 亲缘关系 外部形态 梧桐科 一致性 系统树 胚胎学 类群 解剖
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