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基于RNA-seq技术分析野生大麦穗部发育基因的表达谱及其转录动态
1
作者 霍福临 熊祝佩 +2 位作者 陈丽琴 聂小军 宋卫宁 《麦类作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2022年第6期649-658,共10页
为明确野生大麦穗部发育过程中基因表达的动态变化,以来自以色列的野生大麦Mehula1-2为材料,对其在穗部发育的4个关键时期(开花后3、8、13和18d)进行RNA-seq分析,并与栽培大麦穗部的基因表达谱进行了比较。结果表明,在野生大麦穗发育的... 为明确野生大麦穗部发育过程中基因表达的动态变化,以来自以色列的野生大麦Mehula1-2为材料,对其在穗部发育的4个关键时期(开花后3、8、13和18d)进行RNA-seq分析,并与栽培大麦穗部的基因表达谱进行了比较。结果表明,在野生大麦穗发育的4个时间点共鉴定到17163个基因,其中11273个为差异表达基因,包括635个转录因子相关基因;功能富集分析表明,这些差异基因主要富集到物质合成、代谢过程、物质运输、抗逆等相关过程或通路上;野生大麦和栽培大麦穗部基因的表达谱比较分析发现,两者共同表达的基因显著富集到细胞器、催化、代谢、调节及抗逆等相关通路上,而在特异表达基因方面,栽培大麦主要集中于甲基转移酶、次生壁生物合成、核糖体蛋白等相关基因,野生大麦主要集中于逆境抗性、花青素合成、钙调蛋白等相关基因。本研究发掘的与穗部发育相关的关键基因,丰富了大麦穗部遗传改良基因资源,为进一步解析野生大麦穗部发育关键基因的表达特性和调控机制奠定了基础。 展开更多
关键词 野生大麦 穗 转录组学 基因表达 转录动态
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斑皮柠檬桉新芽枯萎病病变过程的转录组动态分析
2
作者 甘春雁 唐庆兰 +3 位作者 朱慧 邓紫宇 李昌荣 陈升侃 《西南农业学报》 北大核心 2025年第2期315-324,共10页
【目的】研究斑皮柠檬桉新芽枯萎病病变过程的转录组动态,解析发病过程的防御应答规律,为伞房属树种的抗性育种提供参考。【方法】采用Illumina Novaseq 6000测序平台对斑皮柠檬桉发病过程的各个阶段进行转录组测序,使用RSEM软件计算基... 【目的】研究斑皮柠檬桉新芽枯萎病病变过程的转录组动态,解析发病过程的防御应答规律,为伞房属树种的抗性育种提供参考。【方法】采用Illumina Novaseq 6000测序平台对斑皮柠檬桉发病过程的各个阶段进行转录组测序,使用RSEM软件计算基因表达量(TPM),通过edgeR和STEM软件进行基因差异表达分析和表达模式分析,并进行病害相关的信号传导通路分析。【结果】从病害发展过程的各个阶段(D5、D7、D10和D14)分别筛选出差异表达基因(DEGs)16、334、1437和24个,病害发展前期(D5阶段)的DEGs较少,D10阶段的DEGs最多,D14阶段与D10阶段基因表达水平差异不大;GO功能富集的DEGs主要集中在代谢过程、细胞进程、刺激响应、催化活性、结合和转录调节因子活性等。DEGs的表达模式分析获得5个显著富集的模式,其中4个模式的基因均在D10阶段高表达,模式16基因随病害发展表达量上升,与病害密切相关。富集于MAPK信号通路的丝裂原活化蛋白激酶(MAPK)MPK3基因(Cocit.L1842)、WRKY家族转录因子编码基因(Cocit.H3601、Cocit.K0371)及水杨酸信号途径的TGA转录因子编码基因(Cocit.H3839)上调表达,通过调控病程相关蛋白基因PR1的表达、乙烯生物合成、植保素生物合成等过程,进而调控斑皮柠檬桉对新芽枯萎病的防御反应。【结论】斑皮柠檬桉抗病相关基因对新芽枯萎病的响应较迟缓;病菌侵染后第10天的防御响应最激烈,是整个病害发展过程的关键阶段,与病害的进一步传播相关;MAPK信号通路和水杨酸信号通路是斑皮柠檬桉防御反应的重要途径,MPK3基因、WRKY及TGA转录因子编码基因在防御反应调控中发挥重要的作用。 展开更多
关键词 斑皮柠檬桉 新芽枯萎病 病害发展 转录组动态 信号通路
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微拟球藻中潜在C_4循环对不同抑制剂、光质的响应
3
作者 魏力 《江苏农业科学》 北大核心 2015年第10期298-302,共5页
为了探讨微拟球藻C3、C4循环在碳固定过程中的角色和功能,通过对其基因组、转录组进行解析,发现微拟球藻IMET1中存在编码磷酸烯醇式丙酮酸羧化酶、苹果酸酶、丙酮酸磷酸双激酶、磷酸烯醇式丙酮酸羧激酶等C4途径关键酶的基因。分析了关... 为了探讨微拟球藻C3、C4循环在碳固定过程中的角色和功能,通过对其基因组、转录组进行解析,发现微拟球藻IMET1中存在编码磷酸烯醇式丙酮酸羧化酶、苹果酸酶、丙酮酸磷酸双激酶、磷酸烯醇式丙酮酸羧激酶等C4途径关键酶的基因。分析了关键C4基因的进化,并通过实时荧光定量PCR法检测了微拟球藻在不同光质条件下C4基因(磷酸烯醇式丙酮酸羧化酶、磷酸烯醇式丙酮酸羧激酶)表达量的变化。此外通过使用不同的化学抑制剂检测这些潜在C4基因对其的响应。结果表明,IMET1中存在细菌型磷酸烯醇式丙酮酸羧化酶,在系统同发育关系上,磷酸烯醇式丙酮酸羧化酶、磷酸烯醇式丙酮酸羧激酶基因都与硅藻、褐藻进化关系很近。在白光、蓝光、红光等非生物胁迫条件下,磷酸烯醇式丙酮酸羧化酶、磷酸烯醇式丙酮酸羧激酶的基因表达在蓝光下短期内会显著升高,而后相对表达又下调。在某些胁迫条件下,磷酸烯醇式丙酮酸羧化酶、丙酮酸磷酸双激酶酶等活性的升高可能改变了微拟球藻IMET1碳代谢途径的走向,C4代谢途径功能加强。 展开更多
关键词 微拟球藻 C4循环 抑制剂 转录动态
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葡萄新品种“早香玫瑰”问世
4
《农家致富》 2018年第3期19-19,共1页
日前，由安徽省合肥市农科院与安徽省亿东现代农业有限公司共同选育的葡萄新品种“早香玫瑰”，顺利通过安徽省非主要农作物品种鉴定登记委员会专家组评审，准予登记发布。据了解，
关键词 茶树生物学 橙花叔醇 生物合成 定向育种 安徽农业大学 香气品质 合成酶基因 转录本 科技动态 萜类
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全量秸秆地免耕初播技术与装备获“神农”一等奖
5
《农家致富》 2018年第3期19-19,共1页
日前，农业部南京农业机械化研究所完成的全量秸秆地免耕机播技术与装备重大成果获农业部“神农中华农业科技一等奖”。据了解，
关键词 茶树生物学 橙花叔醇 生物合成 定向育种 安徽农业大学 香气品质 合成酶基因 转录本 科技动态 萜类
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科研人员发现增进茶香新“奥秘”
6
《农家致富》 2018年第3期19-19,共1页
近日,安徽农业大学茶树生物学与资源利用国家重点实验室魏书教授课题组首次揭示了茶树芳樟醇和橙花叔醇生物合成调控新机制,为增进茶叶香气品质提供了新路径。该研究结果表明,茶树通过萜类合成酶基因的转录及其转录本的剪切加工,调控茶... 近日,安徽农业大学茶树生物学与资源利用国家重点实验室魏书教授课题组首次揭示了茶树芳樟醇和橙花叔醇生物合成调控新机制,为增进茶叶香气品质提供了新路径。该研究结果表明,茶树通过萜类合成酶基因的转录及其转录本的剪切加工,调控茶树生物挥发性信号分子的生物合成,调节其与生态群体中其他个体的互作,提高其自身的适应性。这一研究成果对增进茶叶香气品质的定向育种、栽培和加工技术有重要的指导意义。 展开更多
关键词 茶树生物学 橙花叔醇 生物合成 定向育种 安徽农业大学 香气品质 合成酶基因 转录本 科技动态 萜类
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