苹果微型反向重复转座元件(MITE)的分离与鉴定 被引量：1

1

作者 孙海悦 张志宏 《西北农林科技大学学报（自然科学版）》 CSCD 北大核心 2014年第8期147-154,共8页

【目的】从苹果基因组中分离微型反向重复转座元件(MITE),研究其对苹果基因组进化的作用。【方法】利用PIF转座酶简并引物扩增苹果PIF转座酶基因,采用染色体步移技术获得PIF转座酶基因的未知侧翼序列,使用EMBOSS的Eiverted软件查找靶位... 【目的】从苹果基因组中分离微型反向重复转座元件(MITE),研究其对苹果基因组进化的作用。【方法】利用PIF转座酶简并引物扩增苹果PIF转座酶基因,采用染色体步移技术获得PIF转座酶基因的未知侧翼序列,使用EMBOSS的Eiverted软件查找靶位点重复(target site duplication,TSD)和末端反向重复(terminal inverted repeat,TIR)序列。【结果】苹果MITEs拥有MITEs的典型特征,包括长度短,不具有潜在的编码能力,富含A+T,易插入非编码区,有TIRs和TSDs,有形成二级结构的可能。【结论】苹果MITEs属于Tourist家族,与苹果PIF DNA转座子相关;苹果MITEs与基因相连,在基因调节上起重要作用;苹果MITEs具有潜在的转座能力,对苹果遗传多样性、进化及育种有重要作用。 展开更多

关键词 苹果 转座元件 微型反向重复转座元件

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原生动物基因组转座元件的研究进展 被引量：4

2

作者 许金山 周泽扬 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2008年第8期967-976,共10页

转座元件是一类广泛分布于真核生物的可移动的遗传因子,可以引起基因重组和变异,在物种进化及遗传改良中起着重要作用。针对近年来原生动物全基因组序列中大量发现的转座元件,文章着重比较了转座元件在锥虫、利什曼虫、微孢子虫、变形... 转座元件是一类广泛分布于真核生物的可移动的遗传因子,可以引起基因重组和变异,在物种进化及遗传改良中起着重要作用。针对近年来原生动物全基因组序列中大量发现的转座元件,文章着重比较了转座元件在锥虫、利什曼虫、微孢子虫、变形虫和滴虫基因组序列中的存在种类、分布特征及其功能意义。原生动物转座元件以LINE和SINE为主,其次是DNA转座元件和LTR反转座元件,部分转座元件在高A+T含量区富集,预示着转座元件与基因组序列A+T含量有着紧密联系。根据不同种微孢子虫基因组之间转座元件的差异,推测在微孢子虫基因组进化过程中,至少经历了一次转座元件的丢失事件。最后对转座元件在原生动物寄生虫的进一步研究和应用作了展望。 展开更多

关键词 原生动物 转座元件 基因组 微孢子虫

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枣树基因组中转座元件分析 被引量：1

3

作者 郭向萌 张亚平 +1 位作者 付鹏程 押辉远 《江苏农业学报》 CSCD 北大核心 2017年第2期-,共5页

转座子是基因组演化的重要因素。为了探明转座子在枣树(Ziziphus jujuba Mill.)基因组演化中可能的作用,采用生物信息学工具对枣树基因组中的转座元件进行分析。结果表明,所有转座元件占枣树基因组的23.38%,其中DNA转座子占8.60%(包括0.... 转座子是基因组演化的重要因素。为了探明转座子在枣树(Ziziphus jujuba Mill.)基因组演化中可能的作用,采用生物信息学工具对枣树基因组中的转座元件进行分析。结果表明,所有转座元件占枣树基因组的23.38%,其中DNA转座子占8.60%(包括0.34%的MITEs)、LTR反转录转座子占12.23%、Non-LTR反转录转座子占2.30%、内源性反转录病毒占0.25%。系统进化树分析结果表明,MITEs和LTR反转录转座子在演化过程中进行过复制和扩增,这说明转座子的活动和枣树基因组的进化是相关的。本研究将有助于研究枣树基因组的遗传多样性及进行相关种质资源的鉴定。 展开更多

关键词 枣树(ZiziphusjujubaMill.) 基因组 转座元件

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雷蒙德氏棉PIF-like转座元件鉴定与特征分析

4

作者 徐珍珍 彭珍 +2 位作者 刘静 沈新莲 杜建厂 《棉花学报》 CSCD 北大核心 2016年第2期138-143,共6页

PIF-like转座元件在植物基因组中含量丰富,是植物DNA转座子的重要组成部分。利用基因组学和生物信息学的研究手段,系统研究了雷蒙德氏棉全基因组水平PIF-like转座元件的数量、染色体分布、结构特征、表达模式及相邻基因的种类和功能等,... PIF-like转座元件在植物基因组中含量丰富,是植物DNA转座子的重要组成部分。利用基因组学和生物信息学的研究手段,系统研究了雷蒙德氏棉全基因组水平PIF-like转座元件的数量、染色体分布、结构特征、表达模式及相邻基因的种类和功能等,共鉴定了440条包含转座酶且插入位置明确的PIF-like转座元件。这些元件几乎均匀地分布在13条染色体上,上下游2 kb内共有171个相邻编码蛋白的基因,其中132个基因注释到了GO数据库中,且这些基因的功能分布广泛;部分PIF-like转座元件表达,且具有组织特异性。这些遗传信息为深入研究棉花PIF-like转座元件介导的基因和基因组的进化规律以及棉花基因的功能奠定基础。 展开更多

关键词 PIF-like转座元件 雷蒙德氏棉 生物信息学 基因组

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植物转座元件及其表观遗传调控

5

作者 于海婵 张桂芳 张根发 《北京师范大学学报（自然科学版）》 CAS CSCD 北大核心 2015年第1期54-59,共6页

植物的转座元件对于植物基因组的组成、进化和基因表达都具有重要影响.植物绝大部分的转座元件都处于沉默状态.植物机体通过一套识别转座元件并进行表观遗传沉默的有效机制,可逆地调控着转座元件的激活与沉默.本文综述了转座元件沉默和... 植物的转座元件对于植物基因组的组成、进化和基因表达都具有重要影响.植物绝大部分的转座元件都处于沉默状态.植物机体通过一套识别转座元件并进行表观遗传沉默的有效机制,可逆地调控着转座元件的激活与沉默.本文综述了转座元件沉默和激活的表观遗传机制. 展开更多

关键词 转座元件 转座子 表观遗传 表观遗传机制

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转座元件mariner 被引量：6

6

作者 张卉 王小珂 马世俊 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2004年第5期756-762,共7页

自mariner转座元件在Drosophilamauritiana中首次发现至今已经在包括人类在内的多种生物体中证实了mariner及类mariner元件(MLEs)的存在。MLEs属于mariner/Tc1超家族 II型转座元件中分布最广、种类最多的超家族之一。MLEs的转座酶都具有... 自mariner转座元件在Drosophilamauritiana中首次发现至今已经在包括人类在内的多种生物体中证实了mariner及类mariner元件(MLEs)的存在。MLEs属于mariner/Tc1超家族 II型转座元件中分布最广、种类最多的超家族之一。MLEs的转座酶都具有"D,D(34)D"的结构,并能催化MLEs通过"剪切和粘贴"机制进行转座。它们的宿主广泛和多样,能够进行种系传递,这都表明MLEs的转座不需要宿主特异元件的参与。MLEs对多种生物尤其对脊椎动物的成功转化更支持了它们的不依赖宿主的转座机制,而且让人们看到了它们作为转基因载体的巨大潜能。 展开更多

关键词 MARINER MLEs 转座元件 种系转化 转化载体

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大豆HGm1 helitron转座元件的鉴定与生物信息学分析

7

作者 彭珍 刘静 +2 位作者 郭月 李英 杜建厂 《南京农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2016年第4期527-533,共7页

[目的]helitron转座元件是近年来发现的一种结构新颖和转座方式独特的DNA转座子。我们从全基因组水平上对大豆基因组中拷贝数最多的helitron HGm1家族进行深入分析,旨在为后续进一步明确helitron转座元件在大豆及其近缘种基因和基因组... [目的]helitron转座元件是近年来发现的一种结构新颖和转座方式独特的DNA转座子。我们从全基因组水平上对大豆基因组中拷贝数最多的helitron HGm1家族进行深入分析,旨在为后续进一步明确helitron转座元件在大豆及其近缘种基因和基因组演化中所起的作用提供帮助。[方法]利用基因组学和生物信息学的研究手段,我们对大豆HGm1家族的数量、结构特征、染色体分布、插入基因情况,基因片段的捕获及表达模式等进行了详细的研究。[结果]从公开发表的大豆基因组序列中共鉴定出254个HGm1转座元件。这些元件的3'末端十分保守,主要由GC含量较高的碱基组成。HGm1元件主要分布在AT丰富的区域,并在重组受到显著抑制的异染色质区域富集。研究还发现,68个元件被83个外源的转座元件插入;64个元件插入到编码蛋白的基因附近(<2 kb);115个元件携带154个完整的外源基因;52个元件有潜在的转录活性,在根、茎、叶、花和种子中,以及干旱胁迫和组织培养条件都有所表达。[结论]与玉米中有关helitron的研究结果相似,HGm1家族在大豆基因组中经常以巢式的结构存在,具有频繁插入到基因附近和捕获基因的现象,并且部分成员具有潜在的转录活性。而与玉米helitron不同的是,大豆HGm1 helitron家族主要分布在基因贫乏的异染色质区域。因此,HGm1家族在改变大豆基因结构和调节基因表达以及影响大豆基因组的演化过程中具有较为重要的作用。 展开更多

关键词 大豆 helitron转座元件 分布 插入 捕获 转录

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菜豆CACTA转座元件注释、标记开发及其在品种鉴定中的应用

8

作者 翟小杰 李阳 +5 位作者 程静 徐照龙 刘大亮 袁娜 李英 杜建厂 《南京农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2021年第4期646-655,共10页

[目的]本文旨在对菜豆(Phaseolus vulgaris)基因组中CACTA转座元件进行鉴定,分析其序列特征、插入位点特征、进化关系、基因结构和功能基因并进行标记开发,为CACTA转座元件功能研究和应用奠定基础。[方法]基于菜豆的全基因组数据,采用... [目的]本文旨在对菜豆(Phaseolus vulgaris)基因组中CACTA转座元件进行鉴定,分析其序列特征、插入位点特征、进化关系、基因结构和功能基因并进行标记开发,为CACTA转座元件功能研究和应用奠定基础。[方法]基于菜豆的全基因组数据,采用生物信息学方法进行序列鉴定和分析;基于所鉴定的CACTA转座元件插入位点多态性,随机设计51对引物;利用筛选的11对引物,对24个菜豆品种进行亲缘关系分析和分子身份证构建。[结果]菜豆基因组中共鉴定出来源于20个家族的1645个插入位置明确的CACTA转座元件。这些元件DNA总长度约4.71 Mb,占整个基因组DNA的0.9%左右。CACTA转座元件均匀分布在11条染色体上,与功能基因的分布没有相关性。插入偏好性分析提示,菜豆CACTA转座元件更倾向于插入AT富集区域。系统进化分析表明,菜豆CACTA转座元件可以划分为4个进化支。CladeⅠ和CladeⅣ进化支分别拥有最多的家族数量(50.0%)和元件数量(57.7%),但各进化支家族数量与元件数量差异较大。与功能基因的关系分析表明,有390个CACTA转座元件插入功能基因的内部或基因的临近区域(<2 kb);有258个元件捕获完整的基因或基因片段。标记开发结果显示,材料间遗传相似系数为0.28~1.00,平均遗传相似系数为0.64,并在遗传相似系数0.53水平上可以将24个品种分为4类。[结论]本研究从全基因组水平上系统鉴定和注释了菜豆基因组中的CACTA转座元件,并明确了其在基因组中的分布规律、插入偏好性、系统进化关系和与基因之间的关系;构建了菜豆品种特异的分子身份证,可用于菜豆品种的系统分类、亲缘关系和品种鉴定。 展开更多

关键词 CACTA转座元件 分子标记 生物信息学 菜豆

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基于蓝藻全基因组原始数据的转座元件挖掘及组成分析

9

作者 肖鹏 李仁辉 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2011年第6期654-660,共7页

二代测序技术及全基因组多样性比较是现代生物学及信息科学研究的热点,对基因组中转座元件(Transposable element)的分析已成为基因组比较分析的重要组成部分。目前对于转座元件的种类、数量和组成的挖掘和分析一般是基于完全拼接后的... 二代测序技术及全基因组多样性比较是现代生物学及信息科学研究的热点,对基因组中转座元件(Transposable element)的分析已成为基因组比较分析的重要组成部分。目前对于转座元件的种类、数量和组成的挖掘和分析一般是基于完全拼接后的全基因组序列,对在此之前的海量短片段序列后期处理及拼接仍是目前基因组研究的盲点,以转座元件为主的重复序列在拼接过程中也存在着不可避免的拼接误差或丢失,给转座元件系统的分析带来不确定。文章旨在建立一套分析流程,对铜绿微囊藻NIES 843全基因组构建的罗氏(Roche)公司454测序随机模拟原始数据集的转座元件(主要类型为插入序列:Insert sequence,IS)组成进行分析,结果表明,采用对核酸探针扫描后备选序列分成3组,并分设氨基酸检测阈值的方案分析得到的结果较为可靠,结果显示铜绿微囊藻NIES843的蓝藻转座元件占基因组比例的10.38%,归属于14个IS家族,66个IS亚家族。与之前基于完整拼接基因组数据的两套不同分析流程得到的结果相比,在丰度及家族/亚家族组成上无显著差异,在转座元件序列水平上也显示了高比例的相似性序列重叠,证实了本研究流程在基于高通量测序原始数据的转座元件分析方面具可靠性及实用性。 展开更多

关键词 蓝藻基因组 插入序列 IS家族 转座元件 Roche454测序原始数据

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转座元件、表观遗传调控与细胞命运决定 被引量：3

10

作者 何江平 陈捷凯 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2021年第9期822-834,共13页

转座元件是哺乳动物基因组内含量最多的元素。尽管转座元件的存在对基因组稳定性具有潜在的危险,但它们同时还是潜在的基因调控序列、蛋白质编码序列和染色质结构序列,并参与物种进化过程。因此,基因组中转座元件的有害性和有益性保持... 转座元件是哺乳动物基因组内含量最多的元素。尽管转座元件的存在对基因组稳定性具有潜在的危险,但它们同时还是潜在的基因调控序列、蛋白质编码序列和染色质结构序列,并参与物种进化过程。因此,基因组中转座元件的有害性和有益性保持着谨慎的平衡,并且这种平衡主要由表观遗传修饰来调控。本文详细介绍了异染色质类型表观遗传修饰如H3K9me3和DNA甲基化在转座元件沉默中的功能;转座元件作为增强子元件富集激活型表观遗传修饰如H3K4me1和H3K27ac,以及作为转录因子结合靶点、染色质构象锚点等方式参与基因表达调控的模式;从体内胚胎发育到体外细胞命运转变,阐述了转座元件在细胞命运决定中的潜在功能及作用方式;最后,对转座元件领域研究存在的挑战及潜在解决方法提出了见解。总之,本文对转座元件与表观遗传、基因表达调控以及细胞命运决定等方面的研究及存在的问题进行了较全面的综述,旨在为相关领域的研究人员提供参考。 展开更多

关键词 转座元件 表观遗传调控 细胞命运决定

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微孢子虫转座元件的研究现状

11

作者 罗洁 潘国庆 周泽扬 《蚕学通讯》 2008年第2期10-15,共6页

转座子是基因组中可以从一个位点转移到另一个位点并进而影响到与之相关的基因功能的遗传因子,是造成基因组内突变的主要原因之一。本文针对兔脑炎微孢子虫、蝗虫微孢子虫、家蚕微孢子虫、比氏肠细胞内原虫、Spraguea lophii、Edhazardi... 转座子是基因组中可以从一个位点转移到另一个位点并进而影响到与之相关的基因功能的遗传因子,是造成基因组内突变的主要原因之一。本文针对兔脑炎微孢子虫、蝗虫微孢子虫、家蚕微孢子虫、比氏肠细胞内原虫、Spraguea lophii、Edhazardia aedis以及Brachiola algerae等物种的已发布的转座元件序列进行概括性总结,并对转座元件在微孢子虫基因组进化中的作用进行了分析。 展开更多

关键词 转座元件 微孢子虫 基因组进化

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转座元件在植物生长发育中的作用

12

作者 王姗姗 《现代农业科技》 2017年第9期142-146,共5页

转座元件依据转座机制通常分为反转座子和DNA转座子2类。将关于反转座子、DNA转座子对于基因表达和植物生长发育的影响的研究进行总结,发现转座元件主要通过以下4种方式影响基因表达:第一,通过插入基因内部,破坏基因的完整结构从而使基... 转座元件依据转座机制通常分为反转座子和DNA转座子2类。将关于反转座子、DNA转座子对于基因表达和植物生长发育的影响的研究进行总结,发现转座元件主要通过以下4种方式影响基因表达:第一,通过插入基因内部,破坏基因的完整结构从而使基因失活,如插入到基因的外显子、内含子及5′UTR区;第二,通过插入到基因的调控区而影响基因的表达水平,包括插入到基因的启动子、增强子、衰减子区,或为基因表达提供新的启动子或cis作用位点作为增强子;第三,通过一系列表观遗传机制影响基因的表达,如DNA甲基化及Si RNA;第四,通过染色体重组、基因复制、基因丢失等机制影响基因的拷贝数及表达水平,甚至产生新的基因。 展开更多

关键词 转座元件 基因表达 表型 植物生长发育

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植物转座元件注释及生物学功能研究进展

13

作者 郑永强 邹洁 +1 位作者 温兴鹏 吴志国 《植物科学学报》 CAS CSCD 北大核心 2021年第5期543-551,共9页

转座元件是指在基因组中能够移动、复制并重新整合到基因组新位点的DNA片段。在植物中,多种类型的转座元件,特别是占比较高的LTR类逆转录转座元件,可以通过产生新基因和转录本、提供调节元件、改变基因结构等多种途径广泛调控基因表达,... 转座元件是指在基因组中能够移动、复制并重新整合到基因组新位点的DNA片段。在植物中,多种类型的转座元件,特别是占比较高的LTR类逆转录转座元件,可以通过产生新基因和转录本、提供调节元件、改变基因结构等多种途径广泛调控基因表达,最终多维度有效推动基因组进化。同时,基因组测序组装技术的快速发展也为转座元件的检测、注释提供了良好契机。本文从结构分类、全基因组检测、功能研究、基因组进化4个方面对当前植物转座元件的研究进展进行综述,同时对今后的研究方向进行了展望。 展开更多

关键词 植物转座元件 基因组进化 检测注释 功能研究

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利用转座子TnYLB-1构建枯草芽孢杆菌的突变体文库 被引量：17

14

作者 马欣 刘俊 +2 位作者 乔俊卿 伍辉军 高学文 《南京农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2011年第6期77-81,共5页

为了鉴定枯草芽孢杆菌定殖和促进植物生长相关基因,用携带转座子TnYLB-1的穿梭载体pMarA转化枯草芽孢杆菌OKB105菌株。高温诱变条件下,筛选了2 000个转座子插入突变的单克隆,构建了OKB105菌株的突变体文库。对随机挑选的15个突变体采用... 为了鉴定枯草芽孢杆菌定殖和促进植物生长相关基因,用携带转座子TnYLB-1的穿梭载体pMarA转化枯草芽孢杆菌OKB105菌株。高温诱变条件下,筛选了2 000个转座子插入突变的单克隆,构建了OKB105菌株的突变体文库。对随机挑选的15个突变体采用PCR及Southern杂交验证,结果表明:转座子TnYLB-1以单拷贝、随机方式插入到OKB105菌株的染色体上。 展开更多

关键词 枯草芽孢杆菌OKB105 TnYLB-1转座子 pMarA质粒 Himar1转座元件 随机诱变

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家蚕LTR逆转录转座子的鉴定、分类及系统发育分析

15

作者 许红恩 韩民锦 +3 位作者 张化浩 沈以红 向仲怀 张泽 《昆虫学报》 CAS CSCD 北大核心 2011年第11期1211-1222,共12页

转座子是真核生物基因组的重要组成成分。为了研究家蚕Bombyx mori长末端重复序列(long terminal repeat,LTR)逆转录转座子的分类及进化,本研究采用denovo预测和同源性搜索相结合的方法,在家蚕基因组中共鉴定出了38个LTR逆转录转座子家... 转座子是真核生物基因组的重要组成成分。为了研究家蚕Bombyx mori长末端重复序列(long terminal repeat,LTR)逆转录转座子的分类及进化,本研究采用denovo预测和同源性搜索相结合的方法,在家蚕基因组中共鉴定出了38个LTR逆转录转座子家族,序列长度占整个基因组的0.64%,远小于先前预测的11.8%,其中有6个家族为本研究的新发现。38个家族中,26个家族有表达序列标签(expression sequencetag,EST)证据,表明这些家族具有潜在的活性。对有EST证据的6个家族和没有EST证据的5个家族用RT-PCR进行了组织表达谱实验,结果表明这11个家族在一些组织中有表达,这进一步证实了这些家族具有转录活性,基于此我们推测家蚕中大部分的LTR逆转录转座子家族很可能具有潜在活性。对转座子的插入时间进行估计,结果表明绝大部分元件都是最近1百万年内插入到家蚕基因组中的。我们还比较了黑腹果蝇Drosophila melanogaster、冈比亚按蚊Anopheles gambiae和家蚕B.mori中Ty3/Gypsy超家族分支的差异,结果表明不同枝在不同昆虫中有着不同的扩张。家蚕中LTR逆转录转座子的鉴定和系统分析有助于我们理解逆转录转座子在昆虫进化中的作用。 展开更多

关键词 家蚕 基因组 转座元件 LTR逆转录转座子 系统发育分析 组织表达谱

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枯草芽孢杆菌YZ-1突变体库构建与产表面活性素优势菌株筛选

16

作者 万莉 何月秋 +5 位作者 谢鑫欣 刘迎龙 何鹏搏 Shahzad MUNIR 吴毅歆 何鹏飞 《西南农业学报》 CSCD 北大核心 2024年第11期2475-2484,共10页

【目的】拟通过构建高效杀虫枯草芽孢杆菌YZ-1的转座突变体库,从中筛选出高产表面活性素的突变体菌株,为后续YZ-1的表面活性素合成调控机制解析和开发利用提供前期材料。【方法】利用携带转座子TnYLB-1和温敏型复制蛋白的穿梭载体pMarA... 【目的】拟通过构建高效杀虫枯草芽孢杆菌YZ-1的转座突变体库,从中筛选出高产表面活性素的突变体菌株,为后续YZ-1的表面活性素合成调控机制解析和开发利用提供前期材料。【方法】利用携带转座子TnYLB-1和温敏型复制蛋白的穿梭载体pMarA转化YZ-1,通过50℃高温诱导转座子转座,并对转座突变体进行抗性培养复筛,构建YZ-1菌株的转座突变体库。组合使用血平板法初筛,溴百里香酚蓝比色法复筛及HPLC定量检测,从突变体库中筛选表面活性素合成显著增强的突变体。【结果】通过自然转化将pMarA质粒导入枯草芽孢杆菌YZ-1中,获得含有3000株转座突变子的YZ-1突变体库,从中筛选出11株表面活性素合成增强的候选菌株。HPLC检测显示与YZ-1野生型相比,表面活性素合成量增强及相近的突变体有5株(M1、M6、M7、M8、M9),显著下降的有6株(M2、M3、M4、M5、M10、M11),其中表面活性素产量最高的为M8突变体(282.4 mg/L),较野生型增加13.7%,最低的为M2菌株(47.53 mg/L),较野生型下降80.9%。【结论】增设抗性复筛培养可提高YZ-1突变体库的正确率。基于血平板培养和溴百里香酚蓝比色的高通量筛选可初步筛选脂肽类产物显著变化的突变体菌株。 展开更多

关键词 枯草芽孢杆菌 表面活性素 TnYLB-1转座子 pMarA质粒 Himar1转座元件

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植物抗病基因的进化 被引量：5

17

作者 庄军 刘志昕 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2004年第6期962-968,共7页

植物抗病基因在进化中形成了几种共有的进化形式。植物祖先抗病基因的复制创造了新基因座。基因间和基因内重组导致了变异 ,也导致了新特异性抗病基因的产生。另外 ,与特异性识别相关的富含亮氨酸重复区顺应于适应性选择。同样 ,类转座... 植物抗病基因在进化中形成了几种共有的进化形式。植物祖先抗病基因的复制创造了新基因座。基因间和基因内重组导致了变异 ,也导致了新特异性抗病基因的产生。另外 ,与特异性识别相关的富含亮氨酸重复区顺应于适应性选择。同样 ,类转座元件在抗病基因座中的插入加速了抗病基因的进化。随着抗病基因的进化 ,抗病反应也呈现出多样化 。 展开更多

关键词 富含亮氨酸重复区 复制 重组 类转座元件 过敏性反应

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两种方法对大熊猫基因组重复序列的注释比较 被引量：1

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作者 彭长军 牛李丽 +2 位作者 邓家波 余建秋 李静 《四川动物》 北大核心 2017年第2期121-130,共10页

重复序列是动物基因组的重要组分,对于基因组结构多样性、调节基因表达和介导多种遗传疾病具有重要影响。本研究采用了2种策略:基于序列比对的Repeat Masker(RM)和从头预测的Repeat Scout(RS),对大熊猫Ailuropoda melanoleura基因组中... 重复序列是动物基因组的重要组分,对于基因组结构多样性、调节基因表达和介导多种遗传疾病具有重要影响。本研究采用了2种策略:基于序列比对的Repeat Masker(RM)和从头预测的Repeat Scout(RS),对大熊猫Ailuropoda melanoleura基因组中的重复序列进行鉴定与注释,详细阐明了其转座子元件(TE)的组成、类型、数量、亚家族、长度分布、分化率等。比较2种注释方法的结果,RM注释到的TE数量在绝大部分亚家族中均多于RS,而在某些亚家族中则少于RS;RS注释到的TE亚家族类型及平均长度均小于RM。此外,RS构建的大熊猫TE一致性序列中,有20%不属于现有的重复序列类型,可能包含大熊猫特有的TE类型。研究结果对于阐明大熊猫重复序列的特征及其生物学功能奠定了重要基础。 展开更多

关键词 重复序列 转座子元件 RepeatMasker RepeatScout 大熊猫

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