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Asia1型口蹄疫病毒VP1蛋白进化踪迹分析
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作者 牛银杰 王靖飞 《中国预防兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2014年第8期615-619,共5页
为预测口蹄疫病毒(FMDV)VP1蛋白的重要功能残基,本研究利用进化踪迹及蛋白结构同源建模等方法对91株Asia 1型FMDV的VP1氨基酸序列进行分析,结果显示91个病毒株分属于B、C和D分支,2005年~2006年分离株处于另一个分支,命名为E分支。以1... 为预测口蹄疫病毒(FMDV)VP1蛋白的重要功能残基,本研究利用进化踪迹及蛋白结构同源建模等方法对91株Asia 1型FMDV的VP1氨基酸序列进行分析,结果显示91个病毒株分属于B、C和D分支,2005年~2006年分离株处于另一个分支,命名为E分支。以10分区分析进化树,共34个组特异残基,其中140S、141S、146L、148A、149L、150A、151R、152R、153V、155N和156R分布于G-H环区域,预测它们与抗原性和受体结合特性有关;B、C、D和E 4个分支的组内特异残基分别为24S、153G、196H;59H、141P、146M、150S、169N;50I、135A和99N、127S、140S、151R,这些残基为各分支的分子标识;组特异残基35V、80L、93S、127A分布于VP1和其他结构蛋白的作用界面,可能对病毒的装配具有重要作用。本研究结果为FMDV的VP1功能研究提供了参考数据。 展开更多
关键词 Asia 1型口蹄疫病毒 VP1蛋白 踪迹进化分析 同源建模
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腾冲嗜热厌氧菌的超氧化物歧化酶的进化踪迹分析
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作者 刘元东 刘楚干 +1 位作者 丁建南 邱冠周 《湖南师范大学自然科学学报》 CAS 北大核心 2007年第4期110-113,共4页
通过同源模建和分子动力学模拟,一个由腾冲嗜热厌氧菌的sod基因编码的蛋白质的可靠的分子结构被建立.对建立的结构进行进化踪迹分析识别出了11个踪迹残基.在它们当中,残基Asn36,Gly101和Glu158的位置遍布整个结构,无规可循;其余的残基... 通过同源模建和分子动力学模拟,一个由腾冲嗜热厌氧菌的sod基因编码的蛋白质的可靠的分子结构被建立.对建立的结构进行进化踪迹分析识别出了11个踪迹残基.在它们当中,残基Asn36,Gly101和Glu158的位置遍布整个结构,无规可循;其余的残基都明显地聚于一个靠近铁原子的子类当中.这些结果表明,该基因编码含铁的超氧化物歧化酶;同时,那些铁原子附近的踪迹残基跟铁的绑定和催化功能直接相关. 展开更多
关键词 超氧化物歧化酶 腾冲嗜热厌氧菌 同源建模 进化踪迹分析 分子动力学
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真核翻译延伸因子1A蛋白家族功能位点的进化踪迹分析 被引量:5
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作者 周峰 刘燕 +1 位作者 马永贵 黄原 《中国生物化学与分子生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2013年第8期773-782,共10页
真核翻译延伸因子1A(eEF1A)是真核生物蛋白质翻译过程中能将氨酰tRNA运送到核糖体A位点参与多肽延伸反应的多功能蛋白质.本文主要利用多种生物信息学分析工具进行地中海涡虫翻译延伸因子1A(SmEF1A)蛋白序列的查找与eEF1A直系同源蛋白的... 真核翻译延伸因子1A(eEF1A)是真核生物蛋白质翻译过程中能将氨酰tRNA运送到核糖体A位点参与多肽延伸反应的多功能蛋白质.本文主要利用多种生物信息学分析工具进行地中海涡虫翻译延伸因子1A(SmEF1A)蛋白序列的查找与eEF1A直系同源蛋白的搜索,并基于90条直系同源蛋白进行eEF1A蛋白家族的进化踪迹分析和SmEF1A蛋白功能位点的比较研究.结果表明,在eEF1A蛋白家族中共识别到338个踪迹残基位点和20个踪迹残基富集区域,SmEF1A蛋白的功能位点与踪迹残基位点密切相关,与GTP/Mg2+结合相关的S21、T72、D91、G94等重要位点均为全家族保守的踪迹残基,N-糖基化、磷酸化等蛋白修饰位点中踪迹残基位点往往是被修饰的部位或修饰功能发挥的关键辅助位点,而位于分子表面的配基结合口袋则与20个踪迹残基富集区域在分子表面形成的踪迹残基簇关系密切.eEF1A蛋白家族的进化踪迹分析为eEF1A蛋白重要功能区域关键残基的确定和未知功能位点的预测提供了重要信息. 展开更多
关键词 真核翻译延伸因子1A(eEF1A) 地中海涡虫 进化踪迹分析 功能位点
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鸡传染性法氏囊病毒基因组A节段编码前体多聚蛋白的遗传踪迹分析 被引量:1
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作者 侯仲杰 王靖飞 +5 位作者 付朝阳 高宏雷 高玉龙 祁小乐 郭莹莹 王笑梅 《中国预防兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2012年第1期28-32,共5页
为研究鸡传染性法氏囊病毒(IBDV)毒力变异的分子机理,本实验采用进化踪迹分析方法对GenBank中登录的28个毒力不同的IBDV参考病毒株的基因组A节段编码的前体多聚蛋白(NH2-pVP2-VP4-VP3-COOH)推导的氨基酸序列进行分析。结果表明超强IBDV... 为研究鸡传染性法氏囊病毒(IBDV)毒力变异的分子机理,本实验采用进化踪迹分析方法对GenBank中登录的28个毒力不同的IBDV参考病毒株的基因组A节段编码的前体多聚蛋白(NH2-pVP2-VP4-VP3-COOH)推导的氨基酸序列进行分析。结果表明超强IBDV与标准IBDV的差异位点集中在第299位、451位、680位、715位和751位氨基酸上;致弱IBDV与标准IBDV的差异位点在第242位、253位、330位和981位氨基酸。该结果为进一步研究IBDV的毒力变异奠定基础。 展开更多
关键词 鸡传染性法氏囊病毒 前体多聚蛋白 毒力变异 进化踪迹分析
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