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膜蛋白跨膜区段的预测分析
被引量：
18
1
作者
邱建丁
梁汝萍
+2 位作者
谭学才
邹小勇
莫金垣
《高等学校化学学报》
SCIE
EI
CAS
CSCD
北大核心
2004年第5期831-836,共6页
将连续小波变换技术的时频局部化特点和氨基酸的疏水特性相结合 ,提出了一种用于预测膜蛋白跨膜区段数目和位置的新方法 ,以代码为 1 YST的膜蛋白为例 ,对小波尺度和疏水值的种类进行了选择 ,同时描述了该法对跨膜螺旋区数目和位置的预...
将连续小波变换技术的时频局部化特点和氨基酸的疏水特性相结合 ,提出了一种用于预测膜蛋白跨膜区段数目和位置的新方法 ,以代码为 1 YST的膜蛋白为例 ,对小波尺度和疏水值的种类进行了选择 ,同时描述了该法对跨膜螺旋区数目和位置的预测分析过程 .从膜蛋白数据库中随机抽取 3 6个蛋白质 (含跨膜螺旋区 2 3 2 )作为测试集 ,采用该方法对其跨膜螺旋区进行预测 ,其中 2 2 2个跨膜螺旋区能被准确预测 ,准确率为 96.1 % .结果表明 。
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关键词
膜
蛋白
跨膜螺旋区
预测
连续小波变换
疏水性
细胞
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职称材料
基于小波分析的膜蛋白跨膜区预测方法研究
2
作者
肖玮
李宏
《计算机工程与应用》
CSCD
北大核心
2006年第12期82-84,99,共4页
文章基于离散小波变换提出了一种用于预测膜蛋白跨膜区数目和位置的新方法。以代码为1Q16的膜蛋白为例,通过选择合适的小波函数和分解级数,对1Q16对应的疏水值信号进行消噪处理,能够准确预测出跨膜区的数目。根据文章提出的膜蛋白家族...
文章基于离散小波变换提出了一种用于预测膜蛋白跨膜区数目和位置的新方法。以代码为1Q16的膜蛋白为例,通过选择合适的小波函数和分解级数,对1Q16对应的疏水值信号进行消噪处理,能够准确预测出跨膜区的数目。根据文章提出的膜蛋白家族阀值表,为膜蛋白数据选择合适的阀值,可以准确地预测出1Q16包含的跨膜区的具体位置。我们从膜蛋白数据库MPtopo中随机抽取90条膜蛋白数据作为测试集(含跨膜区335个),跨膜区预测准确率、膜蛋白序列预测准确率分别达到94.1%、88.9%。
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关键词
膜
蛋白
跨膜螺旋区
小波分析
阀值
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职称材料
基于疏水性小波分析的膜蛋白结构预测
被引量：
7
3
作者
邱建丁
荣联清
+3 位作者
梁汝萍
谭学才
邹小勇
莫金垣
《分析测试学报》
CAS
CSCD
北大核心
2004年第6期1-4,8,共5页
膜蛋白在细胞膜上具有重要的生理功能 ,大部分膜蛋白在药物设计、转运蛋白和免疫识别等方面起着关键的作用 ,从分子水平上预测这类蛋白质的结构具有非常重要的意义。本文提出一种基于氨基酸疏水性小波变换技术预测膜蛋白跨膜区段数目和...
膜蛋白在细胞膜上具有重要的生理功能 ,大部分膜蛋白在药物设计、转运蛋白和免疫识别等方面起着关键的作用 ,从分子水平上预测这类蛋白质的结构具有非常重要的意义。本文提出一种基于氨基酸疏水性小波变换技术预测膜蛋白跨膜区段数目和位置的新方法。以代码为upkb_bovin的膜蛋白为例 ,对跨膜螺旋区数目和位置的预测分析进行了描述。从膜蛋白数据库中随机抽取36个蛋白质 (含跨膜螺旋区232)作为测试集检验小波分析的预测方法 ,其中226个跨膜螺旋区能被准确预测 ,准确率为96.8%。结果表明 。
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关键词
疏水性
小波变换
膜
蛋白
结构
预测
跨膜螺旋区
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职称材料
题名
膜蛋白跨膜区段的预测分析
被引量：
18
1
作者
邱建丁
梁汝萍
谭学才
邹小勇
莫金垣
机构
中山大学化学与化学工程学院
出处
《高等学校化学学报》
SCIE
EI
CAS
CSCD
北大核心
2004年第5期831-836,共6页
基金
国家自然科学基金 (批准号 :2 9975 0 3 3 )
广东省自然科学基金 (批准号:0 0 12 3 7和 0 3 15 77)资助
文摘
将连续小波变换技术的时频局部化特点和氨基酸的疏水特性相结合 ,提出了一种用于预测膜蛋白跨膜区段数目和位置的新方法 ,以代码为 1 YST的膜蛋白为例 ,对小波尺度和疏水值的种类进行了选择 ,同时描述了该法对跨膜螺旋区数目和位置的预测分析过程 .从膜蛋白数据库中随机抽取 3 6个蛋白质 (含跨膜螺旋区 2 3 2 )作为测试集 ,采用该方法对其跨膜螺旋区进行预测 ,其中 2 2 2个跨膜螺旋区能被准确预测 ,准确率为 96.1 % .结果表明 。
关键词
膜
蛋白
跨膜螺旋区
预测
连续小波变换
疏水性
细胞
Keywords
Continuous wavelet transform
Transmembrane helices rigion
Hydrophobicity
Prediction
分类号
Q51 [生物学—生物化学]
Q26 [生物学—细胞生物学]
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职称材料
题名
基于小波分析的膜蛋白跨膜区预测方法研究
2
作者
肖玮
李宏
机构
中南大学信息科学与工程学院
出处
《计算机工程与应用》
CSCD
北大核心
2006年第12期82-84,99,共4页
基金
国家自然科学基金重点资助项目(编号:60433020)
文摘
文章基于离散小波变换提出了一种用于预测膜蛋白跨膜区数目和位置的新方法。以代码为1Q16的膜蛋白为例,通过选择合适的小波函数和分解级数,对1Q16对应的疏水值信号进行消噪处理,能够准确预测出跨膜区的数目。根据文章提出的膜蛋白家族阀值表,为膜蛋白数据选择合适的阀值,可以准确地预测出1Q16包含的跨膜区的具体位置。我们从膜蛋白数据库MPtopo中随机抽取90条膜蛋白数据作为测试集(含跨膜区335个),跨膜区预测准确率、膜蛋白序列预测准确率分别达到94.1%、88.9%。
关键词
膜
蛋白
跨膜螺旋区
小波分析
阀值
Keywords
membrane protein,transmembrane helical region, wavelet,threshold
分类号
TP301 [自动化与计算机技术—计算机系统结构]
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职称材料
题名
基于疏水性小波分析的膜蛋白结构预测
被引量：
7
3
作者
邱建丁
荣联清
梁汝萍
谭学才
邹小勇
莫金垣
机构
中山大学化学与化学工程学院
萍乡高等专科学校化工系
出处
《分析测试学报》
CAS
CSCD
北大核心
2004年第6期1-4,8,共5页
基金
国家自然科学基金资助项目 (29975033)
广东省自然科学基金资助项目 (001237
031577)
文摘
膜蛋白在细胞膜上具有重要的生理功能 ,大部分膜蛋白在药物设计、转运蛋白和免疫识别等方面起着关键的作用 ,从分子水平上预测这类蛋白质的结构具有非常重要的意义。本文提出一种基于氨基酸疏水性小波变换技术预测膜蛋白跨膜区段数目和位置的新方法。以代码为upkb_bovin的膜蛋白为例 ,对跨膜螺旋区数目和位置的预测分析进行了描述。从膜蛋白数据库中随机抽取36个蛋白质 (含跨膜螺旋区232)作为测试集检验小波分析的预测方法 ,其中226个跨膜螺旋区能被准确预测 ,准确率为96.8%。结果表明 。
关键词
疏水性
小波变换
膜
蛋白
结构
预测
跨膜螺旋区
Keywords
Wavelet transform
Transmembrane helices
Hydrophobicity
Prediction
分类号
Q51 [生物学—生物化学]
Q73 [生物学—分子生物学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
膜蛋白跨膜区段的预测分析
邱建丁
梁汝萍
谭学才
邹小勇
莫金垣
《高等学校化学学报》
SCIE
EI
CAS
CSCD
北大核心
2004
18
在线阅读
下载PDF
职称材料
2
基于小波分析的膜蛋白跨膜区预测方法研究
肖玮
李宏
《计算机工程与应用》
CSCD
北大核心
2006
0
在线阅读
下载PDF
职称材料
3
基于疏水性小波分析的膜蛋白结构预测
邱建丁
荣联清
梁汝萍
谭学才
邹小勇
莫金垣
《分析测试学报》
CAS
CSCD
北大核心
2004
7
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职称材料
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