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GPCR跨膜螺旋的结构拓扑建模及其预测方法 被引量：2
1
作者 吴宏杰 吕强 +4 位作者 权丽君 陈荣 陈沙沙 李海鸥 钱培德 《计算机学报》 EI CSCD 北大核心 2013年第10期2168-2178,共11页
7个α跨膜螺旋组成的螺旋束是G蛋白偶联受体的最主要拓扑特征,其三维结构的预测精度直接影响完整受体的三维结构预测、配体对接及功能分析的准确性.近期许多研究小组提出了各种方法,同时也遇到了一个共同的问题:采样时难以在7个跨膜螺... 7个α跨膜螺旋组成的螺旋束是G蛋白偶联受体的最主要拓扑特征,其三维结构的预测精度直接影响完整受体的三维结构预测、配体对接及功能分析的准确性.近期许多研究小组提出了各种方法,同时也遇到了一个共同的问题:采样时难以在7个跨膜螺旋结构的保守性与局部多样性之间获得平衡,其实质是未将两者统一到一个系统模型中.文中针对跨膜螺旋的空间结构特点,建立了兼顾保守性与多样性的结构拓扑模型,并利用该模型形成了4阶段的结构优化方法,试图获得采样广度与深度的平衡.同时,引入基于结构拓扑的能量项与约束,起到了优化评判标准和剪裁采样空间的作用,有效地预测了跨膜螺旋的三维结构.使用文中方法展开了3组验证实验,用8个已解构的目标分别与GPCRDOCK2010的参赛结果、知名结构预测工具Swiss和MODELLER进行了比较.与Swiss的比较中,文中方法有5个目标获得了更优的三维螺旋结构;与单模板、多模板的MODELLER的比较中,文中方法分别在6个目标与7个目标上取得了优势. 展开更多
关键词 跨膜螺旋 G蛋白偶联受体 结构拓扑 约束
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家鹅线粒体细胞色素b跨膜螺旋结构分析 被引量：2
2
作者 刘安芳 王继文 朱庆 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2006年第2期117-121,共5页
采用PCR和DNA测序技术测定了6个中国家鹅品种和2个欧洲鹅品种25个个体线粒体DNA（mitochondrial DNA，mtDNA）的部分序列，经测序分析表明该序列（1401bp）包括了细胞色素b（cytochrome b，Cytb）基因的完整序列（1143bp）。通过对家鹅... 采用PCR和DNA测序技术测定了6个中国家鹅品种和2个欧洲鹅品种25个个体线粒体DNA（mitochondrial DNA，mtDNA）的部分序列，经测序分析表明该序列（1401bp）包括了细胞色素b（cytochrome b，Cytb）基因的完整序列（1143bp）。通过对家鹅线粒体基因组的研究，首次报道了家鹅线粒体Cytb的跨膜螺旋结构，并对家鹅Cytb跨膜螺旋结构及各区域序列的变异特征进行了分析。结果表明：鸿雁、灰雁和白额雁的Cytb具有完整而且完全相同的跨膜螺旋结构；家鹅Cytb基因的核苷酸序列在膜内、膜间和膜外的变异位点数分别为12、9和10，膜内、膜间的变异均属同义替换，而膜外有2个位点发生了非同义替换，表明跨膜螺旋的膜外区域变异程度高于膜间和膜内。研究的结果将为进一步探讨家鹅细胞色索b结构与功能的关系奠定基础。所测定的基因序列已登录国际GenBank数据库，序列号为AY427800-AY427805和AY427812-AY427814。 展开更多
关键词 家鹅 MTDNA CYT b 跨膜螺旋结构 序列变异
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基于离散小波变换的膜蛋白跨膜螺旋区段预测 被引量：2
3
作者 于彬 王广彬 王翼飞 《应用科学学报》 CAS CSCD 北大核心 2008年第1期40-44,共5页
基因组计划所产生的大量蛋白质序列迫切需要从理论上预测跨膜螺旋区段.文中采用基于离散小波变换的方法预测膜蛋白跨膜螺旋区段的数目和位置.以PDB代码为1KQG的膜蛋白为例,描述了该方法对跨膜螺旋区段的数目和位置的预测分析过程.从最新... 基因组计划所产生的大量蛋白质序列迫切需要从理论上预测跨膜螺旋区段.文中采用基于离散小波变换的方法预测膜蛋白跨膜螺旋区段的数目和位置.以PDB代码为1KQG的膜蛋白为例,描述了该方法对跨膜螺旋区段的数目和位置的预测分析过程.从最新的MPtopo数据库中随机抽取80条三维结构已知的膜蛋白序列作为测试集(含325个跨膜螺旋区),采用该方法对跨膜螺旋区段进行预测,其中312个跨膜螺旋区被准确预测到,预测准确率为96.6%.并将预测结果与7种常用预测方法的主要预测结果进行了比较.结果表明,该文提出的方法具有较高的预测准确度. 展开更多
关键词 离散小波变换 膜蛋白 跨膜螺旋区段 疏水性
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一种GPCR跨膜螺旋形变的建模方法 被引量：1
4
作者 陈荣 吕强 +1 位作者 吴宏杰 陈沙沙 《计算机科学》 CSCD 北大核心 2012年第10期209-213,共5页
跨膜螺旋是GPCR的最主要特征,单个螺旋的预测精度直接影响GPCR整体三维结构的预测。GPCR螺旋形变预测是一个挑战性的难题。该形变用发生形变的残基位置和该位置前后两端螺旋的夹角表示。基于目前已知的所有GPCR的跨膜螺旋结构,根据螺旋... 跨膜螺旋是GPCR的最主要特征,单个螺旋的预测精度直接影响GPCR整体三维结构的预测。GPCR螺旋形变预测是一个挑战性的难题。该形变用发生形变的残基位置和该位置前后两端螺旋的夹角表示。基于目前已知的所有GPCR的跨膜螺旋结构,根据螺旋序列相似度进行聚类,然后在每类中对形变角度用连续型von Mises概率分布来建模。对建模后GPCR跨膜螺旋的形变角度进行了回归和预测测试。基于本文方法的模型,只需进行15次采样,就会有一次的采样结果近似符合天然螺旋的形变角度,这在很大程度上能够帮助跨膜螺旋空间结构的预测。 展开更多
关键词 GPCR跨膜螺旋 序列相似性 形变建模 连续概率分布
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膜蛋白跨膜螺旋区段的预测研究 被引量：1
5
作者 于彬 《科学技术与工程》 2008年第16期4627-4630,共4页
提出了一种基于离散小波变换的预测膜蛋白跨膜螺旋区段数目和位置的方法,并以PDB代码为1F88的膜蛋白为例,描述了该方法对跨膜螺旋区段的数目和位置的预测分析过程。为了测试该方法的实际效果,采用25条膜蛋白序列作为测试集,并将预测结果... 提出了一种基于离散小波变换的预测膜蛋白跨膜螺旋区段数目和位置的方法,并以PDB代码为1F88的膜蛋白为例,描述了该方法对跨膜螺旋区段的数目和位置的预测分析过程。为了测试该方法的实际效果,采用25条膜蛋白序列作为测试集,并将预测结果与5种常用预测方法的主要预测结果进行比较。结果表明,提出的方法具有较高的预测准确度。 展开更多
关键词 小波变换 膜蛋白 跨膜螺旋区段 疏水性
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膜蛋白跨膜区段的预测分析 被引量：18
6
作者 邱建丁 梁汝萍 +2 位作者 谭学才 邹小勇 莫金垣 《高等学校化学学报》 SCIE EI CAS CSCD 北大核心 2004年第5期831-836,共6页
将连续小波变换技术的时频局部化特点和氨基酸的疏水特性相结合 ,提出了一种用于预测膜蛋白跨膜区段数目和位置的新方法 ,以代码为 1 YST的膜蛋白为例 ,对小波尺度和疏水值的种类进行了选择 ,同时描述了该法对跨膜螺旋区数目和位置的预... 将连续小波变换技术的时频局部化特点和氨基酸的疏水特性相结合 ,提出了一种用于预测膜蛋白跨膜区段数目和位置的新方法 ,以代码为 1 YST的膜蛋白为例 ,对小波尺度和疏水值的种类进行了选择 ,同时描述了该法对跨膜螺旋区数目和位置的预测分析过程 .从膜蛋白数据库中随机抽取 3 6个蛋白质 (含跨膜螺旋区 2 3 2 )作为测试集 ,采用该方法对其跨膜螺旋区进行预测 ,其中 2 2 2个跨膜螺旋区能被准确预测 ,准确率为 96.1 % .结果表明 。 展开更多
关键词 膜蛋白 跨膜螺旋区 预测 连续小波变换 疏水性 细胞
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基于小波分析的膜蛋白跨膜区预测方法研究
7
作者 肖玮 李宏 《计算机工程与应用》 CSCD 北大核心 2006年第12期82-84,99,共4页
文章基于离散小波变换提出了一种用于预测膜蛋白跨膜区数目和位置的新方法。以代码为1Q16的膜蛋白为例,通过选择合适的小波函数和分解级数,对1Q16对应的疏水值信号进行消噪处理,能够准确预测出跨膜区的数目。根据文章提出的膜蛋白家族... 文章基于离散小波变换提出了一种用于预测膜蛋白跨膜区数目和位置的新方法。以代码为1Q16的膜蛋白为例,通过选择合适的小波函数和分解级数,对1Q16对应的疏水值信号进行消噪处理,能够准确预测出跨膜区的数目。根据文章提出的膜蛋白家族阀值表,为膜蛋白数据选择合适的阀值,可以准确地预测出1Q16包含的跨膜区的具体位置。我们从膜蛋白数据库MPtopo中随机抽取90条膜蛋白数据作为测试集(含跨膜区335个),跨膜区预测准确率、膜蛋白序列预测准确率分别达到94.1%、88.9%。 展开更多
关键词 膜蛋白 跨膜螺旋区 小波分析 阀值
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基于疏水性小波分析的膜蛋白结构预测 被引量：7
8
作者 邱建丁 荣联清 +3 位作者 梁汝萍 谭学才 邹小勇 莫金垣 《分析测试学报》 CAS CSCD 北大核心 2004年第6期1-4,8,共5页
膜蛋白在细胞膜上具有重要的生理功能 ,大部分膜蛋白在药物设计、转运蛋白和免疫识别等方面起着关键的作用 ,从分子水平上预测这类蛋白质的结构具有非常重要的意义。本文提出一种基于氨基酸疏水性小波变换技术预测膜蛋白跨膜区段数目和... 膜蛋白在细胞膜上具有重要的生理功能 ,大部分膜蛋白在药物设计、转运蛋白和免疫识别等方面起着关键的作用 ,从分子水平上预测这类蛋白质的结构具有非常重要的意义。本文提出一种基于氨基酸疏水性小波变换技术预测膜蛋白跨膜区段数目和位置的新方法。以代码为upkb_bovin的膜蛋白为例 ,对跨膜螺旋区数目和位置的预测分析进行了描述。从膜蛋白数据库中随机抽取36个蛋白质 (含跨膜螺旋区232)作为测试集检验小波分析的预测方法 ,其中226个跨膜螺旋区能被准确预测 ,准确率为96.8%。结果表明 。 展开更多
关键词 疏水性 小波变换 膜蛋白 结构 预测 跨膜螺旋区
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牛卵泡可卡因-苯丙胺调节转录肽候选受体的筛选
9
作者 王锴 孟金柱 +4 位作者 李鹏飞 毕锡麟 景炅婕 张子宁 吕丽华 《山西农业大学学报（自然科学版）》 CAS 2017年第4期263-267,共5页
[目的]本研究旨在筛选牛卵泡可卡因-苯丙胺调节转录肽(cocnine-and amphetamine-regulate transcript,CART)候选受体。[方法]首先对牛卵泡转录组深度测序所获得的35 325个表达基因进行筛选,选出ODF1/ODF2(发情周期第一卵泡波的最大卵泡... [目的]本研究旨在筛选牛卵泡可卡因-苯丙胺调节转录肽(cocnine-and amphetamine-regulate transcript,CART)候选受体。[方法]首先对牛卵泡转录组深度测序所获得的35 325个表达基因进行筛选,选出ODF1/ODF2(发情周期第一卵泡波的最大卵泡/第二大卵泡)趋近于无穷大的部分和比值在1.5~2.0之间的部分基因,找出它们的gene symbol,然后利用NCBI和CELLULAR进行亚细胞定位,最后利用跨膜螺旋软件进行α跨膜螺旋区预测,从中筛选出含有7个α螺旋跨膜区的膜蛋白,进而筛选出CART的候选受体。[结果]通过差异表达基因的筛选、亚细胞定位和跨膜螺旋区预测最终获得了11个高表达基因,并根据筛选出的23个G蛋白偶联受体的结构和功能,结合神经肽受体的特征,找出了4个G蛋白偶联受体作为CART的候选受体。[结论]最终将AGTR2、HTR2B、S1PR1、S1PR2作为CART的候选受体,为以后进一步研究奠定了基础。 展开更多
关键词 牛卵泡 CART 候选受体 跨膜螺旋 表达基因 G蛋白偶联受体
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没有叶绿素的光合作用
10
作者 贺松荫 《生物学教学》 1987年第2期47-48,共2页
绿色植物及光合细菌都靠叶绿素进行光合作用,但一种在盐湖里生长,没有叶绿素的嗜盐菌(Halobacterium halobium),靠它紫膜的特殊结构,也能将阳光转变成生物可利用的能量。美国加州大学科学家施特克尼斯曾对它进行过长期的研究。发现嗜盐... 绿色植物及光合细菌都靠叶绿素进行光合作用,但一种在盐湖里生长,没有叶绿素的嗜盐菌(Halobacterium halobium),靠它紫膜的特殊结构,也能将阳光转变成生物可利用的能量。美国加州大学科学家施特克尼斯曾对它进行过长期的研究。发现嗜盐菌在低氧张力和日光下生长,其质膜可产生明显的斑块。因为斑块的颜色与视紫红质(rhodopsin) 展开更多
关键词 嗜盐菌 光合细菌 视紫红质 克尼斯 氧张力 大学科学家 光化学反应 视黄醛 类脂 跨膜螺旋
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