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一株盐单胞菌属(Halomonas)细菌趋化因子受体基因挖掘及相关蛋白序列分析
1
作者
徐爽
李晨
+4 位作者
姜嘉琳
谢晓晨
王博
霍忠明
方蕾
《大连海洋大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2024年第2期203-214,共12页
为了解一株长牡蛎(Crassostrea gigas)致病性盐单胞菌(Halomonas sp.)7T的趋化性,采用毛细管法研究其趋化行为,并基于全基因组数据,利用KEGG Pathway分析其趋化信号通路,通过与同源物种比对分析趋化因子受体种类,进一步挖掘甲基受体趋...
为了解一株长牡蛎(Crassostrea gigas)致病性盐单胞菌(Halomonas sp.)7T的趋化性,采用毛细管法研究其趋化行为,并基于全基因组数据,利用KEGG Pathway分析其趋化信号通路,通过与同源物种比对分析趋化因子受体种类,进一步挖掘甲基受体趋化蛋白(methyl-accepting chemotaxis proteins,MCPs)序列,再结合MeMe数据库和TMHMM分析MCPs结构。结果表明:Halomonas sp.7T具备趋化行为,其全基因组含有完整趋化信号通路,共有22个基因编码MCPs,涵盖5种常见趋化因子受体;22个MCPs均含有信号转导结构域,其中,19个含有跨膜结构域,3个不含跨膜结构域;基于信号转导结构域内七肽单位保守序列和存在的对称插入缺失对这22个MCPs进行分类,发现17个为36H型,1个为40H型,其余4个与已知分类均不匹配;跨膜结构分布特征和疏水性分析发现,这22个MCPs中有20个符合拓扑结构,其中ClassⅠ型、ClassⅡ型、ClassⅢ型、ClassⅣ型分别为10、4、3、3个,另有2个MCPs不符合拓扑结构。研究表明,长牡蛎致病性盐单胞菌7T具备趋化性,其基因组存在完整趋化信号通路,有22个基因编码MCPs,这些MCPs具有独特的结构,可能参与介导与细菌生存和环境胁迫响应相关的趋化行为。
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关键词
盐单胞菌
趋化
性
趋化因子受体基因
甲基
受体
趋化
蛋白
长牡蛎
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职称材料
题名
一株盐单胞菌属(Halomonas)细菌趋化因子受体基因挖掘及相关蛋白序列分析
1
作者
徐爽
李晨
姜嘉琳
谢晓晨
王博
霍忠明
方蕾
机构
大连海洋大学海洋科技与环境学院
大连海洋大学水产与生命学院
出处
《大连海洋大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2024年第2期203-214,共12页
基金
辽宁省应用基础研究计划项目(2022JH2/101300141)
山东省重点研发计划项目(2023LZGCQY001)
+2 种基金
国家重点研发计划项目(2019YFC1407704,2018YFD0901404)
国家自然科学基金(41606133)
大连市杰出青年科技人才项目(2021RJ09)。
文摘
为了解一株长牡蛎(Crassostrea gigas)致病性盐单胞菌(Halomonas sp.)7T的趋化性,采用毛细管法研究其趋化行为,并基于全基因组数据,利用KEGG Pathway分析其趋化信号通路,通过与同源物种比对分析趋化因子受体种类,进一步挖掘甲基受体趋化蛋白(methyl-accepting chemotaxis proteins,MCPs)序列,再结合MeMe数据库和TMHMM分析MCPs结构。结果表明:Halomonas sp.7T具备趋化行为,其全基因组含有完整趋化信号通路,共有22个基因编码MCPs,涵盖5种常见趋化因子受体;22个MCPs均含有信号转导结构域,其中,19个含有跨膜结构域,3个不含跨膜结构域;基于信号转导结构域内七肽单位保守序列和存在的对称插入缺失对这22个MCPs进行分类,发现17个为36H型,1个为40H型,其余4个与已知分类均不匹配;跨膜结构分布特征和疏水性分析发现,这22个MCPs中有20个符合拓扑结构,其中ClassⅠ型、ClassⅡ型、ClassⅢ型、ClassⅣ型分别为10、4、3、3个,另有2个MCPs不符合拓扑结构。研究表明,长牡蛎致病性盐单胞菌7T具备趋化性,其基因组存在完整趋化信号通路,有22个基因编码MCPs,这些MCPs具有独特的结构,可能参与介导与细菌生存和环境胁迫响应相关的趋化行为。
关键词
盐单胞菌
趋化
性
趋化因子受体基因
甲基
受体
趋化
蛋白
长牡蛎
Keywords
Halomonas
chemotaxis
chemokine receptor-encoding gene
methyl-accepting chemotaxis proteins(MCPs)
Crassostrea gigas
分类号
S917.1 [农业科学—水产科学]
Q735 [生物学—分子生物学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
一株盐单胞菌属(Halomonas)细菌趋化因子受体基因挖掘及相关蛋白序列分析
徐爽
李晨
姜嘉琳
谢晓晨
王博
霍忠明
方蕾
《大连海洋大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2024
0
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