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贵州海桐叶绿体基因组特征及系统发育分析
1
作者
滕尧
杨加文
+5 位作者
何选泽
张小英
李嘉昱
陈彩霞
袁茂琴
彭熙
《江苏农业科学》
北大核心
2025年第3期35-44,共10页
为了解贵州海桐(Pittosporum kweichowense)叶绿体基因组基本特征及系统发育关系,本研究基于Illumina高通量测序技术,采用生物信息学方法对序列进行组装,获得贵州海桐完整叶绿体基因组,并对其功能特征、密码子偏好性、简单重复序列、基...
为了解贵州海桐(Pittosporum kweichowense)叶绿体基因组基本特征及系统发育关系,本研究基于Illumina高通量测序技术,采用生物信息学方法对序列进行组装,获得贵州海桐完整叶绿体基因组,并对其功能特征、密码子偏好性、简单重复序列、基因组比对信息及系统发育关系等进行分析。结果表明,(1)贵州海桐叶绿体基因组呈典型的四分体结构,总长度为153582bp,其中大单拷贝区(LSC)为84944bp,小单拷贝区(SSC)为18740bp,此外还有2个长度为24949bp的反向重复序列区(IR),总GC含量为38.94%。(2)注释到130个基因,其中包括85个蛋白质编码基因、37个tRNA基因和8个rRNA基因。(3)共检测到25910个密码子,其中编码亮氨酸(Leu)的密码子数量最多,密码子第3位碱基有较高的A/U偏好性。(4)通过微卫星分析鉴定到44个简单重复序列(SSR)位点,且明显偏好使用A/T碱基。(5)海桐花属植物的叶绿体基因组IR/SC边界相对保守,变异主要存在于LSC。(6)系统发育分析结果显示,贵州海桐、昆明海桐(P.kunmingense)的亲缘关系最近。
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关键词
贵州海桐
叶绿体基因组
结构特征
密码子偏好性
系统发育分析
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题名
贵州海桐叶绿体基因组特征及系统发育分析
1
作者
滕尧
杨加文
何选泽
张小英
李嘉昱
陈彩霞
袁茂琴
彭熙
机构
贵州科学院贵州省山地资源研究所
贵州科学院贵州省植物园
出处
《江苏农业科学》
北大核心
2025年第3期35-44,共10页
基金
贵州省科技计划(编号:黔科合基础-ZK[2024]一般625)
贵州省林业科研项目(编号:黔林科合[2022]01号)。
文摘
为了解贵州海桐(Pittosporum kweichowense)叶绿体基因组基本特征及系统发育关系,本研究基于Illumina高通量测序技术,采用生物信息学方法对序列进行组装,获得贵州海桐完整叶绿体基因组,并对其功能特征、密码子偏好性、简单重复序列、基因组比对信息及系统发育关系等进行分析。结果表明,(1)贵州海桐叶绿体基因组呈典型的四分体结构,总长度为153582bp,其中大单拷贝区(LSC)为84944bp,小单拷贝区(SSC)为18740bp,此外还有2个长度为24949bp的反向重复序列区(IR),总GC含量为38.94%。(2)注释到130个基因,其中包括85个蛋白质编码基因、37个tRNA基因和8个rRNA基因。(3)共检测到25910个密码子,其中编码亮氨酸(Leu)的密码子数量最多,密码子第3位碱基有较高的A/U偏好性。(4)通过微卫星分析鉴定到44个简单重复序列(SSR)位点,且明显偏好使用A/T碱基。(5)海桐花属植物的叶绿体基因组IR/SC边界相对保守,变异主要存在于LSC。(6)系统发育分析结果显示,贵州海桐、昆明海桐(P.kunmingense)的亲缘关系最近。
关键词
贵州海桐
叶绿体基因组
结构特征
密码子偏好性
系统发育分析
分类号
S718.46 [农业科学—林学]
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题名
作者
出处
发文年
被引量
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1
贵州海桐叶绿体基因组特征及系统发育分析
滕尧
杨加文
何选泽
张小英
李嘉昱
陈彩霞
袁茂琴
彭熙
《江苏农业科学》
北大核心
2025
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