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双孢蘑菇As2796菌株气生与贴生菌丝遗传差异的转录组分析
1
作者
戴建清
陈文智
+2 位作者
曾志恒
蔡志欣
陈美元
《福建农业学报》
CAS
CSCD
北大核心
2024年第9期1023-1034,共12页
【目的】挖掘双孢蘑菌落形态变化可能涉及的重要基因,为双孢蘑菇种质资源评价、新品种选育提供科学依据。【方法】以双孢蘑菇主栽品种As2796为试验菌株,收集同一平板上生长的贴生与气生菌丝,提取样品的RNA进行转录组测序分析。【结果】...
【目的】挖掘双孢蘑菌落形态变化可能涉及的重要基因,为双孢蘑菇种质资源评价、新品种选育提供科学依据。【方法】以双孢蘑菇主栽品种As2796为试验菌株,收集同一平板上生长的贴生与气生菌丝,提取样品的RNA进行转录组测序分析。【结果】通过转录组分析,A601(As2796气生组)与A602(As2796贴生组)共鉴定出965个差异表达基因(DEGs)。GO富集分析结果表明,在真菌细胞壁组成方面有疏水蛋白相关的DEGs富集,其中AGABI2DRAFT_13655、AGABI2DRAFT_136569、AGABI2DRAFT_193057属于ABH3蛋白基因家族,在气生菌丝的表达水平显著高于贴生菌丝,可能与气生菌丝的产生有关。研究还发现了疏水表面结合蛋白A(HsbA)相关基因AGABI2DRAFT_194662在气生菌丝中FPKM表达水平为0,在贴生菌丝中为10.24。通过对DEGs进一步分析,富集到8个可能与脂酶同工酶相关的DEGs,气生菌丝中这些基因的表达水平显著高于贴生菌丝。SNP/InDel分析结果表明,As2796气生组SNP数为110601,贴生组SNP数为111188,单核苷酸变异中,C:G>T:A的变异次数较多,共筛选出2374个共同InDel。【结论】成功获得双孢蘑菇不同形态菌丝的转录组数据,并从中挖掘出潜在的相关基因和SNP位点,为双孢蘑菇相关分子标记开发及辅助育种提供参考。
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关键词
双孢蘑菇
AS2796
贴生菌丝
气
生
菌丝
转录组测序
差异表达基因
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职称材料
题名
双孢蘑菇As2796菌株气生与贴生菌丝遗传差异的转录组分析
1
作者
戴建清
陈文智
曾志恒
蔡志欣
陈美元
机构
福建省农业科学院食用菌研究所/特色食用菌繁育与栽培国家地方联合工程研究中心
出处
《福建农业学报》
CAS
CSCD
北大核心
2024年第9期1023-1034,共12页
基金
福建省科技计划公益类专项(2023R1033002)
国家现代农业产业技术体系建设专项(CARS-20)
+2 种基金
福建省种业创新与产业化工程项目(zycxny2021011)
福建省农业高质量发展超越“5511”协同创新工程项目(XTCXGC2021007)
福建省农业科学院科技创新团队建设项目(CXTD2021007-1)。
文摘
【目的】挖掘双孢蘑菌落形态变化可能涉及的重要基因,为双孢蘑菇种质资源评价、新品种选育提供科学依据。【方法】以双孢蘑菇主栽品种As2796为试验菌株,收集同一平板上生长的贴生与气生菌丝,提取样品的RNA进行转录组测序分析。【结果】通过转录组分析,A601(As2796气生组)与A602(As2796贴生组)共鉴定出965个差异表达基因(DEGs)。GO富集分析结果表明,在真菌细胞壁组成方面有疏水蛋白相关的DEGs富集,其中AGABI2DRAFT_13655、AGABI2DRAFT_136569、AGABI2DRAFT_193057属于ABH3蛋白基因家族,在气生菌丝的表达水平显著高于贴生菌丝,可能与气生菌丝的产生有关。研究还发现了疏水表面结合蛋白A(HsbA)相关基因AGABI2DRAFT_194662在气生菌丝中FPKM表达水平为0,在贴生菌丝中为10.24。通过对DEGs进一步分析,富集到8个可能与脂酶同工酶相关的DEGs,气生菌丝中这些基因的表达水平显著高于贴生菌丝。SNP/InDel分析结果表明,As2796气生组SNP数为110601,贴生组SNP数为111188,单核苷酸变异中,C:G>T:A的变异次数较多,共筛选出2374个共同InDel。【结论】成功获得双孢蘑菇不同形态菌丝的转录组数据,并从中挖掘出潜在的相关基因和SNP位点,为双孢蘑菇相关分子标记开发及辅助育种提供参考。
关键词
双孢蘑菇
AS2796
贴生菌丝
气
生
菌丝
转录组测序
差异表达基因
Keywords
Agaricus bisporus
As 2796
creepy hypha
aerial hypha
transcriptome sequencing
differentially expressed genes
分类号
S646 [农业科学—蔬菜学]
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题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
双孢蘑菇As2796菌株气生与贴生菌丝遗传差异的转录组分析
戴建清
陈文智
曾志恒
蔡志欣
陈美元
《福建农业学报》
CAS
CSCD
北大核心
2024
0
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