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广东及周边省份猪繁殖与呼吸综合征病毒2型谱系8毒株变异规律和传播研究
被引量：
1
1
作者
康溥
任照文
+3 位作者
蔡汝健
吕宗吉
黄育浩
王晓虎
《中国畜牧兽医》
CAS
CSCD
北大核心
2023年第5期2001-2011,共11页
【目的】使用贝叶斯系统动力学方法重建猪繁殖与呼吸综合征病毒2型(Porcine reproductive and respiratory syndrome virus 2,PRRSV-2)谱系8毒株在广东、广西、湖南、江西和福建5个省份间的传播及遗传演化规律,为猪繁殖与呼吸综合征(Por...
【目的】使用贝叶斯系统动力学方法重建猪繁殖与呼吸综合征病毒2型(Porcine reproductive and respiratory syndrome virus 2,PRRSV-2)谱系8毒株在广东、广西、湖南、江西和福建5个省份间的传播及遗传演化规律,为猪繁殖与呼吸综合征(Porcine reproductive and respiratory syndrome,PRRS)的针对性防控提供参考。【方法】本研究对来自上述5省所有可用的PRRSV-2的ORF5序列进行系统发育分析,选取其中的谱系8毒株,剔除重组序列及可疑序列。将空间数据结合病原体的进化与流行病学特征进行分析,利用BEAST及相关软件计算病毒的共同祖先、核苷酸替代速率及不同地理位置间可能的传播方向和迁移速率等。【结果】系统发育分析显示,南方5省猪群中流行的PRRSV-2被分为4个谱系,其中154株被鉴定为谱系8毒株。在剔除1株重组毒株和3株可疑毒株后,来自上述5省的谱系8毒株ORF5序列具有强烈的时间信号,且最佳拟合模型为GTR+I+G。贝叶斯系统动力学分析表明,5省间谱系8毒株具有2.748×10^(-3)核苷酸替换/位点/年(95%HPD:2.053×10^(-3)~3.428×10^(-3))的核苷酸替代速率,它们的最近共同祖先可能出现在2002年(95%HPD:1998-2005年)。据SPREAD3计算,广西的毒株向广东(Rate=0.876)、湖南(Rate=0.892)、江西(Rate=0.883)、福建(Rate=0.889)传播,以及部分福建毒株向广西(Rate=0.897)传播。【结论】自2005年以来,广东、广西、湖南、江西和福建5省猪群中流行的PRRSV-2具有丰富的遗传多样性,其中谱系8毒株具有较高的核苷酸替代速率,且有效种群大小在2006-2007年和2009-2013年明显上升。同时,广东、广西、湖南、江西和福建5省谱系8毒株的最近共同祖先可追溯至2002年,且以广西作为潜在发源地在该地区持续传播。
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关键词
猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)
分子流行病学
贝叶斯系统动力学
系统
地理学
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题名
广东及周边省份猪繁殖与呼吸综合征病毒2型谱系8毒株变异规律和传播研究
被引量：
1
1
作者
康溥
任照文
蔡汝健
吕宗吉
黄育浩
王晓虎
机构
广东省农业科学院动物卫生研究所
佛山科学技术学院
东莞市动物疫病预防控制中心
出处
《中国畜牧兽医》
CAS
CSCD
北大核心
2023年第5期2001-2011,共11页
基金
广东省自然科学基金项目(2020A1515011112)
广东省科技应急防控专题项目(20190211)
广东省科技计划项目(2021B1212050021)。
文摘
【目的】使用贝叶斯系统动力学方法重建猪繁殖与呼吸综合征病毒2型(Porcine reproductive and respiratory syndrome virus 2,PRRSV-2)谱系8毒株在广东、广西、湖南、江西和福建5个省份间的传播及遗传演化规律,为猪繁殖与呼吸综合征(Porcine reproductive and respiratory syndrome,PRRS)的针对性防控提供参考。【方法】本研究对来自上述5省所有可用的PRRSV-2的ORF5序列进行系统发育分析,选取其中的谱系8毒株,剔除重组序列及可疑序列。将空间数据结合病原体的进化与流行病学特征进行分析,利用BEAST及相关软件计算病毒的共同祖先、核苷酸替代速率及不同地理位置间可能的传播方向和迁移速率等。【结果】系统发育分析显示,南方5省猪群中流行的PRRSV-2被分为4个谱系,其中154株被鉴定为谱系8毒株。在剔除1株重组毒株和3株可疑毒株后,来自上述5省的谱系8毒株ORF5序列具有强烈的时间信号,且最佳拟合模型为GTR+I+G。贝叶斯系统动力学分析表明,5省间谱系8毒株具有2.748×10^(-3)核苷酸替换/位点/年(95%HPD:2.053×10^(-3)~3.428×10^(-3))的核苷酸替代速率,它们的最近共同祖先可能出现在2002年(95%HPD:1998-2005年)。据SPREAD3计算,广西的毒株向广东(Rate=0.876)、湖南(Rate=0.892)、江西(Rate=0.883)、福建(Rate=0.889)传播,以及部分福建毒株向广西(Rate=0.897)传播。【结论】自2005年以来,广东、广西、湖南、江西和福建5省猪群中流行的PRRSV-2具有丰富的遗传多样性,其中谱系8毒株具有较高的核苷酸替代速率,且有效种群大小在2006-2007年和2009-2013年明显上升。同时,广东、广西、湖南、江西和福建5省谱系8毒株的最近共同祖先可追溯至2002年,且以广西作为潜在发源地在该地区持续传播。
关键词
猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)
分子流行病学
贝叶斯系统动力学
系统
地理学
Keywords
Porcine reproductive and respiratory syndrome virus(PRRSV)
molecular epidemiology
Bayesian phylodynamics
phylogeography
分类号
S852.651 [农业科学—基础兽医学]
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作者
出处
发文年
被引量
操作
1
广东及周边省份猪繁殖与呼吸综合征病毒2型谱系8毒株变异规律和传播研究
康溥
任照文
蔡汝健
吕宗吉
黄育浩
王晓虎
《中国畜牧兽医》
CAS
CSCD
北大核心
2023
1
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