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利用DNA序列构建系统树的方法
被引量:
25
1
作者
李涛
赖旭龙
钟扬
《遗传》
CAS
CSCD
北大核心
2004年第2期205-210,共6页
利用DNA序列进行系统发生分析是分子进化研究的必要手段。构建系统树的方法有距离法、简约法、最大似然法以及贝叶斯推断法等。要解决特定的系统发生问题,首先要挑选合理的分类群及序列,尽量减少数据的偏倚,然后选择构树方法,最后还要...
利用DNA序列进行系统发生分析是分子进化研究的必要手段。构建系统树的方法有距离法、简约法、最大似然法以及贝叶斯推断法等。要解决特定的系统发生问题,首先要挑选合理的分类群及序列,尽量减少数据的偏倚,然后选择构树方法,最后还要对结果进行评价并给出进化学上的解释。通过讨论挑选数据的原则及存在的问题,介绍了几种构树方法的基本原理及步骤,并列举了它们的优缺点。
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关键词
DNA序列
系统树
分子进化
距离
法
简约
法
贝叶斯推断法
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职称材料
基于紫贻贝Mytilus galloprovincialis表达序列的核受体家族分析
2
作者
李娟
李崇德
《海洋通报》
CAS
CSCD
北大核心
2014年第2期174-179,共6页
通过对紫贻贝(Mytilus galloprovincialis)公共数据库表达序列的整合分析,共获得29条核受体序列。通过DNA结合结构域(DBD)和配体结合结构域(LBD)的多序列比对,并采用贝叶斯推断法进行系统进化分析,推测其中19个核受体属于NR1亚家族,5个...
通过对紫贻贝(Mytilus galloprovincialis)公共数据库表达序列的整合分析,共获得29条核受体序列。通过DNA结合结构域(DBD)和配体结合结构域(LBD)的多序列比对,并采用贝叶斯推断法进行系统进化分析,推测其中19个核受体属于NR1亚家族,5个属于NR2亚家族,2个属于NR3亚家族,1个属于NR5亚家族。结果表明紫贻贝中存在HR96、E75、ROR、HNF4、RXR、TLL、SVP、ESR、ERR同源的核受体,并且具有新型的2DBD核受体。
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关键词
紫贻贝
核受体(核激素受体)
多序列比对
贝叶斯推断法
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职称材料
题名
利用DNA序列构建系统树的方法
被引量:
25
1
作者
李涛
赖旭龙
钟扬
机构
中国地质大学地球科学学院
复旦大学生命科学学院
出处
《遗传》
CAS
CSCD
北大核心
2004年第2期205-210,共6页
基金
国家自然科学基金项目(40172005)资助~~
文摘
利用DNA序列进行系统发生分析是分子进化研究的必要手段。构建系统树的方法有距离法、简约法、最大似然法以及贝叶斯推断法等。要解决特定的系统发生问题,首先要挑选合理的分类群及序列,尽量减少数据的偏倚,然后选择构树方法,最后还要对结果进行评价并给出进化学上的解释。通过讨论挑选数据的原则及存在的问题,介绍了几种构树方法的基本原理及步骤,并列举了它们的优缺点。
关键词
DNA序列
系统树
分子进化
距离
法
简约
法
贝叶斯推断法
Keywords
Phylogenetic Tree
Distance-based Method
Parsimony
Maximum Likelihood
Bayesian Inference
分类号
Q11 [生物学—普通生物学]
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职称材料
题名
基于紫贻贝Mytilus galloprovincialis表达序列的核受体家族分析
2
作者
李娟
李崇德
机构
国家海洋局北海环境监测中心
中国科学院海洋研究所
国家海洋局北海海洋工程勘察研究院
出处
《海洋通报》
CAS
CSCD
北大核心
2014年第2期174-179,共6页
基金
中国博士后科学基金(2012M511553)
海洋公益性行业科研专项(201005016-6)
文摘
通过对紫贻贝(Mytilus galloprovincialis)公共数据库表达序列的整合分析,共获得29条核受体序列。通过DNA结合结构域(DBD)和配体结合结构域(LBD)的多序列比对,并采用贝叶斯推断法进行系统进化分析,推测其中19个核受体属于NR1亚家族,5个属于NR2亚家族,2个属于NR3亚家族,1个属于NR5亚家族。结果表明紫贻贝中存在HR96、E75、ROR、HNF4、RXR、TLL、SVP、ESR、ERR同源的核受体,并且具有新型的2DBD核受体。
关键词
紫贻贝
核受体(核激素受体)
多序列比对
贝叶斯推断法
Keywords
Mytilus galloprovincialis
nuclear receptor
mutiple alignment
Bayesian phylogenetic analysis
分类号
S917 [农业科学—水产科学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
利用DNA序列构建系统树的方法
李涛
赖旭龙
钟扬
《遗传》
CAS
CSCD
北大核心
2004
25
在线阅读
下载PDF
职称材料
2
基于紫贻贝Mytilus galloprovincialis表达序列的核受体家族分析
李娟
李崇德
《海洋通报》
CAS
CSCD
北大核心
2014
0
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职称材料
已选择
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