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题名基于MapReduce的基因读段定位改进算法
被引量：1
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作者
涂金金
杨明
郭丽娜
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机构
南京师范大学计算机科学与技术学院
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出处
《计算机科学》
CSCD
北大核心
2015年第8期82-85,共4页
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基金
国家自然科学基金(61272222
61003116)
+2 种基金
江苏省自然科学基金重点重大专项(BK2011005)
江苏省自然科学基金(BK2011782)
江苏省普通高校研究生科研创新计划项目(CXLX12_0415)资助
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文摘
由于高通量测序技术产生了海量基因读段数据,并行的基因读段定位算法成为近年来的研究热点。对基因匹配算法进行研究,提出了一种基于MapReduce的基因读段定位改进算法,并且通过在读段定位过程中融入生物信息以及利用Hadoop分布式缓存机制,在一定程度上降低了算法的复杂度。在拟南芥菜基因数据集上进行的实验表明,该算法能够有效提高算法执行效率,减少算法执行时间。
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关键词
读段定位
MAPREDUCE
SeqMap
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Keywords
Read mapping, MapReduce, SeqMap
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分类号
TP301
[自动化与计算机技术—计算机系统结构]
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题名下一代测序技术数据中的选择性剪切计算识别方法研究
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作者
邹权
李旭斌
林子雨
江弋
林琛
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机构
厦门大学信息科学与技术学院
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出处
《电子学报》
EI
CAS
CSCD
北大核心
2012年第2期350-357,共8页
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基金
国家自然科学基金(No.61001016
No61102136)
+1 种基金
福建省自然科学基金(No.2011J05158)
厦门大学基础创新科研基金(中央高校基本科研业务费专项资金)(No.2011121049)
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文摘
随着测序技术的发展,下一代测序技术(Nex-t Generation Sequencing)给生物信息学领域研究带来了新的机遇和挑战.由于选择性剪切(alternative splicing,AS)在真核生物基因表达和蛋白质多样性方面的重要性,识别选择性剪切位点一直都是研究的重点.下一代测序技术的出现,使得选择性剪切研究的计算方法不断地变化.介绍了选择性剪切过去和目前研究的状况,然后总结了基于RNA-seq数据的选择性剪切研究方法、软件以及数据库,并利用了RNA-seq数据比较了相关软件,最后讨论了选择性剪切中计算方法的发展方向和前景.
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关键词
下一代测序技术
RNA-SEQ
选择性剪切
剪切位点
读段定位
生物信息学
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Keywords
next-generation sequencing
RNA-seq
alternative splicing
splice sites
read mapping
bioinformatics
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分类号
TP391
[自动化与计算机技术—计算机应用技术]
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