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计算机辅助药物分子设计教学改革初探 被引量:2
1
作者 赵爽 刘军娜 《安徽农学通报》 2017年第2期105-107,共3页
计算机辅助药物分子设计作为一门发展迅速的交叉学科,在新药的开发研究过程中发挥着越来越重要的作用。该课程知识更新速度快、专业性强,有助于提高生物、医学和药学学生的专业素养。为了提高计算机辅助药物分子设计的教学水平,该文结... 计算机辅助药物分子设计作为一门发展迅速的交叉学科,在新药的开发研究过程中发挥着越来越重要的作用。该课程知识更新速度快、专业性强,有助于提高生物、医学和药学学生的专业素养。为了提高计算机辅助药物分子设计的教学水平,该文结合河南科技大学化工与制药学院相关专业的现状,从教学内容的选择、相关专业软件的学习及课程考核体系等方面提出了该课程教学改革中的一些问题和具体建议。 展开更多
关键词 计算机辅助药物分子设计 教学改革 研究生课程
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中医药院校计算机辅助药物设计课程改革与实践
2
作者 靳晓杰 《中兽医医药杂志》 CAS 2024年第4期86-90,共5页
计算机辅助药物设计(CADD)主要是以数学、药物化学、生物化学、分子生物学、结构化学等学科为基础,以量子化学、分子力学等为理论依据,借助计算机进行合理的药物设计。它不仅仅是交叉理论学科,更具有很强的实践性。计算机辅助药物设计... 计算机辅助药物设计(CADD)主要是以数学、药物化学、生物化学、分子生物学、结构化学等学科为基础,以量子化学、分子力学等为理论依据,借助计算机进行合理的药物设计。它不仅仅是交叉理论学科,更具有很强的实践性。计算机辅助药物设计技术在中药活性成分筛选、靶标发现、毒性预测、处方作用机制研究等方面已表现出独特优势。学科交叉是科技与医学高速发展的大势所趋,在传统中医药理论指导下,借助计算机辅助药物设计结合现代生物学进行中医药理、法、方、药的研究,可以促进中医药研究的广度与深度。让中医药院校学生学习计算机辅助药物设计的理论及实践知识,可为日后跨学科助力药物研发做好准备。因此,在中医药院校开展计算机辅助药物设计等交叉性强的课程有助于中医药多学科交叉复合型人才的培养,建立适合中医药院校学生的计算机辅助药物设计授课模式对深入发掘中医药宝库中的精华,加快推进中医药现代化具有极大作用。基于此,本文结合自身教学经验及时代发展特点,在计算机辅助药物设计课程的授课过程中引入注重基础、衷中参西、重视实践等教学理念,在培养中医药多学科交叉复合型人才过程中取得较为明显的效果。通过对中医药专业计算机辅助药物设计的教改和实践进行深层次、全方位探讨和总结,可提升本课程的教学效果,为培养复合型中医药人才、拓宽中医药院校大学生的就业渠道奠定基础。 展开更多
关键词 计算机辅助药物设计 中医药院校 交叉创新 教学改革
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计算机辅助药物设计中用于建模的计算方法研究进展 被引量:10
3
作者 陈安进 石杰 《中国海洋大学学报(自然科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2005年第3期407-411,共5页
通过检索国内外相关领域的大量研究文献,并结合作者的研究经验,综述了计算机辅助药物设计中计算方法的发展及其应用的最新进展,并对计算方法的选用原则进行了探讨,以期为从事CADD工作者合理选择建模计算方法提供有价值的参考。
关键词 计算机辅助药物设计(CADD) 定量构效关系(QSAR) 计算方法
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基于MGASA的计算机辅助分子设计 被引量:2
4
作者 张学岗 张军保 +1 位作者 宋静 宋海华 《化工进展》 EI CAS CSCD 北大核心 2008年第12期2019-2024,共6页
采用改进的遗传模拟退火混合优化算法(MGASA),避免了单种算法的缺陷,很好地解决了CAMD中的组合爆炸问题;通过采取新的基团分类方法,可以比较容易地判断分子的完整性和稳定性,从而解决了分子合成问题;采用实际物系对本文提出的方法进行... 采用改进的遗传模拟退火混合优化算法(MGASA),避免了单种算法的缺陷,很好地解决了CAMD中的组合爆炸问题;通过采取新的基团分类方法,可以比较容易地判断分子的完整性和稳定性,从而解决了分子合成问题;采用实际物系对本文提出的方法进行了检验,结果表明本文筛选出来的溶剂适应度普遍高于文献中溶剂,表明本研究提出的方法具有很高的准确性和实用性。 展开更多
关键词 计算机辅助分子设计 遗传模拟退火混合算法 分子合成
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生物信息学在计算机辅助农药分子设计中的应用 被引量:1
5
作者 申建梅 胡黎明 +1 位作者 宾淑英 林进添 《安徽农业科学》 CAS 北大核心 2011年第4期2427-2428,2445,共3页
随着生命科学、数学、物理学和计算机科学的相互交叉,生物信息学越来越显示出其重要性,尤其是在新药的研究和开发中。综述了生物信息学在药物靶点识别和药物分子设计中的应用,并探讨了生物信息学在农药分子设计中的重要作用。生物信息... 随着生命科学、数学、物理学和计算机科学的相互交叉,生物信息学越来越显示出其重要性,尤其是在新药的研究和开发中。综述了生物信息学在药物靶点识别和药物分子设计中的应用,并探讨了生物信息学在农药分子设计中的重要作用。生物信息学的应用无疑将进一步推动农药的开发进程。 展开更多
关键词 生物信息学 药物靶标 计算机辅助药物设计 农药
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计算机辅助药物设计教学改革与探索 被引量:7
6
作者 吴晓敏 薛书蕾 +1 位作者 张海军 王光利 《安徽农学通报》 2013年第3期156-158,共3页
计算机辅助药物设计(Computer-aided drug design,CADD)是生命科学与计算机、药学、化学、物理、数学等学科全方位交叉的学科,该门课也是生物工程专业专业课教学中一门重要的应用实践课程。该文以淮北师范大学生命科学学院生物工程专业... 计算机辅助药物设计(Computer-aided drug design,CADD)是生命科学与计算机、药学、化学、物理、数学等学科全方位交叉的学科,该门课也是生物工程专业专业课教学中一门重要的应用实践课程。该文以淮北师范大学生命科学学院生物工程专业为例,从计算机辅助药物设计的授课内容改进、教学方法形象多样化、加强实际操作应用3个方面阐述本校应用型人才培养模式下的计算机辅助药物设计教学改革与探索。 展开更多
关键词 计算机辅助药物设计 应用型人才 培养模式 教学改革
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特种纺丝油剂单体的计算机辅助分子设计
7
作者 陈志荣 吴星义 尹红 《浙江大学学报(工学版)》 EI CAS CSCD 北大核心 2002年第3期320-323,共4页
环氧乙烷环氧丙烷共聚醚优异的热分解及润滑性能使其成为各种高速纺和常规纺油剂中的重要单体 .运用计算机辅助设计 (CAD)方法进行该单体的分子设计研究 ,可以更加清楚地认识合成工艺过程 ,减少工艺开发中的试验量 ,优化工艺过程、增进... 环氧乙烷环氧丙烷共聚醚优异的热分解及润滑性能使其成为各种高速纺和常规纺油剂中的重要单体 .运用计算机辅助设计 (CAD)方法进行该单体的分子设计研究 ,可以更加清楚地认识合成工艺过程 ,减少工艺开发中的试验量 ,优化工艺过程、增进油剂及其单体结构质量稳定性 。 展开更多
关键词 纺丝油剂 单体 计算机辅助设计 分子设计
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基于GASA混合算法的计算机辅助分子设计方法及其在质量分离剂选择上的应用
8
作者 张学岗 《化工进展》 EI CAS CSCD 北大核心 2009年第S2期411-411,共1页
采用了改进的遗传模拟退火混合优化算法(GASA),避免了单种算法的缺陷,很好的解决了CAMD中的组合爆炸问题;通过采取新的基团分类方法,可以比较容易地判断分子的完整性和稳定性,从而解决了分子编码问题,且可实现直链烷烃和芳香烃的同时搜... 采用了改进的遗传模拟退火混合优化算法(GASA),避免了单种算法的缺陷,很好的解决了CAMD中的组合爆炸问题;通过采取新的基团分类方法,可以比较容易地判断分子的完整性和稳定性,从而解决了分子编码问题,且可实现直链烷烃和芳香烃的同时搜索;采用实际物系对本文提出的方法进行了检验,结果表明本文筛选出来的溶剂适应度在普遍高于文献中溶剂,表明本文提出的方法具有很好的准确性和实用性,并通过实用软件PROII进行了验证。 展开更多
关键词 计算机辅助分子设计 遗传模拟退火混合算法 分子合成 质量分离剂
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吸收式热泵循环的新型有机工质对计算机辅助分子设计 被引量:3
9
作者 仪桐辛 张磊 都健 《化工学报》 EI CAS CSCD 北大核心 2021年第3期1457-1464,共8页
工质对是吸收式热泵工作时能量转换的介质,直接影响整个系统的性能。然而现有工质对的研究多集中于对特定体系的物性进行实验及拟合或对纯净物工质的设计和预测,鲜有未知工质对设计和预测的研究。提出基于计算机辅助分子设计实现工质对... 工质对是吸收式热泵工作时能量转换的介质,直接影响整个系统的性能。然而现有工质对的研究多集中于对特定体系的物性进行实验及拟合或对纯净物工质的设计和预测,鲜有未知工质对设计和预测的研究。提出基于计算机辅助分子设计实现工质对和吸收式热泵系统同步建模和优化的方法,建立了以性能系数(coefficient of performance)最大为目标的MINLP(mixed-integer nonlinear programming)模型,可以设计得到新工质对并对其性能进行预测。针对现有基团贡献法对工质比热容预测误差较大的问题,对12个工质常用基团回归了比热容的基团贡献值并应用于模型中。通过对建立的优化模型进行求解,获得了5组可行工质对。最后,将设计得到的工质对与文献数据进行对比,结果验证了提出方法的可行性与有效性。 展开更多
关键词 同步优化 计算机辅助分子设计 吸收式热泵 有机工质对
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计算机辅助药物设计用于化妆品植物源功效原料筛选的建议 被引量:2
10
作者 赵斯琪 孟宏 易帆 《日用化学工业》 CAS CSCD 北大核心 2019年第4期253-258,274,共7页
对计算机辅助药物设计技术应用于化妆品植物来源功效物质筛选和预测进行综述,论述其应用于预测药用植物所含成分在皮肤相关生物学途径中靶蛋白的结合关系,以及整体评价药用植物在皮肤生理学上的作用。提出构建完整、高效、便捷的原料研... 对计算机辅助药物设计技术应用于化妆品植物来源功效物质筛选和预测进行综述,论述其应用于预测药用植物所含成分在皮肤相关生物学途径中靶蛋白的结合关系,以及整体评价药用植物在皮肤生理学上的作用。提出构建完整、高效、便捷的原料研发模式的建议,并对其进行展望。 展开更多
关键词 化妆品功效原料 虚拟筛选 植物原料 计算机辅助药物设计
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应用电子计算机辅助高分子材料配方最优设计 一种有前途的节省新材料开发时间和费用的配方研究新方法 被引量:2
11
作者 高景文 《绝缘材料》 CAS 1982年第1期38-43,共6页
一、引言在材料科学研究中,加速运用现代科学技术,更多采用新方法,在越来越多的领域应用电子计算机,已是当前一个明显的发展动向。科研方法和效率的问题已引起了世界各国的普遍重视。配方设计与优化,是开发新高分子材料的一个中心问题... 一、引言在材料科学研究中,加速运用现代科学技术,更多采用新方法,在越来越多的领域应用电子计算机,已是当前一个明显的发展动向。科研方法和效率的问题已引起了世界各国的普遍重视。配方设计与优化,是开发新高分子材料的一个中心问题。用怎样的方法设计和优选配方使得研制出的材料具有高的技术经济指标,少的人力物力消耗,短的研制时间,这在经济上和技术上都有重大的意义。 展开更多
关键词 材料配方 计算机 回归方程式 最优设计 最佳设计 计算机辅助 机助 最优化问题 配方设计 分子材料 高聚物 非金属材料 配方研究
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基于MATLAB环境的辅助农药分子设计计算机系统
12
作者 王威 蔡瑞英 林虓 《南京化工大学学报》 2001年第5期21-24,共4页
开发了基于MATLAB环境的辅助农药分子设计计算机系统。系统采用模块化设计 ,人机界面友好 ,并针对农药分子设计过程中定量构效关系研究 (QSAR)的特点 ,实现了多种QSAR建模算法的集成。
关键词 MATLAB 定量构效关系研究 分子建模 分子设计 农药 计算机辅助设计系统
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计算机辅助药物设计及其在新农药研发中的应用 被引量:1
13
作者 王家哲 杨艺炜 +2 位作者 任平 李英梅 付博 《陕西农业科学》 2019年第8期86-88,共3页
计算机辅助药物设计(CADD)是随着分子生物学、计算机科学等学科发展而兴起的一种新的药物研究方法,近年来逐渐成为新农药研发的热点。本文综述了CADD的原理和方法,重点介绍了基于受体结构的药物设计(SBDD)和基于配体结构的药物设计(LBD... 计算机辅助药物设计(CADD)是随着分子生物学、计算机科学等学科发展而兴起的一种新的药物研究方法,近年来逐渐成为新农药研发的热点。本文综述了CADD的原理和方法,重点介绍了基于受体结构的药物设计(SBDD)和基于配体结构的药物设计(LBDD),及其在农药创制研发中的应用研究进展,对该技术目前存在的问题进行了概述,并对未来的应用前景进行了展望。 展开更多
关键词 计算机辅助药物设计 虚拟筛选 农药 应用
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计算机图形学在药物设计中的应用
14
作者 孙啸 艾竹茗 《计算机工程与应用》 CSCD 北大核心 1991年第9期32-35,共4页
计算机图形学在药物分子设计中的作用主要体现在两个方面,一是有关分子信息的处理,二是模拟显示分子空间或电子结构,研究药物分子与受休分子之间的相互作用,进而推测药物分子的活性。我们实验室最近开发了一个分子模型化系统MOLMO,它作... 计算机图形学在药物分子设计中的作用主要体现在两个方面,一是有关分子信息的处理,二是模拟显示分子空间或电子结构,研究药物分子与受休分子之间的相互作用,进而推测药物分子的活性。我们实验室最近开发了一个分子模型化系统MOLMO,它作为计算机辅助分子设计工具将有助于我们今后工作的顺利开展。 展开更多
关键词 计算机 图形学 药物 分子结构 设计
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药物分子剖面特性的计算机图形表达
15
作者 马瑾雯 张吉庆 陈凯先 《兰州大学学报(自然科学版)》 CAS CSCD 北大核心 1994年第4期47-51,共5页
将理论化学与计算机图形学相结合,分析药物分子剖面的势场分布特性。将理论化学计算所得数据,形成空间分布,经过投影,坐标计算,投影点追踪,系统的搜索,在计算机上绘出其势场特性分布图形。并用PASCAL语言形成一实用性强,... 将理论化学与计算机图形学相结合,分析药物分子剖面的势场分布特性。将理论化学计算所得数据,形成空间分布,经过投影,坐标计算,投影点追踪,系统的搜索,在计算机上绘出其势场特性分布图形。并用PASCAL语言形成一实用性强,功能完善的软件。 展开更多
关键词 搜索 势场 分子剖面 药物设计 计算机图形学
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不确定性下基于柔性指数的计算机辅助制冷工质设计
16
作者 陈朵朵 王佳远 +2 位作者 周黎旸 王树华 祝铃钰 《高校化学工程学报》 EI CAS CSCD 北大核心 2023年第2期302-311,共10页
针对工程应用中制冷循环会因环境因素的不确定波动而具有变工况的特点,提出以最大化操作柔性为目标研究最优制冷工质设计的面向操作柔性的过程和工质协同优化方法。该方法在物性预测模型层面,针对现有基团贡献法误差大的问题,修正了基... 针对工程应用中制冷循环会因环境因素的不确定波动而具有变工况的特点,提出以最大化操作柔性为目标研究最优制冷工质设计的面向操作柔性的过程和工质协同优化方法。该方法在物性预测模型层面,针对现有基团贡献法误差大的问题,修正了基团拆分方法和基团参数;在制冷过程模型层面,针对相态不确定性引入了互补约束;在优化求解层面,提出以柔性指数最大化为目标的制冷工质优化方案,建立以柔性指数最大化为目标的混合整数非线性规划问题。将该方法分别应用于单工质和混合工质设计案例,结果表明,面向环境不确定性的最优工质有别于制冷性能系数最大化的工质。 展开更多
关键词 柔性指数 计算机辅助分子设计 基团贡献法 混合整数非线性规划
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应用改进型遗传算法进行药物分子对接设计 被引量:4
17
作者 李纯莲 王希诚 赵金城 《计算机工程与应用》 CSCD 北大核心 2003年第36期31-33,89,共4页
文章建立了一种约束优化的演化模型,并构造出求解此模型的多种群空间收缩遗传算法,将信息熵概念引入进化过程,控制各种群寻优搜索时解空间的收缩。该算法用种群的多样性避免遗传进化的早熟现象,并以空间收缩尺度作为停机判椐,有效地控... 文章建立了一种约束优化的演化模型,并构造出求解此模型的多种群空间收缩遗传算法,将信息熵概念引入进化过程,控制各种群寻优搜索时解空间的收缩。该算法用种群的多样性避免遗传进化的早熟现象,并以空间收缩尺度作为停机判椐,有效地控制了算法的收敛。利用基于小种群的多种群进化策略,在保证种群多样性的前提下,极大程度地减少了计算量,提高了计算效率。数值算例表明,熵的介入增强了随机搜索类进化算法的寻优目的性,使收敛过程平稳且迅速。算例表明此算法能有效的应用于药物分子对接设计。 展开更多
关键词 药物设计 药物分子 改进型遗传算法 对接设计 计算机辅助设计
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娑罗子中抗炎活性成分的计算机虚拟筛选 被引量:3
18
作者 宋炜 袁桥玉 +3 位作者 王静 胡贝 李竣 刘新桥 《绿色科技》 2020年第2期180-184,共5页
利用计算机辅助药物设计探究了植物娑罗子中抗炎的活性成分。在TCMSP数据库中利用里宾斯基五规则筛选出娑罗子的化学成分,用SYBYL软件对小分子与抗炎作用相关的16个蛋白靶点进行分子对接,通过对接打分函数(Total Score≥7)筛选出活性成... 利用计算机辅助药物设计探究了植物娑罗子中抗炎的活性成分。在TCMSP数据库中利用里宾斯基五规则筛选出娑罗子的化学成分,用SYBYL软件对小分子与抗炎作用相关的16个蛋白靶点进行分子对接,通过对接打分函数(Total Score≥7)筛选出活性成分;采用Discovery Studio软件分析了蛋白复合体的相互作用;利用admetSAR软件分析了对接结果较好的几个化合物的ADMET预测。结果表明:七叶皂苷苷元A与JINK3结合最好,山奈酚与iNOS结合最好,槲皮素和七叶苷与JAK1结合最好,秦皮苷ERK1、JNK3、MIF结合都好;蛋白复合体的分析结果显示疏水作用力和氢键在对接中发挥重要作用。5个化合物的ADMET存在一定的不足,成药时应该稍加修饰使其具有更好的ADMET。此研究为中药娑罗子化学成分的抗炎研究提供了参考,也为新药研发提供了理论基础。 展开更多
关键词 娑罗子 计算机辅助药物设计 分子对接 ADMET预测
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“药物设计实验”课程的建设 被引量:15
19
作者 刘桂霞 李卫华 唐赟 《实验室研究与探索》 CAS 北大核心 2010年第8期122-124,共3页
计算机辅助药物设计是现代药物研究的前沿领域和发展方向,它不仅是一门理论学科,而且具有很强的实践性,因此在药学本科专业开设"药物设计实验"课程是专业发展的必然。从实验平台建设、教学内容与方法、学生成绩考核等方面,对&... 计算机辅助药物设计是现代药物研究的前沿领域和发展方向,它不仅是一门理论学科,而且具有很强的实践性,因此在药学本科专业开设"药物设计实验"课程是专业发展的必然。从实验平台建设、教学内容与方法、学生成绩考核等方面,对"药物设计实验"的课程建设进行了探索与实践。 展开更多
关键词 药物设计实验 计算机辅助药物设计 课程建设 教学改革
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免费软件在药物设计实验中的应用 被引量:7
20
作者 李卫华 刘桂霞 +1 位作者 程家高 唐赟 《实验室研究与探索》 CAS 北大核心 2014年第12期197-200,303,共5页
计算机辅助药物设计是一门新兴的交叉学科,不仅理论性强,而且注重实践动手能力。为巩固理论课的教学成果,增强学生的实践操作能力和学习兴趣,我们为药学专业本科生开设了"药物设计实验"课程。制药企业和学术界的药物设计平台... 计算机辅助药物设计是一门新兴的交叉学科,不仅理论性强,而且注重实践动手能力。为巩固理论课的教学成果,增强学生的实践操作能力和学习兴趣,我们为药学专业本科生开设了"药物设计实验"课程。制药企业和学术界的药物设计平台通常采用商业软件包。虽然商业软件功能丰富,但也存在费用昂贵、对硬件要求高等问题,不适用于大规模的实验教学。过去几年我们尝试将一些能免费获取的软件应用于"药物设计实验"课程的教学,取得了较好的效果。论文根据该课程实验的设置内容,介绍了这些免费软件在药物设计实验中的应用,具有较好的推广价值。 展开更多
关键词 计算机辅助药物设计 药物设计实验 免费软件 实验教学
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