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Her2(+)/Her2(-)乳腺癌差异表达microRNAs的生物信息学分析
1
作者
曾融
张积仁
+3 位作者
姜茂竹
麦仲伦
吴钢
郑燕芳
《山东医药》
CAS
2012年第33期5-8,共4页
目的通过文献挖掘与生物信息学分析的方法,探讨Her2(+)/Her2(-)乳腺癌之间差异表达的microRNAs可能涉及的生物学功能和信号通路。方法在NCBI数据库的GEO子数据库及EBI数据库中的ArrayEx-press子数据库开展检索,使用关键词"breast c...
目的通过文献挖掘与生物信息学分析的方法,探讨Her2(+)/Her2(-)乳腺癌之间差异表达的microRNAs可能涉及的生物学功能和信号通路。方法在NCBI数据库的GEO子数据库及EBI数据库中的ArrayEx-press子数据库开展检索,使用关键词"breast cancer"、"microRNA"进行检索,获取Her2(+)/Her2(-)乳腺癌之间差异表达microRNAs。利用microRNAs靶基因预测软件预测所有差异表达microRNAs的靶基因,进行通路分析。结果找到2个在Her2表型不同的乳腺癌中差异表达的microRNAs数据集,利用软件TargetScan预测差异表达microRNAs的靶向基因,取其合集进行富集分析,最后将富集得到的基因利用David数据库进行分析,从而得到了上述差异表达的microRNAs可能具有的生物学功能和参与的调节通路。结论差异表达的microRNAs通过调节靶向基因参与不同信号通路,实现多种生物学功能。
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关键词
乳腺肿瘤
受体
Her2
小RNA病毒
计算机生物学
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职称材料
银屑病性关节炎的致病基因筛选及生物信息学分析
2
作者
何剑戈
夏群
+3 位作者
吴凯楠
杨凯锐
贾栋
李明昊
《山东医药》
CAS
2019年第8期17-20,共4页
目的筛选银屑病性关节炎(PsA)的致病基因,并对致病基因进行生物信息学分析。方法选取美国生物信息技术中心(NCBI)的公共基因芯片数据(编号为GSE61281),通过R编程语言分析PsA患者外周血样本和对照组外周血样本的芯片数据,筛选差异表达基...
目的筛选银屑病性关节炎(PsA)的致病基因,并对致病基因进行生物信息学分析。方法选取美国生物信息技术中心(NCBI)的公共基因芯片数据(编号为GSE61281),通过R编程语言分析PsA患者外周血样本和对照组外周血样本的芯片数据,筛选差异表达基因,使用GLAD4U数据库与ToppGene数据库对差异表达基因进行优化和补充,筛选出PsA的致病基因。用DAVID和KOBAS3.0在线工具对致病基因进行富集分析,String数据库构建PsA致病基因的PPI网络,筛选PsA发病过程中的重点基因、主要生物过程及信号通路。结果得到了与PsA发病密切相关的基因,差异表达基因中与PsA高度相关(得分较高且差异显著)的基因为CXCL10、LYN、JAK1、CARD11、ANXA1。GO富集分析结果显示,在免疫反应、炎症反应、固有免疫反应、信号转导、对脂多糖的应答等生物过程中富集的基因较多且较显著。KEGG分析显示,PsA致病基因主要富集的通路是细胞因子与细胞因子受体相互作用、炎症性肠病等。筛选的PsA致病基因与TNF、IL1B、IL13、IL17A、CCL2、IL23R基因之间存在相互作用关系。结论筛选出与PsA发病高度相关的基因为CXCL10、LYN、JAK1、CARD11、ANXA1,这些致病基因参与免疫反应、炎症反应、固有免疫反应、信号转导、对脂多糖的应答等生物过程,可能通过影响细胞因子与细胞因子受体相互作用、炎症性肠病等通路来发挥作用,并与TNF、IL1B、IL13、IL17A、CCL2、IL23R基因之间存在相互作用关系。
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关键词
关节炎
银屑病
寡核苷酸序列分析
计算机生物学
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职称材料
题名
Her2(+)/Her2(-)乳腺癌差异表达microRNAs的生物信息学分析
1
作者
曾融
张积仁
姜茂竹
麦仲伦
吴钢
郑燕芳
机构
南方医科大学珠江医院肿瘤中心
出处
《山东医药》
CAS
2012年第33期5-8,共4页
基金
卫生部科技专项基金(W2009BX015)
文摘
目的通过文献挖掘与生物信息学分析的方法,探讨Her2(+)/Her2(-)乳腺癌之间差异表达的microRNAs可能涉及的生物学功能和信号通路。方法在NCBI数据库的GEO子数据库及EBI数据库中的ArrayEx-press子数据库开展检索,使用关键词"breast cancer"、"microRNA"进行检索,获取Her2(+)/Her2(-)乳腺癌之间差异表达microRNAs。利用microRNAs靶基因预测软件预测所有差异表达microRNAs的靶基因,进行通路分析。结果找到2个在Her2表型不同的乳腺癌中差异表达的microRNAs数据集,利用软件TargetScan预测差异表达microRNAs的靶向基因,取其合集进行富集分析,最后将富集得到的基因利用David数据库进行分析,从而得到了上述差异表达的microRNAs可能具有的生物学功能和参与的调节通路。结论差异表达的microRNAs通过调节靶向基因参与不同信号通路,实现多种生物学功能。
关键词
乳腺肿瘤
受体
Her2
小RNA病毒
计算机生物学
Keywords
breast neoplasms
receptors, Her2
parechovirus
computational biology
分类号
R737.9 [医药卫生—肿瘤]
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职称材料
题名
银屑病性关节炎的致病基因筛选及生物信息学分析
2
作者
何剑戈
夏群
吴凯楠
杨凯锐
贾栋
李明昊
机构
中国人民武装警察部队后勤学院
中国人民武装警察部队特色医学中心
中国人民解放军
天津医科大学
天津中医药大学
出处
《山东医药》
CAS
2019年第8期17-20,共4页
基金
国家自然科学基金资助项目(81572199)
天津市应用基础与前沿技术研究计划项目(15JCYBYC50600)
文摘
目的筛选银屑病性关节炎(PsA)的致病基因,并对致病基因进行生物信息学分析。方法选取美国生物信息技术中心(NCBI)的公共基因芯片数据(编号为GSE61281),通过R编程语言分析PsA患者外周血样本和对照组外周血样本的芯片数据,筛选差异表达基因,使用GLAD4U数据库与ToppGene数据库对差异表达基因进行优化和补充,筛选出PsA的致病基因。用DAVID和KOBAS3.0在线工具对致病基因进行富集分析,String数据库构建PsA致病基因的PPI网络,筛选PsA发病过程中的重点基因、主要生物过程及信号通路。结果得到了与PsA发病密切相关的基因,差异表达基因中与PsA高度相关(得分较高且差异显著)的基因为CXCL10、LYN、JAK1、CARD11、ANXA1。GO富集分析结果显示,在免疫反应、炎症反应、固有免疫反应、信号转导、对脂多糖的应答等生物过程中富集的基因较多且较显著。KEGG分析显示,PsA致病基因主要富集的通路是细胞因子与细胞因子受体相互作用、炎症性肠病等。筛选的PsA致病基因与TNF、IL1B、IL13、IL17A、CCL2、IL23R基因之间存在相互作用关系。结论筛选出与PsA发病高度相关的基因为CXCL10、LYN、JAK1、CARD11、ANXA1,这些致病基因参与免疫反应、炎症反应、固有免疫反应、信号转导、对脂多糖的应答等生物过程,可能通过影响细胞因子与细胞因子受体相互作用、炎症性肠病等通路来发挥作用,并与TNF、IL1B、IL13、IL17A、CCL2、IL23R基因之间存在相互作用关系。
关键词
关节炎
银屑病
寡核苷酸序列分析
计算机生物学
Keywords
arthritis, psoriasis
oligonucleotide array sequence analysis
computational biology
分类号
R684.3 [医药卫生—骨科学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
Her2(+)/Her2(-)乳腺癌差异表达microRNAs的生物信息学分析
曾融
张积仁
姜茂竹
麦仲伦
吴钢
郑燕芳
《山东医药》
CAS
2012
0
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职称材料
2
银屑病性关节炎的致病基因筛选及生物信息学分析
何剑戈
夏群
吴凯楠
杨凯锐
贾栋
李明昊
《山东医药》
CAS
2019
0
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