期刊文献+
共找到77篇文章
< 1 2 4 >
每页显示 20 50 100
应用基因表达谱芯片筛选丙型肝炎病毒核心蛋白反式调节基因 被引量:13
1
作者 刘妍 成军 +2 位作者 王建军 陆荫英 杨倩 《解放军医学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2003年第1期55-57,共3页
应用基因表达谱芯片技术对HCV核心蛋白表达质粒pcDNA3 1(- ) core转染的HepG2细胞和空载体处理的相同细胞差异表达的mRNA进行检测。基因表达谱芯片所检测的 115 2条目的基因均为GenBank中登录的基因 ,HCV核心表达质粒转染的细胞有95条... 应用基因表达谱芯片技术对HCV核心蛋白表达质粒pcDNA3 1(- ) core转染的HepG2细胞和空载体处理的相同细胞差异表达的mRNA进行检测。基因表达谱芯片所检测的 115 2条目的基因均为GenBank中登录的基因 ,HCV核心表达质粒转染的细胞有95条差异表达基因 ,其中 4 5条基因表达增强 ,5 0条基因表达降低。这些核心蛋白反式调节基因与细胞增殖、分化、凋亡、信号转导及免疫调节密切相关。本实验结果为进一步阐明HCV核心蛋白致病 (癌 )的分子生物学机制提供了理论依据。 展开更多
关键词 基因表达谱芯片 筛选 丙型肝炎病毒 核心蛋白 反式调节
在线阅读 下载PDF
基于表达谱芯片筛选鸡不同部位皮肤组织差异表达基因 被引量:7
2
作者 姬改革 束婧婷 +5 位作者 单艳菊 章明 屠云洁 刘一帆 巨晓军 邹剑敏 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2018年第1期36-45,共10页
旨在筛选鸡不同部位(背部和腿部)皮肤组织中的差异表达基因,探讨二者皮肤毛囊出现表型差异的分子机制。以处于上市日龄的(63日龄)商品代肉鸡为素材,利用Agilent鸡全基因组表达谱芯片对皮肤厚度、毛囊密度和直径出现显著差异的背部和腿... 旨在筛选鸡不同部位(背部和腿部)皮肤组织中的差异表达基因,探讨二者皮肤毛囊出现表型差异的分子机制。以处于上市日龄的(63日龄)商品代肉鸡为素材,利用Agilent鸡全基因组表达谱芯片对皮肤厚度、毛囊密度和直径出现显著差异的背部和腿部皮肤组织mRNA表达水平进行检测,对与皮肤毛囊发生发育相关的候选基因及信号通路进行系统筛查,并运用实时荧光定量PCR技术对部分差异表达基因进行验证。结果显示,芯片分析共筛选到差异表达基因676个(|FC|≥2,P<0.05),以腿部皮肤为参照,背部皮肤组织中上调基因223个,下调基因453个。荧光定量PCR验证部分差异表达基因的表达趋势与芯片结果基本一致。GO分析表明,差异表达基因参与细胞增殖和凋亡调控、Wnt信号通路、神经元分化、细胞间黏附调节、细胞命运的确定等生物学过程。KEGG信号通路分析发现,除了部分已知的与皮肤毛囊生长发育相关的信号通路(Wnt和Hedgehog信号通路),ECM受体相互作用、黏着、细胞黏附分子、黏合连接等信号通路也被富集。蛋白互作网络分析表明,这些差异表达基因相互作用形成一个调控网络,可能通过影响皮肤毛囊的生长发育和周期变化来影响皮肤毛囊的性状,推测ECM受体相互作用、黏着、运输等调控通路及DKK1、WNT3A、SHH、FGF1、IGF1等基因可能是参与鸡不同部位皮肤毛囊性状出现差异的重要调控通路和候选基因。 展开更多
关键词 不同部位 皮肤 毛囊 表达谱芯片
在线阅读 下载PDF
基于表达谱芯片挖掘清远麻鸡和科宝肉鸡比目鱼肌差异表达基因 被引量:5
3
作者 束婧婷 章明 +4 位作者 宋迟 单艳菊 徐文娟 宋卫涛 李慧芳 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2016年第1期25-33,共9页
对生长速度长期的高压选择导致了快大型肉鸡与优质型地方鸡显著的表型差异,本研究旨在研究这种表型差异的分子遗传机理。采用Agilent鸡全基因组表达谱芯片对达到性成熟的优质型清远麻鸡(112d)和快大型科宝肉鸡(42d)比目鱼肌中与肌纤维... 对生长速度长期的高压选择导致了快大型肉鸡与优质型地方鸡显著的表型差异,本研究旨在研究这种表型差异的分子遗传机理。采用Agilent鸡全基因组表达谱芯片对达到性成熟的优质型清远麻鸡(112d)和快大型科宝肉鸡(42d)比目鱼肌中与肌纤维发育和类型组成相关的候选基因及信号通路进行系统筛查。结果,芯片分析共筛选到差异倍数在2倍及以上的基因1 318个,以科宝肉鸡作为参照,清远麻鸡中上调基因501个,下调基因817个,主要涉及到肌肉发育、能量代谢、脂质代谢等生物学过程。基于KEGG Pathway分析发现,差异基因除了参与肌纤维发育和分化相关信号通路(如Hedgehog信号通路和Ca2+信号通路)外,Wnt信号通路,mTOR信号通路,MAPK信号通路,ErbB信号通路、JAK-STAT信号通路等一些跟能量代谢相关的信号通路也被富集为显著的信号通路。与能量代谢相关的信号通路和与肌肉发育相关的信号通路相互作用形成一个调控网络从而影响肌纤维的发育,筛选出了20个在肌纤维生长发育及分化过程中可能具有重要影响的候选基因,但这些差异表达基因在肌纤维的发育和分化过程中的作用尚待深入研究。 展开更多
关键词 肌纤维性状 表达谱芯片 差异表达基因 清远麻鸡 科宝肉鸡
在线阅读 下载PDF
表达谱芯片筛选人宫颈癌淋巴结转移相关基因的研究 被引量:7
4
作者 章任兵 谭琪 +3 位作者 何小兰 李洁 贾晋萍 朱正 《海南医学院学报》 CAS 2011年第1期38-41,共4页
目的:研究宫颈癌淋巴结转移的差异表达基因,探究宫颈癌淋巴结转移的分子机理,寻找可能用于早期诊断及临床治疗的分子靶标,探讨表达谱新篇在宫颈癌诊断中的应用价值;方法:冷冻微切割取3例病人癌旁上皮组织、癌组织、及转移淋巴结癌组织,... 目的:研究宫颈癌淋巴结转移的差异表达基因,探究宫颈癌淋巴结转移的分子机理,寻找可能用于早期诊断及临床治疗的分子靶标,探讨表达谱新篇在宫颈癌诊断中的应用价值;方法:冷冻微切割取3例病人癌旁上皮组织、癌组织、及转移淋巴结癌组织,提取总RNA,反转录,采用罗氏NimbleGen基因表达谱芯片筛查差异表达基因,利用GenCLip软件进行文献挖掘研究这些差异表达基因的功能关系。结果:癌组织和癌旁上皮组织相比有1444条基因上调;2108条基因表达下调;迁移淋巴结中癌组织和癌旁上皮组织相比有5313条基因上调;5169条基因表达下调;并对差异表达基因进行功能分析。结论:表达谱芯片可用来快速高通量筛查差异表达基因。 展开更多
关键词 宫颈癌 淋巴转移 表达谱芯片
在线阅读 下载PDF
基于基因表达谱芯片的人参对衰老脑组织作用研究 被引量:5
5
作者 叶芳 苑伟政 《西北工业大学学报》 EI CAS CSCD 北大核心 2006年第5期667-671,共5页
应用生物芯片技术诠释中药抗衰老作用基因机理的研究日益得到人们的重视。针对D-半乳糖造成的小鼠亚急性衰老模型,采用Cy3和Cy5 2种不同的荧光染料,通过逆转录反应将实验组和对照组的小鼠脑组织细胞mRNA分别标记成2种探针,混合后与小鼠... 应用生物芯片技术诠释中药抗衰老作用基因机理的研究日益得到人们的重视。针对D-半乳糖造成的小鼠亚急性衰老模型,采用Cy3和Cy5 2种不同的荧光染料,通过逆转录反应将实验组和对照组的小鼠脑组织细胞mRNA分别标记成2种探针,混合后与小鼠基因表达谱芯片杂交,借助计算机分析扫描芯片荧光信号图像,寻找出经人参作用后表达有显著差异的基因,并对这些基因进行了生物信息学分析。研究表明人参水煎剂对衰老小鼠脑组织的基因表达谱具有显著影响,其中N ckap1基因及A tp5a1基因可能是人参抗衰老作用的靶基因。 展开更多
关键词 人参 抗衰老 基因表达谱芯片 Nckap1基因 Atp5a1基因
在线阅读 下载PDF
基因表达谱芯片在原核生物研究中的应用 被引量:6
6
作者 姜海 张建中 《中国全科医学》 CAS CSCD 2004年第12期928-930,共3页
基因表达谱芯片技术作为一种高通量分析方法 ,已成为“后基因组时代”中进行序列分析的重要工具之一。本文简述了基因表达谱芯片技术在原核生物适应环境、致病性和与宿主间相互作用等方面的应用 ;同时对其在应用中的缺陷和应用前景进行... 基因表达谱芯片技术作为一种高通量分析方法 ,已成为“后基因组时代”中进行序列分析的重要工具之一。本文简述了基因表达谱芯片技术在原核生物适应环境、致病性和与宿主间相互作用等方面的应用 ;同时对其在应用中的缺陷和应用前景进行了简要的概述。 展开更多
关键词 基因表达谱芯片 原核生物 致病性 原核生物适应环境机制
在线阅读 下载PDF
利用表达谱芯片分析水稻籼粳交杂种优势的分子基础 被引量:1
7
作者 牛付安 曹黎明 +6 位作者 储黄伟 程灿 周继华 罗小金 顾永平 袁勤 罗忠永 《南京农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2015年第6期883-889,共7页
[目的]本文旨在研究水稻籼粳交杂种优势的分子基础。[方法]利用Affymetrix水稻表达谱芯片分析了强优势水稻籼粳交组合‘申9A/繁31’与母本‘申9A’和父本‘繁31’在幼穗分化初期剑叶组织的基因表达差异,并对差异表达基因进行了基于生物... [目的]本文旨在研究水稻籼粳交杂种优势的分子基础。[方法]利用Affymetrix水稻表达谱芯片分析了强优势水稻籼粳交组合‘申9A/繁31’与母本‘申9A’和父本‘繁31’在幼穗分化初期剑叶组织的基因表达差异,并对差异表达基因进行了基于生物学过程的GO(gene ontology)功能分类和代谢通路分析。[结果]幼穗分化初期杂种与双亲的表型已经产生了明显差异;共有2 258个基因在杂种与亲本之间差异表达(差异倍数≥2或≤0.5),杂种与双亲均显示差异表达的基因有327个,杂种与父本之间的差异表达基因远多于母本。杂种差异表达基因具有多种表达模式,具有正效应基因的增强表达和具有负效应基因的抑制表达对杂种优势均有贡献。差异表达基因主要参与了磷代谢、运输、防卫反应以及碳水化合物代谢等生物学过程,并在碳固定、氨基酸代谢、糖酵解/糖原异生以及磷酸肌醇代谢等多个代谢通路富集。[结论]水稻籼粳交杂种优势存在复杂的分子基础,多种分子机制参与了杂种优势的形成,光合效率和光合产物运输分配效率的提高可能是杂种优势产生的主要原因。 展开更多
关键词 水稻 表达谱芯片 杂种优势 分子基础
在线阅读 下载PDF
基于时序表达谱芯片挖掘鸡脂肪酸代谢关键调控基因 被引量:1
8
作者 王洪志 常国斌 +6 位作者 马腾 翟飞 夏明秀 刘璐 陈静 徐璐 陈国宏 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2013年第12期1882-1890,共9页
不同脂肪酸的代谢产物决定了鸡肉风味的差异,找出影响鸡肌肉组织中脂肪酸代谢的关键调控基因对提高肉品质以及对优质肉鸡新品系选育具有重要意义。本研究对KEGG和Wikipathway数据库中脂肪酸代谢网络进行整合分析,挖掘鸡脂肪酸代谢的关... 不同脂肪酸的代谢产物决定了鸡肉风味的差异,找出影响鸡肌肉组织中脂肪酸代谢的关键调控基因对提高肉品质以及对优质肉鸡新品系选育具有重要意义。本研究对KEGG和Wikipathway数据库中脂肪酸代谢网络进行整合分析,挖掘鸡脂肪酸代谢的关键基因,通过Gene Spring筛选出不同周龄的肌肉组织中表达谱芯片与关键基因共表达的差异基因(Pearson相关系数≥0.9),然后导入Cytoscape进行共表达网络分析,最后进行跨物种检索关键调控基因功能,得到鸡肌肉组织中脂肪酸代谢的节点基因和相关通路。结果表明,Ep300、Traf2和Pak1等基因是影响鸡肌肉中脂肪酸代谢的节点基因,MAPK通路、ErbB通路和Herpes simplex infection通路可能是肌肉中脂肪酸代谢调控的关键通路,该结果为研究家禽肌肉中脂肪酸代谢的分子机制和进一步筛选优质肉质基因提供了基础资料。 展开更多
关键词 脂肪酸 表达谱芯片 节点基因 调控通路
在线阅读 下载PDF
基因表达谱芯片筛选强直性脊柱炎差异表达基因的研究 被引量:3
9
作者 张莹 初同伟 《第三军医大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2011年第10期1044-1047,共4页
目的应用表达谱芯片比较人强直性脊柱炎(ankylosing spondylitis,AS)组织与正常骶髂关节组织的基因表达差异,筛选AS疾病相关基因。方法选取本室采集的3例活动期AS标本为实验组,1例骨折标本为对照组。分别提取标本骶髂关节的滑膜组织与... 目的应用表达谱芯片比较人强直性脊柱炎(ankylosing spondylitis,AS)组织与正常骶髂关节组织的基因表达差异,筛选AS疾病相关基因。方法选取本室采集的3例活动期AS标本为实验组,1例骨折标本为对照组。分别提取标本骶髂关节的滑膜组织与椎旁组织的RNA,制备探针后用于表达谱芯片杂交,筛选AS组织差异表达基因,并采用半定量RT-PCR法验证芯片结果。结果与正常组织样本相比,在AS组织中筛选获得差异表达基因237条,表达上调的已知基因91条,表达下调的已知基因78条;对其中20条基因进行半定量RT-PCR检测,结果与表达谱芯片结果一致。结论筛选出与AS相关的多个差异表达基因。 展开更多
关键词 强直性脊柱炎 基因表达谱芯片 差异表达基因
在线阅读 下载PDF
表达谱芯片技术在动物胚胎发育研究中的应用进展 被引量:1
10
作者 吴伟伟 宫平 +5 位作者 哈尼克孜 石晓雷 于丽娟 徐新明 田月珍 田可川 《草食家畜》 2013年第6期1-5,12,共6页
基因表达谱芯片在基因芯片中应用最广泛,具有灵敏、高效、平行化、高通量等优点,可检测胚胎发育过程中成千上万个基因的表达情况,绘制基因表达图谱,筛选特异性表达基因,从而揭示胚胎发育过程在基因水平上的本质。近年,利用表达谱芯片技... 基因表达谱芯片在基因芯片中应用最广泛,具有灵敏、高效、平行化、高通量等优点,可检测胚胎发育过程中成千上万个基因的表达情况,绘制基因表达图谱,筛选特异性表达基因,从而揭示胚胎发育过程在基因水平上的本质。近年,利用表达谱芯片技术检测胚胎发育不同时期中miRNA的表达情况取得一定进展,这对全面研究胚胎基因组激活、胚胎发育阻滞等问题具有重要意义,本文对此进行综述。 展开更多
关键词 表达谱芯片 动物 胚胎发育
在线阅读 下载PDF
基因表达谱芯片技术筛选乙型肝炎病毒核心蛋白结合蛋白基因C1反式调节基因
11
作者 蔺淑梅 成军 +3 位作者 杨媛 刘敏 张黎颖 郭江 《西安交通大学学报(医学版)》 CAS CSCD 北大核心 2007年第2期126-129,共4页
目的对未知功能基因C1转染人肝母细胞瘤细胞系(HepG2)后的基因表达谱进行分析,探索该基因的表达对肝细胞基因表达谱的影响及其可能的调节功能线索。方法以分子生物学技术构建C1的真核表达载体pcDNA3.1(-)-C1,以表达质粒pcDNA3.1(-)-C1转... 目的对未知功能基因C1转染人肝母细胞瘤细胞系(HepG2)后的基因表达谱进行分析,探索该基因的表达对肝细胞基因表达谱的影响及其可能的调节功能线索。方法以分子生物学技术构建C1的真核表达载体pcDNA3.1(-)-C1,以表达质粒pcDNA3.1(-)-C1转染HepG2细胞,空载体pcDNA3.1(-)为平行对照,制备转染后的细胞裂解液,提取mRNA,逆转录为cDNA。应用基因表达谱芯片技术对差异表达的mRNA进行检测和分析。结果HepG2细胞经转染C1表达质粒后,有26条差异表达基因,其中24条基因表达水平下调,2条基因表达水平上调。这些差异表达的基因与细胞信号转导、凋亡、细胞增生分化及肿瘤的发生密切相关。结论应用基因表达谱芯片成功筛选了C1转染细胞后差异表达基因,为进一步阐明C1蛋白可能的生物学功能及乙型肝炎病毒核心蛋白的致病机制提供了理论依据。 展开更多
关键词 乙型肝炎病毒 核心蛋白 反式激活基因 基因表达谱芯片
在线阅读 下载PDF
应用基因表达谱芯片技术研究膦甲酸钠处理Jurkat细胞后的差异表达基因
12
作者 刘妍 成军 +4 位作者 王刚 陆荫英 王建军 张喜全 王祥建 《解放军医学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2004年第5期386-388,共3页
目的 筛选膦甲酸钠处理人T淋巴细胞系Jurkat细胞后的差异表达基因。方法 应用基因表达谱芯片技术对膦甲酸钠处理的Jurkat细胞和以生理盐水处理的相同细胞的mRNA进行检测。结果 Jurkat细胞经膦甲酸钠处理后 ,所检测的 115 2条目的基因... 目的 筛选膦甲酸钠处理人T淋巴细胞系Jurkat细胞后的差异表达基因。方法 应用基因表达谱芯片技术对膦甲酸钠处理的Jurkat细胞和以生理盐水处理的相同细胞的mRNA进行检测。结果 Jurkat细胞经膦甲酸钠处理后 ,所检测的 115 2条目的基因中 ,有 94条产生差异表达 ,其中 38条基因表达增强 ,5 6条基因表达降低。结论 应用基因表达谱芯片成功筛选了膦甲酸钠处理淋巴细胞后差异表达基因 。 展开更多
关键词 膦甲酸钠 免疫调节 基因表达谱芯片
在线阅读 下载PDF
水稻赤霉素缺失突变体gid2-1的基因表达谱芯片数据分析
13
作者 刘建军 赵瑜 +2 位作者 鲁琳 胡月新 刘慰华 《西南农业学报》 CSCD 北大核心 2014年第2期620-623,共4页
赤霉素是一类重要的植物激素,在高等植物生长发育的各个阶段都具有重要的调控作用。利用突变体研究赤霉素代谢和信号转导途径是目前的研究热点。文章以水稻Affymetrix表达谱芯片的数据为例,应用生物信息学方法进行数据挖掘与研究水稻gid... 赤霉素是一类重要的植物激素,在高等植物生长发育的各个阶段都具有重要的调控作用。利用突变体研究赤霉素代谢和信号转导途径是目前的研究热点。文章以水稻Affymetrix表达谱芯片的数据为例,应用生物信息学方法进行数据挖掘与研究水稻gid2-1突变体与野生型差异表达基因,初步探讨赤霉素信号途径相关基因的表达调控网络。 展开更多
关键词 水稻 赤霉素 突变体 表达谱芯片
在线阅读 下载PDF
高通量表达谱芯片和MAS工具探讨普洱茶保健作用的分子机制
14
作者 宋爽 王宣军 +1 位作者 郝淑美 盛军 《云南农业大学学报(自然科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2014年第6期853-860,共8页
为了解饮用普洱茶2个月后健康小鼠肝脏中mRNA表达情况及关信号通路的变化,本研究选用健康昆明鼠为模型,自由饮用普洱茶2个月,使用高通量基因芯片分析肝脏细胞中mRNA变化情况,通过聚类分析软件Cluster以及分子作用注释系统MAS对基因芯片... 为了解饮用普洱茶2个月后健康小鼠肝脏中mRNA表达情况及关信号通路的变化,本研究选用健康昆明鼠为模型,自由饮用普洱茶2个月,使用高通量基因芯片分析肝脏细胞中mRNA变化情况,通过聚类分析软件Cluster以及分子作用注释系统MAS对基因芯片的结果进行统计分析。试验共得到409个表达差异的基因,其中291个表达差异基因参与了123条信号通路;在胆固醇和不饱和脂肪酸生物合成、胰岛素信号通路、PPAR信号通路成分的mRNA表达变化都很明显。这些变化表明普洱茶在防治高血脂、脂肪肝、糖尿病等疾病有很好的效果。本研究为研究普洱茶保健作用的机制提供了线索。 展开更多
关键词 普洱茶功效 表达谱芯片 分子功能注释系统 代谢调节
在线阅读 下载PDF
表达谱芯片实验设计的比较分析
15
作者 王洪宝 李辉 +1 位作者 王启贵 王宇祥 《东北农业大学学报》 CAS CSCD 2007年第1期50-53,共4页
通过两类表达谱芯片实验设计(包括直接杂交与间接杂交,正反标记试验),比较和分析了不同实验设计对实验结果的影响。结果表明,间接杂交的Log(Ratio)值的变化幅度要比直接杂交的大,主要原因是因为其实验系统误差要高于直接杂交;间接杂交... 通过两类表达谱芯片实验设计(包括直接杂交与间接杂交,正反标记试验),比较和分析了不同实验设计对实验结果的影响。结果表明,间接杂交的Log(Ratio)值的变化幅度要比直接杂交的大,主要原因是因为其实验系统误差要高于直接杂交;间接杂交的正反标记结果高度一致,说明间接杂交具有很高准确性,同时也表明荧光染料对实验结果无明显影响。 展开更多
关键词 表达谱芯片 直接杂交 间接杂交 正反标记
在线阅读 下载PDF
基因表达谱芯片在乙型肝炎肝硬化生物学信息的研究
16
作者 刘心亮 熊益群 +1 位作者 晏雪生 徐绍钢 《实用医学杂志》 CAS 2005年第13期1384-1385,共2页
目的:探索基因表达谱技术在肝硬化形成的分子生物学机制研究及其诊断方法研究的应用。方法:应用含8192个人体cDNA的微阵列芯片和来自外周血单核细胞的标记cDNA,分析慢性乙型肝炎、肝炎肝硬化各15例基因表达谱。通过GenePix4000B扫描芯... 目的:探索基因表达谱技术在肝硬化形成的分子生物学机制研究及其诊断方法研究的应用。方法:应用含8192个人体cDNA的微阵列芯片和来自外周血单核细胞的标记cDNA,分析慢性乙型肝炎、肝炎肝硬化各15例基因表达谱。通过GenePix4000B扫描芯片仪和ImaGene3.0软件分析Cy3、Cy5两种荧光信号的强度和比值。结果:在8192个基因中,2组中筛选出有差异的基因60个,占0.73%,其中主要是炎症、凋亡基因、细胞外基质蛋白基因、细胞生长调节基因,占71.6%。结论:基因表达谱技术可为乙型肝炎肝硬化形成的分子生物学机制及其诊断研究提供大量有益的生物学信息。 展开更多
关键词 乙型肝炎肝硬化 基因表达谱芯片 信息 外周血单核细胞 分子生物学机制 慢性乙型肝炎 生长调节基因 cDNA 微阵列芯片 细胞外基质 诊断方法 机制研究 软件分析 凋亡基因 蛋白基因 诊断研究 光信号
在线阅读 下载PDF
不同表达谱芯片分析方法在药效机制研究中的应用 被引量:2
17
作者 刘建胜 张善镇 +1 位作者 姚志洪 杜艳芝 《计算机应用与软件》 CSCD 2015年第6期57-61,108,共6页
Affymetrix表达谱芯片技术是一种研究基因在不同条件下表达变化的高通量分析技术,当前在深度动态挖掘药物作用机制方面的芯片分析方法的应用研究仍比较少。以药物表达谱芯片数据为研究对象,运用不同的算法对芯片数据进行预处理,使用t检... Affymetrix表达谱芯片技术是一种研究基因在不同条件下表达变化的高通量分析技术,当前在深度动态挖掘药物作用机制方面的芯片分析方法的应用研究仍比较少。以药物表达谱芯片数据为研究对象,运用不同的算法对芯片数据进行预处理,使用t检验和基因芯片显著性分析的方法筛选差异表达的基因,利用凝集型层次聚类和CPP-SOM聚类的方法对差异表达的基因进行聚类分析,最后运用两类富集分析工具DAVID和GSEA对药效可能涉及的信号通路、生物学过程进行相关生物学功能的富集。结果表明,RMA算法处理药物芯片数据优于MAS5.0算法和GCRMA算法;CPP-SOM聚类方法挖掘的数据信息更丰富;GSEA富集分析工具更适合用于药效机制的研究。本研究为新药研发提供算法支持。 展开更多
关键词 表达谱芯片 标准化 聚类 富集分析工具
在线阅读 下载PDF
表达谱芯片对灰绿藜和水稻NHX1基因在转基因拟南芥中表达差异的研究 被引量:1
18
作者 郭继娜 张富春 《新疆农业科学》 CAS CSCD 北大核心 2010年第1期1-6,F0003,共7页
【目的】基因芯片作为高通量、高效率的DNA分析技术,已被广泛地用于植物抗逆性功能基因的分析之中。为探讨盐生植物和甜土植物NHX1基因调控盐应答过程和亲水性C端的功能研究提供借鉴,进一步揭示盐生植物和甜土植物耐盐机制的差异,为植... 【目的】基因芯片作为高通量、高效率的DNA分析技术,已被广泛地用于植物抗逆性功能基因的分析之中。为探讨盐生植物和甜土植物NHX1基因调控盐应答过程和亲水性C端的功能研究提供借鉴,进一步揭示盐生植物和甜土植物耐盐机制的差异,为植物耐盐机理的实际应用提供依据。【方法】利用Affymetrix拟南芥表达谱芯片对过表达盐生植物灰绿藜和甜土植物水稻NHX1基因及缺失部分C端基因的转基因拟南芥进行基因表达差异的分析。【结果】在盐胁迫的转基因拟南芥组织中,筛选出在四组转基因型拟南芥中共同差异表达的基因有394条,占筛选基因总数的1.64%,其中上调表达的基因有177条,下调表达的基因有217条。将这些差异基因初步分为12类,包括非生物性与生物性刺激的应答过程、胁迫应答过程、电子转移和能量途径、信号转导和转录等功能类别。【结论】表明植物耐盐过程是一个多基因参与的复杂的变化过程,涉及到许多相关基因的变化。联系两两比较散点图和聚类分析结果从理论上说明,转基因拟南芥cgNHX1,cgNHX1dc,osNHX1和osNHX1dc耐盐性有依次减弱的趋势。 展开更多
关键词 表达谱芯片 灰绿藜 水稻 NHX1 植物耐盐
在线阅读 下载PDF
利用表达谱芯片数据筛选不同表达丰度的内参基因
19
作者 胡世贤 陆佳涛 +5 位作者 徐福意 晁天柱 周梁良 李凯 周宇荀 肖君华 《中国实验动物学报》 CAS CSCD 北大核心 2017年第1期8-13,共6页
目的基于表达谱芯片的检测结果,筛选多个内参基因,用于小家鼠肝脏组织中具有不同表达丰度基因的定量检测。方法应用表达谱芯片技术,完成小鼠肝脏组织的表达谱检测;依据基因表达丰度将基因分为3组,并进一步通过变异系数(coefficient of v... 目的基于表达谱芯片的检测结果,筛选多个内参基因,用于小家鼠肝脏组织中具有不同表达丰度基因的定量检测。方法应用表达谱芯片技术,完成小鼠肝脏组织的表达谱检测;依据基因表达丰度将基因分为3组,并进一步通过变异系数(coefficient of variation,CV)组内筛选候选内参基因;采用实时荧光定量PCR技术(realtime quantitative polymerase chain reaction,q PCR)和ge Norm软件确定内参基因。结果表达谱芯片成功采集超过60000个小鼠肝脏组织中转录本的表达量数据,并将之分为低、中、高3个组合。最终筛选了低表达Casp2和Lrrc14、中表达Nrd1和Trpc4ap、高表达Atp5a1和Clu,共6个内参基因。结论基于表达谱芯片数据筛选的6个内参基因,可适用于q PCR技术准确定量小家鼠肝组织转录组中不同表达丰度基因的表达量。 展开更多
关键词 内参基因 表达谱芯片 实时荧光定量PCR ge Norm软件
在线阅读 下载PDF
基因表达谱芯片分析续苓健骨方治疗去卵巢大鼠骨质疏松症的基因表达差异 被引量:2
20
作者 黄景文 李生强 +4 位作者 陈玄 谢丽华 陈赛楠 黄小彬 葛继荣 《中国骨质疏松杂志》 CAS CSCD 北大核心 2022年第10期1453-1458,共6页
目的基因表达谱芯片筛选续苓健骨方治疗骨质疏松症模型大鼠的差异表达基因。方法将15只大鼠按随机数法分为3组:假手术组、模型组、续苓健骨方组,每组5只。去卵巢造模后1周开始灌胃给药,实验组按照体重给予续苓健骨方,另外两组灌胃与实... 目的基因表达谱芯片筛选续苓健骨方治疗骨质疏松症模型大鼠的差异表达基因。方法将15只大鼠按随机数法分为3组:假手术组、模型组、续苓健骨方组,每组5只。去卵巢造模后1周开始灌胃给药,实验组按照体重给予续苓健骨方,另外两组灌胃与实验组等体积的生理盐水,给药连续13周,每日1次。13周后取大鼠左腿股骨进行基因表达谱芯片检测,分析芯片得到组间差异表达基因并进行功能和通路分析。结果以丨log2 Fold change丨≥1,q<0.05为条件筛选出10个造模后表达显著降低但用药后显著提高的基因,218个造模后表达显著提高但用药后表达显著降低的基因。KEGG信号通路富集分析发现PI3K/Akt通路是关键作用通路之一。设置条件(丨log2 Fold change丨≥2,q<0.01)进一步筛选获得差异基因Rplp0和Cnpy2。结论续苓健骨方的治疗作用机制可能与PI3K/AKT信号通路及Rplp0、Cnpy2基因相关。 展开更多
关键词 中医中药 骨质疏松大鼠模型 基因表达谱芯片 差异表达基因
在线阅读 下载PDF
上一页 1 2 4 下一页 到第
使用帮助 返回顶部