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题名基于转录组分析挖掘罗氏沼虾新内参基因
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作者
任晋东
陈红林
牛宝龙
许晓军
楼宝
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机构
浙江省农业科学院水生生物研究所
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出处
《浙江农业学报》
北大核心
2025年第7期1424-1429,共6页
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基金
宁波市重点技术研发项目(2024Z278)。
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文摘
内参基因挖掘、鉴定是基因表达定量分析的基础。为挖掘罗氏沼虾各组织稳定表达的内参基因,利用转录组相对表达量数据,通过变异系数分析和基因表达稳定性参数(M值)等分析、鉴定罗氏沼虾新的内参基因。结果表明:有1902个基因在罗氏沼虾腮腺、眼柄、心脏、肝胰腺、胃、大螯肌肉、腹部肌肉、精巢、促雄性腺、卵巢这10个组织内的相对表达量(FPKM值)达到5以上,基于各基因在不同组织间的平均变异系数,随机筛选获得10个平均变异系数均低于常用内参基因β-actin的候选基因。进一步的M值筛选发现,这10个候选基因在各组织的M值都低于β-actin,并以RNF10基因的M值最低。在10个候选基因中,选择M值最低的RNF10基因和M值仅次于β-actin的S/TPP2A基因进行定量聚合酶链反应(qPCR),结果表明,这二者在10个组织中的M值均低于β-actin基因,其中,RNF10在10个组织中展现出最优的表达稳定性。研究结果表明,利用转录组数据可以获得具有表达稳定性的内参基因,罗氏沼虾RNF10基因在不同组织内表达稳定,可用作罗氏沼虾基因表达定量分析的内参基因。
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关键词
罗氏沼虾(Macrobrachium
rosenbergii)
内参基因
表达稳定性参数
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Keywords
Macrobrachium rosenbergii
housekeeping gene
expression stability parameter
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分类号
S917
[农业科学—水产科学]
Q953.1
[生物学—动物学]
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