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白色杜洛克×二花脸资源家系猪血液性状的系统遗传学研究
被引量：
3
1
作者
徐盼
张震
+2 位作者
崔磊磊
杨斌
段艳宇
《畜牧兽医学报》
CAS
CSCD
北大核心
2016年第2期232-240,共9页
为揭示家猪血细胞性状的遗传基础,本研究整合白色杜洛克×二花脸猪F2资源家系肌肉血细胞性状eQTL和全基因关联分析结果,鉴别影响血细胞性状的候选基因。研究测定了1 149个个体的18种血常规和593个个体肌肉转录本表达水平,对1 020个...
为揭示家猪血细胞性状的遗传基础,本研究整合白色杜洛克×二花脸猪F2资源家系肌肉血细胞性状eQTL和全基因关联分析结果,鉴别影响血细胞性状的候选基因。研究测定了1 149个个体的18种血常规和593个个体肌肉转录本表达水平,对1 020个个体进行基因分型。转录组表达水平与血常规数据的关联性使用斯皮尔曼系数进行评估,将血细胞性状相关联的转录本进行eQTL定位并进行基因富集分析,结合前期本试验的GWAS结果进行综合分析。结果,当P<5×10-4时检测到血细胞相关的eQTLs有122个,其中有9个顺式eQTLs和63个反式eQTLs。通过eQTL定位确定SERPINB6为影响红细胞性状的候选基因,基因富集分析鉴别到影响红细胞性状的候选基因为PTPRC和ITGA8,GWAS和eQTL的综合分析发现影响红细胞性状相关的基因为TMED9、PCK1、TINAGL1和SORL1。本研究通过结合前期GWAS结果和肌肉转录本表达数据进行综合分析鉴别到7个与红细胞性状相关的基因,其中TMED9、PCK1、TINAGL1和SORL1是GWAS和eQTL共有的候选基因。
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关键词
猪
血液
性状
肌肉
表达数量性状位点
全基因组关联分析
候选基因
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职称材料
题名
白色杜洛克×二花脸资源家系猪血液性状的系统遗传学研究
被引量：
3
1
作者
徐盼
张震
崔磊磊
杨斌
段艳宇
机构
江西农业大学省部共建猪遗传改良与养殖技术国家重点实验室
出处
《畜牧兽医学报》
CAS
CSCD
北大核心
2016年第2期232-240,共9页
基金
国家高技术研究发展计划(863计划)(2013AA102502)
江西省科技厅科技支撑项目(2009BNA06900)
文摘
为揭示家猪血细胞性状的遗传基础,本研究整合白色杜洛克×二花脸猪F2资源家系肌肉血细胞性状eQTL和全基因关联分析结果,鉴别影响血细胞性状的候选基因。研究测定了1 149个个体的18种血常规和593个个体肌肉转录本表达水平,对1 020个个体进行基因分型。转录组表达水平与血常规数据的关联性使用斯皮尔曼系数进行评估,将血细胞性状相关联的转录本进行eQTL定位并进行基因富集分析,结合前期本试验的GWAS结果进行综合分析。结果,当P<5×10-4时检测到血细胞相关的eQTLs有122个,其中有9个顺式eQTLs和63个反式eQTLs。通过eQTL定位确定SERPINB6为影响红细胞性状的候选基因,基因富集分析鉴别到影响红细胞性状的候选基因为PTPRC和ITGA8,GWAS和eQTL的综合分析发现影响红细胞性状相关的基因为TMED9、PCK1、TINAGL1和SORL1。本研究通过结合前期GWAS结果和肌肉转录本表达数据进行综合分析鉴别到7个与红细胞性状相关的基因,其中TMED9、PCK1、TINAGL1和SORL1是GWAS和eQTL共有的候选基因。
关键词
猪
血液
性状
肌肉
表达数量性状位点
全基因组关联分析
候选基因
Keywords
pig
hematological traits
muscle
expression quantitative trait loci
genome-wide association study
candidate gene
分类号
S828 [农业科学—畜牧学]
S813.3 [农业科学—畜牧学]
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题名
作者
出处
发文年
被引量
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1
白色杜洛克×二花脸资源家系猪血液性状的系统遗传学研究
徐盼
张震
崔磊磊
杨斌
段艳宇
《畜牧兽医学报》
CAS
CSCD
北大核心
2016
3
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