基于表达序列标签的微卫星标记(EST-SSRs)研究进展 被引量：90

1

作者 李永强 李宏伟 +1 位作者 高丽锋 何蓓如 《植物遗传资源学报》 CAS CSCD 2004年第1期91-95,共5页

作为一种新型分子标记 ,EST SSR来自表达基因 ,因而除具备传统基因组来源的SSR标记所有优势外 ,可能与基因功能表达具有直接或间接关系 ,从而强化了SSR标记在遗传研究中的应用。本文综述了近几年来EST SSR用于遗传图谱构建、基因定位。

关键词 表达序列标签 微卫星标记 EST-SSRS 分子标记 表达基因 遗传

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杨树锈菌表达序列微卫星分析及EST-SSR标记开发 被引量：6

2

作者 万志兵 王小龙 +3 位作者 管宏伟 仰皖旭 尹佟明 张新叶 《东北林业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2012年第6期76-80,88,共6页

通过对64 498条杨树锈菌EST进行拼接,得到1 998个拼接片段(contigs),发现了604个SSR位点。在拼接片段中SSR平均密度为每736.6 bp含有1个SSR。在SSR中,三核苷酸重复基元的SSR类型最多,占总数的44.70%。在二碱基重复中,最主要的优势重复... 通过对64 498条杨树锈菌EST进行拼接,得到1 998个拼接片段(contigs),发现了604个SSR位点。在拼接片段中SSR平均密度为每736.6 bp含有1个SSR。在SSR中,三核苷酸重复基元的SSR类型最多,占总数的44.70%。在二碱基重复中,最主要的优势重复单元是AC和AT,三碱基中AGT和AAG为优势重复单元,四碱基、五碱基重复类型中,(AAAN)n和(AAAAN)n为对应的优势重复单元,这些优势重复单元中富含碱基A和T,研究还发现杨树锈菌表达序列中微卫星丰度很高。杨树锈菌突变频率很高,由试验结果推测杨树锈菌基因中含有的微卫星序列是杨树锈菌基因变异的一个重要驱动力。杨树锈菌EST序列中高度变异的微卫星(长度大于20 bp)约占15.07%。针对检测到的微卫星位点,共设计了455对引物,并选取了30个SSR引物对对杨树锈菌基因组DNA进行PCR扩增,其中有27个引物对扩增成功,占90.0%。扩增产物电泳结果显示,有21个引物对扩增出的谱带在预期片段大小范围之内,有8个引物对在杨树锈菌DNA中检测到了多态性,多态性引物对占26.7%。 展开更多

关键词 表达序列标签 SSR标记 杨树锈菌 微卫星变异

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杜鹃花表达序列标签资源中的微卫星信息分析 被引量：8

3

作者 王书珍 张传进 +4 位作者 程华 方元平 项俊 郑永良 金卫斌 《湖北林业科技》 2014年第2期7-10,共4页

从NCBI数据库下载杜鹃花表达序列标签序列1 323条,去冗余后得到912条EST。采用Tandem repeat finder软件分析,最终在61条EST序列中找到65个SSR位点,出现频率为7.127 2%。二碱基重复是杜鹃花EST内SSR的主要重复类型,占66.153 8%;单碱基... 从NCBI数据库下载杜鹃花表达序列标签序列1 323条,去冗余后得到912条EST。采用Tandem repeat finder软件分析,最终在61条EST序列中找到65个SSR位点,出现频率为7.127 2%。二碱基重复是杜鹃花EST内SSR的主要重复类型,占66.153 8%;单碱基和三碱基重复次之,分别占据15.384 6%和9.230 8%。四碱基、五碱基、六碱基类型的SSR相对比较少。多达90.769 2%的SSR位点为完美型微卫星重复。这些富含SSR位点的EST序列将为开发微卫星特异性引物,并用于杜鹃花群体生物多样性和遗传结构分析提供理论依据。 展开更多

关键词 杜鹃花 微卫星 表达序列标签 遗传多样性

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茶树表达序列标签中的微卫星特征分析

4

作者 钱春仙 高俊 +2 位作者 刘林 杨静 李成云 《西南农业学报》 CSCD 北大核心 2015年第3期1014-1019,共6页

从NCBI数据库中下载到50776条茶树表达序列标签(expressed sequence tags,EST)序列,利用Tandem Repeats Finder程序,对≧24 bp的微卫星(简单重复序列)进行系统分析。结果表明,在所分析的茶树EST序列中,搜索到长度大于或等于24 bp,基序... 从NCBI数据库中下载到50776条茶树表达序列标签(expressed sequence tags,EST)序列,利用Tandem Repeats Finder程序,对≧24 bp的微卫星(简单重复序列)进行系统分析。结果表明,在所分析的茶树EST序列中,搜索到长度大于或等于24 bp,基序匹配值大于80%的微卫星序列5299个,在这些微卫星中,单核甘酸的最多,数量达3283个,占SSR总数的61.96%,其次为2核甘酸微卫星序列,共1113个,占微卫星总数的21%。4核苷酸微卫星数量最少,仅39个,占总数的0.74%,搜索到6核苷酸471个,其基序组成可分为83类,优势基序为AAAACT(130个)。以上结果说明茶树EST序列中含有丰富的微卫星,这非常有利于开发表达序列中的微卫星标记,为含有微卫星的基因的标识、表达提供了很好的基础。 展开更多

关键词 茶树 表达序列标签 微卫星

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刺参(Apostichopus japonicus)EST序列中微卫星分布分析及其标记的筛选 被引量：20

5

作者 孙国华 杨建敏 +3 位作者 宋志乐 孙孝德 王卫军 张宇 《海洋与湖沼》 CAS CSCD 北大核心 2010年第1期133-139,共7页

利用微卫星查找软件对现已公布的6632条刺参ESTs的数据库中2—6个碱基重复单元组成的简单序列重复进行筛选,进而对其微卫星的丰度和分布进行比较研究。共发现微卫星序列416个,占整个ESTs数据库的6.48%;其中含双碱基重复序列146个,数量最... 利用微卫星查找软件对现已公布的6632条刺参ESTs的数据库中2—6个碱基重复单元组成的简单序列重复进行筛选,进而对其微卫星的丰度和分布进行比较研究。共发现微卫星序列416个,占整个ESTs数据库的6.48%;其中含双碱基重复序列146个,数量最多,占ESTs数据库中发现微卫星序列总数的65.86%;三、四、五、六碱基重复序列分别占微卫星序列总数的26.68%、1.68%、0.24%、5.53%。对含有SSR位点符合微卫星引物设计的EST序列利用Primer软件结合人工方法设计合成引物21对,其中13对有扩增产物且均为多态位点。扩增产物变性聚丙烯酰胺胶电泳,统计每个微卫星标记等位基因数目,计算等位基因频率、观测杂合度、期望杂合度等统计学指标的评价。结果表明,在13个微卫星位点上,等位基因的数目从3到8不等,等位基因长度从175—382bp,观测杂合度和期望杂合度分别为0.158—0.650和0.198—0.841,所筛选微卫星标记可于遗传分析。 展开更多

关键词 刺参 微卫星 表达序列标签 等位基因

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利用生物信息学方法进行基于表达序列标签的玉米单核苷酸多态性标记的开发 被引量：7

6

作者 吴玲 付凤玲 +1 位作者 李晚忱 刘海岚 《核农学报》 CAS CSCD 北大核心 2010年第5期968-972,1019,共6页

针对简单重复序列(SSR)标记密度不足、单核苷酸多态性(SNP)标记开发一般只基于2种基因型的序列差异,用以检测其他基因型的材料时多态性不高,不能满足玉米基因精细定位需要的现状,本研究从公共数据库下载来自不同遗传背景的玉米表达序列... 针对简单重复序列(SSR)标记密度不足、单核苷酸多态性(SNP)标记开发一般只基于2种基因型的序列差异,用以检测其他基因型的材料时多态性不高,不能满足玉米基因精细定位需要的现状,本研究从公共数据库下载来自不同遗传背景的玉米表达序列标签(EST),结合运用各种生物信息学软件,开发基于EST序列的高多态性SNP标记。通过对2018530条EST序列的比对分析,拼接发掘出遍布全基因组的80363个SNP位点。在SNP位点两侧保守序列上设计PCR引物,开发出12388个SNP标记(www.sicau.edu.cn/web/yms/snp/snp.html),包含34721个SNP位点。其中,6008个标记只含单一SNP位点,12762个位点的多态性信息含量(PIC)大于0.4,具有高度多态性。 展开更多

关键词 表达序列标签 玉米 单核苷酸多态性标记

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一种基于表达序列标签(EST)的新型目标分子标记技术——保守区域扩增多态性(CoRAP) 被引量：3

7

作者 熊发前 唐荣华 +5 位作者 庄伟建 蒋菁 钟瑞春 韩柱强 贺梁琼 李忠 《广西农业科学》 CAS CSCD 2010年第2期100-103,共4页

CoRAP分子标记技术是一种基于表达序列标签的目标分子标记新技术,具有操作简单、重复性高和特异性强等优点。该分子标记的原理是:根据表达序列标签来设计1个固定引物,根据大多数内含子内部的一段保守序列设计另1个随机引物,在退火温度... CoRAP分子标记技术是一种基于表达序列标签的目标分子标记新技术,具有操作简单、重复性高和特异性强等优点。该分子标记的原理是:根据表达序列标签来设计1个固定引物,根据大多数内含子内部的一段保守序列设计另1个随机引物,在退火温度为52℃的常规3步法PCR程序下,扩增产生偏向表达序列标签附近区域的显性或共显性标记。该分子标记可以作为SRAP、TRAP标记有效补充的目标分子标记新技术,在生物多样性分析、遗传图谱构建、重要性状基因标记、QTL定位及分子标记辅助育种等方面均有较大的应用潜力。 展开更多

关键词 保守区域扩增多态性(CoRAP) 目标分子标记 表达序列标签(EST) 内含子多态性

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表达序列标签(EST)分析及其在林木研究中的应用 被引量：14

8

作者 李虹 卢孟柱 蒋湘宁 《林业科学研究》 CSCD 北大核心 2004年第6期804-809,共6页

简要叙述了表达序列标签EST技术的原理和流程,综述了EST在研究林木木材形成和其它生物学过程时新基因的发现、基因表达分析和基因芯片方面的应用进展以及在开发林木单核苷酸多态性和简单序列重复等分子标记和构建遗传图谱方面的应用进展... 简要叙述了表达序列标签EST技术的原理和流程,综述了EST在研究林木木材形成和其它生物学过程时新基因的发现、基因表达分析和基因芯片方面的应用进展以及在开发林木单核苷酸多态性和简单序列重复等分子标记和构建遗传图谱方面的应用进展,并对其在林木基因组研究中的应用前景进行了展望。 展开更多

关键词 表达序列标签 林木研究 EST 基因表达 基因芯片 分子标记 遗传图谱

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大竹蛏(Solen grandis)cDNA文库中微卫星标记的筛选 被引量：5

9

作者 乔洪金 刘相全 +3 位作者 孙国华 房景辉 韦秀梅 张滔 《海洋与湖沼》 CAS CSCD 北大核心 2012年第6期1128-1133,共6页

利用微卫星查找软件SSRIT对大竹蛏cDNA文库(2038条EST)中2—6个碱基重复单元组成的简单序列重复进行了筛选。最少重复次数设定为5次,共发现包含微卫星位点的EST96条,占整个EST数据库的4.71%;共发现微卫星位点103个,其中含双碱基重复序... 利用微卫星查找软件SSRIT对大竹蛏cDNA文库(2038条EST)中2—6个碱基重复单元组成的简单序列重复进行了筛选。最少重复次数设定为5次,共发现包含微卫星位点的EST96条,占整个EST数据库的4.71%;共发现微卫星位点103个,其中含双碱基重复序列77个,数量最多,占总数的74.76%;三、四碱基重复序列分别占微卫星序列总数的22.33%、2.91%,没有发现五或六碱基的重复。对含有SSR位点符合微卫星引物设计的EST序列,利用在线引物设计软件Primer3设计合成引物14对,以南通野生群体为模板PCR扩增和聚丙烯酰胺凝胶电泳发现,其中5对有多态性位点。在5个微卫星位点上,等位基因的数目从2—7个不等,观测杂合度和期望杂合度分别为0.067—1.000和0.066—0.775,香农指数在0.146—1.545之间。结果表明,所筛选的微卫星标记可用于遗传分析。 展开更多

关键词 大竹蛏 微卫星 表达序列标签 等位基因

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亚历山大藻属微卫星标记的筛选 被引量：5

10

作者 王东东 杨维东 刘洁生 《生态学报》 CAS CSCD 北大核心 2009年第4期2124-2133,共10页

采用生物信息学方法,从塔玛亚历山大藻的ESTs数据库中筛选微卫星(Simple Sequence Repeat,SSR)位点,设计SSR引物,利用毛细管电泳对4株塔玛亚历山大藻(Alexandrium tamarense)、2株相关亚历山大藻(Alexandrium affine)和1株链状亚历山大... 采用生物信息学方法,从塔玛亚历山大藻的ESTs数据库中筛选微卫星(Simple Sequence Repeat,SSR)位点,设计SSR引物,利用毛细管电泳对4株塔玛亚历山大藻(Alexandrium tamarense)、2株相关亚历山大藻(Alexandrium affine)和1株链状亚历山大藻(Alexandrium catenella)进行种内、种间遗传多样性分析,获得以下主要结果:(1)从6830条非冗余的ESTs中共查找到222个SSR,平均每18.5kb就有一个SSR,三核苷酸重复在所有的重复类型中所占比例最大,达到48.2%,重复单元CTG/CAG出现频率最高。进一步筛选出12条SSR引物,用于遗传多样性分析。(2)种内遗传多样性水平整体偏低,多态性引物比率仅为41.67%,Nei’s基因多样性平均为0.2130。种间遗传多样性水平较高,多态性引物比率为75%,Nei’s基因多样性平均水平为0.4643;另外,种间遗传分化系数较高,平均水平为0.7051。(3)对7个样品的聚类图分析发现,A.tamarenseCCMP116与A.affineCCMP112遗传距离极为接近;A.tamarenseATHK9301、CCMP1598和ATDH01相互聚在一起;A.catenellaACDH01与A.tamarense分属两枝。以上结果表明,SSR标记在亚历山大藻种内遗传多样性分析方面是一种非常有用的工具。 展开更多

关键词 亚历山大藻 表达序列标签 微卫星标记 遗传多样性

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基于胡鲇科和鲇科ESTs序列初步筛选兰州鲇EST-SSR分子标记 被引量：3

11

作者 魏大为 连总强 +4 位作者 吴旭东 王发新 李力 俞兆曦 杨忠礼 《淡水渔业》 CSCD 北大核心 2015年第5期19-23,共5页

利用SSRHunter软件对现已公布的鲇形目（Siluriformes）中胡鲇科（Clariidae）和鲇科（Siluridea）共2002条EST（Expressed Sequence Tag）序列筛选兰州鲇（Silurus lanzhouensis）微卫星标记,并分析其序列丰度和分布特征。结果共发现20... 利用SSRHunter软件对现已公布的鲇形目（Siluriformes）中胡鲇科（Clariidae）和鲇科（Siluridea）共2002条EST（Expressed Sequence Tag）序列筛选兰州鲇（Silurus lanzhouensis）微卫星标记,并分析其序列丰度和分布特征。结果共发现209个微卫星序列,占整个ESTs数据库的10.44%;其中三碱基重复序列数量最多,占ESTs数据库中发现微卫星序列总数的35.62%;二、四、五、六碱基重复序列分别占微卫星序列总数的28.31%、25.57%、7.76%、2.74%。根据侧翼序列,设计125对引物,随机选取58对进行扩增鉴定及多态性筛选。结果显示29对引物能稳定扩增,16对引物具有多态性,每个位点等位基因数2-7个（平均3.75）,观测杂合度（Ho）0.133 2-0.732 2（平均0.405 1）,期望杂合度（He）0.198 2-0.848 3（平均0.560 2）,多态信息含量（PIC）0.124 1-0.794 5（平均0.506 5）。研究表明,借用已有鲇形目鱼类ESTs数据库筛选到的兰州鲇微卫星标记质量较好,可为兰州鲇种质资源保护、微卫星连锁图谱构建、经济性状的QTL定位及分子标记辅助育种奠定基础。 展开更多

关键词 兰州鲇(Silurus lanzhouensis) 微卫星标记 表达序列标签(EST) 特征分析

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三角鲂肝脏EST序列微卫星信息分析 被引量：2

12

作者 刘凯 谢楠 +3 位作者 冯晓宇 刘新轶 潘彬斌 姚桂桂 《江西农业学报》 CAS 2016年第6期87-91,共5页

利用RNA-Seq技术对三角鲂的肝脏进行了转录组测序,获得了大量EST序列后,利用MISA软件进行微卫星信息分析。结果表明,通过转录组测序获得三角鲂EST序列62780条,长度31.9 Mb,发现8853个SSR,出现频率为14.1%。在三角鲂EST-SSR中,重复单元以... 利用RNA-Seq技术对三角鲂的肝脏进行了转录组测序,获得了大量EST序列后,利用MISA软件进行微卫星信息分析。结果表明,通过转录组测序获得三角鲂EST序列62780条,长度31.9 Mb,发现8853个SSR,出现频率为14.1%。在三角鲂EST-SSR中,重复单元以1-2碱基重复为最多,并以长度小于16 bp的短重复序列为主,间隔SSR和复合SSR的EST序列RPKM均值低于单纯型SSR的EST序列RPKM均值,且在单纯型SSR中SSR长度越长,其RPKM均值则越低。因此,对富含SSR位点的EST序列的挖掘将为开发SSR特异性标记,并应用于三角鲂生物多样性和选育提供了参考。 展开更多

关键词 三角鲂 表达序列标签 微卫星 序列分析

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小麦条锈病菌EST序列中微卫星的频率和分布 被引量：1

13

作者 刘林 胡燕玲 +3 位作者 杨静 张庆 李进斌 李成云 《云南农业大学学报（自然科学版）》 CAS CSCD 北大核心 2011年第2期173-176,共4页

研究利用已公布的7 368条小麦条锈病菌表达序列标签(expressed sequence tags,EST)序列,对其EST序列中的微卫星(microsatellite)或简单重复序列(simple sequence repeats,SSRs)进行了系统分析。结果表明,在已公布的7 368条小麦条锈病菌... 研究利用已公布的7 368条小麦条锈病菌表达序列标签(expressed sequence tags,EST)序列,对其EST序列中的微卫星(microsatellite)或简单重复序列(simple sequence repeats,SSRs)进行了系统分析。结果表明,在已公布的7 368条小麦条锈病菌EST序列中,共有2 642个SSR序列(长度大于15 bp,匹配值大于80%),相当于平均3条EST序列中分布有1个SSR序列。在这些SSR中,单碱基SSR最多,数量达2 320个,占SSR总数的87.8%;其次为三碱基SSR,数量为137个,约占SSR总数的5.2%;五碱基重复的SSR数量最少,为34个。且有的SSR的重复数较多,这将有利于小麦条锈病菌SSR分子标记的开发与应用。 展开更多

关键词 小麦条锈病菌 表达序列标签 微卫星

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大黄鱼EST微卫星标记初步筛选 被引量：4

14

作者 谢芳靖 张子平 +2 位作者 邹志华 周鹏 王艺磊 《福建水产》 2011年第5期9-14,共6页

通过构建大黄鱼性腺线性化cDNA文库,并经测序后获得3535条EST,对其二碱基至六碱基重复序列进行筛选,共发现微卫星位点150个,占EST序列的4.24%;其中包括二碱基重复序列64条,三碱基重复序列80条,四碱基重复序列5条,五碱基重复序列1条;三... 通过构建大黄鱼性腺线性化cDNA文库,并经测序后获得3535条EST,对其二碱基至六碱基重复序列进行筛选,共发现微卫星位点150个,占EST序列的4.24%;其中包括二碱基重复序列64条,三碱基重复序列80条,四碱基重复序列5条,五碱基重复序列1条;三碱基重复序列是最丰富的重复单元,占53.3%。在这些微卫星序列中,(TG/GT/AC/CA)n形式在二碱基重复中最为常见,(GAG/AGG/GGA/CCT)n形式在三碱基重复序列中最为常见,分别占微卫星序列总数的26%和14%。选取其中的62条微卫星序列进行引物设计、合成与多态性检测,经过PCR扩增,2.0%的琼脂糖凝胶电泳检测,获得呈多态性微卫星引物8对,多态率为12.9%。本研究为开发大黄鱼EST微卫星分子标记和大黄鱼基因编码区微卫星的功能研究提供有价值的信息。 展开更多

关键词 大黄鱼 表达序列标签 微卫星

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基于EST-SSR标记的沙棘品种鉴定及指纹图谱构建 被引量：3

15

作者 赵雨欣 张哲文 +5 位作者 考惠霞 孙永江 辛智鸣 赵喆 董树斌 程瑾 《生态与农村环境学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第3期374-385,共12页

以沙棘(Hippophae rhamnoides)优良品种“实优1号”为材料,对其叶片进行转录组测序,利用微卫星识别软件(microsatellite identification tool,MISA)和Primer 3(version 2.3.4)对获得的序列进行简单重复序列(simple sequence repeat,SSR... 以沙棘(Hippophae rhamnoides)优良品种“实优1号”为材料,对其叶片进行转录组测序,利用微卫星识别软件(microsatellite identification tool,MISA)和Primer 3(version 2.3.4)对获得的序列进行简单重复序列(simple sequence repeat,SSR)位点挖掘和引物设计,以收集的42份沙棘品种为研究材料,开展聚合酶链式反应(PCR)和毛细管电泳检测,旨在开发一套多态性高、稳定性好和通用性强的表达序列标签微卫星(express sequence tags from simple sequence repeat,EST-SSR)引物,构建沙棘指纹图谱,从而实现沙棘品种的快速准确鉴定,并对沙棘品种间亲缘关系进行分析。“实优1号”转录组测序共获得6196个SSR位点,其中,重复基元类型为182种,SSR基序长度主要分布在10~21 bp区间,占全部SSR的81.58%,主要SSR重复类型为单核苷酸重复(48.72%)、二核苷酸重复(22.68%)和三核苷酸重复(18.85%)。利用筛选出的28对引物在42份沙棘品种中共检测出193个等位基因,等位基因数(Na)、有效等位基因数(Ne)、观测杂合度(Ho)、期望杂合度(He)、多态信息含量(PIC)和Shannon信息指数(I)等遗传多样性参数的均值分别为6.964、3.495、0.617、0.671、0.623和1.384。UPGMA聚类分析表明,42份沙棘品种间的遗传相似性系数为0.601~0.990,当遗传相似性系数为0.694时,供试品种可分为2组;当遗传相似性系数约为0.7402时,供试品种可分为3组。优选6对引物构建指纹图谱,可以实现沙棘品种的快速准确鉴定。该研究可为沙棘的良种鉴定、指纹图谱构建以及遗传多样性和亲缘关系分析等提供分子水平的理论基础和数据支撑。 展开更多

关键词 沙棘 表达序列标签微卫星 指纹图谱 遗传多样性

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表达序列标签(ESTS)及其应用 被引量：3

16

作者 宋宇轩 曹斌云 《家畜生态》 2004年第4期152-155,共4页

　表达序列标签(ESTS)是指从(ESTcDNA文库中随机挑取克隆并对其3′或5′端进行单轮自动测序所获得的短cDNA库列,一般长度为300～500bp。要有效获取ESTS,必须对cDNA文库进行预处理,处理方法有衰减杂交法、均一化法和差异显示法。在dbEST... 　表达序列标签(ESTS)是指从(ESTcDNA文库中随机挑取克隆并对其3′或5′端进行单轮自动测序所获得的短cDNA库列,一般长度为300～500bp。要有效获取ESTS,必须对cDNA文库进行预处理,处理方法有衰减杂交法、均一化法和差异显示法。在dbEST中收录了大量各种生物的ESTS。ESTS广泛应用于鉴定基因、发现新基因、电子克隆、构建遗传学图谱、制备DNA芯片、分子标记、研究基因的差异表达及检验病原微生物等方面。 展开更多

关键词 表达序列标签 EST CDNA文库 电子克隆 差异显示 cDNA库 新基因 分子标记 病原微生物 应用

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豌豆EST-SSR标记在蚕豆中的通用性与应用 被引量：3

17

作者 龚亚明 徐盛春 +1 位作者 毛伟华 李泽昀 《浙江大学学报（农业与生命科学版）》 CAS CSCD 北大核心 2011年第5期479-484,共6页

对豌豆表达序列标签-微卫星(EST-SSR)分子标记在蚕豆中的通用性与应用进行研究,以期为蚕豆开发出新的分子标记.结果表明:163对豌豆EST-SSR引物中有99对可在蚕豆中获得有效扩增,其中36对引物呈现明显的多态性,共检测到等位位点148个,平... 对豌豆表达序列标签-微卫星(EST-SSR)分子标记在蚕豆中的通用性与应用进行研究,以期为蚕豆开发出新的分子标记.结果表明:163对豌豆EST-SSR引物中有99对可在蚕豆中获得有效扩增,其中36对引物呈现明显的多态性,共检测到等位位点148个,平均每个位点的等位基因变异数为4.1个;各多态性引物的多态信息量(PIC)值变化范围为0.035到0.810,平均PIC值为0.483 4;实际观察杂合度(HO)变化范围为0.000 1到0.700 0,平均值为0.210 3;期望杂合度(HE)变化范围为0.035 7到0.845 2,平均值为0.538 8;主成分分析与非加权配对算术平均法(UPGMA)聚类分析表明,30份蚕豆种质资源可明显分成2大类群.以上结果表明,本研究所开发的豌豆EST-SSR标记在蚕豆上具有通用性和多态性,可为今后蚕豆遗传多样性、种质资源保存、比较作图和分子标记辅助育种提供新的研究依据. 展开更多

关键词 豌豆 表达序列标签-微卫星标记 蚕豆 遗传多样性

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条斑紫菜（Porphyra yezoensis）EST序列中微卫星位点的计算机筛查及相关分析 被引量：1

18

作者 王孟强 胡景杰 +3 位作者 庄昀筠 刘玮 杨春 茅云翔 《中国海洋大学学报（自然科学版）》 CAS CSCD 北大核心 2007年第2期234-234,共1页

利用公共数据库中的条斑紫菜的表达序列标签（EST），进行简单重复序列（SSR）即微卫星标记的发掘和分析。该研究利用EST序列能够代表特定基因的特性以及SSR标记的多态性，当具有多态性的SSR与功能确定的基因相关联时，这种SSR就可作为... 利用公共数据库中的条斑紫菜的表达序列标签（EST），进行简单重复序列（SSR）即微卫星标记的发掘和分析。该研究利用EST序列能够代表特定基因的特性以及SSR标记的多态性，当具有多态性的SSR与功能确定的基因相关联时，这种SSR就可作为遗传标记看待。对21954条EST序列的分析发现其中1162条EST含有微卫星序列，对这1162条EST序列进行聚类，其中984条可聚类为112条重叠群（contig），其余178条不与其他序列聚类，共计得到非冗余基因290条。在筛查到的所有微卫星类型中，GC／CG型和GA／TC型最为丰富。GC含量丰富的微卫星类型，在各种不同碱基长度的微卫星中都占多数。 展开更多

关键词 EST序列 微卫星位点 条斑紫菜 相关分析 筛查 计算机 SSR标记 表达序列标签

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麦红吸浆虫唾腺EST-SSRs的信息分析及分子标记筛选 被引量：14

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作者 段云 吴仁海 +4 位作者 罗礼智 武予清 蒋月丽 苗进 巩中军 《昆虫学报》 CAS CSCD 北大核心 2011年第10期1147-1154,共8页

昆虫EST资源库的扩充为开发新的分子标记提供了宝贵的资源。本研究对NCBI的EST数据库中来源于麦红吸浆虫Sitodiplosis mosellana唾腺的1217条EST序列进行了unigene组装、SSR信息分析和EST-SSR分子标记筛选。结果表明:在1047个unigenes... 昆虫EST资源库的扩充为开发新的分子标记提供了宝贵的资源。本研究对NCBI的EST数据库中来源于麦红吸浆虫Sitodiplosis mosellana唾腺的1217条EST序列进行了unigene组装、SSR信息分析和EST-SSR分子标记筛选。结果表明:在1047个unigenes中共找到141个SSR位点,分布于106个(10.12%)unigenes中,平均每3.49kb出现一个SSR位点。在1～6碱基重复基元中,1～3碱基是主要重复类型,占总SSR的97.16%以上。A/T(31.21%),AC/GT(15.60%)和AAC/GTT(9.22%)分别是单、双和三碱基中占优势的重复基元类型。利用Primer Premier5.0软件对查找的EST-SSRs进行引物设计,并以麦红吸浆虫基因组DNA为模板,对从中选出的26对SSR引物进行多态性检测。结果有20对(76.92%)引物能扩增出清晰的目的条带,并且其中9对(45%)引物表现出多态性。多态性分析结果表明,从9对EST-SSR引物中,共检测到51个等位基因,平均每个位点含有等位基因数为5.67,平均期望杂合度为0.65,平均多态信息含量为0.60。本研究能够为今后麦红吸浆虫的种群遗传结构与遗传多样性研究提供帮助。 展开更多

关键词 麦红吸浆虫 表达序列标签 EST-SSR 分子标记 多态性

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家蚕第12连锁群EST-SSR标记的筛选和分析 被引量：6

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作者 米智 李傲祥 +4 位作者 阮成龙 李冠楠 杜文华 隆耀航 朱勇 《昆虫学报》 CAS CSCD 北大核心 2011年第11期1223-1230,共8页

为了探究家蚕Bombyx mori EST-SSR标记的多态性,对检索获得的家蚕第12连锁群的4465条EST序列进行了分析,整理和拼接后得到581条非冗余EST序列,总长度约为480kb。其中,有122条序列中共检测到154个EST-SSR,占所研究的EST序列的2.73%,平均... 为了探究家蚕Bombyx mori EST-SSR标记的多态性,对检索获得的家蚕第12连锁群的4465条EST序列进行了分析,整理和拼接后得到581条非冗余EST序列,总长度约为480kb。其中,有122条序列中共检测到154个EST-SSR,占所研究的EST序列的2.73%,平均每3.12kb含有一个EST-SSR。在所检测的EST-SSR中,三核苷酸和四核苷酸重复是主导类型,分别占总数的36.36%和28.57%,大部分表现为Perfect形式;核苷酸重复平均长度约为16.2bp,最长为30bp。进一步进行同源性分析,发现有26条序列可以在NCBI中检索到同源序列,在这些序列中一共含有40个SSR,其中14个(35.0%)位于5'-UTR,11个(27.5%)位于3'-UTR,15个(37.5%)位于CDS区。根据筛选到的微卫星序列设计11对引物,其中8对引物有扩增产物,且条带清晰;应用引物ES1204对8个家蚕品种进行PCR扩增都呈现多态性。结果说明通过家蚕EST数据库发掘SSR标记是一条可行的途径。 展开更多

关键词 家蚕 连锁群 表达序列标签 EST-SSR标记 多态性

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