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辣椒多态性EST-SSR标记开发及连锁图谱构建
被引量：
1
1
作者
刘峰
谢玲玲
+2 位作者
欧阳娴
王运生
邹学校
《湖南农业大学学报（自然科学版）》
CAS
CSCD
北大核心
2012年第2期162-167,共6页
采用SSR检索程序,从辣椒221 037条unigenes中筛选到17 319个SSR位点,设计了10 468对引物,并对其进行E-PCR多态性检测。结果表明,1 538对引物具有多态性,其中554条辣椒EST序列能匹配到番茄基因组上,构成了12条辣椒EST-SSR连锁群,平均每...
采用SSR检索程序,从辣椒221 037条unigenes中筛选到17 319个SSR位点,设计了10 468对引物,并对其进行E-PCR多态性检测。结果表明,1 538对引物具有多态性,其中554条辣椒EST序列能匹配到番茄基因组上,构成了12条辣椒EST-SSR连锁群,平均每条连锁群含45.75个EST-SSR。对匹配到番茄基因组上的EST-SSR进行GO(gene ontology)分类,结果有481条EST序列被分类,其中以初生代谢、细胞代谢、生物合成过程为主,分别占34.13%、28.35%、25.82%。在KEGG map中,91条EST序列共涉及到76条代谢途径(KEGG),约67条序列参与新陈代谢途径,32条序列参与次生代谢产物合成途径。
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关键词
辣椒
多态性
连锁图谱
表达序列标签技术
简单重复
序列
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职称材料
题名
辣椒多态性EST-SSR标记开发及连锁图谱构建
被引量：
1
1
作者
刘峰
谢玲玲
欧阳娴
王运生
邹学校
机构
湖南省农业科学院蔬菜研究所
中国农业科学院蔬菜花卉研究所
湖南省农业科学院西瓜甜瓜研究所
湖南农业大学生物安全科学技术学院
出处
《湖南农业大学学报（自然科学版）》
CAS
CSCD
北大核心
2012年第2期162-167,共6页
基金
国家自然科学基金项目(31101425)
文摘
采用SSR检索程序,从辣椒221 037条unigenes中筛选到17 319个SSR位点,设计了10 468对引物,并对其进行E-PCR多态性检测。结果表明,1 538对引物具有多态性,其中554条辣椒EST序列能匹配到番茄基因组上,构成了12条辣椒EST-SSR连锁群,平均每条连锁群含45.75个EST-SSR。对匹配到番茄基因组上的EST-SSR进行GO(gene ontology)分类,结果有481条EST序列被分类,其中以初生代谢、细胞代谢、生物合成过程为主,分别占34.13%、28.35%、25.82%。在KEGG map中,91条EST序列共涉及到76条代谢途径(KEGG),约67条序列参与新陈代谢途径,32条序列参与次生代谢产物合成途径。
关键词
辣椒
多态性
连锁图谱
表达序列标签技术
简单重复
序列
Keywords
pepper
polymorphism
linkage map
expressed sequence tags（EST）
simple sequence repeats（SSR）
分类号
S641.3 [农业科学—蔬菜学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
辣椒多态性EST-SSR标记开发及连锁图谱构建
刘峰
谢玲玲
欧阳娴
王运生
邹学校
《湖南农业大学学报（自然科学版）》
CAS
CSCD
北大核心
2012
1
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